cluster # 9875

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Schistosoma mansoni
cluster # 9875 cluster # 9875 Sequences # 12 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_9875#0 length = 731 sequences # 4

consensus_9875#1 length = 709 sequences # 8

consensusID : consensus_9875#0
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Sequences nbr = 4
consensus length = 731
fasta sequence

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[+] EMBL CD078990             [CGAAGACGGTACTGCCTTATTGTATATTAAGGCTGTGCATGATACCAAGCATTAAGTTTGTTGAAATTCAGGCCACAAGTCACTCACGGCTTTATTTATCGTTATAGTTGTCAAAATCATTTAGCGAGATTCTTCAAACATGGATTTGCTCGATAAGGATGAGCCCATATTTTCCATTCAAGAATCAAGAGATGCTTTTGTTGTCATGACAGAAAGTGGCATAATGGATGATGGAATTCAGTTCCGTTATGCTGTTGACCTCCTCCGTACTACTCGTAAAGAGGCACTTAATCTCTCCATTAAGTTATTAGAAGAATTATTTAATCGCACAAAGGATGACAGTCTACGGCGTGACTGTTTGTTTTATTTGGCAGTAGCTTACACTAAGCTGTCAGACTATGAAAACGCAACTCGTTGTTGTGATAATATATTGGCGATACAACCATCAAACCAACAGGTCAAAGAATTAAGGAATACAATACAATCTCGTGCTAAAAAAGATGGCCTAACTGGCTTAGCAGTTGTTGGTGGTGCTGTTTTAGGAGCGGCTGCATTGTTAGGCATTGGTCTTGGTGTTGGTTTATCTAAACGTCGATAACCTGAACTATTCAATGACTATAATTTCTAT                                                                                                       ]
[+] EMBL CD062766             [      CGGTACTGCCTTATTGTATATTAAGGCTGTGCATGATACCAAGCATTAAGTTTGTCGAAATTCAAGCCACAAGTCACGCACGGCCTTATTTATCGATATAGCTGTCAAAATCATTTAGCGAGATTCTTCAAACATGGATTTGCTCGATAAGGATGAGCCCATATTCTCCATTCAAGAATCAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[-] EMBL CD073441             [                                                                                                                    TCATTTAGCGAGATTCTTCAAACATGGATTTGCTCGATAAGGATGAGCCCATATTTTCCATTCAAGAATCAAGAGATGCTTTTGTTGTCATGACAGAAAGTGGCATAATGGATGATGGAATTCAGTTCCGTTATGCTGTTGACCTCCTCCGTACTACTCGTAAAGAGGCACTTAATCTCTCCATTAAGTTATTAGAAGAATTATTTAATCGCACAAAGGATGACAGTTTACGGCGTGACTGTTTGTTTTATTTGGCAGTAGCTTACACTAAGCTGTCAGACTATGAAAACGCAACTCGTTGTTGTGATAATATATTGGCGATACAACCATCAAACCAACAGGTCAAAGAATTAAGGAATACAATACAATCTCGTGCTAAAAAAGATGGCCTAACTGGCTTAGCAGTTGTTGGTGGTGCTGTTTTAGGAGCGGCTGCATTGTTAGGCATTGGTCTTGGTGTTGGTTTATCTAAACGTCGATAACCTGAACTATTCAATGACTATAATTTCTATCACATAAGACTTTTTGATCATTTTCTTTGATTTTTCAAAATATGTACAAATGCCTGTACGAATTGTTATTAATTTCGTTTTCTATGTTAAAGCAATACATGTG]
[+] EMBL CD150333             [                                                                                                                                                                                           AGAGATGCTTTTGTTGTCATGACAGAAAGTGGCATAATGGATGATGGAATTCAGTTCCGTTATGCTGTTGACCTCCTCCGTACTACTCGTAAAGAGGCACTTAATCTCTCCATTAAGTTATTAGAAGAATTATTTAATCGCACAAAGGATGACAGTCTACAGCGTGACTGTTTGTTTTATTTGGCAGTAGCTTACACTAAGCTGTCAGACTATGAAAACGCAACTCGTTGTTGTGATAATATATTGGCGATACAACCATCAAACCAACAAGTCGAAGAATTAAGGAATACAATACAATCTCGTGCTAAAAATGATGGCCTAACTGGCTTAGCAGT                                                                                                                                                                                                                 ]




