cluster # 9246

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Schistosoma mansoni
cluster # 9246 cluster # 9246 Sequences # 9 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_9246#0 length = 548 sequences # 2

consensus_9246#1 length = 451 sequences # 7

consensusID : consensus_9246#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 548
fasta sequence

                              [TTTGAAGACATCTGGGGTGGGCGTTTCGAATTTTTCGGGATGGAGTCTACTCCAGTTTGGGCACCATTTTTGGGTTTAATTGGATGTAGTTCGGCGATGATATTATGTGCACTTGGCGCTGGTTACGGCACTGCTTTTTCCGGTATGAGCATTTCATGCATTGCAGTATCCCGTCCTGATATCGTCATGAAGACTATAATACCAGTTGTAATGGCAGGAATAAATTGC-ATATATGGTCTTGTCGTTTCTGTACTAATTGCCCCAAGAATAGATGACAATTACACTCTATTCATGTGAGTTTTTGTCATCTCCAGTCATATATTCAGGTCAATTAACGATCTTTGTGCCGGTTTAAACGTGGGATTTANAGGACTAACTGCTGGCTACCCTATTGTGAAAAGAGGTGACGCTTGTGTACCAACAACTTTCAAGCAGCCAAGAATGTTCCGTTGGATGGTACTTACTTTAATCTTTTGCGGAGGAACTGGGACTTTATGAACTGATAGCCCTTTATATTTGTCGACTAAGTGATTTGACTTGAATAACTC]

[+] EMBL CD143033             [TTTGAAGACATCTGGGGTGGGCGTTTCGAATTTTTCGGGATGGAGTCTACTCCAGTTTGGGCACCATTTTTGGGTTTAATTGGATGTAGTTCGGCGATGATATTATGTGCACTTGGCGCTGGTTACGGCACTGCTTTTTCCGGTATGAGCATTTCATGCATTGCAGTATCCCGTCCTGATATCGTCATGAAGACTATAATACCAGTTGTAATGGCAGGAATAAATTGC ATATATGGTCTTGTCGTTTCTGTACT                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ]
[+] EMBL CD179820             [                     CGTTTCGAATTTTTCGGGATGGAGTCTACTCCAGTTTGGGCACCATTTTTGGGTTTAATTGGATGTAGTTCGGCGATGATATTATGTGCACTTGGCGCTGGTTACGGCACTGCTCTTTCCGGTATGAGCATTTCATGCATTGCAGTATCCCGTCCTGATATCGTCATGAAGACTATAATACCAGTTGTAATGGCAGGAAT AATTGCAATATATGGGCTTGTCGGTTCTGTACTAATTGCCCCAAGAATAGATGACAATTACACTCTATTCATGTGAGTTTTTGTCATCTCCAGTCATATATTCAGGTCAATTAACGATCTTTGTGCCGGTTTAAACGTGGGATTTANAGGACTAACTGCTGGCTACCCTATTGTGAAAAGAGGTGACGCTTGTGTACCAACAACTTTCAAGCAGCCAAGAATGTTCCGTTGGATGGTACTTACTTTAATCTTTTGCGGAGGAACTGGGACTTTATGAACTGATAGCCCTTTATATTTGTCGACTAAGTGATTTGACTTGAATAACTC]




>consensus_9246#0
TTTGAAGACATCTGGGGTGGGCGTTTCGAATTTTTCGGGATGGAGTCTACTCCAGTTTGG
GCACCATTTTTGGGTTTAATTGGATGTAGTTCGGCGATGATATTATGTGCACTTGGCGCT
GGTTACGGCACTGCTTTTTCCGGTATGAGCATTTCATGCATTGCAGTATCCCGTCCTGAT
ATCGTCATGAAGACTATAATACCAGTTGTAATGGCAGGAATAAATTGCATATATGGTCTT
GTCGTTTCTGTACTAATTGCCCCAAGAATAGATGACAATTACACTCTATTCATGTGAGTT
TTTGTCATCTCCAGTCATATATTCAGGTCAATTAACGATCTTTGTGCCGGTTTAAACGTG
GGATTTANAGGACTAACTGCTGGCTACCCTATTGTGAAAAGAGGTGACGCTTGTGTACCA
ACAACTTTCAAGCAGCCAAGAATGTTCCGTTGGATGGTACTTACTTTAATCTTTTGCGGA
GGAACTGGGACTTTATGAACTGATAGCCCTTTATATTTGTCGACTAAGTGATTTGACTTG
AATAACTC

