These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_9656#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 9 consensus length = 1119 fasta sequence [AANATTTGGCACGAGGTCCTTTTGAATTTCAGGCTGCTGTACCCAAATCTTGTCAGTTACAGACTTTTCCCACCATCGTCTAGTTCTATTTCATGTGGCCCTAACTCTACTCCGCTAACACAAGTGCTGAAGCTTAGCGTTCCACCGAAGGTACGTCCACGGATGAAGATTCGTCTGCAGTTTGTCAAAAACGGTGAGACAAAAACTGACGAGTTTCAACTCGATGACTTTCCACAAGTATTGTGGCAGTAATATTTGAAGAATCTTCTATGAACTAAACAAAACCATTCATCAACTCTCAAGTCTAACCCAGAGTAAATCTGGAGTTATTTTTATTCTGGCTGTGCTTAATCGTGTATTTATGCGAAAATCATTAATATGCTGTTTTTTGTTTGTATAAAGTGTTATGTGTACCCAAGACTGTTTATTGAAATTGCCACAGTGCCTCCATTGTTTCTTGTTAATTGGCTTGTTATTAATTTTCAACCAGCTCCACATTCTAATATCATGTGATTCTAATTTTTGCATATCGTTTCGGCAATATTAACAAATAAACCCGACATGCAAATTTTCACTTTGTTGCTACTACTGATCTTGGGATAAATTTAATTTCTTTTATCTTTGATACACTTGTTTTTTTGTTTATGTCAAAATCTTGTCTGTTTCGTGATGTTTAATGGTCTATTTTATATCAGAAGTATTTTATTTGAGCTGACAATTACAGGTATGCGTACAATTGATATTTCAACATTCCGACTGTCTTCATGATCACATGTAACAGACTGGTCCTCTGGATTAATTAATGGTTGACCGATCGATTGCTTTTCTCAAACTTGTCAGTTTGAATTAAAATCCTAATAGAATTTCGTTCATTGTCAGTCAGTTACTCCCATGAACTCTGTGTTTACTGCTAAAACTTTCCATGTGAAATCAAACTTTTATGCATTATTAATATTTTGAATTCTCCGTATTATAGTTTTATTTTTTCTGTGATGCAATTATTCTGTTCATTATTTGACAACTAATTGGTTTAAAAAGGTATACTATTGTAAAACGTAAAGTTAAATATAGGTGTTCATTCAGTTGTGGCAGTTATACTGTTTGNCAGT-ATTACACCCT] [+] EMBL CD079696 [AANATTTGGCACGAGGTCCTTTTGAATTTCAGGCTGCTGTACCCAAATCTTGTCAGTTACAGACTTTTCCCACCATCGTCTAGTTCTATTTCATGTGGCCCTAACTCTACTCCGCTAACACAAGTGCTGAAGCTTAGCGTTCCACCGAAGGTACGTCCACGGATGAAGATTCGTCTGCAGTTTGTCAAAAACGGTGAGACAAAAACTGACGAGTTTCAACTCGATGACTTTCCACAAGTATTGTGGCAGTAATATTTGAAGAATCTTCTATGAACTAAACAAAACCATTCATCAACTCTCAAGTCTAACCCAGAGTAAATCTGGAGTTATTTTTATTCTGGCTGTGCTTAATCGTGTATTTATGCGAAAATCATTAATATGCTGTTTTTTGTTTGTATAAAGTGTTATGTGTACCCAAGACTGTTTATTGAAATTGCCACAGTGCCTCCATTGTTTCTTGTTAATTGGCTTGTTATTAATTTTCAACCAGCTCCACATTCTAATATCATGTGATTCTAATTTTTGCATATCGTTTCGGCAATATTAACAAATAAACCCGACATGCAAATTTTCACTTTGTTGCTACTACTGATCTTGGGATAAATTTAATTTCTTTTATCTTTGATACACTTGTTTTTTTGTTTATGTCAAAATCTTGTCTGTTTCGTGATGTTTAATGGTCTAT ] [+] EMBL CD134419 [ tccttCACCATCGTCTAGTTCTATTTCATGTGGCCCTAACTCTACTCCGCTAACACAAGTGCTGAAGCTTAGCGTTCCACCGAAGGTACGTCCACGGATGAAGATTCGTCTGCAGTTTGTCAAAAACGGTGAGACAAAAACTGACGAGTTTCAACTCGATGACTTTCCACAAGTATTGTGGCAGTAATATTTGAAGAATCTTCTATAAACTAAACAAAACCATTCATCAACTCTCAAGTCTAACCCAGAGTAAATCTGGAGTTATTTTTATTCTGGCTGTGCTTAATCGTGTATTTATGCGAAAATCATTAATATGCTGTTTTTTGTTTGTATAAAGTGTTATGTGTACCCAAGACTGTTTATTGAAATTGCCACAGTGCCTCCATTGTTTCTTGTTAATTGGCTTGTTATTAATTTTCAACCAGCTCCACATTCTAATATCATGTGATTCTAATTTTTGCATATCGTGTCGGCAATATTAACANATAAACCCGACATGCAAATTTTCACTTTGTTGCTACTACTGATCTTGGGAATAATTTAATTTCCTTTATCCTTGATACACTTGTTTTTTTGGTTATGGCAAAATCTTGTC ] [-] EMBL CD148010 [ CGTCCACGGATGAAGATTCGTCTGCAGTTTGTCAAAAACGGTGAGACAAAAACTGACGAGTTTCGACTCGATGACTTTCCACAAGTATTGTGGCAGTAATATTTGAAGAATCTTCTATGAACTAAACAAAACCATTCATCAACTCTCAAGTCTAACCCAGAGTAAATCTGGAGTTATTTTTATTCTGGCTGTGCTTAATCGTGTATTTATGCGAAAAACATTAATATGCTGTTTCTTGTTTGTATAAAGTGT ] [+] EMBL CD081935 [ GTTATTTTTATTCTGGCTGTGCTTAATCGTGTATTTATGCGAAAATCATTAATATGCTGTTTTTTGTTTGTATAAAGTGTTATGTGTACCCAAGACTGTTTATTGAAATTGCCACAGTGCCTCCATTGTTTCTTGTTAATTGGCTTGTTATTAATTTTCAACCAGCTCCACATTCTAATATCATGTGATTCTAATTTTTGCATATCGTTTCGGCAATATTAACAAATAAACCCGACATGCAAATTTTCACTTTGTTGCTACTACTGATCTTGGGATAAATTTAATTTCTTTTATCTTTGATACACTTGTTTTTTTGTTTATGTCAAAATCTTGTCTGTTTCGTGATGTTTAATGGTCTATTTTATATCAGAAGTATTTTATTTGAGCTGACAATTACAGGTATGCGTACAATTGATATTTCAACATTCCGACTGTCTTCATGATCACATGTAACAGACTGGTCCTCTGGATTAATTAATGGTTGACCGATCGATTGCTTTTCTCAAACTTGTCAGTTTGAATTAAAATCCTAATAGAATTTCGTTCATTGTCAGTCAGTTACTCCCATGAACTCTGTGTTTACTGCTAAAACTNTCCATGTGAAATCAAACTTTTATGCACTATTAATATTTTGAATTCTCCGTATTATAGTTNTATTTTTTCTGTGATGCAATNATTCTNGTCATTATTTGACAACTAATTGGNTTTAAAAGGTATACTATTGTAAAACGT AAGTCAATTATAG ] [-] EMBL CD073955 [ GCCACAGTGCCTCCATTGTTTCTTGTTAATTGGCTTGTTATTAATTTTCAACCAGCTCCACATTCTAATATCATGTGATTCTAATTTTTGCATATCGTTTCGGCAATATTAACAAATAAACCCGACATGCAAATTTTCACTTTGTTGCTACTACTGATCTTGGGATAAATTTAATTTCTTTTATCTTTGATACACTTGTTTTTTTGTTTATGTCAAAATCTTGTCTGTTTCGTGATGTTTAATGGTCTATTTTATATCAGAAGTATTTTATTTGAGCTGACAATTACAGGTATGCGTACAATTGATATTTCAACATTCCGACTGTCTTCATGATCACATGTAACAGACTGGTCCTCTGGATTAATTAATGGTTGACCGATCGATTGCTTTTCTCAAACTTGTCAGTTTGAATTAAAATCCTAATAGAATTTCGTTCATTGTCAGTCAGTTACTCCCATGAACTCTGTGTTTACTGCTAAAACTTTCCATGTGAAATCAAACTTTTATGCATTATTAATATTTTGAATTCTCCGTATTATAGTTTTATTTTTTCTGTGATGCAATTATTCTGTTCATTATTTGACAACTAATTGGTTTAAAAAGGTATACTAGTGTAAAACGTAAAGTTAAAAATAGG ] [+] EMBL CD083051 [ CACATTCTAATATCATGTGATTCTAATTTTTGCATATCGTTTCGGCAATATTAACAAATAAACCCGACATGCAAATTTTCACTTTGTTGCTACTACTGATCTTGGGATAAATTTAATTTCTTTTATCTTTGATACACTTGTTTTTTTGTTTATGTCAAAATCTTGTCTGTTTCGTGATGTTTAATGGTCTATTTTATATCAGAAGTATTTTATTTGAGCTGACAATTACAGGTATGCGTACAATTGATATTTCAACATTCCGACTGTCTTCATGATCACATGTAACAGACTGGTCCTCTGGATTAATTAATGGTTGACCGATCGATTGCTTTTCTCAAACTTGTCAGTTTGAATTAAAATCCTAATAGAATTTCGTTCATTGTCAGTCAGTTACTCCCATGAACTCTGTGTTTACTGCTAAAACTTTCCATGTGAAATCAAACTTTTATGCATTATTAATATTTTGAATTCTCCGTATTATAGTTTTATTTTTTCTGTGATGCAATTATTCTGTTCATTATTTGACAACTAATTGGTTTAAAAAGGTATACTATTGTAAAACGTAAAGTTCAATATAGGTGTTCATTCAGTTGTGGCAGTTATACTGTTTGNCAGT ATTACACCC ] [+] EMBL CD201808 [ CTAATTTTTGCATATCGTTTCGGCAATATTAACAAATAAACCCGACATGCAAATTTTCACTTTGTTGCTACTACTGATCTTGGGATAAATTTAATTTCTTTTATCTTTGATACACTTGTTTTTTTGTTTATGTCAAAATCTTGTCTGTTTCGTGATGTTTAATGGTCTATTTTATATCAGAAGTATTTTATTTGAGCTGACAATTACAGGTATGCGTACAATTGATATTTCAACATTCCGACTGTCTTCATGATCACATGTAACAGACTGGTCCTCTGGATTAATTAATGGTTGACCGATCGATTGCCTTTCTCAAACTTGTCAGTTTGAATTAAAATCCTAATAGAATTTCGTTCATTGTCAGTCAGTTA ] [-] EMBL CD076626 [ TGATACACTTGTTTTTTTGTTTATGTCAAAATCTTGTCTGTTTCGTGATGTTTAATGGTCTATTTTATATCAGAAGTATTTTATTTGAGCTGACAATTACAGGTATGCGTACAATTGATATTTCAACATTCCGACTGTCTTCATGATCACATGTAACAGACTGGTCCTCTGGATTAATTAATGGTTGACCGATCGATTGCTTTTCTCAAACTTGTCAGTTTGAATTAAAATCCTAATAGAATTTCGTTCATTGTCAGTCAGTTACTCCCATGAACTCTGTGTTTACTGCTAAAACTTTCCATGTGAAATCAAACTTTTATGCATTATTAATATTTTGAATTCTCCGTATTATAGTTTTATTTTTTCTGTGATGCAATTATTCTGTTCATTATTTGACAACTAATTGGTTTAAAAAGGTATACTATTGTAAAACGTAAAGTTCAATATAGGTGTTCATTCAGTTGTGGCAGTTATACTGTTTGCAAGTAATTACACCtt] [+] EMBL CD136444 [ GTATTTTATTTGAGCTGACAATTACAGGTATGCGTACAATTGATATTTCAACATTCCGACTGTCTTCATGATCACATGTAACAGACTGGTCCTCTGGATTAATTAATGGTTGACCGATCGATTGCTTTTCTCAAACTTGTCAGTTTGAATTAAAATCCTAATAGAATTTCGTTCATTGTCAGTCAGTTACTCCCATGAACTCTGTGTTTACTGCTAAAACTTTCCATGTGAAATCAAACTTTTATGCACTATTAATATT ] consensusID : consensus_9656#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 495 fasta sequence [GGAATTGGCCTCGAGGCCANGAATCGGCACGAGGGAAGAATCTTCTATGAACTAAACAAAACCATTCATCAACTCTCAAGTCTAACCCAGAGTAAATCTGGAGTTATTTTTATTCTGGCTGTGCTTAATCGTGTATTTATGCGAAAATCATTAATATGCTGTTTTTTGTTTGTATAAAGTGTTATGTGTACCCAAGACTGTTTATTGAAATTGCCACAGTGCCTCCATTGTTTCTTGTTAATTGGCTTGTTATTAATTTTCAACCAGCTCCACATTCTAATATCATGTGATTCTAATTTTTGCATATCGTTTCGGCAATATTAACAAATAAACCCGACATGCAAATTTTCACTTTGTTGCTACTACTGATCTTGGGATAAATTTAATTTCTTTTATCTTTGATACACTTGTTTTTTTGTTTATGTCAAAATCTTGTCTGTTTCGTGATGTTTAATGGTCTATTTTATATCAGAAGTATCTTATTTGAGCTGACAA] [+] EMBL CD083731 [GGAATTGGCCTCGAGGCCANGAATCGGCACGAGGGAAGAATCTTCTATGAACTAAACAAAACCATTCATCAACTCTCAAGTCTAACCCAGAGTAAATCTGGAGTTATTTTTATTCTGGCTGTGCTTAATCGTGTATTTATGCGAAAATCATTAATATGCTGTTTTTTGTTTGTATAAAGTGTTATGTGTACCCAAGACTGTTTATTGAAATTGCCACAGTGCCTCCATTGTTTCTTGTTAATTGGCTTGTTATTAATTTTCAACCAGCTCCACATTCTAATATCATGTGATTCTAATTTTTGCATATCGTTTCGGCAATATTAACAAATAAACCCGACATGCAAATTTTCACTTTGTTGCTACTACTGATCTTGGGATAAATTTAATTTCTTTTATCTTTGATACACTTGTTTTTTTGTTTATGTCAAAATCTTGTCTGTTTCGTGATGTTTAATGGTCTATTTTATATCAGAAGTATCTTATTTGAGCTGACAA] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_9656#0 AANATTTGGCACGAGGTCCTTTTGAATTTCAGGCTGCTGTACCCAAATCTTGTCAGTTAC 60 consensus_9656#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9656#0 AGACTTTTCCCACCATCGTCTAGTTCTATTTCATGTGGCCCTAACTCTACTCCGCTAACA 120 consensus_9656#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9656#0 CAAGTGCTGAAGCTTAGCGTTCCACCGAAGGTACGTCCACGGATGAAGATTCGTCTGCAG 180 consensus_9656#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9656#0 TTTGTCAAAAACGGTGAGACAAAAACTGACGAGTTTCAACTCGATGACTTTCCACAAGTA 240 consensus_9656#1 -------------------------------------------GGAATTGGCCTCGAGGC 17 * * ** * ** consensus_9656#0 TTGTGGCAGTAATATTTGAAGAATCTTCTATGAACTAAACAAAACCATTCATCAACTCTC 300 consensus_9656#1 CANGAATCGGCACGAGGGAAGAATCTTCTATGAACTAAACAAAACCATTCATCAACTCTC 77 * * ******************************************* consensus_9656#0 AAGTCTAACCCAGAGTAAATCTGGAGTTATTTTTATTCTGGCTGTGCTTAATCGTGTATT 360 consensus_9656#1 AAGTCTAACCCAGAGTAAATCTGGAGTTATTTTTATTCTGGCTGTGCTTAATCGTGTATT 137 ************************************************************ consensus_9656#0 TATGCGAAAATCATTAATATGCTGTTTTTTGTTTGTATAAAGTGTTATGTGTACCCAAGA 420 consensus_9656#1 TATGCGAAAATCATTAATATGCTGTTTTTTGTTTGTATAAAGTGTTATGTGTACCCAAGA 197 ************************************************************ consensus_9656#0 CTGTTTATTGAAATTGCCACAGTGCCTCCATTGTTTCTTGTTAATTGGCTTGTTATTAAT 480 consensus_9656#1 CTGTTTATTGAAATTGCCACAGTGCCTCCATTGTTTCTTGTTAATTGGCTTGTTATTAAT 257 ************************************************************ consensus_9656#0 TTTCAACCAGCTCCACATTCTAATATCATGTGATTCTAATTTTTGCATATCGTTTCGGCA 540 consensus_9656#1 TTTCAACCAGCTCCACATTCTAATATCATGTGATTCTAATTTTTGCATATCGTTTCGGCA 317 ************************************************************ consensus_9656#0 ATATTAACAAATAAACCCGACATGCAAATTTTCACTTTGTTGCTACTACTGATCTTGGGA 600 consensus_9656#1 ATATTAACAAATAAACCCGACATGCAAATTTTCACTTTGTTGCTACTACTGATCTTGGGA 377 ************************************************************ consensus_9656#0 TAAATTTAATTTCTTTTATCTTTGATACACTTGTTTTTTTGTTTATGTCAAAATCTTGTC 660 consensus_9656#1 TAAATTTAATTTCTTTTATCTTTGATACACTTGTTTTTTTGTTTATGTCAAAATCTTGTC 437 ************************************************************ consensus_9656#0 TGTTTCGTGATGTTTAATGGTCTATTTTATATCAGAAGTATTTTATTTGAGCTGACAATT 720 consensus_9656#1 TGTTTCGTGATGTTTAATGGTCTATTTTATATCAGAAGTATCTTATTTGAGCTGACAA-- 495 ***************************************** **************** consensus_9656#0 ACAGGTATGCGTACAATTGATATTTCAACATTCCGACTGTCTTCATGATCACATGTAACA 780 consensus_9656#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9656#0 GACTGGTCCTCTGGATTAATTAATGGTTGACCGATCGATTGCTTTTCTCAAACTTGTCAG 840 consensus_9656#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9656#0 TTTGAATTAAAATCCTAATAGAATTTCGTTCATTGTCAGTCAGTTACTCCCATGAACTCT 900 consensus_9656#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9656#0 GTGTTTACTGCTAAAACTTTCCATGTGAAATCAAACTTTTATGCATTATTAATATTTTGA 960 consensus_9656#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9656#0 ATTCTCCGTATTATAGTTTTATTTTTTCTGTGATGCAATTATTCTGTTCATTATTTGACA 1020 consensus_9656#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9656#0 ACTAATTGGTTTAAAAAGGTATACTATTGTAAAACGTAAAGTTAAATATAGGTGTTCATT 1080 consensus_9656#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9656#0 CAGTTGTGGCAGTTATACTGTTTGNCAGTATTACACCCT 1119 consensus_9656#1 --------------------------------------- |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||