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consensusID : consensus_9832#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 8 consensus length = 1148 fasta sequence
[TCCAGGCCAANAATTCGGCACGAGGGTCAACTTATTGGTATTTCATCACCACGTCAACTTCCTGCCCAAGGTGGTCCTTTCGTATTACCACCCATTAATTTATCTAATGAAAAACAAAATACAATTACTAATGATA-ATACTTCTATTCCAATTGGCCGTCGTAGGTTGTCTGCTCTAATAAACCTGATTCGAAGACGTCGACCAATTAATAATGCTTTAGTTCTCATGCGTCACGATTCATCGTCAAATCTTAGATCACTTTTCTTATCTTGTATGGTTGAAGACAAGACAGAATCAGCTCCATCATATCAGGAATTCCTTCAAATGATTCAGAATTTAGTCAGAACATAATTTTTAAAGTATGCTTATGTTATACTTTCTTCCCTTATGATAATATATCTTTAA-GGCTTGATGATGATGATGATGTGAAAATGGAACGAAGTGGTTCATCGCTGTTTTTGGTGCCTTTATAGTTGAATAGTAGTGATAAATTAATCAGCTCATGCTTAAGTATAATGTAATTTTTTCTTTTCATT-GTTTCCTCGC-TTTTTTTAAAAAAAAAAGAGAACAAATCTTGTAATCAGATTGATCAATTTTAAAAGCGATATCAATATCATTATGATCCGTCATTAACAATTCAATTGTTTTACGAAATTTATTGATTGTTTCACATTTATTTTTTCCCCCACCTTTTCCTTCCTTTTTTTCTGTACTGTTTGTTATTTTATTCATATCCTTCAAAAAATGTGAATAAGTCTTAAAATCTCCAACCGATTAGTTATGATAACAAAAAGAGAGTACTATATTTAAGAGTAATTTATAATTGATGAATTATTTATTTGTTTAACTAATCTATCAGTTATTACTATGCAAAGTTAAATTTAAGTATTCAACTTTTTTTTTCTTTACTAATAATATTTTTTTGAAGAAAAATCCGTTTTGTTTTTCTTCTTTACTACCATCATACTTAAAGAAGTTTAAGTAGATTTTTTTTTTGTTCCTCTTAAATATTTCTTTCTTGAACTAGTTTTTGTTTTAACTTCCTGTTAGTGTTATGATTTAACATCTTTTATTTTAATTATTTCTCTTTGAACTTTATGAAGATCCATTTATTGTGTTATGGTGTAATAATTTAATACATGTGTTTT]
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[-] EMBL CD181224 [ ACT ATGATATNNACTTCTATTCCAATTGGCCGTCGTAGGTTGTCTGCTCTAATAAACCTGATTCGAAGACGTCGACCAATTAATAATGCTTTAGTTCTCATGCGTCACGATTCATCGTCAAATCTTAGATCACTTTTCTTATCTTGTATGGTTGAAGACAAGACAGAATCAGCTCCATCATATCAGGAATTCCTTCAAATGATTCAGAATTTAGTCAGAACATAATTTTTAAAGTATGCTTATGTTATACTTTCTTCCCTTATGATAATATATCTTTAA GGCTTGATGATGATGATGATGTGAAAATGGAACGAAGTGGTTCATCGCTGTTTTTGGTGCCTTTATAGTTGAATAGTAGTG ]
[+] EMBL CD081191 [ acggTTTAAGGGCTTGATGATGATGATGATGTGAAAA GGAACGAA TGGTT ATCGCTGTTTTTGGTGCCTTTATAGTTGAATAGTAGTGATAAATTAATCAGCTCATGCTTAAGTATAATGTAATTTTTTCTTTTCATTGGTTTCCTCGCTTTTTTTTAAAAAAAAAAGAGAACAAATCTTGTAATCAGATTGATCAATTTTAAAAGCGATATCAATATCATTATGATCCGTCATTAACAATTCAATTGTTTTACGAAATTTATTGATTGTTTCACATTTATTTTTTCCCCCACCTTTTCCTTCCTTTTTTTCTGTACTGTTTGTTATTTTATTCATATCCTTCAAAAAATGTGAATAAGTCTTAAAATCTCCAACCGATTAGTTATGATAACAAAAAGAGAGTACTATATTTAAGAGTAATTTATAATTGATGAATTATTTATTTGTTTAACTAATCTATCAGTTATTACTATGCAAAGTTAAATTTAAGTATTCAACTTTTTTTTTCTTTACTAATAATATTTTTTTGAAGAAAAATCCGTTTTGTTTTTCTTCTTTACTACCATCATACTTAAAGAAGTTTAAGTAGATTTTTTTTTTGTTCCTCTTAAATATTTCTTTCTTGAACTAGTTTTTGTTTTAACTTCCTGTTAGTGTTATGATTTAACATCTTTTATTTTAATTATTTCTCTTTGAACTTTATGAAGATCCATTTATTGTGTTATGGTGTAATAATTTAATACATGTGTT ]
