cluster # 9249

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Schistosoma mansoni
cluster # 9249 cluster # 9249 Sequences # 9 consensus # 2

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consensus_9249#0 length = 761 sequences # 5

consensus_9249#1 length = 618 sequences # 4

consensusID : consensus_9249#0
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Sequences nbr = 5
consensus length = 761
fasta sequence

                              [NAATTTTTGCCGAGGNATCGAAAACAAAACGTTAGTTGTATTCTTTTTGTTATATTAATACTAATTTCTGTTTAACTTTGAGAATGTATTGTTTTACTTTTGTTTTCTATAGTTCTTGTGTGTTGTTCCCCATGATCTATGTAACAGAGGGCGTTCGTTGTGTACTTATAAACAGAACTCTTTTTTGACCTGATCTTCAACCTTCTTTCCAATACTTAGAGGTTTTTTTCAATTTGGGTATTTTTTTTCCTTCTGTTGCACACTACGTTAGTCACTTCATTCTTTTATAGTATGATAACAAACTGGACTGCTTTTCCGGACAAAATTCATTGATACCTTTAACAACAACAAACTTAATGCATTTCACAACACTTTTTATTTTAGGCTTCTTAAGACGGATCGACTATAGTGTTTTTCTTTACTTACCGAGTTGAGTTTTGTGTTTTCTGATCATTGATAATTGGTGGGCAAGTTATTATCTGCCAATTTATTTTTTTCTGTATGTGTAAGACAAAACACCAAAACAAAATCCTA-TCAACCTGA-GGTTGTTTTGTTTTGCAATGCATCAGGTTTTCGCATAATTACTCACATGTGTAATATTTTACAGAATTACACGTAAAAAAATTGAGACTAATTCAATTGAAAAAAAACAATTTTAGAACTTGTGATTTTATCTTTTGTTCTTTGTCGTATTTCACTATGAAGTGTTTTATGCTTATGTTGGC-ATAATAATGTTTGC-AACATCATTAGTAATACAGTTG]

