These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_9884#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 9 consensus length = 655 fasta sequence [CCCGGTACCCTGGCATGTGTGG-AAATCACGATGCACGTATAGTTTTGGCTAGTGAGCAATGTTATAAAGCTTTACAACGTGGTCCTAATGGTGAGGTATTATCATTTTCTGGTTGGCCACGTGTTACATGGATTAATACAGACCATCATGCTAGTGGAACTAAACCACCGAAAGATTGGACTCCTCCTGATCGATTATCAAATGATGCAACCATGTACTTGGAATATACATTTAGTAAAGATGGCAGTGTACATGGTGTAATGATAAGTCGACGTGCAGCACTTTCTCACTGTCGAGCATTAACTGTAGCTTGTAATTATTCTGAAGAGGATGTTGTTGTCTGTGTTGTAGATTGCCGTCGACAAATAGGATTATGGCATGCTGTTTTGACGAGCGTCTTCAATGGGTTACATGTAATTTTTGTGCCTTATTCAGTAATGCAAGTTGATCCTGGCTCTTGGTTACGTATGGTTACCAAGTACCGAGCAACTGTTGCTATTGTAAAAAGTCGTGATATGCATTGGGCATTATTAGCTGAACGGGATCATCCTAATGTAAACTTATCTTCATTACGTATGCTTCTAGTTGCAGATGGATCAAATCCTTGGTCTTTAAACTCTTGCGATTCTTTTACACAAAAATTCCGATCTCGAGG] [+] EMBL CD168300 [CCCGGTACCCTGGCATGTGTGG AAATCACGATGCACGTATAGTTTTGGCT GTGAGCAATGTTATAAAGCTTTACAACGTGGTCCTAATGGTGAGGTATTATCATTTTCTGGTTGGCCACGTGTTACATGGATTAATACAGACCATCATGCTAGTGAAACTAAACCACCGAAAGATTGGACTCCTCCTGATCGATTATCAAATGATGCAACCATGTACTTGGAATATACATTTAGTAAAGATGGCAGTGTACATGGTGTAATGATAAGTCGACGTGCAGCACTTTCTCACTGTCGAGCATTAACTGTAGCTTGTAATTATTCTGAAGAGGATGTTGTTGTCTGTGTTGTAGATTGCCGTCGACAAATAGGATTATGGCATGCTGTTTTGACGAGCGTCTTCAATGGGTTACATGTAATTTTTGTGCCTTATTCAGTAATGCAAGTTGATCCTGGCTCTTGGTTACGTATGGTTACCAAGTACCGAGCAACTGTTGCTATTGTAAAAAGTCGTGATATGCATTGGGCATTATTAGCTGAACGGGATCATCCTAATGTAAACTTATCTTCATTACGTATGCTTCTAGTTGCAGATGGATCAAATCCTTGGTCTTTAAACTCTTGCGATTCTTTTACACAAAAATTCCGATCTC ] [+] EMBL CD167941 [tcgGGTACCC CAAGGGTGGNAAATCAGGATGCACGTATAGTTTTGGCTAGTGAGCAATGTTATAAAGCTTTACAACGTGGTCCTAATGGTGAGGTATTATCATTTTCTGGTTGGCCACGTGTTACATGGATTAATACAGACCATCATGCTAGTGGAACTAAACCACCGAAAGATTGGACTCCTCCTGATCGATTATCAAATGATGCAACCATGTACTTGGAATATACATTTAGTAAAGATGGCAGTGTACATGGTGTAATGATAAGTCGACGTGCAGCACTTTCTCACTGTCGAGCATTAACTGTAGCTTGTAATTATTCTGAAGAGGATGTTGTTGTCTGTGTTGTAAATTGCCGTCGACAAATAGGATTATGGCATGCTGTTTTGACGAGCGTCTTCAATGGGTTACATGTAATTTTTGTGCCTTATTCAGTAATGCAAGTTGATCCTGGCTCTTGGTTACGTATGGTTACCAAGTACCGAGCAACTGTTGCTATTGTAAAAAGTCGTGATATGCATTGGGCATTATTAGCTGAACGGGATCATCCTAATGTAAACTTATCTTCATTACGTATGCTTCTAGTTGCAGATGGATCAAATCCTTGGTCTTT ] [+] EMBL CD167998 [ AGTTTTGGCTAGTGAGCAATGTTATAAAGCTTTACAACGTGGTCCTAATGGTGAGGTATTATCATTTTCTGGTTGGCCACGTGTTACATGGATTAATACAGACCATCATGCTAGTGGAACTAAACCACCGAAAGATTGGACTCCTCCTGATCGATTATCAAATGATGCAACCATGCACTTGGAATATACATTTAGTAAAGATGGCAGTGTACATGGTGTAATGATAAGTCGACGTGCAGCACTTTCTCACTGTCGAGCATTAACTGTAGCTTGTAATTATTCTGAAGAGGATGTTGTTGTCTGCGTTGTAGATTGCCGTCGACAAATAGGATTATGGCATGCTGTTTTGACGAGCGTCTTCAATGGGTTACATGTAATTTTTGTGCCTTATTCAGTAATGCAAGTTGATCCTGGCTCTTGGTTACGTATGGTTACCAAGTACCGAGCAACTGTTGCTATTGTAAAAAGTCGTGATATGCATTGGGCATTATTAGCTGAACGGGATCATCCTAATGTAAACTTATCTTCATTACGTATGCTTCTAGTTGCAGATGGATCAAATCCTTGGTCTTTAAACTCTTGCGATTCCTTTACACAAAAATTCCGATCTC ] [+] EMBL CD168186 [ AGTTTTGGCTAGTGAGCAATGTTATAAAGCTTTACAACGTGGTCCTAATGGTGAGGTATTATCATTTTCTGGTTGGCCACGTGTTACATGGATTAATACAGACCATCATGCTAGTGGAACTAAACCACCGAAAGATTGGACTCCTCCTGATCGATTATCAAATGATGCAACCATGTACTTGGAATATACATTTAGTAAAGATGGCAGTGTACATGGTGTAATGATAAGTCGACGTGCAGCACTTTCTCACTGTCGAGCATTAACTGTAGCTTGTAATTATTCTGAAGAGGATGTTGTTGTCTGTGTTGTAGATTGCCGTCGACAAATAGGATTATGGCATGCTGTTTTGACGAGCGTCTTCAATGGGTTACATGTAATTTTTGTGCCTTATTCAGTAATGCAAGTTGATCCTGGCTCTTGGTTACGTATGGTTACCAAGTACCGAGCAACTGTTGCTATTGTAAAAAGTCGTGATATGCATTGGGCATTATTAGCTGAACGGGATCATCCTAATGTAAACTTATCTTCATTACGTATGCTTCTAGTTGCAGATGGATCAAATCCTTGGTCTTTAAACTCTTGCGATTCTTTTACA ] [-] EMBL CD167842 [ GTTTTGGCTAGTGAGCAATGTTATAAAGCTTTACAACGTGGTCCTAATGGTGAGGTATTATCATTTTCTGGTTGGCCACGTGTTACATGGATTAATACAGACCATCATGCTAGTGGAACTAAACCACCGAAAGATTGGACTCCTCCTGATCGATTATCAAATGATGCAACCATGTACTTGGAATATACATTTAGTAAAGATGGCAGTGTACATGGTGTAATGATAAGTCGACGTGCAGCACTTTCTCACTGTCGAGCATTAACTGTAGCTTGTAATTATTCa ] [-] EMBL CD147072 [ GCTTTACAACGTGGTCCTAATGGTGAGGTATTATCATTTTCTGGTTGGCCACGTGTTACATGGATTAATACAGACCATCATGCTAGTGGAACTAAACCACCGAAAGATTGGACTCCTCCTGATCGATTATCAAATGATGCAACCATGTACTTGGAATATACATTTAGTAAAGATGGCAGTGTACATGGTGTAATGATAAGTCGACGTGCAGCACTTTCTCACTGTCGAGCAATAACTGTAGCTTGTAATTATTCTGAAGAGGATGTTGTTGTCTGTGTTGTAGATTGCCGTCGACAAATAGGATTATGGCATGCTGTTTTGACGAGCGTCTTCAATGGGTTACATGTAATTTTTGTGTCTTATTCAGTAATGCAAGTTGATCCTGGCTCTTGGTTACGTATGGTTACCAAGTACCGAGCAACTGTTGCTATTGTAAAAAGTCGTGATATGCATTGGGCATTATTAGCTGAACGGGATCATCCTAATGTAAACTTATCTTCATTACGTATGCTTCTAGTTGCAGATGGATCAAATCCTTGGTCT ] [-] EMBL CD147032 [ ACATGGATTAATACAGACCATCATGCTAGTGGAACTAAACCACCGAAAGATTGGACTCCTCCTGATCGATTACCAAATGATGCAACCATGTACTTGGAATATACATTTAGTAAAGATGGCAGTGTACATGGTGTAATGATAAGTCGACGTGCAGCACTTTCTCACTGTCGAGCATTAACTGTAGCTTGTAATTATTCTGAAGAGGATGTTGTTGTCTGTGTTGTAGATTGCCGTCGACAAATAGGATTATGGCATGCTGTTTTGACGAGCGTCTTCAATGGGTTACATGTAATTTTTGTGCCTTATTCAGTAATGCAAGTTGATCCTGGCTCTTGGTTACGTATGGTTACCAAGTACCGAGCAACTGTTGCTATTGTAAAAAGTCGTGATATGCATTGGGCATTATTAGCTGAACGGGATCATCCTAATGTAAACTTATCTTCATTACGCATGCTTCTAGTTGCAGATGGATCAAATCCTTGGTCT ] [-] EMBL