cluster # 9271

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Schistosoma mansoni
cluster # 9271 cluster # 9271 Sequences # 9 consensus # 3

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_9271#0 length = 457 sequences # 7

consensus_9271#1 length = 395 sequences # 1
consensus_9271#2 length = 285 sequences # 1

consensusID : consensus_9271#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 7
consensus length = 457
fasta sequence

                              [AAGAACAGCTACTGATAATTTTACTTACCTGTCCACATCTAAGTAAATAGAACAGGTTGAAATTTGATGATTGAAATTCACCATAAATCAATCACTTTAAATTATGCTCACTAGTGACTGGCTCCATGAGGTATTTCTTGGAGTTCTAGTGAGAAGCAGTGACCAGTGGAGTTCAACCAGGTCTGTTGGGAGATATCAACTCACTGAAGACAATTGGTGAACGGTTGCTCAACTTCGTGGATCAGTTAAAGTTAGACATTAACACCGTTGAATGCCGGCTCAGTGGTCTATCGGTTAAGGGCTCTGGCTCGAGACTGGTAGGTCCTGGGTTGGAATCTTGCGAGT-GCGGGATCGTGGATGCGCACTGCTGAGGAGTCCCATAATAGGACGAGTTGGCCGTCCAGTGCTTCCAGGTTTTCGATGGTGGTCTAGCTTCAATTGACTCATGATCTGAACT]