[+] EMBL CD080799             [NAATTTTTGCCGAGGNATCGAAAACAAAACGTTAGTTGTATTCTTTTTGTTATATTAATACTAATTTCTGTTTAACTTTGAGAATGTATTGTTTTACTTTTGTTTTCTATAGTTCTTGTGTGTTGTTCCCCATGATCTATGTAACAGAGGGCGTTCGTTGTGTACTTATAAACAGAACTCTTTTTTGACCTGATCTTCAACCTTCTTTCCAATACTTAGAGGTTTTTTTCAATTTGGGTATTTTTTTTCCTTCTGTTGCACACTACGTTAGTCACTTCATTCTTTTATAGTATGATAACAAACTGGACTGCTTTTCCGGACAAAATTCATTGATACCTTTAACAACAACAAACTTAATGCATTTCACAACACTTTTTATTTTAGGCTTCTTAAGACGGATCGACTATAGTGTTTTTCTTTACTTACCGAGTTGAGTTTTGTGTTTTCTGATCATTGATAATTGGTGGGCAAGTTATTATCTGCCAATTTATTTTTTTCTGTATGTGTAAGACAAAACACCAAAACAAAATCCTATTCAACCTGAGGGTTGTTTTGTTTTGCAATGCATCAGGTTTTCGCATAATTACTCACATGTGTAATATTTTACAGAATTACACGTAAAAAAATTGAGACTAATTCAATTGAAAAAAAACAATTTTAGAACTTGTGATTNTATCTTTTGTTCTTTGGCGTATTTCACTATGAAGTGTTTTATGCTTATGTTGGC ATAATAATGTTTGC AACATCATTAGTAATACAGT  ]
[+] EMBL CD080713             [ aactcggctCGAGGAACTGAAAACAAAACGTTAGTTGTATTCTTTTTGTTATATTAATACTAATTTCTGTTTAACTTTGAGAATGTATTGTTTTACTTTTGTTTTCTATAGTTCTTGTGTGTTGTTCCCCATGATCTATGTAACAGAGGGCGTTCGTTGTGTACTTATAAACAGAACTCTTTTTTGACCTGATCTTCAACCTTCTTTCCAATACTTAGAGGTTTTTTTCAATTTGGGTATTTTTTTTCCTTCTGTTGCACACTACGTTAGTCACTTCATTCTTTTATAGTATGATAACAAACTGGACTGCTTTTCCGGACAAAATTCATTGATACCTTTAACAACAACAAACTTAATGCATTTCACAACACTTTTTATTTTAGGCTTCTTAAGACGGATCGACTATAGTGTTTTTCTTTACTTACCGAGTTGAGTTTTGTGTTTTCTGATCATTGATAATTGGTGGGCAAGTTATTATCTGCCAATTTATTTTTTTCTGTATGTGTAAGACAAAACACCAAAACAAAATCCTA TCAACCTGA GGTTGTTTTGTTTTGCAATGCATCAGGTTTTCGCATAATTACTCACATGTGTAATATTTTACAGAATTACACGTAAAAAAATTGAGACTAATTCAATTGAAAAAAAACAATTNTAGAACTTGTGATTTTATCTTTTGTTCTTTGTCGTA TTCACTATGAAGTG TTTATGCTTATGTTGGC ATAAATATGTTTGC AACATCATTAGTAATACAGT  ]
[-] EMBL CD077271             [                                                                                                                                                                                           ACCTGATCTTCAACCTTCTTTCCAATACTTAGAGGTTTTTTTCAATTTGGGTATTTTTTTTCCTTCTGTTGCACACTACGTTAGTCACTTCATTCTTTTATAGTATGATAACAAACTGGACTGCTTTTCCGGACAAAATTCATTGATACCTTTAACAACAACAAACTTAATGCATTTCACAACACTTTTTATTTTAGGCTTCTTAAGACGGATCGACTATAGTGTTTTTCTTTACTTACCGAGTTGAGTTTTGTGTTTTCTGATCATTGATAATTGGTGGGCAAGTTATTATCTGCCAATTTATTTTTTTCTGTATGTGTAAGACAAAACACCAAAACAAAATCCTA TCAACCTGA GGTTGTTTTGTTTTGCAATGCATCAGGTTTTCGCATAATTACTCACATGTGTAATATTTTACAGAATTACACGTAAAAAAATTGAGACTAATTCAATTGAAAAAAAACAATTTTA                                                                                                         ]
[-] EMBL CD074638             [                                                                                                                                                                                                                              TTTTTTTCAATTTGGGTATTTTTTTTCCTTCTGTTGCACACTACGTTAGTCACTTCATTCTTTTATAGTATGATAACAAACTGGACTGCTTTTCCGGACAAAATTCATTGATCCCTTTACCACCAACAAACTTAATGCATTTCACAACACTTTTTATTTTAGGCTTCTTAAGACGGATCGACTATAGTGTTTTTCTTTACTTACCGAGTTGAGTTTTGTGTTTTCTGATCATTGATAATTGGTGGGCAAGTTATTATCTGCCAATTTATTTTTTTCTGTATGTGTAAGCCAAAACCCCAAACCAAAATCCTA TCAACCTGA GGTTGTTTTGTTTTGCAATGCATCAGGTTTTCGCATAATTACTCACATGTGTAATATTTTCCAGAATTACACGTAAAAAAATTGAGACTAATTCAATTGAAAAAAACCAATTTTAGAACTTGTGATTTTATCTTTTGTTCTTTGTCGTATTTCACTATGAAGTGTTTTATGCTTATGTTGGCAATAATAATGTTTGCAAACATCATTAGTAATCCAagtg]
[-] EMBL CD132318             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TTTTCTTTACTTACCGAGTTGAGTTTTGTGTTTTCTGATCATTGATAATTGGTGGGCAAGTTATTATCTGCCAATTTATTTTTTTCTGTATGTGTAAGACAAAACACCAAAACAAAATCCTA TCAACCTGA GGTTGTTTCGTTTTGCAATGCATCAGGTTTTCGCATAATTACTCACATGTGTAATATTTTACAGAATTACACGTAAAAAAATTGAGACTAATTCAATTGAAAAAAAACAATTTTAAAACTTGTGATTTTATCTTTTGTTCTTTGTCGTATTTCACTATGAAGTGTTTTATGCTTATGTTGGCAATAATAATGTTTGCAAACATCAT              ]