>consensus_9875#0
CGAAGACGGTACTGCCTTATTGTATATTAAGGCTGTGCATGATACCAAGCATTAAGTTTG
TTGAAATTCAGGCCACAAGTCACTCACGGCTTTATTTATCGTTATAGTTGTCAAAATCAT
TTAGCGAGATTCTTCAAACATGGATTTGCTCGATAAGGATGAGCCCATATTTTCCATTCA
AGAATCAAGAGATGCTTTTGTTGTCATGACAGAAAGTGGCATAATGGATGATGGAATTCA
GTTCCGTTATGCTGTTGACCTCCTCCGTACTACTCGTAAAGAGGCACTTAATCTCTCCAT
TAAGTTATTAGAAGAATTATTTAATCGCACAAAGGATGACAGTCTACGGCGTGACTGTTT
GTTTTATTTGGCAGTAGCTTACACTAAGCTGTCAGACTATGAAAACGCAACTCGTTGTTG
TGATAATATATTGGCGATACAACCATCAAACCAACAGGTCAAAGAATTAAGGAATACAAT
ACAATCTCGTGCTAAAAAAGATGGCCTAACTGGCTTAGCAGTTGTTGGTGGTGCTGTTTT
AGGAGCGGCTGCATTGTTAGGCATTGGTCTTGGTGTTGGTTTATCTAAACGTCGATAACC
TGAACTATTCAATGACTATAATTTCTATCACATAAGACTTTTTGATCATTTTCTTTGATT
TTTCAAAATATGTACAAATGCCTGTACGAATTGTTATTAATTTCGTTTTCTATGTTAAAG
CAATACATGTG

consensusID : consensus_9875#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 8
consensus length = 709
fasta sequence

                              [AGGATTGTAGAGGATCTAAGAGATCTAAGTTGAAATTCAGGCCACAAGTCACTCACGGCTTTATTTATCGTTATAGTTGTCAAAATCATTTAGCGAGATTCTTCAAACATGGATTTGCTCGATAAGGATGAGCCCATATTTTCCATTCAAGAATCAAGAGATGCTTTTGTTGTCATGACAGAAAGTGGCATAATGGATGATGGAATTCAGTTCCTTTATGCTGTTGACCTCCTCCGTACTACTCGTAAAGAGGCACTTAATCTCTCCATTAAGTTATTAGAAGAATTATTTAATCGCACAAAGGATGACAGTCTACAGCGTGACTGTTTGTTTTATTTGGCAGTAGCTTACACTAAGCTGTCAGACTATGAAAACGCAACTCGTTGTTGTGATAATATATTGGCGATACAACCATCAAACCAACAAGTTGAAGAATTAAGGAATACAATACAATCTCGTGCTAAAAATGTTGGGATGGTCGGTTTAGGAGTTGTCGGTGGCATTGTTCTGGGAGCAGCTGCACTACTGGGTATCGGTCTCAGTCGCTACTATTCTAGACGTCGTAAATAAGAATACTAGTTAACTGTACAAGGTGTGCAGAACAAATAGACTTGTGTTGCATCTGTTTACTTGTTCACAACATAGCCATTAGGTTCTGTTGGTCAGGTCAGTTATATTTACTTTTTCCTTATAAATATATCAAATAATC]