CD067200 [ GTCGAGCATTAACTGTAGCTTGTAATTATTCTGAAGAGGATGTTGTTGTCTGTGTTGTAGATTGCCGTCGACAAATAGGATTATGGCATGCTGTTTTGACGAGCGTCTTCAATGGGTTACATGTAATTTTTGTGCCTTATTCAGTAATGCAAGTTGATCCTGGCTCTTGGTTACGTATGGTTACCAAGTACCGAGCAACTGTTGCTATTGTAAAAAGTCGTGATATGCATTGGGCATTATTAGCTGAACGGGATCATCCTAATGTAAACTTATCTTCATTACGTATGCTTCTAGTTGCAGATGGATCAAATCCTTGGTCTTTAAACTCTTGCGATTCTTTTACACAAAAATTCCGATCTCGAGG] [-] EMBL CD066723 [ CGTGATAAGCATTGGGCATTATTAGGTGAACGGGATCATCCTAATGTAAACTTATCTTCATTACGTATGCTTCTAGTCGCAGATGGATCAAATCCTTGGTCTTTAAACTCTTGCGATTCTTTTACGCAAAAATTCCGATCGCG ] consensusID : consensus_9884#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 611 fasta sequence [GAATAAATTGGGTCATCGTGGAGAACAGAGCTTAAAACCTGGAGACCGTGTCGCATTGGTGTACGCTAATAATGAACCAATCAGTTTTCTGTGCGCATTTTATGGTTGTATTTTGGCCAGTGTTATTCCAATAGCAATCGAAGTTCCATCTCCTCGTCGAGATGCTTCATGTCAAAGTATGGGATTTTTATTAGGTAGTCAGCATGCACGTATAGTTTTGGCTAGTGAGCAATGTTATAAAGCTTTACAACGTGGTCCTAATGGTGAGGTATTATCATTTTCTGGTTGGCCACGTGTTACATGGATTAATACAGACCATCATGCTAGTGGAACTAAACCACCGAAAGATTGGACTCCTCCTGATCGATTATCAAATGATGCAACCATGCACTTGGAATATACATTTAGTAAAGATGGCAGTGTACATGGTGTAATGATAAGTCGACGTGCAGCACTTTCTCACTGTCGAGCATTAACTGTAGCTTGTAATTATTCTGAAGAGGATGTTGTTGTCTGTGTTGTAGATTGCCGTCGACAATAGGATTATGGCATGCTGTTTTGACGAGCGTCTTCAATGGGTTACATGTAATTCTTGTGCCTTATTCAGTAAT] [-] EMBL CD067203 [GAATAAATTGGGTCATCGTGGAGAACAGAGCTTAAAACCTGGAGACCGTGTCGCATTGGTGTACGCTAATAATGAACCAATCAGTTTTCTGTGCGCATTTTATGGTTGTATTTTGGCCAGTGTTATTCCAATAGCAATCGAAGTTCCATCTCCTCGTCGAGATGCTTCATGTCAAAGTATGGGATTTTTATTAGGTAGTCAGCATGCACGTATAGTTTTGGCTAGTGAGCAATGTTATAAAGCTTTACAACGTGGTCCTAATGGTGAGGTATTATCATTTTCTGGTTGGCCACGTGTTACATGGATTAATACAGACCATCATGCTAGTGGAACTAAACCACCGAAAGA ] [+] EMBL CD096573 [ GCTAATAATGAACCAATCAGTTTTCTGTGCGCATTTTATGGTTGTATTTTGGCCAGTGTTATTCCAATAGCAATCGAAGTTCCATCTCCTCGTCGAGATGCTTCATGTCAAAGTATGGGATTTTTATTAGGTAGTCAGGATGCACGTATAGTTTTGGCTAGTGAGCAATGTTATAAAGCTTTACAACGTGGTCCTAATGGTGAGGTATTATCATTTTCTGGTTGGCCACGTGTTACATGGATTAATACAGACCATCATGCTAGTGGAACTAAACCACCGAAAGATTGGACTCCTCCTGATCGATTATCAAATGATGCAACCATGCACTTGGAATATACATTTAGTAAAGATGGCAGTGTACATGGTGTAATGATAAGTCGACGTGCAGCACTTTCTCACTGTCGAGCATTAACTGTAGCTTGTAATTATTCTGAAGAGGATGTTGTTGTCTGTGTTGTAGATTGCCGTCGACAATAGGATTATGGCATGCTGTTTTGACGAGCGTCTTCAATGGGTTACATGTAATTCTTGTGCCTTATTCAGTAAT] consensusID : consensus_9884#2 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 528 fasta sequence [CAGTAAGTGGCAAAATATGCACGAATTCTCGTTCTGATCTCACTGATATGCCTCTCCACACTAGTTCAGTAAGAGGAGATATTTCTATCCATATGCTTACATATGGGGTCGTGCGTGTCGATACTGAAGATTGACTAACCTCACTTACTGTACAGGATTGTGGACAGGTTCTCCCATGAGCTTAGGCACTTGTCCTACGTTGGGGATGCAAACCGATACTTTGCCAAACTGATGAACATGGAGAAAGACGGTTATGTTCATTACGTATGCTACTATGTGCATATGGATCAAATCCGTGGTATTTAAACTCTTGCGATTCTTTTACACAAGAAATTCCGATCTCGAGGATTTTCTCCTGATGCCATCTGTCCATGCACTGGAAGTTCAGAAACACTAACACTTTGTTTACGTCGTCCACCTCATCAAATAAATTCAGTAAATGGCAAAATATGCACAAATTCTCGTTCTGATTCACTTATAGCCTCTCCACCTAGTTCAGTAAGAGGAGTTATTTCGATCTATAGTCTT] [+] EMBL CD123325 [CAGTAAGTGGCAAAATATGCACGAATTCTCGTTCTGATCTCACTGATATGCCTCTCCACACTAGTTCAGTAAGAGGAGATATTTCTATCCATATGCTTACATATGGGGTCGTGCGTGTCGATACTGAAGATTGACTAACCTCACTTACTGTACAGGATTGTGGACAGGTTCTCCCATGAGCTTAGGCACTTGTCCTACGTTGGGGATGCAAACCGATACTTTGCCAAACTGATGAACATGGAGAAAGACGGTTATGTTCATTACGTATGCTACTATGTGCATATGGATCAAATCCGTGGTATTTAAACTCTTGCGATTCTTTTACACAAGAAATTCCGATCTCGAGGATTTTCTCCTGATGCCATCTGTCCATGCACTGGAAGTTCAGAAACACTAACACTTTGTTTACGTCGTCCACCTCATCAAATAAATTCAGTAAATGGCAAAATATGCACAAATTCTCGTTCTGATTCACTTATAGCCTCTCCACCTAGTTCAGTAAGAGGAGTTATTTCGATCTATAGTCTT] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_9884#0 ------------------------------------------------------------ consensus_9884#1 GAATAAATTGGGTCATCGTGGAGAACAGAGCTTAAAACCTGGAGACCGTGTCGCATTGGT 60 consensus_9884#2 ------------------------------------------------------------ consensus_9884#0 ------------------------------------------------------------ consensus_9884#1 GTACGCTAATAATGAACCAATCAGTTTTCTGTGCGCATTTTATGGTTGTATTTTGGCCAG 120 consensus_9884#2 ------------------------------------------------------------ consensus_9884#0 -------------------------------------------------CCCGGTACCCT 11 consensus_9884#1 TGTTATTCCAATAGCAATCGAAGTTCCATCTCCTCGTCGAGATGCTTCATGTCAAAGTAT 180 consensus_9884#2 ------------------------------------------------------------ consensus_9884#0 GGCATGTGT----GGAAATCACGATGCACGTATAGTTTTGGCTAGTGAGCAATGTTATAA 67 consensus_9884#1 GGGATTTTTATTAGGTAGTCAGCATGCACGTATAGTTTTGGCTAGTGAGCAATGTTATAA 240 consensus_9884#2 -----------CAGTAAGTGGCAAAATATGCACGAATTCTCGTTCTGATCTCACTGATAT 49 * * * * * * * ** * *** * * *** consensus_9884#0 AGCTTTACAACGTGGTCCTA-ATGGTGAGGTATTATCATTT-TCTGGTTGGCCACGTG-T 124 consensus_9884#1 AGCTTTACAACGTGGTCCTA-ATGGTGAGGTATTATCATTT-TCTGGTTGGCCACGTG-T 297 consensus_9884#2 GCCTCTCCACACTAGTTCAGTAAGAGGAGATATTTCTATCCATATGCTTACATATGGGGT 109 ** * ** * ** * * * *** **** ** * ** ** * * * * consensus_9884#0 TACATGGATTAATACAGACCATCATGCTAGTGGAACTAAACCACCGAAAGATTGGAC--- 