cluster # 9177

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Schistosoma mansoni
cluster # 9177 cluster # 9177 Sequences # 8 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_9177#0 length = 461 sequences # 3

consensus_9177#1 length = 356 sequences # 3
consensus_9177#2 length = 316 sequences # 2

consensusID : consensus_9177#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 461
fasta sequence

                              [GGCCAGAATCGGCACGAGGGGGGATCTCATGAAGAATGGATCAGAGGATACTAAAAATTGAAGAGCATGTTAATGAGACTTTGAAAACGAACCTCAAAGGAACTTTAGATGCTGGGGACTTAGTGTATGGTCAAATTTCGGAATATTTAGAACTAAAAAACCTTATTGAGAAAATGAAGGATATCGATGTCCCTCAAAATAACTTAAAAACCAAAGTAAATGTCGGAAGCAATATTTATGTAAAT-GGATTAATTTATTC-TGTTGAACC-TATTGCAGTTGACATTGGTCTAGGATTTTACCTTGAGTGCAGTCATGTTGAAGCCTTAAATATTATTGATTCGCGCATCTCTATCCTAAACGGGCGTGCCGACATGTACAAGAAAAGAGCTAATTCTATAAAAGCTCAGATAAAGTTGTTTCTAGAAGGTCTCCGAAATCTCCAAAATATTAAACGGGACTGC]

[+] EMBL CD084145             [GGCCAGAATCGGCACGAGGGGGGATCTCATGAAGAATGGATCAGAGGATACTAAAAATTGAAGAGCATGTTAATGAGACTTTGAAAACGAACCTCAAAAAAACTTTAGATGCTGGGGACTTAGTGTATGGTCAAATTTCGGAATATTTAGAACTAAAAAACCTTATTGAGAAAATGAAGGATATCGATGTCCCTCAAAATAACTTAAAAACCAAAGTAAATGTCGGAAGCAATATTTATGTAAAT GGATTAATTTATTC TGTTGAACC TATTGCAGTTGACATTGGTCTAGGATTTTACCTTGAGTGCAGTCATGTTGAAGCCTTAAATATTATTGATTCGCGCATCTCTATCCTAAACGGGCGTGCCGACATGTACAAGAAAAGAGCTAATTCTATAAAAGCTCAGATAAAGTTGTTTCTAGAAGGTCTCCGAAATCTCCAAAATATTAAACGGGACTGC]
[+] EMBL CD167459             [                                                                                         tACCTTCAAGGAACTTTA ATGCTGGGGACTTAGTGTATGGTCAAATTTCGGAATATTTAGAACTAAAAAACCTTATTGAGAAAATGAAGGATATCGATGTCCCTCAAAATAACTTAAAAACCAAAGTAAATGTCGGAAGCAATATTTATGTAAAT GGATTAATTTATTC TGTTGAACC TATTGCAGTTGACATTGGTCTAGGATTct                                                                                                                                                                    ]
[+] EMBL CD167329             [                                                                                                  GGAACTTTAGATGCTGGGGAC TA TGTATGGTCAAATTTCGGAATATTTAGAACTAAAAAACCTTATTGAGAAAATGAAGGATATCGATGTCCCTCAAAATAACTTAAAAACCAAAGTAAATGTCGGAAGCAATATTTATGTAAATCGGATTAATTTATTCNTGTTGAACCNTATTGCA                                                                                                                                                                                          ]




>consensus_9177#0
GGCCAGAATCGGCACGAGGGGGGATCTCATGAAGAATGGATCAGAGGATACTAAAAATTG
AAGAGCATGTTAATGAGACTTTGAAAACGAACCTCAAAGGAACTTTAGATGCTGGGGACT
TAGTGTATGGTCAAATTTCGGAATATTTAGAACTAAAAAACCTTATTGAGAAAATGAAGG
ATATCGATGTCCCTCAAAATAACTTAAAAACCAAAGTAAATGTCGGAAGCAATATTTATG
TAAATGGATTAATTTATTCTGTTGAACCTATTGCAGTTGACATTGGTCTAGGATTTTACC
TTGAGTGCAGTCATGTTGAAGCCTTAAATATTATTGATTCGCGCATCTCTATCCTAAACG
GGCGTGCCGACATGTACAAGAAAAGAGCTAATTCTATAAAAGCTCAGATAAAGTTGTTTC
TAGAAGGTCTCCGAAATCTCCAAAATATTAAACGGGACTGC

consensusID : consensus_9177#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 356
fasta sequence