[+] EMBL CD083002             [AGGATTGTAGAGGATCTAAGAGATCTAAGTTGAAATTCAGGCCACAAGTCACGCACGGCCTTATTTATCGTTATAGTTGTCAAAATCATTTAGCGAGGTTCTTCAAACATGGATTTGCTCGATAAGAATGAGCCCATATTTTCCATTCAAGAATCAAGAGATGCTTTTGTTGTCATGACAGAAAGTGGCATAATGGATGATGGAATTCAGTTCCTTTATGCTGTTGACCTCCTCCGTACTACTCGTAAAGAGGCACTTAATCTCTCCATTAAGTTATTAGAAGAATTATTTAATCGCACAAAGGATGACAGTCTACAGCGTGACTGTTTGTTTTATTTGGCAGTAGCTTACACTAAGCTGTCAGACTATGAAAACGCAACTCGTTGTTGTGATAATATATTGGCGATACAACCATCAAACCAACAAGTTGAAGAATTAAGGAATACAATACAATCTCGTGCTAAAAATGTTGGGATGGTCGGTTTAGGAGTTGTCGGTGGCATTGTTCTGGGAGCAGCTGCACTACTGGGTATCGGTCTCAGTCGCTACTATTCTAGACGTCGTAAATAAGAATACTAGTTAACTGTACAAGGTGTG                                                                                                                ]
[+] EMBL AI067156             [        AGAGGATCTAAGAGATCTAAGTTGAAATTCAGGCCACAAGTCACTCACGGCTTTATTTATCGTTATAGTTGTCAAAATCATTTAGCGAGATTCTTCAAACATGGATTTGCTCGATAAGGATGAGCCCATATTTTCCATTCAAGAATCAAGAGATGCTTTTGTTGTCATGACAGAAAGTGGCATAATGGATGATGGAATTCAGTTCCTTTATGCTGTTGACCTCCTCCGTACTACTCGTAAAGAGGCACTTAATCTCTCCATTAAGTTATTAGAAGAATTATTTAATCGCACAAAGGATGACAGTCTACGGCGTGACTGTTTGTTTTATTTGGCAGTAGCTTACACTAAGCTGTCAGACTATGAAAACGCAACTCGTTGATGTGATAATATATTGGCGATACAGCCATCAATCCAACAAGTCGAAGAATTAAGGAATACAGTACAAT                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[+] EMBL AI067081             [              TCTAAGAGATCTAAGTTGAAATTCAGGCCACAAGTCACTCACGGCTTTATTTATCGTTATAGTTGTCAAAATCATTTAGCGAGATTCTTCAAACATGGATTTGCTCGATAAGGATGAGCCCATATTTTCCATTCAAGAATCAAGAGATGCTTTTGTTGTCATGACAGAAAGTGGCATAATGGATGATGGAATTCAGTTCCTTTATGCTGTTGACCTCCTCCGTACT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ]
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[+] EMBL AI067663             [              TCTAAGAGATCTAAGTTGAAATTCAGGCCACAAGTCACTCACGGCTTTATTTATCGTTATAGTTGTCAAAATCATTTAGCGAGATTCTTCAAACATGGATTTGCTCGATAAGGATGAGCCCATATTTTCCATTCAAGAATCAAGAGATGCTTTTGTTGTCATGACAGAAAGTGGCATAATGGATGATGGAATTCAGTTCCTTTATGCTGTTGACCTCCTCCGTACTACTCGTAAAGAGGCACTTAATCTCTCCATTAAGTTATTAGAAGAATTATTTAATCGCACAAAGGATGACAGTCTACGGCGTGACTGTTTGTTTTATTTGGCAGTAGCTTACACTAAGCTGTCAGACTATGAAAACGCAACTCGTTGTTGTGATAATATATTGGCGATACAACCAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                      ]
[+] EMBL AI067060             [              TCTAAGAGATCTAAGTTGAAATTCAGGCCACAAGTCACTCACGGCTTTATTTATCGTTATAGTTGTCAAAATCATTTAGCGAGATTCTTCAAACATGGATTTGCTCGATAAGGATGAGCCCATATTTTCCATTCAAGAATCAAGAGATGCTTTTGTTGTCATGACAGAAAGTGGCATAATGGATGATGGAATTCAGTTCCTTTATGCTGTTGACCTCCTCCGTACT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ]
[+] EMBL CD198390             [                                                          CTTTATTTATCGTTATAGTTGTCAAAATCATTTAGCGAGATTCTTCAAACATGGATTTGCTCGATAAGGATGAGCCCATATTTTCCATTCAAGAATCAAGAGATGCTTTTGTTGTCATGACAGAAAGTGGCATAATGGATGATGGAATTCAGTTCCTTTATGCTGTTGACCTCCTCCGTACTACTCGTAAAGAGGCACTTAATCTCTCCATTAAGTTATTAGAAGAATTATTTAATCGCACAAAGGATGACAGTCTACAGCGTGACTGTTTGTTTTATTTGGCAGTAGCTTACACTAAGCTGTCAGACTATGAAAACGCAACTCGTTGTTGTGATAATATATTGGCGATACAACCATCAAACCAACAAGTTGAAGAATTAAGGAATACAATACA                                                                                                                                                                                                                                                                 ]
[-] EMBL CD076585             [                                                                                                                                    CCCATATTTTCCATTCAAGAATCAAGAGATGCTTTTGTTGTCATGACAGAAAGTGGCATAATGGATGATGGAATTCAGTTCCTTTATGCTGTTGACCTCCTCCGTACTACTCGTAAAGAGGCACTTAATCTCTCCATTAAGTTATTAGAAGAATTATTTAATCGCACAAAGGATGACAGTCTACAGCGTGACTGTTTGTTTTATTTGGCAGTAGCTTACACTAAGCTGTCAGACTATGAAAACGCAACTCGTTGTTGTGATAATATATTGGCGATACAACCATCAAACCAACAAGTTGAAGAATTAAGGAATACAATACAATCTCGTGCTAAAAATGTTGGGATGGTCGGTTTAGGAGTTGTCGGTGGCATTGTTCTGGGAGCAGCTGCACTACTGGGTATCGGTCTCAGTCGCTACTATTCTAGACGTCGTAAATAAGAATACTAGTTAACTGTACAAGGTGTGCAGAACAAATAGACTTGTGTTGCATCTGTTTACTTGTTCACAACATAGCCATTAGGTTCTGTTGGTCAGGTCAGTTATATTTACTTTTTCCTTATAAATATATCAAATAATC]




