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These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_9258#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 7 consensus length = 1224 fasta sequence
[TTACATGAATCATGTATAAACTGGATCGTTTAATACCAAGTTCGATTAACTTTGCACATACGGATACTATGTATAAATTGGAAAATTTTTACCATCTTGATAAAGAAAATGATTCATCGTCGTGCCTTCAAATATCAACTGAAGGTGTTTCTAATGAATTAACTGAACGTGATAAAAGTCTTCTTAAAGAGCTTGGTCAATTAGACGATAATATATCATCCCTTTTAAACATGTTTAAAAGTTATAATCCTAAAAATAATTCCAATCTTGGTGATGCTCAAAATGCTTCAAAATCTAGCAACTTTATATCTGAGCTTCGTCAGTTAACATATCATATTTCAAATATTTCGAATCATTATAAAGGGAATCTTGTTAAAGATGTACAATACGACAACATTCACAAAGAACTAAGTAAATTAGATCTAGAGTTAGATGATATTTTGAGTATGTTCACAAATTATTCTCATTCTCAACATATTAATAGCACAACGACAAACAGTACTCCAACAACTTCAAACAATTCTATTACTGTCCCTAAAGAACCTTCCACACTTATTATTCAGTGTAATCCGAATAGTCCTCCATTATCGGTATTCTTGTTTTGTCACATACTACTTAGTAACCAATGTAAAATAACAATTAACTCATTTGTACATTCAACAGTAAAAGAACTTTCTACATCACTTAAAAAGTTAATGGAAATTCTTTCAATTGATATGCATGGTTCTTCAATTAATAACACATGTCACTGGCAATTTGACACAAAACTGTGTCTACATTTTATATGGAACTCAAGCTGTCCTGATATTACTGTTTCATCCCTTGATAAATCCATTACACCGACAACGTTGTATGGAGAATGTATGCTTGTACAATTGATTGGAAAAATTCTAGAACCTGACAATTTCGACCAACTCTCATCACTTATTATTATTATGGACTCAAGTTTACTATTACCTGGATTATCGATACGTAACACTACTCTAGATGTAAAACAGAAGTCATTAAATATTTTAAATAACCACCCATATTTTGTGAAGTTCAATCGTGAACTGCCATCAATCGTTGATTGTTATCTATTTGTTTGTATTAAGGAATTGAAACTGTCGGATGTATTGCCAGCTAATCTGAAATCATGGTTGCAGTTTTGTTCTAAATGGAAAAGCTTTAATTTGTTACCACTTTAAGTTTGTCTCTGTCGCCTAAATTTGGCAAGTATACTTA]
[+] EMBL SMAA69080 [TTACATGAATCATGTATAAATCGGATCGTTTAATACCAAGTTCGATTAACTTTGCACATACGGATACTATGTATAAATTGGAAAATTTTTACCATCTTGATAAAGAAAATGATTCATCGTCGTGCCTTCAAATATCAACTGAAGGTGTTTCTAATGAATTAACTGAACGTGATAAAAGTCTTCTTAAAGAGCTTGGTCAATTAGACGATAATATATCATCCCTTTTAAACATGT ]
[+] EMBL CD081915 [ ATCATGTATAAACTGGATCGTTTAATACCAAGTTCGATTAACTTTGCACATACGGATACTATGTATAAATTGGAAAATTTTTACCATCTTGATAAAGAAAATGATTCATCGTCGTGCCTTCAAATATCAACTGAAGGTGTTTCTAATGAATTAACTGAACGTGATAAAAGTCTTCTTAAAGAGCTTGGTCAATTAGACGATAATATATCATCCCTTTTAAACATGTTTAAAAGTTATAATCCTAAAAATAATTCCAATCTTGGTGATGCTCAAAATGCTTCAAAATCTAGCAACTTTATATCTGAGCTTCGTCAGTTAACATATCATATTTCAAATATTTCGAATCATTATAAAGGGAATCTTGTTAAAGATGTACAATACGACAACATTCACAAAGAACTAAGTAAATTAGATCTAGAGTTAGATGATATTTTGAGTATGTTCACAAATTATTCTCATTCTCAACATATTAATAGCACAACGACAAACAGTACTCCAACAACTTCAAACAATTCTATTACTGTCCCTAAAGAACCTTCCACACTTATTATTCAGTGTAATCCGAATAGTCCTCCATTATCGGTATTCTTGTTTTGTCACATACTACTTAGTAACCAATGTAAAATAACAATTAACTCATTTGTACATTCAACAGTAAAAGAACTTTCTACATCACTTAANAAGTTAATGGGAATTCTTTCAATTGATATGCATGGTTCTTCAATTAAT ACACAT ]
[+] EMBL SM042 [ ACTGGATCGTTTAATACCAAGTTCGATTAACTTTGCACATACGGATACTATGTATAAATTGGAAAATTTTTACCATCTTGATAAAGAAAATGATTCATCGTCGTGC TCAAATATCAACTGAAGGTGTTTCTAATGAATTAACTGAACGTGATAAAAGTCTTCTTAAAGAGCTTGGTCA ]