                              [CGTTACATGGTGACTTATTTATTATCTAGCTACCATTAATCCGATCCTTGGGGGATTCTCATGAAGAATGGATCAGAGGATACTAAAAATTGAAGAGCATGTTAATGAGACTTTGAAAACGAACCTCAAAAAAACTTTAGATGCTGGGGACTTAGTGTATGGTCAAATTTCGGAATATTTAGAACTAAAAAACCTTATTGAGAAAATGAAGGATATCGATGTCCCTCAAAATAACTTAAAAACCAAAGTAAATGTCGGAAGCATATTTATGTAAATGGATTAATTTATTCTGTTGAACCTATTGCAGTTGACATTGGTCTAGGATTTACCTTGAGTAAAGTTCCGTGAGCCGTCGG]

[-] EMBL CD167444             [CGTTACATG  GACTTATTTATTATCTAGCTACCATTAATCCGATCCTTGGGGGATTCTCATGAAGAATGGATCAGAGGATACTAAAAATTGAAGAGCATGTTAATGAGACTTTGAAAACGAACCTCAAAAAAACTTTAGATGCTGGGGACTTAGTGTATGGTCAAATTTCGGAATATTTAGAACTAAAAAACCTTGTTGAGAAAATGAAGGATATCGATGTCCCTCAAAATAACTTAAAAACCAAAGTAAATGTCGGAAGCATATTTATGTAAATGGATTAATTTATTCTGTTGAACCTATTGCAGTTGACATTGGTCTAGGATTTACCTTGAGTAAAGTTCCGTGAGCCGTCGG]
[-] EMBL CD167446             [CGTTACATGGTGACTTATTTATTATCTAGCTACCATTAATCCGATCCTTGGGGGATTCTCATGAAGAATGGATCAGAGGATACTAAAAATTGAAGAGCATGTTAATGAGACTTTGAAAACGAACCTCAAAAAAACTTTAGATGCTGGGGACTTAGCGTATGGTCAAATTTCGGAATATTTAGAACTAAAAAACCTTATTGAGAAAATGAAGGATATCGATGTCCCTCAAAATAACTTAAAAACCAAAGTAAATGTCGGAAGCATATTTATGTAAATGGATTAATTTATTCTGTTGAACCTATTGCAGTTGACATTGGTCTAGGATCTACCTTGAGTAAcg                ]
[-] EMBL CD128406             [CGTTACACGGTGACTTATTTATTATCTAGCTACCATTAATCCGATCCTTGGGGGATTCTCATGAAGAATGGATCAGAGGATACTAAAAATTGAAGAGCATGTTAATGAGACTTTGAAAACGAACCTGAAAAAAACTTTAGATGCTGGGGACTTAGTGTATGGTCAAATTTCGGAATATTTAGAACTAAAAAACCTTATTGAGAAAATGAAGGATATCGATGTCCCTCAAAATA                                                                                                                           ]




>consensus_9177#1
CGTTACATGGTGACTTATTTATTATCTAGCTACCATTAATCCGATCCTTGGGGGATTCTC
ATGAAGAATGGATCAGAGGATACTAAAAATTGAAGAGCATGTTAATGAGACTTTGAAAAC
GAACCTCAAAAAAACTTTAGATGCTGGGGACTTAGTGTATGGTCAAATTTCGGAATATTT
AGAACTAAAAAACCTTATTGAGAAAATGAAGGATATCGATGTCCCTCAAAATAACTTAAA
AACCAAAGTAAATGTCGGAAGCATATTTATGTAAATGGATTAATTTATTCTGTTGAACCT
ATTGCAGTTGACATTGGTCTAGGATTTACCTTGAGTAAAGTTCCGTGAGCCGTCGG

consensusID : consensus_9177#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 316
fasta sequence

                              [GTACCGACGGTTCACGGAACTTAGATGCTGGGGACTTAGTGTATGGTCAAATTTCGGAATATTTAGAACTAAAAAACCTTATTGAGAAAATGAAGGATATCGATGTCCCTCAAAATAACTTAAAAACCAAAGTAAATGTCGGAAGCAATATTTATGTGAATGGATTAATTTATTCTGTTGAACCTATTGCAGTTGACATTGGTCTAGGATTTTACCTTGAGTGCAGTCATGTTGAAGCCTTAAATATTATTGATTCGCGCATCTCTATCCTAAACGGGCGTGCCGACATGTACAAGAAAAGAGCTAATTCTATAAA]

[+] EMBL CD167436             [GTACCGACGGTTCACGGAACTTAGATGCTGGGGACTTAGTGTATGGTCAAATTTCGGAATATTTAGAACTAAAAAACCTTATTGAGAAAATGAAGGATATCGATGTCCCTCAAAATAACTTAAAAACCAAAGTAAATGTCGGAAGCAATATTTATGTGAATGGATTAATTTATTCTGTTGAACCTATTGCAGTTGACATTGGTCTAGGATTTTACCTTGAGTGCAGTCATGTTGAAGCCTTAAATATTATTGATTCGCGCATCTCTATCCTAAACGGGCGTGCCGACATGTACAAGAAAAGAGCTAATTCTATAAA]
[+] EMBL CD128468             [     GACGGCTCACGGAACTTAGATGCTGGGGAC TAGTGTATGGTCAAATTTCGGAATATTTAGAACTAAAAAACCTTATTGAGAAAATGAAGGATATCGATGTCCCTCAAAATAACTTAAAAACCAAAGTAAATGTCGGAAGCAATATTTATGTAAATGGATTAATTTATTCTGTTGAACCTATTGCAGTTGACATTGGTCTAGGATTT                                                                                                        ]