>consensus_9875#1
AGGATTGTAGAGGATCTAAGAGATCTAAGTTGAAATTCAGGCCACAAGTCACTCACGGCT
TTATTTATCGTTATAGTTGTCAAAATCATTTAGCGAGATTCTTCAAACATGGATTTGCTC
GATAAGGATGAGCCCATATTTTCCATTCAAGAATCAAGAGATGCTTTTGTTGTCATGACA
GAAAGTGGCATAATGGATGATGGAATTCAGTTCCTTTATGCTGTTGACCTCCTCCGTACT
ACTCGTAAAGAGGCACTTAATCTCTCCATTAAGTTATTAGAAGAATTATTTAATCGCACA
AAGGATGACAGTCTACAGCGTGACTGTTTGTTTTATTTGGCAGTAGCTTACACTAAGCTG
TCAGACTATGAAAACGCAACTCGTTGTTGTGATAATATATTGGCGATACAACCATCAAAC
CAACAAGTTGAAGAATTAAGGAATACAATACAATCTCGTGCTAAAAATGTTGGGATGGTC
GGTTTAGGAGTTGTCGGTGGCATTGTTCTGGGAGCAGCTGCACTACTGGGTATCGGTCTC
AGTCGCTACTATTCTAGACGTCGTAAATAAGAATACTAGTTAACTGTACAAGGTGTGCAG
AACAAATAGACTTGTGTTGCATCTGTTTACTTGTTCACAACATAGCCATTAGGTTCTGTT
GGTCAGGTCAGTTATATTTACTTTTTCCTTATAAATATATCAAATAATC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_9875#0      CGAAGACGGTACTGCCTTATTGTATATTAAGGCTGTGCATGATACCAAGCATTAAGTTTG 60
consensus_9875#1      ----------------------------AGGATTGTAGAGGATCTAAGAGATCTAA---G 29
                                                  * *  ***  * ***   *   **  *    *