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[+] EMBL CD191565             [AAGAACAGCTACTGATAATTTTACTTACCTGTCCACATCTAAGTAAATAGAACAGGTTGAAATTTGATGATTGAAATTCACCATAAATCAATCACTTTAAATTATGCTCACTAGTGACTGGCTCCATGGGGTATTTCTTGGAGTTCTAGTGAGAAGCAGTGACCAGTGGAGTTCAACCAGGTCTGTTGGGAGATATCAACTCACTGAAGACAATTGGTGAACGGTTGCTCAACTTCGTGGATCAGTTAAAGTTAGACATTAACACCGTTGAATGCCGGCTCAGTGGTCTATCGGTTAAGGGCTCTGGCTCGAGACTGGTAGGTCCTGGGTTGGAATCTTGCGAGT GCGGGATCGTGGATGCGCACTGCTGAGGAGTCCCATAATAGGACGAGTTGGCCGTCCAGTGCTTCCAGGTTTTCGATGGTGGTCTAGCTTCAATTGACTCATGATCTGAACT]
[+] EMBL CD191549             [AAGAACAGCTACTGATAATTTTACTTACCTGTCCACATCTAAGTAAATAGAACAGGTTGAAATTTGATGATTGAAATTCACCATAAATCAATCACTTTAAATTATGCTCACTAGTGACTGGCTCCATGAGGTATTTCTTGGAGTTCTAGTGAGAAGCAGTGACCAGTGGAGTTCAACCAGGTCTGTTGGGAGATATCAACTCACTGAAGACAATTGGTGAACGGTTGCTCAACTTCGTGGATCAGTTAAAGTTAGACATTAACACCGTTGAATGCCGGCTCAGTGGTCTATCGGTTAAGGGCTCTGGCTCGAGACTGGTAGGTCCTGGGTTGGAATCTTGCGAGT GCGGGATCGTGGATGCGCACTGCTGAGGAGTCCCATAATAGGACGAGTTGGCCGTCCAGTGCTTCCAGGTTTTCGATGGTGGTCTAGCTT                      ]
[+] EMBL CD191491             [AAGAACAGCTACTGATAATTTTACTTACCTGTCCACATCTAAGTAAATAGAACAGGTTGAGATTTGATGATTGAAATTCACCATAAATCAATCACTTTAAATTATGCTCACTAGTGACTGGCTCCATGAGGTATTTCTTGGAGTTCTAGTGAGAAGCAGTGACCAGTGGAGTTCAACCAGGTCTGTTGGGAGATATCAACTCACTGAAGACAATTGGTGAACGGTTGCTCAACTTCGTGGATCAGTTAAAGTTAGACATTAACACCGTTGAATGCCGGCTCAGTGGTCTATCGGTTAAGGGCTCTGGCTCGAGACTGGTAGGTCCTGGGTTGGAATCTTGCGAGT GCGGGATCGTGGATGCGCACTGCTGAGGAGTCCCATCATAGGACGAGTTGGCCGTCCAGTGCTTCCAGGTTTTCGATGGTGGTC                            ]
[+] EMBL CD191554             [AAGAACAGCTACTGATAATTTTACTTACCTGTCCACATCTAAGTAAATAGAACAGGTTGAAATTTGATGATTGAAATTCACCATAAATCAATCACTTTAAATTATGCTCACTAGTGACTGGCTCCATGAGGTATTTCTTGGAGTTCTAGTGAGAAGCAGTGACCAGTGGAGTTCAACCAGGTCTGTTGGGAGATATCAACTCACTGAAGACAATTGGTGAACGGTTGCTCAACTTCGTGGATCAGTTAAAGTTAGACATTAACACCGTTGAATGCCGGCTCAGTGGTCTATCGGTTAAGGGCTCTGGCTCGAGACTGGTAGGTCCTGGGTTGGAATCTTGCGAGT GCGGGATCGTGGATGCGCACTGCTGAGGAGTCCCATAATAGGACGAGTTGGCCGTCCAGTGCTTCCAGGTTTTCGATGGTG                               ]
[+] EMBL CD191547             [AAGAACAGCTACTGATAATTTTACTTACCTGTCCACATCTAAGTAAATGGAACAGGTTGAAATTTGATGATTGAAATTCACCATAAATCAATCACTTTAAATTATGCTCACTAGTGACTGGCTCCATGAGGTATTTCTTGGAGTTCTAGTGAGAAGCAGTGACCAGTGGAGTTCAACCAGGTCTGTTGGGAGATATCAACTCACTGAAGACAATTGGTGAACGGTTGCTCAACTTCGTGGATCAGTTAAAGTTAGACATTAACACCGTTGAATGCCGGCTCAGTGGTCTATCGGTTAAGGGCTCTGGCTCGAGACTGGTAGGTCCTGGGTTGGAATCTTGCGAGT GCGGGATCGTGGATGCGCACTGCTGAGGAGTCCCATAATAGGACGAGTTGGCCGTCC                                                       ]
[+] EMBL CD191536             [AAGAACAGCTACTGATAATTTTACTTACCTGTCCACATCTAAGTAAATAGAACAGGTTGAAATTTGATGATTGAAATTCACCATAAATCAATCACTTTAAATTATGCTCACTAGTGACTGGCTCCATGAGGTATTTCTTGGAGTTCTAGTGAGAAGCAGTGACCAGTGGAGTTCAACCAGGTCTGTTGGGAGATATCAACTCACTGAAGACAATTGGTGAACGGTTGCTCAACTTCGTGGATCAGTTAAAGTTAGACATTAACACCGTTGAATGCCGGCTCAGTGGTCTATCGGTTAAGGGCTCTGGCTCGAGACTGGTAGGTCCTGGGTTGGAATCTTGCGAGTGGCGGGATCGTGGATGCGCACTGCTGAGGAGTCCCATAATAGGACGAGTTGGCCGTC                                                        ]




>consensus_9271#0
AAGAACAGCTACTGATAATTTTACTTACCTGTCCACATCTAAGTAAATAGAACAGGTTGA
AATTTGATGATTGAAATTCACCATAAATCAATCACTTTAAATTATGCTCACTAGTGACTG
GCTCCATGAGGTATTTCTTGGAGTTCTAGTGAGAAGCAGTGACCAGTGGAGTTCAACCAG
GTCTGTTGGGAGATATCAACTCACTGAAGACAATTGGTGAACGGTTGCTCAACTTCGTGG
ATCAGTTAAAGTTAGACATTAACACCGTTGAATGCCGGCTCAGTGGTCTATCGGTTAAGG
GCTCTGGCTCGAGACTGGTAGGTCCTGGGTTGGAATCTTGCGAGTGCGGGATCGTGGATG
CGCACTGCTGAGGAGTCCCATAATAGGACGAGTTGGCCGTCCAGTGCTTCCAGGTTTTCG
ATGGTGGTCTAGCTTCAATTGACTCATGATCTGAACT

consensusID : consensus_9271#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 395
fasta sequence