[-] EMBL CD075019 [ TTAA GGCTTGATGATGATGATGATGTGAAAATGGAACGAAGTGGTTCATCGCTGTTTTTGGTGCCTTTATAGTTGAATAGTAGTGATAAATTAATCAGCTCATGCTTAAGTATAATGTAATTTTTTCTTTTCATT GTTTCCTCGC TTTTTTTAAAAAAAAAAGAGAACAAATCTTGTAATCAGATTGATCAATTTTAAAAGCGATATCAATATCATTATGATCCGTCATTAACAATTCAATTGTTTTACGAAATTTATTGATTGTTTCACATTTATTTTTTCCCCCACCTTTTCCTTCCTTTTTTTCTGTACTGTTTGTTATTTTATTCATATCCTTCAAAAAATGTGAATAAGTCTTAAAATCTCCAACCGATTAGTTATGATAACAAAAAGAGAGTACTATATTTAAGAGTAATTTATAATTGATGAATTATTTATTTGTTTAACTAATCTATCAGTTATTACTATGCAAAGTTAAATTTAAGTATTCAACTTTTTTTTTCTTTACTAATAATATTTTTTTGAAGAAAAATCCGTTTTGTTTTTCTTCTTTACTACCATCATACTTAAAGAAGTTTAAGTAGATTTTTTTTTTGTTCCTCTTAAATATTTCTTTCTTGAACTAGTTTTTGTTTTAACTTCCTGTTAGTGTTATGATTTAACATCTTTTATTTTAATTATTTCTCTTTGAACTTTATGAAGATCCATTTATTGTGTTATGGTGTAATAATTTAATACATGntagtt]
[-] EMBL CD073904 [ TCATT GTTTCCTCGC TTTTTTTAAAAAAAAAAGAGAACAAATCTTGTAATCAGATTGATCAATTTTAAAAGCGATATCAATATCATTATGATCCGTCATTAACAATTCAATTGTTTTACGAAATTTATTGATTGTTTCCCATTTATTTTTTCCCCCCCCTTTTCCTTCCTTTTTTTCTGGACGGTTTGTTATTTTATTCAAACCCTTCAAAAAATGTGAATAAGTTTTAAAATCTCCACCCGATTAGTTATGATAACAAAAAAAGAGTACTATATTTAAGAGTAATTTATAATTGATGAATTATTTATTTGTTTAACTAATCTATCAGTTATTACTATGCAAAGTTAAATTTAA ]
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[-] EMBL CD073903 [ aACTTAAAAAAGTTTAAGTAGATTTTTTTTTTGTTCCTCTTAAAAATTTCTTTCTTGAACTAGTTTTTGTTTTAACTTCCTGTTAGTGTTATGATTTAACATCTTTTATTTTAATTATTTCTCTTTGAACTTTATGAAGATCCATTTATTGTGTTATGGTGTAATAATTTAAAGCATGTG ]
consensusID : consensus_9832#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 963 fasta sequence
[CGGACATTTTACGTCAACTTATTGGTATTTCATCACCACGTCAACTTCCTGCCCAAGGTGCTCCTTTCGTATTACCACCCATTAATTTATCTAATGAAAAACAAAATACAATTACTAATGATAATACTTCTATTCCAATTGGCCGTCGTAGGTTGTCTGCTCTAATAAACCTGATTCGAAGACGTCGACCAATTAATAATGCTTTAGTTCTCATGCGTCACGATTCATCGTCAAATCTTAGATCACTTTTCTTATCTTGTATGGTTGAAGACAAGACAGAATCAGCTCCATCATATCAGGAATTCCTTCAAATGATTCAGAATTTAGTCAGAACATAATTTTTAAAGTATGCTTATGTTATACTTTCTTCCCTTATGATAATATATCTTTAAGGCTTGATGATGATGATGATGATGTGAAAATGGAACGAAGTGGTTCATCGCTGTTTTTGGTGCCTTTATAGTTGAATAGTAGTGATAAATTAATCAGCTCATGCTTAAGTATAATGTAATTTTTTCTTTTCATTGTTTCCTCGCTTTTTTTTAAAAAAAAAGAGAACAAATCTTGTAATCAGATTGATCAATTTTAAAAGCGATATCAATATCATTATGATCCGTCATTAACAATTCAATTGTTTTACGAAATTTATTGATTGTTTCACATTTATTT-TTTCCCCCACTTTTGCCTTCCNTTNTTTCTGTACTGNTTGTTATTTTATTCATNTCCTTCAAAAAANGTGAATAGGTCTTAANATCTCCAACCGATTAGTTNTGATAACAAAAAGAGAGTACTATATTTAAGAGTAATTTATAATTGGNTGAATTATTTATNTGGTTTAACTAATCTATCAGTNATTACTATGCAANGTTAAATTTAAGTATTCAACTTNANATNCTTNACTAATANTATTTCTNGGAGGAAAAATCCGTTTNGGTTNNTCCTCTTTACTACCATCATACTTAA]
[+] EMBL CD078613 [CGGACATTTTACGTCAACTTATTGGTATTTCATCACCACGTCAACTTCCTGCCCAAGGTGCTCCTTTCGTATTACCACCCATTAATTTATCTAATGAAAAACAAAATACAATTACTAATGATAATACTTCTATTCCAATTGGCCGTCGTAGGTTGTCTGCTCTAATAAACCTGATTCGAAGACGTCGACCAATTAATAATGCTTTAGTTCTCATGCGTCACGATTCATCGTCAAATCTTAGATCACTTTTCTTATCTTGTATGGTTGAAGACAAGACAGAATCAGCTCCATCATATCAGGAATTCCTTCAAATGATTCAGAATTTAGTCAGAACATAATTTTTAAAGTATGCTTATGTTATACTTTCTTCCCTTATGATAATATATCTTTAAGGCTTGATGATGATGATGATGATGTGAAAATGGAACGAAGTGGTTCATCGCTGTTTTTGGTGCCTTTATAGTTGAATAGTAGTGATAAATTAATCAGCTCATGCTTAAGTATAATGTAATTTTTTCTTTTCATTGTTTCCTCGCTTTTTTTTAAAAAAAAAGAGAACAAATCTTGTAATCAGATTGATCAATTTTAAAAGCGATATCAATATCATTATGATCCGTCATTAACAATTCA ]
[+] EMBL AA958303 [ TTTCCTCGCTTTTTTTT AAAAAAAAGAGACCAAATCTTGTAATCAGATTGATCAATTTTAAAAGCGATATCAATATCATTATGATCCGTCATTAACAATTCAATTGTTTTACGAAATTTATTGATTGTTTCACATTTATTT TTTCCCCCACT ]
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consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
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************* **********************************************
consensus_9832#0 ACAATTACTAATGATAATACTTCTATTCCAATTGGCCGTCGTAGGTTGTCTGCTCTAATA 180
consensus_9832#1 ACAATTACTAATGATAATACTTCTATTCCAATTGGCCGTCGTAGGTTGTCTGCTCTAATA 167
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consensus_9832#0 AACCTGATTCGAAGACGTCGACCAATTAATAATGCTTTAGTTCTCATGCGTCACGATTCA 240
consensus_9832#1 AACCTGATTCGAAGACGTCGACCAATTAATAATGCTTTAGTTCTCATGCGTCACGATTCA 227
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consensus_9832#1 TCGTCAAATCTTAGATCACTTTTCTTATCTTGTATGGTTGAAGACAAGACAGAATCAGCT 287
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consensus_9832#1 TATGCTTATGTTATACTTTCTTCCCTTATGATAATATATCTTTAAGGCTTGATGATGATG 407
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| Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||