consensus_9875#0      TTGAAATTCAGGCCACAAGTCACTCACGGCTTTATTTATCGTTATAGTTGTCAAAATCAT 120
consensus_9875#1      TTGAAATTCAGGCCACAAGTCACTCACGGCTTTATTTATCGTTATAGTTGTCAAAATCAT 89
                      ************************************************************

consensus_9875#0      TTAGCGAGATTCTTCAAACATGGATTTGCTCGATAAGGATGAGCCCATATTTTCCATTCA 180
consensus_9875#1      TTAGCGAGATTCTTCAAACATGGATTTGCTCGATAAGGATGAGCCCATATTTTCCATTCA 149
                      ************************************************************

consensus_9875#0      AGAATCAAGAGATGCTTTTGTTGTCATGACAGAAAGTGGCATAATGGATGATGGAATTCA 240
consensus_9875#1      AGAATCAAGAGATGCTTTTGTTGTCATGACAGAAAGTGGCATAATGGATGATGGAATTCA 209
                      ************************************************************

consensus_9875#0      GTTCCGTTATGCTGTTGACCTCCTCCGTACTACTCGTAAAGAGGCACTTAATCTCTCCAT 300
consensus_9875#1      GTTCCTTTATGCTGTTGACCTCCTCCGTACTACTCGTAAAGAGGCACTTAATCTCTCCAT 269
                      ***** ******************************************************

consensus_9875#0      TAAGTTATTAGAAGAATTATTTAATCGCACAAAGGATGACAGTCTACGGCGTGACTGTTT 360
consensus_9875#1      TAAGTTATTAGAAGAATTATTTAATCGCACAAAGGATGACAGTCTACAGCGTGACTGTTT 329
                      *********************************************** ************

consensus_9875#0      GTTTTATTTGGCAGTAGCTTACACTAAGCTGTCAGACTATGAAAACGCAACTCGTTGTTG 420
consensus_9875#1      GTTTTATTTGGCAGTAGCTTACACTAAGCTGTCAGACTATGAAAACGCAACTCGTTGTTG 389
                      ************************************************************

consensus_9875#0      TGATAATATATTGGCGATACAACCATCAAACCAACAGGTCAAAGAATTAAGGAATACAAT 480
consensus_9875#1      TGATAATATATTGGCGATACAACCATCAAACCAACAAGTTGAAGAATTAAGGAATACAAT 449
                      ************************************ **  *******************

consensus_9875#0      ACAATCTCGTGCTAAAAAAGATGGCCTAACTGGCTTAGCAGTTGTTGGTGGTGCTGTTTT 540
consensus_9875#1      ACAATCTCGTGCTAAAAATGTTGGGATGGTCGGTTTAGGAGTTGTCGGTGGCATTGTTCT 509
                      ****************** * ***  *    ** **** ****** *****   **** *

consensus_9875#0      AGGAGCGGCTGCATTGTTAGGCATTGGTCTTGGTGTTGGTTTATCTAAACGTCGATAACC 600
consensus_9875#1      GGGAGCAGCTGCACTACTGGGTATCGGTCTCAGTCGCTACTATTCTAGACGTCGTAAATA 569
                       ***** ****** *  * ** ** *****  **      *  **** ******  **  

consensus_9875#0      TGAA--CTATTCAA-TGACTATAATTTCTATCACATAAGACTTTTTGATCATTTTCTTTG 657
consensus_9875#1      AGAATACTAGTTAACTGTACAAGGTGTGCAGAACAAATAGACTTGTGTTGCATCTGTTTA 629
                       ***  *** * ** **   *   * *  *  *** *     ** ** *   * * *** 

consensus_9875#0      ATTTTTCAAAATATGTACA--AATGCCTGTA---CGAATTGTTATTAATTTCGTTTTCTA 712
consensus_9875#1      CTTGTTCACAACATAGCCATTAGGTTCTGTTGGTCAGGTCAGTTATATTTACTTTTTCCT 689
                       ** **** ** **   **  *    ****    *   *   *  ** ** * *****  

consensus_9875#0      TGTTAAAGCAATACATGTG- 731
consensus_9875#1      TATAAATATATCAAATAATC 709
                      * * **   *  * **