[-] EMBL CD153118 [ GTGTTTCTAATGAATTAACTGAACGTGATAAAAATCTTCTTAAAGAGCTTGGTCAATTAGACGATAATATATCATCCCTTTTAAACATGTTTAAAAGTTATAATCCTAAAAATAATTCCAATCTTGGTGATGCTCAAAATGCTTCAAAATCTAGCAACTTTATATCTGAGCTTCGTCAGTTAACATATCATATTTCAAATATTTCGAATCATTATAAAGGGAATCTTGTTAAAGATGTACAATACGACAACATTCACAAAGAACTAAGTAAATTAGATCTAGAGTTAGATGATATTTTGAGTATGTTCACAAATTATTCTCATTCTCAACATATTAATAGCACAACGACAAACAGTACTCCAACAACTTCAAACAATTCTATTACTGTCCCTAAAGAACCTTCCACACTTATTATTCAGTGTAATCCGAATAGTCCTCCATTATCGGTATTCTTGTTTTGTCACGTACTACTTAGTAACCAATGTAAAATAACAATTAACTCAT ]
[+] EMBL CD079225 [ CGACAACATTCACAAAGAACTAAGTAAATTAGATCTAGAGTTAGATGATATTTTGAGTATGTTCACAAATTATTCTCATTCTCAACATATTAATAGCACAACGACAAACAGTACTCCAACAACTTCAAACAATTCTATTACTGTCCCTAAAGAACCTTCCACACTTATTATTCAGTGTAATCCGAATAGTCCTCCATTATCGGTATTCTTGTTTTGTCACATACTACTTAGTAACCAATGTAAAATAACAATTAACTCATTTGTACATTCAACAGTAAAAGAACTTTCTACATCACTTAAAAAGTTAATGGAAATTCTTTCAATTGATATGCATGGTTCTTCAATTAATAACACATGTCACTGGCAATTTGACACAAAACTGTGTCTACATTTTATATGGAACTCAAGCTGTCCTGATATTACTGTTTCATCCCTTGATAAATCCATTACACCGACAACGTTGTATGGAGAATGTATGCTTGTACAATTGATTGGAAAAATTCTAGAACCTGACAATTTCGACCAACTCTCATCACTTATTATTATTATGGACTCAAGTTTACTATTACCTGNATTATCGATACGTAACACTACTCTAGATGTAAAACAGAAGTCATTAA ]
[-] EMBL CD076091 [ ATACTACTTAGTAACCAATGTAAAATAACAATTAACTCATTTGTACATTCAACAGTAAAAGAACTTTCTACATCACTTAAAAAGTTAATGGAAATTCTTTCAATTGATATGCATGGTTCTTCAATTAATAACACATGTCACTGGCAATTTGACACAAAACTGTGTCTACATTTTATATGGAACTCAAGCTGTCCTGATATTACTGTTTCATCCCTTGATAAATCCATTACACCGACAACGTTGTATGGAGAATGTATGCTTGTACAATTGATTGGAAAAATTCTAGAACCTGACAATTTCGACCAACTCTCATCACTTATTATTATTATGGACTCAAGTTTACTATTACCTGGATTATCGATACGTAACACTACTCTAGATGTAAAACAGAAGTCATTAAATATTTTAAATAACCACCCATATTTTGTGAAGTTCAATCGTGAACTGCCATCAATCGTTGATTGTTATCTATTTGTTTGTATTAAGGAATTGAAACTGTCGGATGTATTGCCAGCTAATCTGAAATCATGGTTGCAGTTTTGTTCTAAATGGAAAAGCTTTAATTTGTTACCACTTTAAGTTTGTCTCTGTCGCCTAAATTTGGCAAGTATACTTA]
[-] EMBL CD059994 [ TACACCGACAACGTTGTATGGAGAATGTATGCTTGAACAATTGATTGGAAAAATTCTAGAACCTGACAATTTCGACCAACTCTCATCACTTATTATTATTATGGACTCAAGTTTACTATTACCTGGATTATCGATACGTAACCCTACTCTAGATGTAAAACAGAAGTCAGT AATATTTTAAATAAC ]
consensusID : consensus_9258#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 670 fasta sequence
[TCGAGGCCAGAATTCGGCACGAGGTTTAATACCAAGTTCGATTAACTTTGCACATACGGATACTATGTATAAATTGGAAAATTTTTACCATCTTGATAAAGAAAATGATTCATCGTCGTGCCTTCAAATATCAACTGAAGGTGTTTCTAATGAATTAACTGAACGTGATAAAAGTCTTCTTAAAGAGCTTGGTCAATTAGACGATAATATATCATCCCTTTTAAACATGTTTAAAAGTTATAATCCTAAAAATAATTCCAATCTTGGTGATGCTCAAAATGCTTCAAAATCTAGCAACTTTATATCTGAGCTTCGTCAGTTAACATATCATATTTCAAATATTTCGAATCATTATAAAGGGAATCTTGTTAAAGATGTACAATACGACAAC-ATTCACAAAGAACTAAGTAAATTAGATCTAGAGTTAGATGATATTTTGAGTATGTTCACAAATTATTCTCATTCTCAACATATTAATAGCACAACGACAAACAGTACTCCAACAACTTCAAACAATTCTATTACTGTCCCTAAAGAACCTTCCACACTTATTATTCAGTGTAATCCGAATAGTCCTCCATTATCGGTATTCTTGTTTTGTCACATACTACTTAGTAACCAATGTANAATAAACATTAACTCATTTGTACATTCAACAGTAAAAGAACTN]