181 consensus_9884#1 TACATGGATTAATACAGACCATCATGCTAGTGGAACTAAACCACCGAAAGATTGGAC--- 354 consensus_9884#2 CGTGCGTGTCGATACTGAAGATTG-ACTAACCTCACTTACTGTACAGGATTGTGGACAGG 168 * * **** ** ** *** *** * * * ***** consensus_9884#0 TCCTCCTGATCGATTATCAAATGATGCAACCATGTACTTG-GAATATACATTTAGTAAAG 240 consensus_9884#1 TCCTCCTGATCGATTATCAAATGATGCAACCATGCACTTG-GAATATACATTTAGTAAAG 413 consensus_9884#2 TTCTCCCATGAGCTTAGGCACTTGTCCTACGTTGGGGATGCAAACCGATACTTTGCCAAA 228 * **** * *** * * * * ** ** ** ** * * ** * ** consensus_9884#0 ATGGCAGTGTACATGGTGTAATGATAAGTCGACGTGCAGCACTT-TCTCACTGTCGAGCA 299 consensus_9884#1 ATGGCAGTGTACATGGTGTAATGATAAGTCGACGTGCAGCACTT-TCTCACTGTCGAGCA 472 consensus_9884#2 CTGA---TGAACATGGAG-AAAGACGGTT--ATGTTCATTACGTATGCTACTAT-GTGCA 281 ** ** ****** * ** ** * * ** ** ** * * *** * * *** consensus_9884#0 T-TAACTGTAGCTTGTAATTATTCTGAAGAGGATGTTGTTGTCTGTGTTGTAGATTGCCG 358 consensus_9884#1 T-TAACTGTAGCTTGTAATTATTCTGAAGAGGATGTTGTTGTCTGTGTTGTAGATTGCCG 531 consensus_9884#2 TATGGATCAAATCCGTGGTATTT---AAACTCTTGCGATTCTTTTACACAAGAAATTCCG 338 * * * * ** * ** ** ** ** * * * * *** consensus_9884#0 TCGACAAATAGGATTATGGCATGCTGTTTTGACGAGCGTCTTCAATGGGTTACATGTAAT 418 consensus_9884#1 TCGACAA-TAGGATTATGGCATGCTGTTTTGACGAGCGTCTTCAATGGGTTACATGTAAT 590 consensus_9884#2 ATCTCGA---GGATTTTCTCCTGATGCC---ATCTGTCCATGCACTGGAAGTTCAGAAAC 392 * * ***** * * ** ** * * * ** *** * ** consensus_9884#0 TTTTGTGCCTTATTCA-GTAATGCAAGTTGATCCTGGCTCTTGGTTACGTATGGTTACCA 477 consensus_9884#1 TCTTGTGCCTTATTCA-GTAAT-------------------------------------- 611 consensus_9884#2 ACTAACACTTTGTTTACGTCGTCCA------CCTCATCAAATAAATTCAGTAAATGGCAA 446 * * ** ** * ** * consensus_9884#0 AGTACCGAGCAACTGTTGCTATTGTAAAAAGTCGTGATATGCATTGGGCATTATTAGCTG 537 consensus_9884#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9884#2 AATATGCACAAATTCTCGTTCTGATTCAC-----TTATAGCCTCTCCACCTAGTTCAGTA 501 consensus_9884#0 AACGGGATCATCCTAATGTAAACTTATCTTCATTACGTATGCTTCTAGTTGCAGATGGAT 597 consensus_9884#1 ------------------------------------------------------------ consensus_9884#2 AGAGGAGTTATTTCGATCTATAGTCTT--------------------------------- 528 consensus_9884#0 CAAATCCTTGGTCTTTAAACTCTTGCGATTCTTTTACACAAAAATTCCGATCTCGAGG 655 consensus_9884#1 ---------------------------------------------------------- consensus_9884#2 ---------------------------------------------------------- |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||