>consensus_9249#0
NAATTTTTGCCGAGGNATCGAAAACAAAACGTTAGTTGTATTCTTTTTGTTATATTAATA
CTAATTTCTGTTTAACTTTGAGAATGTATTGTTTTACTTTTGTTTTCTATAGTTCTTGTG
TGTTGTTCCCCATGATCTATGTAACAGAGGGCGTTCGTTGTGTACTTATAAACAGAACTC
TTTTTTGACCTGATCTTCAACCTTCTTTCCAATACTTAGAGGTTTTTTTCAATTTGGGTA
TTTTTTTTCCTTCTGTTGCACACTACGTTAGTCACTTCATTCTTTTATAGTATGATAACA
AACTGGACTGCTTTTCCGGACAAAATTCATTGATACCTTTAACAACAACAAACTTAATGC
ATTTCACAACACTTTTTATTTTAGGCTTCTTAAGACGGATCGACTATAGTGTTTTTCTTT
ACTTACCGAGTTGAGTTTTGTGTTTTCTGATCATTGATAATTGGTGGGCAAGTTATTATC
TGCCAATTTATTTTTTTCTGTATGTGTAAGACAAAACACCAAAACAAAATCCTATCAACC
TGAGGTTGTTTTGTTTTGCAATGCATCAGGTTTTCGCATAATTACTCACATGTGTAATAT
TTTACAGAATTACACGTAAAAAAATTGAGACTAATTCAATTGAAAAAAAACAATTTTAGA
ACTTGTGATTTTATCTTTTGTTCTTTGTCGTATTTCACTATGAAGTGTTTTATGCTTATG
TTGGCATAATAATGTTTGCAACATCATTAGTAATACAGTTG

consensusID : consensus_9249#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 4
consensus length = 618
fasta sequence

                              [TTTCTCTATT-TGGTGCATTTCTTATAAGTTTGCTTTGTGTTTTACAACAACTATTGCTGCTATGAACACTACTACTATTACTACCAAGTCTGTCTATTTGTTTACGGCTCAACCCACTAATGAATAATGTGACTTTGCTAGAATAAAAATAAAAAAGACTGTTAATTATGTTTAAATGCCCGGTTAAATTAAAAATAAGAAATCTATTGTGTATTTACAGTATATAAAGTAGAGTGTATTTTATTTCAGAGAAAACTCCGGGTTATTGAATAGTGCTAAAAAAGCAGTGATGATTATATAATAAAAAGAAGTTTGTAATCCATTAAATTCTTCATTGAAAACAAAACGTTAGTTGTATTCTTTTTGTTATATTAATACTAATTTCTGTTTAACTTTGAGAATGTATTGTTTTACTTTTGTTTTCTATAGTTCTTGTGTGTTGTTCCCCATGATCTATGTAACAGAGGGCGTTCGTTGTGTACTTATAAACAGAACTCTTTTTTGACCTGATCTTCAACCTTCTTTCCAATACTTAGAGGTTNTTTTCAATTTGGGTATTTTTTTTCCTTCTGTTGCACACTACGTTAGTCACTTCATTCTTTTATAGTATGAAAACAA]

