cluster # 9771

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Schistosoma mansoni
cluster # 9771 cluster # 9771 Sequences # 11 consensus # 2

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consensus_9771#0 length = 857 sequences # 8

consensus_9771#1 length = 594 sequences # 3

consensusID : consensus_9771#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 8
consensus length = 857
fasta sequence

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>consensus_9771#0
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AGAAATTTTACATGCATTTTCATTAATTGATACTGATAATGATGGAGTCATTACAATTGA
AGATCTTGAAAGATATTCTAAGAAAAGTACAGTAGCAGATGATTTTGTAATAAAGTGGAA
AAGGTTATTTGATGAAGACAATACTGGCGAAATAACATTTATTCATTTTTGTGATGTTCT
TGGTGTCAGCAAAAAGAAAAGAGACGAAATTCTTAAAGAAAGAAACATAGTAATTCCAGA
TTCACTACCTAAACCAATCGTCTACTCAAGCAACCTAAGTCCAGAGATGCAGCAGAAAAT
ATTGAGACTTATAAAGTATGGATGGAATAAACAAAATGATTCTTCCAATTTATATGAAAT
AACTATACGATGTGATCGTGAGTTCGGTCCACGTTGGAGAGGACGCGTTATATACAATAC
ACAGCCAATAAAAGAAGCAGCTAAAGGAAAATATCTGGTGTTCAGTTGTGATAATGGACA
AACTATATTGTGCCTTTGGTTAGCAAATGACGACGAAGACAGACCTGCAGGATGTTGTTG
CTGTTAGTTAGTTACAATTTTAAAAATACTCCATTCTGGTTCTATTTAATTACTTTAAAC
TATTGTTGTAATGCAAGATAATTTTGTGTCAACTTTAACTCTTACGCAATAAAAAGTTGC
ATTCACAGATAATAATGCCATTCTATTAACATCATGGACTTAAAAATCATGTTATAAATC
ATTTTCTTCTAGTTTAAATAAACTGTGTGTCATTTTGTTATCTTTAAAAATTATATTGAT
CATAATAATAAACTATT

consensusID : consensus_9771#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
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fasta sequence

                              [CGAAATAACATTTATTCATTTTTGTGATGTTCTTGGTGTCAGCAAAAAGAAAAGAGAAATAAACAGCGAAATTCTTAAAGAAAGAAACATAGTAATTCCAGATTCACTACCTAAACCAATCGTCTACTCAAGCAACCTAAGTCCAGAGATGCAGCAGAAAATATTGAGACTTATAAAGTATGGATGGAATAAACAAAATGATTCTTCCAATTTATATGAAATAACTATACGATGTGATCGTGAGTTCGGTCCACGTTGGAGAGGACGCGTTATATACAATACACAGCCAATAAAAGAAGCAGCCAAAGGCACAATATAGACCTGCAGGATGTTGTTGCTGTTAGTTAGTTACAATTTTAAAAATACTCCATTCTGGTTCTATTTAATTACTTTAAACTATTGTTGTAATGCAAGATAATTTTGTGTCAACTTTAACTCTTACGCAATAAAAAGTTGCATTCACAGATAATAATGCCATTCTATTAACATCATGGACTTAAAAATCATGTTATAAATCATTNTCTTCTAGTTTAAATAAACTGTGTGTCATTCTGTTATCTTTAAAAATTATATTGATCATAATAATAAACTATT]

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[-] EMBL CD072989             [                       GTGATGTTCTTGGTGTCAGCAAAAAGAAAAGAGAAATAACCAGCGAAATTCTTAAAGAAAGAAACATAGTAATTCCAGATTCACTACCTAAACCAATCGTCTACTCAAGCAACCTAAGTCCAGAGATGCAGCAGAAAATATTGAGACTTATAAAGTATGGATGGAATAAACAAAATGATTCTTCCAATTTATATGAAATAACTATACGATGTGATCGTGAGTTCGGTCCACGTTGGAGAGGACGCGTTATATACAATACACAGCCAATAAAAGAAGCAGCCAAAGGCACAATATAGACCTGCAGGATGTTGTTGCTGTTAGTTAGTTACAATTTTAAAAATACTCCATTCTGGTTCTATTTAATTACTTTAAACTATTGTTGTAATGCAAGATAATTTTGTGTCAACTTTAACTCTTACGCAATAAAAAGTTGCATTCACAGATAATAATGCCATTCTATTAACATCATGGACTTAAAAATCATGTTATAAATCATTTTCTTCTAGTTTAAATAAACTGTGTGTCATTTTGTTATCTTTAAAAATTATATTGATCATAATAATAAACTATT]
[+] EMBL CD079867             [                                                                                                                                                                      AGACTTATAAAGTCTGGATGGAATAAACAAAATGATTCTTCCAATTTATATGAAATAACTATACGATGTGATCGTGAGTTCGGTCCACGTTGGACAGGACGCGTTATATACAATACACAGCC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ]