[+] EMBL CD082496 [TCGAGGCCAGAATTCGGCACGAGGTTTAATACCAAGTTCGATTAACTTTGCACATACGGATACTATGTATAAATTGGAAAATTTTTACCATCTTGATAAAGAAAATGATTCATCGTCGTGCCTTCAAATATCAACTGAAGGTGTTTCTAATGAATTAACTGAACGTGATAAAAGTCTTCTTAAAGAGCTTGGTCAATTAGACGATAATATATCATCCCTTTTAAACATGTTTAAAAGTTATAATCCTAAAAATAATTCCAATCTTGGTGATGCTCAAAATGCTTCAAAATCTAGCAACTTTATATCTGAGCTTCGTCAGTTAACATATCATATTTCAAATATTTCGAATCATTATAAAGGGAATCTTGTTAAAGATGTACAATACGACAAC ATTCACAAAGAACTAAGTAAATTAGATCTAGAGTTAGATGATATTTTGAGTATGTTCACAAATTATTCTCATTCTCAACATATTAATAGCACAACGACAAACAGTACTCCAACAACTTCAAACAATTCTATTACTGTCCCTAAAGAACCTTCCACACTTATTATTCAGTGTAATCCGAATAGTCCTCCATTATCGGTATTCTTGTTTTGTCACATACTACTTAGTAACCAATGTANAATAAACATTAACTCATTTGTACATTCAACAGTAAAAGAACTN]
[-] EMBL CD130605 [ ATAATATATCATCCCTTTTAAACATGTTTAAAAGTTATAATCCTAAAAATAATTCCAATCTTGGTGATGCTCAAAATGCTTCANAATCTAGCAACTTTATATCTGAGCTTCGTCAGTTAACATATCATATTTCAAATATTTCGAATCATTATAAAGGGAATCTTGTTAAAGATGTACAATACGACAACNATTCACAAAGAACTAAGTAAATTAGATCTAGAGTTAGATGATATTTTGAGTATGTTCACAAATTATTCTCATTCTCAACATATTAATAGCACAACGACAAACAGTACTCCAACAACTTCAAACAATTCTATTA ]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_9258#0 TTACATGAATCATGTATAAACTGGATCGTTTAATACCAAGTTCGATTAACTTTGCACATA 60
consensus_9258#1 ----TCGAGGCCAGAATTCGGCACGAGGTTTAATACCAAGTTCGATTAACTTTGCACATA 56
** * * ** *********************************
consensus_9258#0 CGGATACTATGTATAAATTGGAAAATTTTTACCATCTTGATAAAGAAAATGATTCATCGT 120
consensus_9258#1 CGGATACTATGTATAAATTGGAAAATTTTTACCATCTTGATAAAGAAAATGATTCATCGT 116
************************************************************
consensus_9258#0 CGTGCCTTCAAATATCAACTGAAGGTGTTTCTAATGAATTAACTGAACGTGATAAAAGTC 180
consensus_9258#1 CGTGCCTTCAAATATCAACTGAAGGTGTTTCTAATGAATTAACTGAACGTGATAAAAGTC 176
************************************************************
consensus_9258#0 TTCTTAAAGAGCTTGGTCAATTAGACGATAATATATCATCCCTTTTAAACATGTTTAAAA 240
consensus_9258#1 TTCTTAAAGAGCTTGGTCAATTAGACGATAATATATCATCCCTTTTAAACATGTTTAAAA 236
************************************************************
consensus_9258#0 GTTATAATCCTAAAAATAATTCCAATCTTGGTGATGCTCAAAATGCTTCAAAATCTAGCA 300
consensus_9258#1 GTTATAATCCTAAAAATAATTCCAATCTTGGTGATGCTCAAAATGCTTCAAAATCTAGCA 296
************************************************************
consensus_9258#0 ACTTTATATCTGAGCTTCGTCAGTTAACATATCATATTTCAAATATTTCGAATCATTATA 360
consensus_9258#1 ACTTTATATCTGAGCTTCGTCAGTTAACATATCATATTTCAAATATTTCGAATCATTATA 356
************************************************************
consensus_9258#0 AAGGGAATCTTGTTAAAGATGTACAATACGACAACATTCACAAAGAACTAAGTAAATTAG 420