>consensus_9177#2
GTACCGACGGTTCACGGAACTTAGATGCTGGGGACTTAGTGTATGGTCAAATTTCGGAAT
ATTTAGAACTAAAAAACCTTATTGAGAAAATGAAGGATATCGATGTCCCTCAAAATAACT
TAAAAACCAAAGTAAATGTCGGAAGCAATATTTATGTGAATGGATTAATTTATTCTGTTG
AACCTATTGCAGTTGACATTGGTCTAGGATTTTACCTTGAGTGCAGTCATGTTGAAGCCT
TAAATATTATTGATTCGCGCATCTCTATCCTAAACGGGCGTGCCGACATGTACAAGAAAA
GAGCTAATTCTATAAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_9177#0      --------------------------------GGCCAGAATCGGCACGAGGGGGGATCTC 28
consensus_9177#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9177#1      CGTTACATGGTGACTTATTTATTATCTAGCTACCATTAATCCGATCCTTGGGGGATTCTC 60
                                                                                  

consensus_9177#0      ATGAAGAATGGATCAGAGGATACTAAAAATTGAAGAGCATGTTAATGAGACTTTGAAAAC 88
consensus_9177#2      -------------------------------------------------------GTACC 5
consensus_9177#1      ATGAAGAATGGATCAGAGGATACTAAAAATTGAAGAGCATGTTAATGAGACTTTGAAAAC 120
                                                                               * *

consensus_9177#0      GAACCTCAAAGGAACTTTAGATGCTGGGGACTTAGTGTATGGTCAAATTTCGGAATATTT 148
consensus_9177#2      GACGGTTCACGGAACTT-AGATGCTGGGGACTTAGTGTATGGTCAAATTTCGGAATATTT 64
consensus_9177#1      GAACCTCAAAAAAACTTTAGATGCTGGGGACTTAGTGTATGGTCAAATTTCGGAATATTT 180
                      **   *  *   ***** ******************************************

consensus_9177#0      AGAACTAAAAAACCTTATTGAGAAAATGAAGGATATCGATGTCCCTCAAAATAACTTAAA 208
consensus_9177#2      AGAACTAAAAAACCTTATTGAGAAAATGAAGGATATCGATGTCCCTCAAAATAACTTAAA 124
consensus_9177#1      AGAACTAAAAAACCTTATTGAGAAAATGAAGGATATCGATGTCCCTCAAAATAACTTAAA 240
                      ************************************************************

consensus_9177#0      AACCAAAGTAAATGTCGGAAGCAATATTTATGTAAATGGATTAATTTATTCTGTTGAACC 268
consensus_9177#2      AACCAAAGTAAATGTCGGAAGCAATATTTATGTGAATGGATTAATTTATTCTGTTGAACC 184
consensus_9177#1      AACCAAAGTAAATGTCGGAAGCA-TATTTATGTAAATGGATTAATTTATTCTGTTGAACC 299
                      *********************** ********* **************************

consensus_9177#0      TATTGCAGTTGACATTGGTCTAGGATTTTACCTTGAGTGCAGTCATGTTGAAGCCTTAAA 328
consensus_9177#2      TATTGCAGTTGACATTGGTCTAGGATTTTACCTTGAGTGCAGTCATGTTGAAGCCTTAAA 244
consensus_9177#1      TATTGCAGTTGACATTGGTCTAGGATTT-ACCTTGAGTAAAGTTCCGT--GAGCCGTCGG 356
                      **************************** *********  ***   **   **** *   

consensus_9177#0      TATTATTGATTCGCGCATCTCTATCCTAAACGGGCGTGCCGACATGTACAAGAAAAGAGC 388
consensus_9177#2      TATTATTGATTCGCGCATCTCTATCCTAAACGGGCGTGCCGACATGTACAAGAAAAGAGC 304
consensus_9177#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9177#0      TAATTCTATAAAAGCTCAGATAAAGTTGTTTCTAGAAGGTCTCCGAAATCTCCAAAATAT 448
consensus_9177#2      TAATTCTATAAA------------------------------------------------ 316
consensus_9177#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9177#0      TAAACGGGACTGC 461
consensus_9177#2      -------------
consensus_9177#1      -------------