cluster # 9178

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Schistosoma mansoni
cluster # 9178 cluster # 9178 Sequences # 8 consensus # 2

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consensus_9178#0 length = 1439 sequences # 7

consensus_9178#1 length = 446 sequences # 1

consensusID : consensus_9178#0
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NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 7
consensus length = 1439
fasta sequence

                              [AGTAGTATATTTAATTATTTTGATTACATTAAAATAGAATGTAGTATAGTCATGACTATCATCTTATTCATTATTACAATAAGATTGATTAATCAATATTCAATATTTAACAATTTATTAAAATCAATAATCAATAATAATCTTAAACTATATAATAATCAATAATAAAACAAAATAATCATTGAATATAGAACATAATTGATCCTGAATAGATTAAATTTGAAAAAAAAAGAAAAAACTTGTAGCCATGGCAACAATGAAAGTTTCTTATTCAAAATTAAATAATGAATAAATATGATGATGATGATAATTTTCATTTAATAATTCATAATCTAAAATATAAGTTACAATTTTACCTGGTTCAATGGTTACGATAACATTTTTTGACTTTAAATTACTTCTTCTATTACATGATTGTTTATTTTGAATAGTCTGACTATCATTGACATGAATCTCAGTAGGCCATTTTAATCGACGTGTTAATGCTTCACATTTTAATTCATCCCCTGTTAATGTCACTTCTTTCATTCCAATCACTTCGATACCTTTAATCAAATTGGTTAAATCTAAACTATGCGGTTTCCTTTCTAGGTCATTAGTAACTGTTTGTAAATTTTCTAGCCGTATTAAAATTTGATTTGGTACTTTTGGATCAGGTAATGAAACTCTATTTAAAGGCCATGAAGTTAAACTTAATAAATGAATATGATCTGGTAATGCAATGTTGATCCCTGTCCAACCATTCACTTGAATTGATTCTGGTTGATATTTAGCTTGGATAAATAATGGTATGATTGGTTTACTAATGATTTGAGAAGTTATTCTATCCTGTGATTCAATTATTTGTAATTCATCAAATCGGATTTTGTGTATTCCACGTACAATAAGACCTCGATGATCTAATCCATTCTCCATTAATGCTTCACTTACACCAAAACCATCATCACGTACTAAACGTCGATGTAGCATTAACTCTA-TTTGTCCATCTTTTAAACTTGTACCACCTTGAGCACGATCTGTATAAATAGCTAATCCTATAGGAATTTCATTATTCTCTATTTGACTTTCATTTGGTTTAGAAAGTAAAATATTTTTTAACATAATTCTATTGATAACAGGATAATAATTCCCAGATACATTTTCTGTTTCATTAAAAGTTATGGGAAGATTCCAATCAATTCTTTGATGACGTATTCGTTTGATTCAACGTCTACCAGATGAATCAGTGAAAAATTCACCTGGATTTTTCACCAACATATTATCATTATTCAGTGTATATCGTATCACCAATTCACGACTGTTTATATGTCCATCATCCGGTATAGGACCAGCTGTCCATTCTACCTCTAATTCTCCATTATTATAAAGGCGTACAACTAAAGATGCCCATGATGAATAAGTGAGATGAAATTCTTTGACACATGGTCCATCTATGACGT]