[+] EMBL CD072260             [ TTCTCTATT TGGTGCATTTCTTATAAGTTTGCTTTGTGTTTTACAACAACTATTGCTGCTATGAACACTACTACTATTACTACCAAGTCTGTCTATTTGTTTACGGCTCAACCCACTAATGAATAATGTGACTTTGCTAGAAT AAAAT AAAAAGACTGTTAATTATGTTTAAATGCCCGGTTAAATTAAAAAT AGAAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ]
[+] EMBL CD084155             [tgaCTCTATTCTGGTGCATTTCTTATAAGTTTGCTTTGTGTTTGACAACAACTATTGCTGCTATGAACACTACTACTATTACTACCAAGTCTGTCTATTTGTTTACGGCTCAACCCACTAATGAATAATGTGACTTTGCTAGAATAGAAATAAAAAAGACTGTTAATTATGTTTAAATGCCCGGTTAACTTAAAAATAAGAAATCTATTGTGTATGTACAGTATATAAAGTAGAGTGTATTTTATTTCAGAGAAAACTCCGGGTTATTGAATAGTGCTAAAAAAGCAGTGATGATTATATAATAAAAAGAAGTCTGTAATCCATTAAATTCTT                                                                                                                                                                                                                                                                                              ]
[+] EMBL AI977089             [                                gcacgagGTTTTACAACAACTATTGCTGCTATGAACACTACTACTATTACTACCAAGTCTGTCTATTTGTTTACGGCTCAACCCACTAATGAATAATGTGACTTTGCTAGAATAAAAATAAAAAAGACTGTTAATTATGTTTAAATGCCCGGTTAAATTAAAAATAAGAAATCTATTGTGTATTTACAGTATATAAAGTAGAGTGTATTTTATTTCAGAGAAAACTCCGGGTTATTGAATAGTGCTAAAAAAGCAGTGATGATTATATAATAAAAAGAAGTTTGTAATCCATTAAATTCTTCATTGAAAACAAAACGTTAGTTGTATTCTTTTTGTTATATTAATACTAATTTCTGTTTAACTTTGAGAATGTATTGTTTTACTTTTGTTTTCTATAGTTCTTGTGTGTTGTTCCCCATGATCTATGTAACAGAGGGCGTTCGTTGTGTACTTATAAACAGAACTCTTTTTTGACCTGATCTTCAACCTTCTTTCCAATACTTAGAGGTTNTTTTCAATTTGGGTATTTTTTTTCCTTCTGTTGCACACTACGTTAGTCACTTCATTCTTTTATAGTATGAAAACAA]
[+] EMBL CD084102             [                                                                                                                                                                                                             cgagGTGTATTTACAGTATATAAAGTAGAGTGTATTTTATTTCAGAGAAAACTCCGGGTTATTGAATAGTGCTAAAAAAGCAGTGATGATTATATAATAAAAAGAAGTTTGTAATCCATTAAATTCTTCATTGAAAACAAAACGTTAGTTGTATTCTTTTTGTTATATTAATACTAATTTCTGTTTAACTTTGAGAATGTATTGTTTTACTTTTGTTTTCTATAGTTCTTGTGTGTTGTTCCCCATGATCTATGTAACAGAGGGCGTTCGTTGTGTACTTATAAACAGAACTCTTTTTTGACCTGATCTTCAACCTTCTTTCCAATACTTAGAGGTTTTTTTCAATTTGGGTATTTTTTTTCCTTCTGTTGCACACTACGTTAGTCACTTCATTCTTTTATAG           ]




>consensus_9249#1
TTTCTCTATTTGGTGCATTTCTTATAAGTTTGCTTTGTGTTTTACAACAACTATTGCTGC
TATGAACACTACTACTATTACTACCAAGTCTGTCTATTTGTTTACGGCTCAACCCACTAA
TGAATAATGTGACTTTGCTAGAATAAAAATAAAAAAGACTGTTAATTATGTTTAAATGCC
CGGTTAAATTAAAAATAAGAAATCTATTGTGTATTTACAGTATATAAAGTAGAGTGTATT
TTATTTCAGAGAAAACTCCGGGTTATTGAATAGTGCTAAAAAAGCAGTGATGATTATATA
ATAAAAAGAAGTTTGTAATCCATTAAATTCTTCATTGAAAACAAAACGTTAGTTGTATTC
TTTTTGTTATATTAATACTAATTTCTGTTTAACTTTGAGAATGTATTGTTTTACTTTTGT
TTTCTATAGTTCTTGTGTGTTGTTCCCCATGATCTATGTAACAGAGGGCGTTCGTTGTGT
ACTTATAAACAGAACTCTTTTTTGACCTGATCTTCAACCTTCTTTCCAATACTTAGAGGT
TNTTTTCAATTTGGGTATTTTTTTTCCTTCTGTTGCACACTACGTTAGTCACTTCATTCT
TTTATAGTATGAAAACAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_9249#0      NAATTTTTGCCGAGGNATCGAAAACAAAACGTTAGTTGTATTCTTTTTGTTATATTAATA 60
consensus_9249#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9249#0      CTAATTTCTGTTTAACTTTGAGAATGTATTGTTTTACTTTTGTTTTCTATAGTTCTTGTG 120
consensus_9249#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9249#0      TGTTGTTCCCCATGATCTATGTAACAGAGGGCGTTCGTTGTGTACTTATAAACAGAACTC 180
consensus_9249#1      --TTTCTCTATTTGGTGCATTTCTTATAAG---TTTGCTTTGTGTTTTACAACA--ACTA 53
                        **  **    ** *  ** *   * * *   ** * * ***  **   ****  *** 

