Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 9143 cluster # 9143       Sequences # 8       consensus # 1


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_9143#0 length = 1495 sequences # 8  

consensusID : consensus_9143#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 8
consensus length = 1495
fasta sequence
                              [GAGGCCAGAATTCGGCACGAGGGAAAATAAACAAATGATTGCTTTTGTTTTATTTTCTCCATGTTCATTGTCAATTTACGAAAGTTTGTGTTTATATTAATTCTTCCATCACTTCCACATTTTATAACTGCGTTGTCTTTTTTGTTGAAAAGACTAACAGACTATTTCCGAAATACGATGTTGATTTACGCGTTACTTGCTTACTCACTTCACAATGATGCTTGAGTGTTTGTGTGAAAGGTGCATCTTCTTTTATTGACTAAAAAAGACAACTTACATTTTTCATATAAACTATTATGTCTTATTCATGTATTATCTTTCTGTTCTGTTCTTTTGGAATCTATCCTCAAATCTACTTGATTCATATGTGTATACCTTTGATAACAAGTAGTAGTGATTCATTTCGACTAATGGAATCCCTGATAAAATACTTTGTGTTATCTCAGTTCGTCAGAAGAGGGACGCTTTTGCTCTCTCTCTTTACAGTGGACCTGTAATCTATTTTTCGTATCATTTTTTTAACCATAAATAATTATGATCGGGATACACGTATAGGGATGTACAAAATACTTATATACAACTGAAATAGTACAGTATTGAATGCCATACGTGCACACAAATAAACACACTCAATACCTCTATAGCCCATTATAATTATTGGTCCTTAATATAATTGGTAATTNTCCGGTTTCTACAAATCATATTTTCAAAAATACTACTATAAACCTTTACATGAATGTTTAAATTACTTGAGAGTACTTGTTACATACCATATATTTATTTATACAACAGATTTTTGACTGATTCAGTTTACATTTTTTTCGGATAAACTTATCTATACTGTTGTTGCCTATAGTCACAGTCTATGATTGTGCTTGTCTGTGCTTACATATATNGTCATTTCTGAGTATTACTATGTTCCGATTTATTCACCGTAAATCAGCTTCCCATAATACTTACAGAGACCAGAAATCAAGTATTTTGTACAAATACACCTTAGTATTATTGTTTTTTTCTAAATTTCACACTATCCGATAAGAAATGAATTGATGATAATTAACCAGATAATTTTATTGGATTGATTCTCTCAGTACTCACTATTTCACCTGAACATAACTAAACATAACAACTATAATAATGCACGGAAAACACAATTACAGTTATATTTACCTGTTTTATTGCC-TTGGC-TTCCATTTCTTATATATGTATCTCTGTTCCTCTTTTACCTCACTTTTTATACAAATTGACTAAACACTTTTAAACAAAATTCCGTGGTTTCTAAGTTGTATTATTTTTTTAATTC-GTTGATAAATTTAATTCTCAGTTGGTCGATAATTTTTTTTTCATTTTTTTAAAAACAAAATCTATTTGCAGACTTATTGGGAATATAAAAAGTTGTTTAATTTTGGATTGAACATTTTTCGCGCTAATTTTTGTAAATCATTTGTATCTATTTAATGTAAGTTATTAATTAGTAAAAATGTAATGAAATCAA]