[+] EMBL CD073277             [AGTAGTATATTTAATTATTTTGATTACATTAAAATAGAATGTAGTATAGTCATGACTATCATCTTATTCATTATTACAATAAGATTGATTAATCAATATTCAATATTTAACAATTTATTAAAATCAATAATCAATAATAATCTTAAACTATATAATAATCAATAATAAAACAAAATAATCATTGAATATAGAACATAATTGATCCTGAATAGATTAAATTTGAAAAAAAAAGAAAAAACTTGTAGCCATGGCAACAATGAAAGTTTCTTATTCAAAATTAAATAATGAATAAATATGATGATGATGATAATTTTCATTTAATAATTCATAATCTAAAATATAAGTTACAATTTTACCTGGTTCAATGGTTACGATAACATTTTTTGACTTTAAATTACTTCTTCTATTACATGATTGTTTATTTTGAATAGTCTGACTATCATTGACATGAATCTCAGTAGGCCATTTTAATCGACGTGTTAATGCTTCACATTTTAATTCATCCCCTGTTAATGTCACTTCTTTCATTCCAATCACTTCGATACCTTTAATCAAATTGGTTAAATCTAAACTATGCGGTTTCCTTTCTAGGTCATTAGTAACTGTTTGTAAATTTTCTAGCCGTAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[+] EMBL SMT14470             [AGTAGTATATTTAATTATTTTGATTACATTAAAATAGAATGTAGTATAGTCATGACTATCATCTTATTCATTATTACAATAAGATTGATTAATCAATATTCAATATTTANCAATTTATTAAAATCAATAATCAATAATAATCTTAAACTATATAATANTCAATAATAAAACAAAATAATCATTGAATATNGNNCATAATTGANCCNGAATAGNTTAAATTTGAAAAAAAAAGGNAACACTTGTGGCCATGGCAACAATGAAAGTTTCTTATTCAAAAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ]
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[-] EMBL CD185504             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ATTGGTTANATCTAAACTATGCGGTTTCCTTTCTAGGTCATTAGTAACTGTTTGTAAATTTTCTAGCCGTATTAAAATTTGATTTGGTACTTTTGGATCAGGTAATGAAACTCTATTTAAAGGCCATGAAGTTAAACTTAATAAATGAATATGATCTGGTAATGCAATGTTGATCCCTGTCCAACCATTCACTTGAATTGATTCTGGTTGATATTTAGCTTGGATAAATAATGGTATGATTGGTTTACTAATGATTTGAGAAGTTATTCTATCCTGTGATTCAATTATTTGTAATTCATCAAATCGGATTTTGTGTATTCCACGTACAATAAGACCTCGATGATCTAATCCATTCTCCATTAATGCTTCACTTACACCAAAACCATCATCACGTACTAAACGTCGATGTAGCATTAACTCTA TTTGTCCATCTTTTAAACTTGTACCACCTTGAGCACGATCTGTATAAATAGCTAATCCTATAGGAATTTCATTATTCTCTATTTGACTTTCATTTGGTTTAGAAAGTAAAATATTTTTTAACATAAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[+] EMBL CD072626             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               CCAACCATTCACTTGAATTGTTTCTGGTTGATATTTAGCTTGGATAAATAATGCTATGATTGGTTTACTAATGATTTGAGAAGTTATTCTATCCTGTGATTCAATTATTTGTAATTCATCAAATCGGATTTTGTGTATTCCACGTACAATAAGACCTCGATGATCTAATCCATTCTCCATTAATGCTTCACTTACACCAAAACCATCATCACGTACTAAACGTCGATGTAGCATTAACTCTATTTTGTCCATCTTTTTAACTTGTACCcacatgg                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ]
[-] EMBL AI977373             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    AATGCTTCACTT CACCAGAACCATCATCACGTACTAAACGTCGATGTAGCATTAGCTCTA TTTGTCCATCTTTTAAACTTGTACCACCTTGAGCACGATCTGTATAAATAGCTAATCCTATAGGAATTTCATTATTCTCTATGTGACTTTCATTTGGTTTAGAAAGTAAAATATTTTTTAACATAATTCTATTGATAACAGGATAATAATTCCCAGATACATTTTCTGTTTCATTAAAAGTTATGGGAAGATTCCAATCAATTCTTTGATGACGTATTCGTTTGATTCAACGTCTACCAGATGAATCAGTGAAAAATTCACCTGGATTTTTCACCAACATATTATCATTATTCAGTGTATATCGTATCACCAATTCACGACTGTTTATATGTCCATCATCCGGTATAGGACCAGCTGTCCATTCTACCTCTAATTCTCCATTATTATAAAGGCGTACAACTAAAGATGCCCATGATGAATAAGTGAGATGAAATTCTTTGACACATGGTCCATCTATGACGT]