consensus_9249#0      TTTTTTGACCTGATCTTCAACCTTCTTTCCAATACTTAGAGGTTTTTTTCAATTTGGGTA 240
consensus_9249#1      TTGCT-------GCTATGAACACTACTACTATTACTACCAAGTCTGTCT--ATTTGTTTA 104
                      **  *           * ***  *  * * * ****   * ** * * *  *****  **

consensus_9249#0      TTTTTTTTCCTTCTGTTGCACACTACGTTAGTCACTTCATTCTTTTATAGTATGATAACA 300
consensus_9249#1      CGGCTCAACCCACTAATGAATAATGTGA-------------CTTTGCTAGAATAAAAATA 151
                          *   **  **  ** * * *  *              ****  *** ** * ** *

consensus_9249#0      AACTGGACTGCTTTTCCGGACAAAATTCATTGATACCTTTAACAACAACAAACTTAATGC 360
consensus_9249#1      AAAAAGACTGTTAATTATGTTTAAATGC-CCGGTTAAATTAAAAATAAGAAATCTATTGT 210
                      **   ***** *  *   *   **** *   * *    **** ** ** ***  ** ** 

consensus_9249#0      AT-TTCACAACACTTTTTATTTTAGGCTTCTTAAGACGGATCGACTATAGTGTTTTTCTT 419
consensus_9249#1      GTATTTACAGTATATAAAGTAGAGTGTATTTTATTTCAGAGAAAACTCCGGGTTATTGAA 270
                       * ** ***  *  *    *     *  * ***   * **   *     * *** **   

consensus_9249#0      TACTTACCGAGTTGAGTTTTGTGTTTTCTGATCATTGATAATTGGTGGGC----AAGTTA 475
consensus_9249#1      TAGTGCTAAAAAAGCAGTGATGATTATATAATAAAAAGAAGTTTGTAATCCATTAAATTC 330
                      ** *     *   *   *     ** * * ** *     * ** **   *    ** ** 

consensus_9249#0      TTATCTGCCAATTTATTTTTTTCTGTATGTGTAAGACAAAACACCAAAACAAAATCCTAT 535
consensus_9249#1      TTCATTGAAAACAAAACGTTAGTTGTATTCTTT--TTGTTATATTAATACTAATTTCTGT 388
                      **   **  **   *   **   *****   *        * *  ** ** ** * ** *

consensus_9249#0      CAACCT--GAGGTTGTTTTGTTTTGCAATGCATCAGGTTTTCGCATAATTACTCACATGT 593
consensus_9249#1      TTAACTTTGAGAATGTATTGTTTTAC------TTTTGTTTTC-TATAGTT-----CTTGT 436
                        * **  ***  *** ******* *      *   ******  *** **     * ***

consensus_9249#0      GTAATATTTTACAGAATTACACGTAA-AAAAATTGAGACTAATTCAATTGAAAA-AAAAC 651
consensus_9249#1      GTGTTGTTCCCCATGATC-TATGTAACAGAGGGCGTTCGTTGTGTACTTATAAACAGAAC 495
                      **  * **   **  **   * **** * *    *    *  *  * **  *** * ***

consensus_9249#0      AATTTTAGAACTTGTGATTTTATCTTTTGTTCTTT--------GTCGTATTTCACTATGA 703
consensus_9249#1      TCTTTTTTGACCTGATCTTCAACCTTCTTTCCAATACTTAGAGGTTNTTTTCAATTTGGG 555
                        ****   ** **   **  * *** * * *  *        **  * **  * *  * 

consensus_9249#0      AGTGTTTTATGCTTATGTTG-GCATAATAATGTTTGCAACAT-CATTAGTAATACAGTTG 761
consensus_9249#1      TATTTTTTTTCCTTCTGTTGCACACTACGTTAGTCACTTCATTCTTTTATAGTATGAAAA 615
                        * **** * *** *****  **  *   *  *  *  *** * **  ** **      

consensus_9249#0      ---
consensus_9249#1      CAA 618