These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_9797#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 7 consensus length = 602 fasta sequence [CGAATGAATTAGCGGCGTAAATCGCTTGAAAGTGAGAAAGAAAATGAACGTAGAAGAATTATTCTTAGGTGATCGTAATTTAACTTTGTTACCTATTGTTGGAAGTGTAATGGCCAGTTTTTTATCAGCTGTCGCTATATTAGGCACTGCATCTGAAGCTTATCAATGTGGTATTCAATTCATATTATTGGTTGGGGGTTATTGTATTGCATTTCCATTAGCTGCATATGTTTACATGCCAGTATTTTATAAACTTAGATTGAACAGTGCTCATGAATATTTAGAAATGCGATTTGGAAAACTTGTTCGATGGACAACTTCACTTGTATTCTTATTACAAATGACAGTTTACATTGCTCTTGCATTGTATGCGCCTGCTTTGGCATTCAGTCAAGTTAGTGGTCTACCCATATGGATATCCATATTATCTACTGGTCTGGTGGCTACATTTTATACAGCTTTTGGTGGTATTCGTGCAGTTGTATGGGTTGATCTTTTTCAACTGATTGTTCTCATCAGTGGATTATGTTTAATCACATTATTAATTACTTTAAAAGTCGGTGGATTCCCACGTCTATGGGGTATAGTACTAGACGGCAGCG] [+] EMBL CD113813 [CGAATGAATTAGCGGCGTAAATCGCTTGAAAGTGAGAAAGAAAATGAACGTAGAAGAATTATTCTTAGGTGATCGTAATTTAACTTTGTTACCTATTGTTGGAAGTGTAATGGCCAGCTTTTTATCAGCTGTCGCTATATTGGGCACTGCATCTGAAGCTTATCAATGTGGTATTCAATTCATATTATTGGTTGGGGGTTATTGTATTGCATTTCCATTAGCTGCATATGTTTACATGCCAGTATTTTATAAACTTAGATTGAACAGTGCTCATGAATATTTAGAAATGCGATTTGGAAAACTTGTTCGATGGACAACTTCACTTGTATTCTTATTACAAATGACAGTTTACATTGCTCTTGCATTGTATGCGCCTGCTTTGGCATTCAGTCAAGTTAGTGGTCTACCCATATGGATATCCATATTATCTACTGGTCTGGTGGCTACATTTTATACAGCTTTTGGTGGTATTCGTGCAGTTGTATGGGTTGATCTTTTTCAACTGATTGTTCTCATCAGTGGATTATGTTTAATCACATTATTAATTACTTTAAAAGTCGGTGGATTCCCACGTC ] [-] EMBL CD165799 [ ATGGCCAGTTTTTTATCAGCTGTCGCTATATTAGGCACTGCATCTGAAGCTTATCAATGTGGTATTCAATTCATATTATTGGTTGGGGGTTATTGTATTGCATTTCCATTAGCTGCATATGTTTACATGCCAGTATTTTATAAACTTAGATTGAACAGTGCTCATGAATATTTAGAAATGCGATTTGGAAAACTTGTTCGATGGACAACTTCACTTGTATTCTTATTACAAATGATAGTTTACTTTGCTCTTGCATTGTATGCGCCTGCTTTGG ] [-] EMBL CD165765 [ ATGGCCAGTTTTTTATCAGCTGTCGCTATATTAGGCACTGCATCTGAAGCTTATCAATGTGGTATTCAATTCATATTATTGGTTGGGGGTTATTGTATTGCATTTCCATTAGCTGCATATGTTTACATGCCAGTATTTTATAAACTTAGATTGAACAGTGCTCATGAATATTTAGAAATGCGATTTGGAAAACTTGTTCGATGGACAACTTCACTTGTATTCTTATTACAAATGATAGTTTACATTGCTCTTGCATTGTATGCGCCTGCTTTGG ] [-] EMBL CD165778 [ ATGGCCAGTTTTTTATCAGCTGTCGCTATATTAGGCACTGCATCTGAAGCTTATCAATGTGGTATTCAATTCATATTATTGGTTGGGGGTTATTGTATTGCATTTCCATTAGCTGCATATGTTTACATGCCAGTATTTTATAAACTTAGATTGAACAGTGCTCATGAATATTTAGAAATGCGATTTGGAAAACTTGTTCGATGGACAACTTCACTTGTATTCTTATTACAAATGATAGTTTACATTGCTCTTGCATTGTATGCGCCTGCTTTGG ] [+] EMBL CD113770 [ TATTGCATTTCCATTAGCTGCATATGTTTACATGCCAGTATTTTATAAACTTAGATTGAACAGTGCTCATGAATATTTAGAAATGCGATTTGGAAAACTTGTTCGATGGACAACTTCACTTGTATTCTTATTACAAATGACAGTTTACATTGCTCTTGCATTGTATGCGCCTGCTTTGGCATTCAGTCAAGTTAGTGGTCTACCCATATGGATATCCATATTATCTACTGGTCTGGTGGCTACATTTTATACAGCTTTTGGTGGTATTCGTGCAGTTGTATGGGTTGATCTTTTTCAACTGATTGTTCTCATCAGTGGATTATGTTTAATCACATTATTAATTACTTTAAAAGTCGGTGGA