>consensus_9178#0
AGTAGTATATTTAATTATTTTGATTACATTAAAATAGAATGTAGTATAGTCATGACTATC
ATCTTATTCATTATTACAATAAGATTGATTAATCAATATTCAATATTTAACAATTTATTA
AAATCAATAATCAATAATAATCTTAAACTATATAATAATCAATAATAAAACAAAATAATC
ATTGAATATAGAACATAATTGATCCTGAATAGATTAAATTTGAAAAAAAAAGAAAAAACT
TGTAGCCATGGCAACAATGAAAGTTTCTTATTCAAAATTAAATAATGAATAAATATGATG
ATGATGATAATTTTCATTTAATAATTCATAATCTAAAATATAAGTTACAATTTTACCTGG
TTCAATGGTTACGATAACATTTTTTGACTTTAAATTACTTCTTCTATTACATGATTGTTT
ATTTTGAATAGTCTGACTATCATTGACATGAATCTCAGTAGGCCATTTTAATCGACGTGT
TAATGCTTCACATTTTAATTCATCCCCTGTTAATGTCACTTCTTTCATTCCAATCACTTC
GATACCTTTAATCAAATTGGTTAAATCTAAACTATGCGGTTTCCTTTCTAGGTCATTAGT
AACTGTTTGTAAATTTTCTAGCCGTATTAAAATTTGATTTGGTACTTTTGGATCAGGTAA
TGAAACTCTATTTAAAGGCCATGAAGTTAAACTTAATAAATGAATATGATCTGGTAATGC
AATGTTGATCCCTGTCCAACCATTCACTTGAATTGATTCTGGTTGATATTTAGCTTGGAT
AAATAATGGTATGATTGGTTTACTAATGATTTGAGAAGTTATTCTATCCTGTGATTCAAT
TATTTGTAATTCATCAAATCGGATTTTGTGTATTCCACGTACAATAAGACCTCGATGATC
TAATCCATTCTCCATTAATGCTTCACTTACACCAAAACCATCATCACGTACTAAACGTCG
ATGTAGCATTAACTCTATTTGTCCATCTTTTAAACTTGTACCACCTTGAGCACGATCTGT
ATAAATAGCTAATCCTATAGGAATTTCATTATTCTCTATTTGACTTTCATTTGGTTTAGA
AAGTAAAATATTTTTTAACATAATTCTATTGATAACAGGATAATAATTCCCAGATACATT
TTCTGTTTCATTAAAAGTTATGGGAAGATTCCAATCAATTCTTTGATGACGTATTCGTTT
GATTCAACGTCTACCAGATGAATCAGTGAAAAATTCACCTGGATTTTTCACCAACATATT
ATCATTATTCAGTGTATATCGTATCACCAATTCACGACTGTTTATATGTCCATCATCCGG
TATAGGACCAGCTGTCCATTCTACCTCTAATTCTCCATTATTATAAAGGCGTACAACTAA
AGATGCCCATGATGAATAAGTGAGATGAAATTCTTTGACACATGGTCCATCTATGACGT

consensusID : consensus_9178#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 446
fasta sequence

                              [GTTTGTAAATTTTCTAGCCGTATTAAAATTTGATTTGGTACTTTTGGATCAGGTAATGAAACTCTATTTAAAGGCCATGAAGTTAAACTTAATAAATGAATATGATCTGGTAATGCAATGTTGATCCCTGTCCAACCATTCACTTGAATTGATTCTGGTTGATATCTAGCTTGGATAAATAATGGTATGATTGGTTTACTAATGATTTGAGAAGTTATTCTATCCTGTGATTCAATTATTTGTAATTCATCAAATCGGATTTTGTGTATTCCACGTACAATAAGACCTCGATGATCTAATCCATTCTCCATTAATGCTTCACTTACACCAAAACCATCATCACGTACTAAACGTCGATGTAGCATTAACTCTATTTGTCCATCTTTTAAACTTGTACCACCTTCCCCCAGGTCATTAGTAACTGTTTGTAAATTTTCTAGCCGTAT]