                              [CCGTCCAGTGTTTTCAGGTTTTCGATGGTGGTCTAGCTTCAATTGACTCGCGCTTTCAACTATAATAAATATTAAGAAGTGTTGAAAGAATTTAATTGTGATTAAGAGGATTGGTCCACTCTATCAATTGTATGGGGAATCGAAGTAAAGAGTATTTTAACATCTTGTTAATCCGTCTTATAAAACTCTAACGACAACTCTGATATCTTATACACATGCTATCGTCTCTTCTAGAACTAGCTACTCCCAAAGACAAATCTTTTTAGAAAAATATTTATTGAGAAACCAAAAAAGTTTAAATTTACATCAAGTTTGATTACGTAATTTATTAACTGAGTAATTATTACTTAAATATAGAATAGAAGTATATTGAAAGTCAGTCAATAGAATTTACT]

[+] EMBL CD180472             [CCGTCCAGTGTTTTCAGGTTTTCGATGGTGGTCTAGCTTCAATTGACTCGCGCTTTCAACTATAATAAATATTAAGAAGTGTTGAAAGAATTTAATTGTGATTAAGAGGATTGGTCCACTCTATCAATTGTATGGGGAATCGAAGTAAAGAGTATTTTAACATCTTGTTAATCCGTCTTATAAAACTCTAACGACAACTCTGATATCTTATACACATGCTATCGTCTCTTCTAGAACTAGCTACTCCCAAAGACAAATCTTTTTAGAAAAATATTTATTGAGAAACCAAAAAAGTTTAAATTTACATCAAGTTTGATTACGTAATTTATTAACTGAGTAATTATTACTTAAATATAGAATAGAAGTATATTGAAAGTCAGTCAATAGAATTTACT]




>consensus_9271#1
CCGTCCAGTGTTTTCAGGTTTTCGATGGTGGTCTAGCTTCAATTGACTCGCGCTTTCAAC
TATAATAAATATTAAGAAGTGTTGAAAGAATTTAATTGTGATTAAGAGGATTGGTCCACT
CTATCAATTGTATGGGGAATCGAAGTAAAGAGTATTTTAACATCTTGTTAATCCGTCTTA
TAAAACTCTAACGACAACTCTGATATCTTATACACATGCTATCGTCTCTTCTAGAACTAG
CTACTCCCAAAGACAAATCTTTTTAGAAAAATATTTATTGAGAAACCAAAAAAGTTTAAA
TTTACATCAAGTTTGATTACGTAATTTATTAACTGAGTAATTATTACTTAAATATAGAAT
AGAAGTATATTGAAAGTCAGTCAATAGAATTTACT

consensusID : consensus_9271#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 285
fasta sequence

                              [GAACTGATATTTACGGAAGGAACAGTGAAGATTGAGACAATTGTTTGTTATTTTGCATATTAACTGTTTGCTGTATGGTTAACAGTATTTAGTGAAATAGTCTGTAATTTGTGCTTAAATACATTCGGTTGTTCCAACCGGTGTTTTGTTCACTACAGTGAGGTTTTTAACTTGTGTGATATCCCTTCATTAAGTTAAGCATATGGGTAACAATCATACGTTTATTGATTCGTATATTAGCAATTTAAATCCTCTCATTTATGTCAGGATCATAATTAATTCTTT]

[+] EMBL CD067287             [GAACTGATATTTACGGAAGGAACAGTGAAGATTGAGACAATTGTTTGTTATTTTGCATATTAACTGTTTGCTGTATGGTTAACAGTATTTAGTGAAATAGTCTGTAATTTGTGCTTAAATACATTCGGTTGTTCCAACCGGTGTTTTGTTCACTACAGTGAGGTTTTTAACTTGTGTGATATCCCTTCATTAAGTTAAGCATATGGGTAACAATCATACGTTTATTGATTCGTATATTAGCAATTTAAATCCTCTCATTTATGTCAGGATCATAATTAATTCTTT]




