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consensusID : consensus_9382#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 836 fasta sequence
[CAGCCAANAATTTTGCACGAGGAGCGAATGGCAAAGTCAACTTCGAGTAATGAATTCTACAACACCATTGGATTTACATAATTATGGAAGTCATTCACAAGTTAATATGTTACGTATTCAACATAGATATGCATCACAAGAACTTGAATTTTTATGTGATGGAACAGAAATCTATGGTTCATGGAATTCACGTACAAGTCAATCAGATTTTAATAAAGCAACAGCTCTGCTAGCACATAATGAACGAATGCTTGATTTAACTTCAGGTGAAAGATTAGGACCGGGAAAATATCATATGGATAAGCGTAATTATCGAAATAATTTAGATCGTGTTGATACAAGTATTATTGTAGAATATGATGGATGTCAGTACTTGACAAAAGGTGCAGCCACTAAATTATTGATTGAGACAAGAGATTTAGAAGTATTGCCAATTATTGATTTTAAAGTACGTAATTTCGATAAACAAGGAACATGTTCATTAAGTGTAAATGTTGGTGCTGTATGCTATCGTACATAGGAACAAAGTAAATTTCCGGAAAAAAAATAAACTATATATTTAATTGAATAAATTCATATGTTCAATATTGAATGAACTATTATTCCTTATTGTTTTGCTTTTGTCTGTATGAATATACTTTCAATTTCAAATTAATTTAATAAAATCTAAGCTGTTTTTGTAATGCGCGCCAGAATTGATACAAATATACAATGTTCAATTAAAACAAATGTAAGTTTGAAAATTCACCAGTTAGGCATTTTATATCACTTACATGAGCATAGTNTTAAACATACAACATACATTCACCAAGATGCTGTCATGTGACNAATAAAAT]
[+] EMBL CD080791 [CAGCCAANAATTTTGCACGAGGAGCGAATGGCAAAGTCAACTTCGAGTAATGAATTCTACAACACCATTGGATTTACATAATTATGGAAGTCATTCACAAGTTAATATGTTACGTATTCAACATAGATATGCATCACAAGAACTTGAATTTTTATGTGATGGAACAGAAATCTATGGTTCATGGAATTCACGTACAAGTCAATCAGATTTTAATAAAGCAACAGCTCTGCTAGCACATAATGAACGAATGCTTGATTTAACTTCAGGTGAAAGATTAGGACCGGGAAAATATCATATGGATAAGCGTAATTATCGAAATAATTTAGATCGTGTTGATACAAGTATTATTGTAGAATATGATGGATGTCAGTACTTGACAAAAGGTGCAGCCACTAAATTATTGATTGAGACAAGAGATTTAGAAGTATTGCCAATTATTGATTTTAAAGTACGTAATTTCGATAAACAAGGAACATGTTCATTAAGTGTAAATGTTGGTGCTGTATGCTATCGTACATAGGAACAAAGTAAATTTCCGGAAAAAAAATAAACTATATATTTAATTGAATAAATTCATATGTTCAATATTGAATGAACTATTATTCCTTATTGTTTTGCTTTTGTCTGTATGAATATACTTTCAATTTCAAATTAATTTAATAAAATCTAAGCTGTTTTTGTAATGCGCGCCAGAATTGATACAAATATACAATGTTCAATTAAAACAAATGTAAGTTTGAAAATTCACCAGTTAGGCATTTTATATCACTTACATGAGCATAGTNTTAAACATACAACATACATTCACCAAGATGCTGTCATGTGACNAATAAAAT]
[-] EMBL CD136385 [ TTCACAAGTTAATATGTTACGTATTCAACATAGATATGCATCACAAGAACTTGAATTTTTATGTGATGGAACAGAAATCTATGGTTCATGGAATTCACGTACAAGTCAATCAGATTTTAATAAAGCAACAGCTCTGCTAGCACATAATGAACGAATGCTTGATTTAACTTCAGGTGAAAGATTAGGACCGGGAAAATATCATATGGATAAGCGTAATTATCGAAATAATTTAGATCGTGTTGATACAAGTATTATTGTAGAATATGATGGATGTCAGTACTTGACA ]
consensusID : consensus_9382#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 7 consensus length = 682 fasta sequence
[CAAATAATGGAGAAAATCTACGAATGAGATATAAGAGATCAGCTGCAATACAAACTGAAGAAACACTTGAACAAATTAATCAAAATATATTTGGACGTGTAGATGCACTGAATAAGAAAGTACGTTCAAGACGTTATGCAACTGGTTTAAGTCCCCAAAATCCAGCACGGACATGTAAAGATGTTAGATTAACAAATAAATTTGCTCAGAATGATACTTATTGGGTCGATCCAAATGAAGGATCAAATAAAGATGCAATTAGAGCGAAGTGTACATTTTTTGATGATGGCACTGTTGAGACATGTGTTGATTCAAGCATGGATCAAGGAATACTAGTTACATATCTGAAACCATTACCAAGTGATAGTGAATGGCAAAGTCAACTTCGAGTAATGAATTCTACAACACCATTGGATTTACATAATTATGGAAGTCATTCACAAGTTAATATGTTACGTATTCAACATAGATATGCATCACAAGAACTTGAATTTTTATGTGATGGAACAGAAATCTATGGTTCATGGAATTCACGTACAAGTCAATCAGATTTTAATAAAGCAACAGCTCTGCTAGCACATAATGAACGAATG-CTTGATTTAACTTCAGGTGAAAGATTAGGACCGGGAAAATATCATATGGATAAGCGTAATTATCGAAATAATTTAGATCGTGTTGATAC]