[+] EMBL CD171048             [GTTTGTAAATTTTCTAGCCGTATTAAAATTTGATTTGGTACTTTTGGATCAGGTAATGAAACTCTATTTAAAGGCCATGAAGTTAAACTTAATAAATGAATATGATCTGGTAATGCAATGTTGATCCCTGTCCAACCATTCACTTGAATTGATTCTGGTTGATATCTAGCTTGGATAAATAATGGTATGATTGGTTTACTAATGATTTGAGAAGTTATTCTATCCTGTGATTCAATTATTTGTAATTCATCAAATCGGATTTTGTGTATTCCACGTACAATAAGACCTCGATGATCTAATCCATTCTCCATTAATGCTTCACTTACACCAAAACCATCATCACGTACTAAACGTCGATGTAGCATTAACTCTATTTGTCCATCTTTTAAACTTGTACCACCTTCCCCCAGGTCATTAGTAACTGTTTGTAAATTTTCTAGCCGTAT]




>consensus_9178#1
GTTTGTAAATTTTCTAGCCGTATTAAAATTTGATTTGGTACTTTTGGATCAGGTAATGAA
ACTCTATTTAAAGGCCATGAAGTTAAACTTAATAAATGAATATGATCTGGTAATGCAATG
TTGATCCCTGTCCAACCATTCACTTGAATTGATTCTGGTTGATATCTAGCTTGGATAAAT
AATGGTATGATTGGTTTACTAATGATTTGAGAAGTTATTCTATCCTGTGATTCAATTATT
TGTAATTCATCAAATCGGATTTTGTGTATTCCACGTACAATAAGACCTCGATGATCTAAT
CCATTCTCCATTAATGCTTCACTTACACCAAAACCATCATCACGTACTAAACGTCGATGT
AGCATTAACTCTATTTGTCCATCTTTTAAACTTGTACCACCTTCCCCCAGGTCATTAGTA
ACTGTTTGTAAATTTTCTAGCCGTAT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_9178#0      AGTAGTATATTTAATTATTTTGATTACATTAAAATAGAATGTAGTATAGTCATGACTATC 60
consensus_9178#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9178#0      ATCTTATTCATTATTACAATAAGATTGATTAATCAATATTCAATATTTAACAATTTATTA 120
consensus_9178#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9178#0      AAATCAATAATCAATAATAATCTTAAACTATATAATAATCAATAATAAAACAAAATAATC 180
consensus_9178#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9178#0      ATTGAATATAGAACATAATTGATCCTGAATAGATTAAATTTGAAAAAAAAAGAAAAAACT 240
consensus_9178#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9178#0      TGTAGCCATGGCAACAATGAAAGTTTCTTATTCAAAATTAAATAATGAATAAATATGATG 300
consensus_9178#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9178#0      ATGATGATAATTTTCATTTAATAATTCATAATCTAAAATATAAGTTACAATTTTACCTGG 360
consensus_9178#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9178#0      TTCAATGGTTACGATAACATTTTTTGACTTTAAATTACTTCTTCTATTACATGATTGTTT 420
consensus_9178#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9178#0      ATTTTGAATAGTCTGACTATCATTGACATGAATCTCAGTAGGCCATTTTAATCGACGTGT 480
consensus_9178#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9178#0      TAATGCTTCACATTTTAATTCATCCCCTGTTAATGTCACTTCTTTCATTCCAATCACTTC 540
consensus_9178#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9178#0      GATACCTTTAATCAAATTGGTTAAATCTAAACTATGCGGTTTCCTTTCTAGGTCATTAGT 600
consensus_9178#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9178#0      AACTGTTTGTAAATTTTCTAGCCGTATTAAAATTTGATTTGGTACTTTTGGATCAGGTAA 660
consensus_9178#1      ----GTTTGTAAATTTTCTAGCCGTATTAAAATTTGATTTGGTACTTTTGGATCAGGTAA 56
                          ********************************************************