>consensus_9771#1
CGAAATAACATTTATTCATTTTTGTGATGTTCTTGGTGTCAGCAAAAAGAAAAGAGAAAT
AAACAGCGAAATTCTTAAAGAAAGAAACATAGTAATTCCAGATTCACTACCTAAACCAAT
CGTCTACTCAAGCAACCTAAGTCCAGAGATGCAGCAGAAAATATTGAGACTTATAAAGTA
TGGATGGAATAAACAAAATGATTCTTCCAATTTATATGAAATAACTATACGATGTGATCG
TGAGTTCGGTCCACGTTGGAGAGGACGCGTTATATACAATACACAGCCAATAAAAGAAGC
AGCCAAAGGCACAATATAGACCTGCAGGATGTTGTTGCTGTTAGTTAGTTACAATTTTAA
AAATACTCCATTCTGGTTCTATTTAATTACTTTAAACTATTGTTGTAATGCAAGATAATT
TTGTGTCAACTTTAACTCTTACGCAATAAAAAGTTGCATTCACAGATAATAATGCCATTC
TATTAACATCATGGACTTAAAAATCATGTTATAAATCATTNTCTTCTAGTTTAAATAAAC
TGTGTGTCATTCTGTTATCTTTAAAAATTATATTGATCATAATAATAAACTATT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_9771#0      TTTATTATTAATTTAATTAGTTGATAAATCATTTCATATTAGTTCCAAAATGACTGAACA 60
consensus_9771#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9771#0      AGAAATTTTACATGCATTTTCATTAATTGATACTGATAATGATGGAGTCATTACAATTGA 120
consensus_9771#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9771#0      AGATCTTGAAAGATATTCTAAGAAAAGTACAGTAGCAGATGATTTTGTAATAAAGTGGAA 180
consensus_9771#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9771#0      AAGGTTATTTGATGAAGACAATACTGGCGAAATAACATTTATTCATTTTTGTGATGTTCT 240
consensus_9771#1      ---------------------------CGAAATAACATTTATTCATTTTTGTGATGTTCT 33
                                                 *********************************

consensus_9771#0      TGGTGTCAGCAAAAAGAAAAGAGA---------CGAAATTCTTAAAGAAAGAAACATAGT 291
consensus_9771#1      TGGTGTCAGCAAAAAGAAAAGAGAAATAAACAGCGAAATTCTTAAAGAAAGAAACATAGT 93
                      ************************         ***************************

consensus_9771#0      AATTCCAGATTCACTACCTAAACCAATCGTCTACTCAAGCAACCTAAGTCCAGAGATGCA 351
consensus_9771#1      AATTCCAGATTCACTACCTAAACCAATCGTCTACTCAAGCAACCTAAGTCCAGAGATGCA 153
                      ************************************************************

consensus_9771#0      GCAGAAAATATTGAGACTTATAAAGTATGGATGGAATAAACAAAATGATTCTTCCAATTT 411
consensus_9771#1      GCAGAAAATATTGAGACTTATAAAGTATGGATGGAATAAACAAAATGATTCTTCCAATTT 213
                      ************************************************************

consensus_9771#0      ATATGAAATAACTATACGATGTGATCGTGAGTTCGGTCCACGTTGGAGAGGACGCGTTAT 471
consensus_9771#1      ATATGAAATAACTATACGATGTGATCGTGAGTTCGGTCCACGTTGGAGAGGACGCGTTAT 273
                      ************************************************************

consensus_9771#0      ATACAATACACAGCCAATAAAAGAAGCAGCTAAAGGAAAATATCTGGTGTTCAGTTGTGA 531
consensus_9771#1      ATACAATACACAGCCAATAAAAGAAGCAGCCAAAGGCACA-------------------- 313
                      ****************************** ***** * *                    

consensus_9771#0      TAATGGACAAACTATATTGTGCCTTTGGTTAGCAAATGACGACGAAGACAGACCTGCAGG 591
consensus_9771#1      ---------------------------------------------ATATAGACCTGCAGG 328
                                                                   * * ***********

consensus_9771#0      ATGTTGTTGCTGTTAGTTAGTTACAATTTTAAAAATACTCCATTCTGGTTCTATTTAATT 651
consensus_9771#1      ATGTTGTTGCTGTTAGTTAGTTACAATTTTAAAAATACTCCATTCTGGTTCTATTTAATT 388
                      ************************************************************

consensus_9771#0      ACTTTAAACTATTGTTGTAATGCAAGATAATTTTGTGTCAACTTTAACTCTTACGCAATA 711
consensus_9771#1      ACTTTAAACTATTGTTGTAATGCAAGATAATTTTGTGTCAACTTTAACTCTTACGCAATA 448
                      ************************************************************

consensus_9771#0      AAAAGTTGCATTCACAGATAATAATGCCATTCTATTAACATCATGGACTTAAAAATCATG 771
consensus_9771#1      AAAAGTTGCATTCACAGATAATAATGCCATTCTATTAACATCATGGACTTAAAAATCATG 508
                      ************************************************************

consensus_9771#0      TTATAAATCATTTTCTTCTAGTTTAAATAAACTGTGTGTCATTTTGTTATCTTTAAAAAT 831
consensus_9771#1      TTATAAATCATTNTCTTCTAGTTTAAATAAACTGTGTGTCATTCTGTTATCTTTAAAAAT 568
                      ************ ****************************** ****************

consensus_9771#0      TATATTGATCATAATAATAAACTATT 857
consensus_9771#1      TATATTGATCATAATAATAAACTATT 594
                      **************************