[+] EMBL CD079297             [GAGGCCAGAATTCGGCACGAGGGAAAATAAACAAATGATTGCTTTTGTTTTATTTTCTCCATGTTCATTGTCAATTTACGAAAGTTTGTGTTTATATTAATTCTTCCATCACTTCCACATTTTATAACTGCGTTGTCTTTTTTGTTGAAAAGACTAACAGACTATTTCCGAAATACGATGTTGATTTACGCGTTACTTGCTTACTCACTTCACAATGATGCTTGAGTGTTTGTGTGAAAGGTGCATCTTCTTTTATTGACTAAAAAAGACAACTTACATTTTTCATATAAACTATTATGTCTTATTCATGTATTATCTTTCTGTTCTGTTCTTTTGGAATCTATCCTCAAATCTACTTGATTCATATGTGTATACCTTTGATAACAAGTAGTAGTGATTCATTTCGACTAATGGAATCCCTGATAAAATACTTTGTGTTATCTCAGTTCGTCAGAAGAGGGACGCTTTTGCTCTCTCTCTTTACAGTGGACCTGTAATCTATTTTTCGTATCATTTTTTTAACCATAAATAATTATGATCGGGATACACGTATAGGGATGTACAAAATACTTATATACAACTGAAATAGTACAGTATTGAATGCCATACGTGCACACAAATAAACACACTCAATACCTCTATAGCCCATTATAATTATTGGTCCTTAATATAATTGGTAATTNTCCGGTTTCTACAAATCATATTTTCAAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ]
[-] EMBL CD179796             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TTCTGTTCTGTTCTTTTGGAATCTATCCTCAAATCTACTTGATTCATATGTGTATACCTTTGATAACAAGTAGTAGTGATTCATTTCGACTAATGGAATCCCTGATAAAATACTTTGTGTTATCTCAGTTCGTCAGAAGAGGGACGCTTTTGCTCTCTCTCTTTACAGTGGACCTGTAATCTATTTTTCGTATCATTTTTTTAACCATAAATAATTATGATCGGGATACACGTATAGGGATGTACAAAATACTTATATACAACTGAAATAGTACAGTATTGAATGCCATACGTGCACACAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[-] EMBL CD179799             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AAATACTTTGTGTTATCTCAGTTCGTCAGAAGAGGGACGCTTTTGCTCTCTCTCTTTACAGTGGACCTGTAATCTATTTTTCGTATCATTTTTTTAACCATAAATAATTATGATCGGGATACACGTATAGGGATGTACAAAATACTTATATACAACTGAAATAGTACAGTATTGAATGCCATACGTGCACACAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[-] EMBL CD179797             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AGTTCGTCAGAAGAGGNACGCTTTTGCTCTCTCTCTTACCAGTGGACCTGTAATCTATTTTTCGTATCATTTTTTTAACCATAAATAATTATGATCGGGATACACGTATAGGGATGTACAAAATACTTATATACAACTGAAATAGTACAGTATTGAATGCCATACGTGCACACAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[-] EMBL CD179794             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CAGAAGAGGGACGCTTTTGCTCTCTCTCTTTACAGTGGACCTGTAATCTATTTTTCGTCTCATTTTTTTAACCATAAATAATTATGATCGGGATACACGTATAGGGATGTACAAAATACTTATATGCAACTGAAATAGTACAGTATTACATGCCATACGTGCACACAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[+] EMBL CD181584             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CGGGATACACGTATAGGGATGTACAAAATACTTATATACAACTGAAATAGTACAGTATTGAATGCCATACGTGCACACAAATAAACACACTCAATACCTCTATAGCCCATTATAATTATTGTTCCTTAATATAATTGGTAATTTTCCGGTTTCTACAAATCATATTTTCAAAAATACTACTATAAACCTTTACATGAATGTTTAAATTACTTGAGAGTACTTGTTACATACCATATATTTATTTATACAACAGATTTTTGACTGATTCAGTTTACATTTTTTTCGGATAAACTTATCTATACTGTTGTTGCCTATAGTCACAGTCTATGATTGTGCTTGTCTGTGCTTACATATATNGTCATTTCTGAGTATTACTATGTTCCGATTTA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ]
[-] EMBL CD073578             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CAGTCTATGATTGTGCTTGTCTGTGCTTACATATATGTTCATTCTTGAGTATTACTATGTTCCGATTTATTCACCGTAAATCAGCTTCCCATAATACTTACAGAGACCAGAAATCAAGTATTTTGTACAAATACACCTTAGTATTATTGTTTTTTTCTAAATTTCACACTATCCGATAAGAAATGAATTGATGATAATTAACCAGATAATTTTATTGGATTGATTCTCTCAGTACTCACTATTTCACCTGAACATAACTAAACATAACAACTATAATAATGCACGGAAAACACAATTACAGTTATATTTACCTGTTTTATTGCC TTGGC TTCCATTTCTTATATATGTATCTCTGTTCCTCTTTTACCTCACTTTTTATACAAATTGACTAAACACTTTTAAACAAAATTCCGTGGTTTCTAAGTTGTATTATTTTTTTAATTC GTTGATAAATTTAATTCTCAGTTGGTCGATAATTTTTTTTTCATTTTTTTAAAAACAAAATCTATTTGCAGACTTATTGGGAATATAAAAAGTTGTTTAATTTTGGATTGAACATTTTTCGCGCTAATTTTTGTAAATCATTTGTATCTATTTAATGTAAGTTATTAATTAGTAAAAATGTAATGAAATCAA]
[+] EMBL SMAA28924            [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CAGAAATCAAGTATTTTGTACAAATACACCTTAGTATTATTGTTTTTTTCTAAATTTCACACTATCCGATAAGAAATGAATTGATGATAATTAACCAGATAATTTTATTGGATTGATTCTCTCAGTACTCACTATTTCACCTGAACATAACTAAACATAACAACTATAATAATGCACGGAAAACACAATTACAGTTATATTTACCTGTTTTATTGCCGTTGGCTTTCCATTTCTTATATATGTATCTCTGTTCCTCTTTTACCTCACTTTTTATACAAATTGACTAAACACTTTTAAACAAAATTCCGTGGTTTCTAAGTTGTATTATTTTTTTAATTCGGTAGATAAATT                                                                                                                                                                                     ]