consensus_9258#1 AAGGGAATCTTGTTAAAGATGTACAATACGACAACATTCACAAAGAACTAAGTAAATTAG 416
************************************************************
consensus_9258#0 ATCTAGAGTTAGATGATATTTTGAGTATGTTCACAAATTATTCTCATTCTCAACATATTA 480
consensus_9258#1 ATCTAGAGTTAGATGATATTTTGAGTATGTTCACAAATTATTCTCATTCTCAACATATTA 476
************************************************************
consensus_9258#0 ATAGCACAACGACAAACAGTACTCCAACAACTTCAAACAATTCTATTACTGTCCCTAAAG 540
consensus_9258#1 ATAGCACAACGACAAACAGTACTCCAACAACTTCAAACAATTCTATTACTGTCCCTAAAG 536
************************************************************
consensus_9258#0 AACCTTCCACACTTATTATTCAGTGTAATCCGAATAGTCCTCCATTATCGGTATTCTTGT 600
consensus_9258#1 AACCTTCCACACTTATTATTCAGTGTAATCCGAATAGTCCTCCATTATCGGTATTCTTGT 596
************************************************************
consensus_9258#0 TTTGTCACATACTACTTAGTAACCAATGTAAAATAACAATTAACTCATTTGTACATTCAA 660
consensus_9258#1 TTTGTCACATACTACTTAGTAACCAATGTANAATAAACATTAACTCATTTGTACATTCAA 656
****************************** ***** **********************
consensus_9258#0 CAGTAAAAGAACTTTCTACATCACTTAAAAAGTTAATGGAAATTCTTTCAATTGATATGC 720
consensus_9258#1 CAGTAAAAGAACTN---------------------------------------------- 670
*************
consensus_9258#0 ATGGTTCTTCAATTAATAACACATGTCACTGGCAATTTGACACAAAACTGTGTCTACATT 780
consensus_9258#1 ------------------------------------------------------------
consensus_9258#0 TTATATGGAACTCAAGCTGTCCTGATATTACTGTTTCATCCCTTGATAAATCCATTACAC 840
consensus_9258#1 ------------------------------------------------------------
consensus_9258#0 CGACAACGTTGTATGGAGAATGTATGCTTGTACAATTGATTGGAAAAATTCTAGAACCTG 900
consensus_9258#1 ------------------------------------------------------------
consensus_9258#0 ACAATTTCGACCAACTCTCATCACTTATTATTATTATGGACTCAAGTTTACTATTACCTG 960
consensus_9258#1 ------------------------------------------------------------
consensus_9258#0 GATTATCGATACGTAACACTACTCTAGATGTAAAACAGAAGTCATTAAATATTTTAAATA 1020
consensus_9258#1 ------------------------------------------------------------
consensus_9258#0 ACCACCCATATTTTGTGAAGTTCAATCGTGAACTGCCATCAATCGTTGATTGTTATCTAT 1080
consensus_9258#1 ------------------------------------------------------------
consensus_9258#0 TTGTTTGTATTAAGGAATTGAAACTGTCGGATGTATTGCCAGCTAATCTGAAATCATGGT 1140
consensus_9258#1 ------------------------------------------------------------
consensus_9258#0 TGCAGTTTTGTTCTAAATGGAAAAGCTTTAATTTGTTACCACTTTAAGTTTGTCTCTGTC 1200
consensus_9258#1 ------------------------------------------------------------
consensus_9258#0 GCCTAAATTTGGCAAGTATACTTA 1224
consensus_9258#1 ------------------------
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||