consensusID : consensus_9246#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 7
consensus length = 451
fasta sequence

                              [TTTGAAGACATCTGGGGTGGGCGTTTCGAATTTTTCGGGATGGAGTCTACTCCAGTTTGGGCACCATTTTTGGGTTTAATTGGATGTAGTTCGGCGATGATATTATGTGCACTTGGCGCTGGTTACGGCACTGCTCTTTCCGGTATGAGCATTTCATGCATTGCAGTATCCCGTCCTGATATCGTCATGAAGACTATAATACCAGTTGTAATGGCAGGAATAATTGCAATATATGGTCTTGTCGTTTCTGTACTAATTGCTCAAAGAATAGATGACAATTACACTCTATTCATGTCAATTAACGATCTTGGTGCCGGTTTAAGCGTGGGATTCAGTGGACTAGCTGCTGGCTATGCTATTGGGAAAGTTGGTGACGCTGGTGTACGAGCAACTTCCAAGCAGCCAAGAATGTTCGTTGG-AATGGTACTTATTTTAATATTTGCGGAGGTGT]

[+] EMBL CD133994             [TTTGAAGACATCTGGGGTGGGCGTTTCGAATTTTTCGGGATGGAGTCTACTCCAGTTTGGGCACCATTTTTGGGTTTAATTGGATGTAGTTCGGCGATGATATTATGTGCACTTGGCGCTGGTTACGGCACTGCTCTTTCCGGTATGAGCATTTCATGCATTGCAGTATCCCGTCCTGATATCGTCATGAAGACTATAATACCAGTTGTAATGGCAGGAATAATTGCAATATATGGTCTTGTCGTTTCTGTACTAATTGCTCAAAGAATAGATGACAATTACACTCTATTCATGTCAATTAACGATCTTGGTGCCGGTTTAAGCGTGGGATTCAGTGGACTAGCTGCTGGCTATGCTATTGGGAAAGTTGGTGACGCTGGTGTACGAGCAACTTCCAAGCAGCCAAGAATGTTCGTTGG AATGGT                          ]
[-] EMBL CD162764             [                  GGGCGTTTCGAATTTTTCGGGATGGAGTCTACTCCAGTTTGGGCACCATTTTTGGGTTTAATTGGATGTAGTTCGGCGATGATATTATGTGCACTTGGCGCTGGTTACGGCACTGCTCTTTCCGGTATGAGCATTTCATGCATTGCGGTATCCCGTCCTGATATCGTCATGAAGACTATAATACCAGTTGTAATGGCAGGAATAATTGCAATATATGGTCTTGTCGTTTCTGTACTAATTGCCCAAAGAATAGATGACAATTACACTCTATTCATGTCAATTAACGATCTTGGTGCCGGTTTAAGCGTGGGATTCAGTGGACTAGCTGCTGGCTACGCTATTGGGAAAG                                                                                     ]
[+] EMBL CD180710             [                    GCGTTTCGAATTTTTCGGGATGGAGTCTACTCCAGTTTGGGCACCATTTTTGGGTTTAATTGGATGTAGTTCGGCGATGATATTATGTGCACTTGGCGCTGGTTACGGCACTGCTCTTTCCGGTATGAGCATTTCATGCATTGCAGTATCCCGTCCTGATATCGTCATGAAGACTATAATACCAGTTGTAATGGCAGGAATAATTGCAATATATGGTCTTGTCGTTTCTGTACTAATTGCCCAAAGAATAGATGACAATTACACTCTATTCATGTCAATTAACGATCTTGGTGCCGGTTTAAGCGTGGGATTCAGTGGACTAGCTGCTGGCTACGCTATTGGGAAA                                                                                      ]