[+] EMBL CD145846 [CAAATAATGGAGAAAATCTACGAATGAGATATAAGAGATCAGCTGCAATACAAACTGAAGAAACACTTGAACAAATTAATCAAAATATATTTGGACGTGTAGATGCACTGAATAAGAAAGTACGTTCAAGACGTTATGCAACTGGTTTAAGTCCCCAAAATCCAGCACGGACATGTAAAGATGTTAGATTAACAAATAAATTTGCTCAGAATGATACTTATTGGGTCGATCCAAATGAAGGATCAAATAAAGATGCAATTAGAGCGAAGTGTACATTTTTTGATGATGGCACTGTTGAGACATGTGTTGATTCAAGCATGGATCAAGGAATACTAGTTACATATCTGAAACCATTACCAAGTGATAGTGAATGGCAAAGTCAACTTCGAGTAATGAATTCTACAACACCATTGNATTTACATAATTATGGAAGTCATTCACAAGTTAATATGTTACGTATTCAACATAGATATGCATCACAAGAACTTGAATT ]
[+] EMBL CD084307 [ acgaggCAGCACGGACATGT AAGATGTTAGATTAACAAATAAATTTGCTCAGAATGATACTTATTGGGTCGATCCAAATGAAGGATCAAATAAAGATGCAATTAGAGCGAAGTGTACATTTTTTGATGATGGCACTGTTGAGACATGTGTTGATTCAAGCATGGATCAAGGAATACTAGTTACATATCTGAAACCATTACCAAGTGATAGTGAATGGCAAAGTCAACTTCGAGTAATGAATTCTACAACACCATTGGATTTACATAATTATGGAAGTCATTCACAAGTTAATATGTTACGTATTCAACATAGATATGCATCACAAGAACTTGAATTTTTATGTGATGGAACAGAAATCTATGGTTCATGGAATTCACGTACAAGTCAATCAGATTTTAATAAAGCAACAGCTCTGCTAGCACATAATGAACGAATG CTTGATTTAACTTCAGGTGAAAGATTAGGACCGGGAAAATATCATATGGATAAGCGTAATTATCGAAATAATTTAGATCGTGTTGATAC]
[+] EMBL CD190247 [ AGATGTTAGATTAACAAATAAATTTGCTCAGAATGATACTTATTGGGTCGATCCAAATGAAGGATCAAATAAAGATGCAATTAGAGCGAAGTGTACATTTTTTGATGATGGCACTGTTGAGACATGTGTTGATTCAAGCATGGATCAAGGAATACTAGTTACATATCTGAAACCATTACCAAGTGATAGTGAATGGCAAAGTCAACTTCGAGTAATGAATTCTACAACACCATTGGATTTACATAATTATGGAAGTCATTCACAAGTTAATATGTTACGTATTCAACATAGATATGCATCACAAGAACTTGAATTTTTATGTGATGGAACAGAAATCCATGGTTCATGGAATTCACGTACAAGTCAATCAGATTTTAATAAAGCAACAGCTCTGCTAGCACATAATGAACGAATG CTTGATTTAACTTCAGGTGA ]
[-] EMBL CD133355 [ ATAAAGATGCAATTAGAGCGAAGTGTACATTTTTTGATGATGGCACTGTTGAGACATGTGTTGATTCAAGCATGGATCAAGGAATACTAGTTACATATCTGAAACCATTACCAAGTGATAGTGAATGGCAAAGTCAACTTCGAGTAATGAATTCTACAACACCATTGGATTTACATAATTATGGAAGTCATTCACAAGTTAATATGTTACGTATTCAACATAGATATGCATCACAAGAACTTGAATTTTTATGTGATGGAACAGAAATCTATGGTTCATGAAATTCACGTACAAGTCAATCAGATTTTAATAAAGCAACAGCTCTGCTAGCACATAATGAACGAATG CTTGATTTAACTTCAGGTGAA ]
[-] EMBL CD062026 [ GAAGTGTACATTTTTTGATGATGGCACTGTTGAGACATGTGTTGATTCAAGCATGGATCAAGGAATACTAGCTACATATCTGAAACCATTACCAAGTGATAGTGAATGGCAAAGTCAACTTCGAGTAATGAATTTTACAACACCATTGGATTTACATAATTATGGAAGTCATTCACAAGTTAATATGTTACGTATTCAACATAGATATGCATCACAAGAACTTGAATTTTTATGTGATGGAACAGAAATCTATGGTTCATGGAATTCACGTACAAGTCAATCAGATTTTAATAAAGCAACAGCTCTGCTAGCACATAATGAACGAATG CTTGATTTAACTTCAGGTGAAAGATTAGGACCGGG ]
[+] EMBL CD166486 [ TACATAATTATGGAAGTCATTCACAAGTTAATATGTTACGTATTCAACATAGATATGCATCACAAGAACTTGAATTTTTATGTGATGGAACAGAAATCTATGGTTCATGGAATTCACGTACAAGTCAATCAGATTTTAATAAAGCAACA ]
[+] EMBL SMAA69223 [ TCATTCACAAGTTAATATGTTACGTATTCAACATAGATATGCATCACAAGAACTTGAATTTTTATGTGATGGAACAGAAATCTATGGTTCATGGAATTCACGTACAAGACAATCAGATTTTAATAAAAGAACAGCTCTGCTAGCACATAATGAA GAAAGANTTGATTTAACTT AGGTGAAAGATTAGGACCGGGAA ]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_9382#0 CAGCCAANAATTTTGCACGAGGAGCGAATGGCAAAGTCAACTTCGAGTAATGAATTCTAC 60
consensus_9382#1 ------------------------CAAATAATGGAG--AAAATCTACGAATGAGATATAA 34