consensus_9178#0      TGAAACTCTATTTAAAGGCCATGAAGTTAAACTTAATAAATGAATATGATCTGGTAATGC 720
consensus_9178#1      TGAAACTCTATTTAAAGGCCATGAAGTTAAACTTAATAAATGAATATGATCTGGTAATGC 116
                      ************************************************************

consensus_9178#0      AATGTTGATCCCTGTCCAACCATTCACTTGAATTGATTCTGGTTGATATTTAGCTTGGAT 780
consensus_9178#1      AATGTTGATCCCTGTCCAACCATTCACTTGAATTGATTCTGGTTGATATCTAGCTTGGAT 176
                      ************************************************* **********

consensus_9178#0      AAATAATGGTATGATTGGTTTACTAATGATTTGAGAAGTTATTCTATCCTGTGATTCAAT 840
consensus_9178#1      AAATAATGGTATGATTGGTTTACTAATGATTTGAGAAGTTATTCTATCCTGTGATTCAAT 236
                      ************************************************************

consensus_9178#0      TATTTGTAATTCATCAAATCGGATTTTGTGTATTCCACGTACAATAAGACCTCGATGATC 900
consensus_9178#1      TATTTGTAATTCATCAAATCGGATTTTGTGTATTCCACGTACAATAAGACCTCGATGATC 296
                      ************************************************************

consensus_9178#0      TAATCCATTCTCCATTAATGCTTCACTTACACCAAAACCATCATCACGTACTAAACGTCG 960
consensus_9178#1      TAATCCATTCTCCATTAATGCTTCACTTACACCAAAACCATCATCACGTACTAAACGTCG 356
                      ************************************************************

consensus_9178#0      ATGTAGCATTAACTCTATTTGTCCATCTTTTAAACTTGTACCACCTTGAGCACGATCTGT 1020
consensus_9178#1      ATGTAGCATTAACTCTATTTGTCCATCTTTTAAACTTGTACCACCTTCCCCCAGGTC--- 413
                      ***********************************************   *  * **   

consensus_9178#0      ATAAATAGCTAATCCTATAGGAATTTCATTATTCTCTATTTGACTTTCATTTGGTTTAGA 1080
consensus_9178#1      ATTAGTAACTGTTTGTA----AATTTTCTAGCCGTAT----------------------- 446
                      ** * ** **  *  **    *****  *     * *                       

consensus_9178#0      AAGTAAAATATTTTTTAACATAATTCTATTGATAACAGGATAATAATTCCCAGATACATT 1140
consensus_9178#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9178#0      TTCTGTTTCATTAAAAGTTATGGGAAGATTCCAATCAATTCTTTGATGACGTATTCGTTT 1200
consensus_9178#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9178#0      GATTCAACGTCTACCAGATGAATCAGTGAAAAATTCACCTGGATTTTTCACCAACATATT 1260
consensus_9178#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9178#0      ATCATTATTCAGTGTATATCGTATCACCAATTCACGACTGTTTATATGTCCATCATCCGG 1320
consensus_9178#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9178#0      TATAGGACCAGCTGTCCATTCTACCTCTAATTCTCCATTATTATAAAGGCGTACAACTAA 1380
consensus_9178#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9178#0      AGATGCCCATGATGAATAAGTGAGATGAAATTCTTTGACACATGGTCCATCTATGACGT 1439
consensus_9178#1      -----------------------------------------------------------