[+] EMBL CD179818             [                     CGTTTCGAATTTTTCGGGATGGAGTCTACTCCAGTTTGGGCACCATTTTTGGGTTTAATTGGATGTAGTTCGGCGATGATATTATGTGCACTTGGCGCTGGTTACGGCACTGCTCTTTCCGGTATGAGCA                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[-] EMBL CD095267             [                          CGAATTTTTCGGGATGGAGTCTACTCCAGTTTGGGCACCATTTTTGGGTTTAATTGGATGTAGTTCGGCGATGATATTATGTGCACTTGGCGCTGGTTACGGCACTGCTCTTTCCGGTATGAGCATTTCATGCATTGCAGTATCCCGTCCTGATATCGTCATGAAGACTATAATACCAGTTGTAATGGCAGGAATAATTGCAATATATGGTCTTGTCGTTTCTGTACTAATTGCCCAAAGAATAGATGACAATTACACTCTATTCATGTCAATTAACGATCTTGGTGCCGGTTTAAGCGTGGGATTCAGTGGACTAGCTGCCGGCTACGCTATTGGGAAAGTTGGTGACGCTGGTGTACGAGCAACTTCCAAGCAGCCAAGAATGTTCGCTGG AATGGTACTTATTT                  ]
[-] EMBL CD133270             [                             ATTTTTCGGGATGGAGTCTACTCCAGTTTGGGCACCATTTTTGGGTTTAATTGGATGTAGTTCGGCGATGATATTATGTGCACTTGGCGCTGGTTACGGCACTGCTCTTTCCGGTATGAGCATTTCATGCATTGCAGTATCCCGTCCTGATATCGTCATGAAGACTATAATACCAGTTGTAATGGCAGGAATAATTGCAATATATGGTCTTGTCGTTTCTGTACTAATTGCTCAAAGAATAGATGACAATTACACTCTATTCATGTCAATTAACGATCTTGGTGCCGGTTTAAGCGTGGGATTCAGTGGACTAGCTGCTGGCTATGCTATTGGGAAAGTTGGTGACGCTGGTGTACGAGCCACTTCCAAGCAGCCAAGAATGTTCGTTGG AATGGGACTTATTTTAATATTTGCGGAGGTGT]
[+] EMBL CD133537             [                             ATTTTTCGGGATGGAGTCTACTCCAGTTTGGGCACCATTTTTGGGTTTAATTGGATGTAGTTCGGCGATGATATTATGTGCACTTGGCGCTGGTTACGGCACTGCTCTTTCCGGTATGAGCATTTCATGCATTGCAGTATCCCGTCCTGATATCGTCATGAAGACTATAATACCAGTTGTAATGGCAGGAATAATTGCAATATATGGTCTTGTCGTTTCTGTACTAATTGCTCAAAGAATAGATGACAATTACACTCTATTCATGTCAATTAACGATCTTGGTGCCGGTTTAAGCGTGGGATTCAGTGGACTAGCTGCTGGCTATACTATTGGGAAAGTTGGTGACGCTGGTGTACAATCAACTTCCAAGCATACATGAATGTTCGCTGGAAATGG ACTTATATTAAGCTTTGCAGAGG   ]