* *** ** ** ** * ***** * **
consensus_9382#0 AACACCATTGGATTTACATAATTATGGAAGTCATTCACAAGTTAATATGTTACGTATTCA 120
consensus_9382#1 GAGATCAGCTGCAATACAAACTGAAGAAACACTTGAACAAATTAAT-CAAAATATATTTG 93
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consensus_9382#0 -ACATAGATATGCATCACAAGAACTTGAATTTTTATGTGATGGAACAGAAATCTATGGTT 179
consensus_9382#1 GACGTGTAGATGCACTGAATAAGAAAGTACGTTCAAGACGTTATGCAACTGGTTTAAGTC 153
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consensus_9382#0 CATGGAATTCACGTACAAGTCAATCAGATTTTAATAAAGCAACAGCTCTGCTAGCACATA 239
consensus_9382#1 CCCAAAATCCA-GCACGGACATGTAAAGATGT--TAGATTAACAAATAAATTTGCTCAGA 210
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consensus_9382#0 ATGAACGAATGCTTGATTTAACTTCAGGTGAAAGATTAGGACCGGGAAAATATCATATGG 299
consensus_9382#1 ATGAT--ACTTATTGGGTCGA-TCCAAATGAAGGATCAA-ATAAAGATGCAATTAGAGCG 266
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consensus_9382#0 ATAAGCGTAATTATCGAAATAATTTAGATCGTGTTGATACAAGTATTATTGTAGAATATG 359
consensus_9382#1 A--AGTGTACATTTTTTGATGAT---GGCACTGTTGAGACATGTGTTGATTCAAGCATGG 321
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consensus_9382#0 ATGGATGTCAGTACTTGACAAA-AGGTGCAGCCACTAAATTATTGATTGAGACAAGAGAT 418
consensus_9382#1 ATCAAGG--AATACTAGTTACATATCTGAAACCA-----TTACCAAGTGATAGTGAATGG 374
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consensus_9382#0 TTAGAAGTATTGCCAATTATTGATTTTAAAGTACGT---AATTTCGATAAACAAGGAACA 475
consensus_9382#1 CAAAGTCAACTTCGAGTAATGAATTCTACAACACCATTGGATTTACATAATTATGGAAGT 434
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consensus_9382#0 TGTTCATTAAGTGTAAATGTTG-GTGCTGTATGCTATCGTACATAGGAACAAAGTAAATT 534
consensus_9382#1 CATTCAC-AAGTTAATATGTTACGTATTCAACATAGATATGCATCACAAGAACTTGAATT 493
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consensus_9382#0 TCC--GGAAAAAAAATAAACTATATATTTAATTGAATAAATTCATATGT---TCAATATT 589
consensus_9382#1 TTTATGTGATGGAACAGAAATCTATGGTTCATGGAATTCACGTACAAGTCAATCAGATTT 553
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consensus_9382#0 GAATGAACTATTATTCCTTATTGTTTTGCTTTTGTCTGTATGAATATACT-TTCAATTTC 648
consensus_9382#1 TAATAAAGCAACAGCTCTG-----CTAGCACATAA-TGAACGAATGCTTGATTTAACTTC 607
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consensus_9382#0 AAATTAATTTAATAAAATCTAAGCTGTTTTTGTAATGCGCGCCAGAATTGATACAAATAT 708
consensus_9382#1 AGGTGAAA--GATTAGGACCGGGAAAATATCATATGGATAAGCGTAATT-ATCGAAATAA 664
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consensus_9382#0 ACAATGTTCAATTAAAACAAATGTAAGTTTGAAAATTCACCAGTTAGGCATTTTATATCA 768
consensus_9382#1 TTTAGATCGTGTTGATAC------------------------------------------ 682
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consensus_9382#0 CTTACATGAGCATAGTNTTAAACATACAACATACATTCACCAAGATGCTGTCATGTGACN 828
consensus_9382#1 ------------------------------------------------------------
consensus_9382#0 AATAAAAT 836
consensus_9382#1 --------
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||