>consensus_9143#0 GAGGCCAGAATTCGGCACGAGGGAAAATAAACAAATGATTGCTTTTGTTTTATTTTCTCC ATGTTCATTGTCAATTTACGAAAGTTTGTGTTTATATTAATTCTTCCATCACTTCCACAT TTTATAACTGCGTTGTCTTTTTTGTTGAAAAGACTAACAGACTATTTCCGAAATACGATG TTGATTTACGCGTTACTTGCTTACTCACTTCACAATGATGCTTGAGTGTTTGTGTGAAAG GTGCATCTTCTTTTATTGACTAAAAAAGACAACTTACATTTTTCATATAAACTATTATGT CTTATTCATGTATTATCTTTCTGTTCTGTTCTTTTGGAATCTATCCTCAAATCTACTTGA TTCATATGTGTATACCTTTGATAACAAGTAGTAGTGATTCATTTCGACTAATGGAATCCC TGATAAAATACTTTGTGTTATCTCAGTTCGTCAGAAGAGGGACGCTTTTGCTCTCTCTCT TTACAGTGGACCTGTAATCTATTTTTCGTATCATTTTTTTAACCATAAATAATTATGATC GGGATACACGTATAGGGATGTACAAAATACTTATATACAACTGAAATAGTACAGTATTGA ATGCCATACGTGCACACAAATAAACACACTCAATACCTCTATAGCCCATTATAATTATTG GTCCTTAATATAATTGGTAATTNTCCGGTTTCTACAAATCATATTTTCAAAAATACTACT ATAAACCTTTACATGAATGTTTAAATTACTTGAGAGTACTTGTTACATACCATATATTTA TTTATACAACAGATTTTTGACTGATTCAGTTTACATTTTTTTCGGATAAACTTATCTATA CTGTTGTTGCCTATAGTCACAGTCTATGATTGTGCTTGTCTGTGCTTACATATATNGTCA TTTCTGAGTATTACTATGTTCCGATTTATTCACCGTAAATCAGCTTCCCATAATACTTAC AGAGACCAGAAATCAAGTATTTTGTACAAATACACCTTAGTATTATTGTTTTTTTCTAAA TTTCACACTATCCGATAAGAAATGAATTGATGATAATTAACCAGATAATTTTATTGGATT GATTCTCTCAGTACTCACTATTTCACCTGAACATAACTAAACATAACAACTATAATAATG CACGGAAAACACAATTACAGTTATATTTACCTGTTTTATTGCCTTGGCTTCCATTTCTTA TATATGTATCTCTGTTCCTCTTTTACCTCACTTTTTATACAAATTGACTAAACACTTTTA AACAAAATTCCGTGGTTTCTAAGTTGTATTATTTTTTTAATTCGTTGATAAATTTAATTC TCAGTTGGTCGATAATTTTTTTTTCATTTTTTTAAAAACAAAATCTATTTGCAGACTTAT TGGGAATATAAAAAGTTGTTTAATTTTGGATTGAACATTTTTCGCGCTAATTTTTGTAAA TCATTTGTATCTATTTAATGTAAGTTATTAATTAGTAAAAATGTAATGAAATCAA



clustalw multiple alignements is not computed in this case


Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)