>consensus_9271#2
GAACTGATATTTACGGAAGGAACAGTGAAGATTGAGACAATTGTTTGTTATTTTGCATAT
TAACTGTTTGCTGTATGGTTAACAGTATTTAGTGAAATAGTCTGTAATTTGTGCTTAAAT
ACATTCGGTTGTTCCAACCGGTGTTTTGTTCACTACAGTGAGGTTTTTAACTTGTGTGAT
ATCCCTTCATTAAGTTAAGCATATGGGTAACAATCATACGTTTATTGATTCGTATATTAG
CAATTTAAATCCTCTCATTTATGTCAGGATCATAATTAATTCTTT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_9271#0      AAGAACAGCTACTGATAATTTTACTTACCTGTCCACATCTAAGTAAATAGAACAGGTTGA 60
consensus_9271#1      --------------------------------------------CCGTCCAGTGTTTTCA 16
consensus_9271#2      -------------------------GAACTGATATTTACGGAAGGAACAGTGAAGATTGA 35
                                                                              ** *

consensus_9271#0      AATTTGATGATTGAAATTCACCATAAATCAAT---CACTTTAAATTATGCTCACTAGTGA 117
consensus_9271#1      GGTTTT-CGATGGTGGTCTAGCTTCAATTGACTCGCGCTTTCAACTATAATAAATATTAA 75
consensus_9271#2      GACAAT-TGTTTGTTATTTTGCAT--ATTAACT----GTTTGCTGTATGGTTAACAGTAT 88
                              * * *   *    * *  **  *       ***    ***  * *  * *  

consensus_9271#0      CTGGCTCCATGAGGTATTTCTTGGAGTTCTAGTGAGAAGCAGTGACCAGTGGAGTTCAAC 177
consensus_9271#1      GAAGTGTTG-AAAGAATTT-----AATTGTGATTAAGAGGATTGGTCCA-----CTCTAT 124
consensus_9271#2      TTAGTG----AAATAGTCTGT--AATTTGTGCTTAAATACATTCGGTTGT----TCCAAC 138
                         *       *    * *     * ** *  * *     * *             * * 

consensus_9271#0      CAGGTCTGTTGGGAG-ATATCAACTCACTGAAGACAATTGGTGAACGGTTGCTCAACTTC 236
consensus_9271#1      CAATTGTATGGGGA----ATCGAAGTAAAGAGTATT-TTAACATCTTGTTAATCCGTCTT 179
consensus_9271#2      CGGTGTTTTGTTCACTACAGTGAGGTTTTTAACTTGTGTGATATCCCTTCATTAAGTTAA 198
                      *     * *    *    *   *       *       *         *   *       

consensus_9271#0      GTGGATCAGTTAAAGTTAGACATTAACACCGTTGAATGCCGGCTCAGTGGTCTATCGGTT 296
consensus_9271#1      ATAAAACT-CTAACGACA-ACTCTGATATC-TTATACACATGCT-ATCGTCTCTTCTAGA 235
consensus_9271#2      GCATATGGGTAACAATCATACGTTTATTGATTCGTATATTAGCAATTTAAATCCTCTCAT 258
                          *      *     * **  * *     *   *     **           **    

consensus_9271#0      AAGGGCTCTGGCTCGAGACTGGTAGGTCCTGGGTTGGAATC-TTGCGAGTGCGGGATCGT 355
consensus_9271#1      ACTAGCTACTCCCAAAGACAAATCTTTTTAGAAAAATATTTATTGAGAAACCAAAAAAGT 295
consensus_9271#2      TTATG-TCAGGATCATAATTAATTCTTT-------------------------------- 285
                          * *          *    *   *                                 

consensus_9271#0      GGATGCGCACTGCTGAGGAGTCCCATAATAGGACGAGTTGGCCGTCCAGTGCTTCC--AG 413
consensus_9271#1      TTAAATTTACATC----AAGTTTGATTACGTAATTTATTAACTGAGTAATTATTACTTAA 351
consensus_9271#2      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9271#0      GTTTTCGATGGTGGTCTAGCTTCAATTGACTCATGATCTGAACT 457
consensus_9271#1      ATATAGAATAGAAGTATATTGAAAGTCAGTCAATAGAATTTACT 395
consensus_9271#2      --------------------------------------------