>consensus_9246#1
TTTGAAGACATCTGGGGTGGGCGTTTCGAATTTTTCGGGATGGAGTCTACTCCAGTTTGG
GCACCATTTTTGGGTTTAATTGGATGTAGTTCGGCGATGATATTATGTGCACTTGGCGCT
GGTTACGGCACTGCTCTTTCCGGTATGAGCATTTCATGCATTGCAGTATCCCGTCCTGAT
ATCGTCATGAAGACTATAATACCAGTTGTAATGGCAGGAATAATTGCAATATATGGTCTT
GTCGTTTCTGTACTAATTGCTCAAAGAATAGATGACAATTACACTCTATTCATGTCAATT
AACGATCTTGGTGCCGGTTTAAGCGTGGGATTCAGTGGACTAGCTGCTGGCTATGCTATT
GGGAAAGTTGGTGACGCTGGTGTACGAGCAACTTCCAAGCAGCCAAGAATGTTCGTTGGA
ATGGTACTTATTTTAATATTTGCGGAGGTGT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_9246#0      TTTGAAGACATCTGGGGTGGGCGTTTCGAATTTTTCGGGATGGAGTCTACTCCAGTTTGG 60
consensus_9246#1      TTTGAAGACATCTGGGGTGGGCGTTTCGAATTTTTCGGGATGGAGTCTACTCCAGTTTGG 60
                      ************************************************************

consensus_9246#0      GCACCATTTTTGGGTTTAATTGGATGTAGTTCGGCGATGATATTATGTGCACTTGGCGCT 120
consensus_9246#1      GCACCATTTTTGGGTTTAATTGGATGTAGTTCGGCGATGATATTATGTGCACTTGGCGCT 120
                      ************************************************************

consensus_9246#0      GGTTACGGCACTGCTTTTTCCGGTATGAGCATTTCATGCATTGCAGTATCCCGTCCTGAT 180
consensus_9246#1      GGTTACGGCACTGCTCTTTCCGGTATGAGCATTTCATGCATTGCAGTATCCCGTCCTGAT 180
                      *************** ********************************************

consensus_9246#0      ATCGTCATGAAGACTATAATACCAGTTGTAATGGCAGGAATAAATTGCATATATGGTCTT 240
consensus_9246#1      ATCGTCATGAAGACTATAATACCAGTTGTAATGGCAGGAATAATTGCAATATATGGTCTT 240
                      ******************************************* *   ************

consensus_9246#0      GTCGTTTCTGTACTAATTGCCCCAAGAATAGATGACAATTACACTCTATTCATGTGAGTT 300
consensus_9246#1      GTCGTTTCTGTACTAATTGCTCAAAGAATAGATGACAATTACACTCTATTCATGT----- 295
                      ******************** * ********************************     

consensus_9246#0      TTTGTCATCTCCAGTCATATATTCAGGTCAATTAACGATCTTTGTGCCGGTTTAAACGTG 360
consensus_9246#1      ----------------------------CAATTAACGATCTTGGTGCCGGTTTAAGCGTG 327
                                                  ************** ************ ****

consensus_9246#0      GGATTTANAGGACTAACTGCTGGCTACCCTATTGTGAAAAGAGGTGACGCTTGTGTACCA 420
consensus_9246#1      GGATTCAGTGGACTAGCTGCTGGCTATGCTATTGGGAAAGTTGGTGACGCTGGTGTACGA 387
                      ***** *  ****** **********  ****** ****   ********* ****** *

consensus_9246#0      ACAACTTTCAAGCAGCCAAGAATGTTCCGTTGGATGGTACTTACTTTAATCTTTTGCGGA 480
consensus_9246#1      GCAACTTCCAAGCAGCCAAGAATGTTCGTTGGAATGGTACTTATTTTAATATTT-GCGGA 446
                       ****** *******************  * * ********** ****** *** *****

consensus_9246#0      GGAACTGGGACTTTATGAACTGATAGCCCTTTATATTTGTCGACTAAGTGATTTGACTTG 540
consensus_9246#1      GGTGT------------------------------------------------------- 451
                      **                                                          

consensus_9246#0      AATAACTC 548
consensus_9246#1      --------