TCCAACGTCTATGGGGTATAGTACTAGACGGCAGCG] [+] EMBL CD113773 [ TAAACTTAGATTGAACAGTGCTCATGAATATTTAGAAATGCGATTTGGAAAACTTGTTCGATGGACAACTTCACTTGTATTCTTATTACAAATGACAGTTTACATTGCTCTTGCATTGTATGCGCCTGCTTTGGGATTCAGTCCAG ] [-] EMBL CD120011 [ TATTATCTACTGGTCTGGTGGCTACATTATATACAGCTTTTGGTGGTATTCGTGCAGTTGTATGGGTTGATCTTTTTCAACTGATTGTTCTCATCAGTGGATTATGTTTAATCACATTATTAATTACTTTAAAAGTCGGTGGAT ] consensusID : consensus_9797#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 4 consensus length = 512 fasta sequence [CTATGTGAGATCTGTATTAGCTGCAATATGT-GTCACCTGTGCAATGGTCAGATTATTTGATTTTCGCTATTTCACTTATTTGTTACTCCCTGATTGGGATTTATCATCGATATCATAATGTAATTTTTGAGAAATTAACTAGTTGTTTTCCTGGTATCAACTTTAAACCAAAAGTGAGAAAGAAAATGAACGTAGAAGAATTATTCTTAGGTGATCGTAATTTAACTTTGTTACCTATTGTTGGAAGTGTAATGGCCAGCTTTTTATCAGCTGTCGCTATATTGGGCACTGCATCTGAAGCTTATCAATGTGGTATTCAATTCATATTATTGGTTGGGGGTTATTGTATTGCATTTCCATTAGCTGCATATGTTTACATGCCAGTATTTTATAAACTTAGATTGAACAGTGCTCATGAATATTTAGAAATGCGATTTGGAAAACTTGTTCGATGGACAACTTCACTTGTATTCTTATTACAAATGACAGTTTACATTGCTCTTGCATTGTAT] [+] EMBL CD113840 [CTATGTGAGATCTGTATTAGCTGCAATATGTCGTCAACTGTCCAATGGTCAGATTATTTGATTTTCGCTATTTCACTTATTTGTTACTCCCTGATTGGGATTTATCATCGATATCATAATGTAATTTTTGAGAAATTAACTAGTTGTTTTCCTGGTATCAACTTTAAACCAAAAGTGAGAAAGAAAATGAACGTAGAAGAATTATTCTTAGGTGATCGTAATTTAACTTTGTTACCTATTGTTGGAAGTGTAATGGCCAGCTTTTTATCAGCTGTCGCTATATTGGGCACTGCATCTGAAGCTTATCAATGTGGTATTCAATTCATATTATTGGTTGGGGGTTATTGTATTGCATTTCCATTAGCTGCATATGTTTACATGCCAGTATTTTATAAACTTAGATTGAACAGTGCTCATGAATATTTAGAAATGCGATTTGGAAAACTTGTTCGATGGACAACTTCACTTGTATTCTTATTACAAATGACAGTTTACATTGCTCTTGCATTG ] [+] EMBL CD113748 [ TATGT GTCACCTGTGTAATGGTCAGATTATTTGATTTTCGCTATTTCACTTATTTGTTACTCCCTGATTGGGATTTATCATCGATATCATAATGTAATTTTTGAGAAATTAACTAGTTGTTTTCCTGGTATCAACTTTAAACCAAAAGTGAGAAAGAAAATGAACGTAGAAGAATTATTCTTAGGTGATCGTAATTTAACTTTGTTACCTATTGTTGGAAGTGTAATGGCCAGCTTTTTATCAGCTGTCGCTATATTGGGCACTGCATCTGAAGCTTATCAATGTGGTATTCAATTCATATTATTGGTTGGGGGTTATTGTATTGCATTTCCATTAGCTGCATATGTTTACATGCCAGTATTTTATAAACTTAGATTGAACAGTGCTCATGAATATTTAGAAATGCGATTTGGAAAACTTGTTCGATGGACAACTTCACTTGTATTCTTATTACAAATGACAGTTTACATTGCTCTTGCATTGTAT] [+] EMBL CD113758 [ TATGT GTCACCTGTGCAATGGTCAGATTATTTGATTTTCGCTATTTCACTTATTTGTTACTCCCTGATTGGGATTTATCATCGATATCATAATGTAATTTTTGAGAAATTAACTAGTTGTTTTCCTGGTATCAACTTTAAACCAAAAGTGAGAAAGAAAATGAACGTAGAAGAATTATTCTTAGGTGATCGTAATTTAACTTTGTTACCTATTGTTGGAAGTGTAATGGCCAGCTTTTTATCAGCTGTCGCTATATTGGGCACTGCATCTGAAGCTTATCAATGTGGTATTCAATTCATATTATTGGTTGGGGGTTATTGTATTGCATTTCCATTAGCTGCATATGTTTACATGCCAGTATTTTATAAACTTAGATTGAACAGTGCTCATGAATATTTAGAAATGCGATTTGGAAAACTTGTTCGATGGACAACTTCACTTGTATTCTT ] [+] EMBL CD113888 [ AGCTTTTTATCAGCTGTCGCTATATTGGGCACTGCATCTGAAGCTTATCAATGTGGTATTCAATTCATATTATTGGTTGGGGGTTATTGTATTGCATTTCCATTAGCTGCATATGTTTACATGCCAGTATTTTATAAACTTAGATTGAACAGTGCTCATGAATATATAG ] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_9797#0 ------------------------------------------------------------ consensus_9797#1 CTATGTGAGATCTGTATTAGCTGCAATATGTGTCACCTGTGCAATGGTCAGATTATTTGA 60 consensus_9797#0 ------------------------------------------------------------ consensus_9797#1 TTTTCGCTATTTCACTTATTTGTTACTCCCTGATTGGGATTTATCATCGATATCATAATG 120 consensus_9797#0 -------------------CGAATGAATTAGCGGCGTAAATCGC---TTGAAAGTGAGAA 38 consensus_9797#1 TAATTTTTGAGAAATTAACTAGTTGTTTTCCTGGTATCAACTTTAAACCAAAAGTGAGAA 180 ** ** ** * ** ********** consensus_9797#0 AGAAAATGAACGTAGAAGAATTATTCTTAGGTGATCGTAATTTAACTTTGTTACCTATTG 98 consensus_9797#1 AGAAAATGAACGTAGAAGAATTATTCTTAGGTGATCGTAATTTAACTTTGTTACCTATTG 240 ************************************************************ consensus_9797#0 TTGGAAGTGTAATGGCCAGTTTTTTATCAGCTGTCGCTATATTAGGCACTGCATCTGAAG 158 consensus_9797#1 TTGGAAGTGTAATGGCCAGCTTTTTATCAGCTGTCGCTATATTGGGCACTGCATCTGAAG 300 ******************* *********************** **************** consensus_9797#0 CTTATCAATGTGGTATTCAATTCATATTATTGGTTGGGGGTTATTGTATTGCATTTCCAT 218 consensus_9797#1 CTTATCAATGTGGTATTCAATTCATATTATTGGTTGGGGGTTATTGTATTGCATTTCCAT 360 ************************************************************ consensus_9797#0 TAGCTGCATATGTTTACATGCCAGTATTTTATAAACTTAGATTGAACAGTGCTCATGAAT 278 consensus_9797#1 TAGCTGCATATGTTTACATGCCAGTATTTTATAAACTTAGATTGAACAGTGCTCATGAAT 420 ************************************************************ consensus_9797#0 ATTTAGAAATGCGATTTGGAAAACTTGTTCGATGGACAACTTCACTTGTATTCTTATTAC 338 consensus_9797#1 ATTTAGAAATGCGATTTGGAAAACTTGTTCGATGGACAACTTCACTTGTATTCTTATTAC 480 ************************************************************ consensus_9797#0 AAATGACAGTTTACATTGCTCTTGCATTGTATGCGCCTGCTTTGGCATTCAGTCAAGTTA 398 consensus_9797#1 AAATGACAGTTTACATTGCTCTTGCATTGTAT---------------------------- 512 ******************************** consensus_9797#0 GTGGTCTACCCATATGGATATCCATATTATCTACTGGTCTGGTGGCTACATTTTATACAG 458 consensus_9797#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9797#0 CTTTTGGTGGTATTCGTGCAGTTGTATGGGTTGATCTTTTTCAACTGATTGTTCTCATCA 518 consensus_9797#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9797#0 GTGGATTATGTTTAATCACATTATTAATTACTTTAAAAGTCGGTGGATTCCCACGTCTAT 578 consensus_9797#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9797#0 GGGGTATAGTACTAGACGGCAGCG 602 consensus_9797#1 ------------------------ |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||