cluster # 9905

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Schistosoma mansoni
cluster # 9905 cluster # 9905 Sequences # 12 consensus # 3

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consensus_9905#0 length = 947 sequences # 3

consensus_9905#1 length = 608 sequences # 7
consensus_9905#2 length = 153 sequences # 2

consensusID : consensus_9905#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 947
fasta sequence

                              [AGCCAAGATTCGGCACGAGGCAAATGAATAGGTTTACCACCTTATAGTGTAAAAACCCAACTATTGCAATACAGTTGAGAAATGATAATTTCTCAAGTGAAATGTTAATATACTTCTAAAATTTACTGTATTGATTAGGTTATTGTATGAAGTGAGTATGCTTTTGAAAAATATGGATTGAACATTGCTATATCATAGATGTTAGGATAGTCTAGCTTCAATTGACTCATGATTTTAACTATGACAGACAACCTTAACTCTTGTATAAAAGGTAAAATTGGAAATAGAGTTATACATTGATATAAGAAAATGGAACCAAATAGCAAAAACACTTGAAGTATGTTGAATGTATTTTTTTGAACCAAATGGACTAACTTTTGTATATAATTTATTTATTTTTATACCTAATTGTCAAAATGTCTGTATTTTCTTTTGTGTCTTTTCAGGAGAATGTCGCACAGTAGGACAAGAATGTTCCAAGACTGTATTTTCTCCATGTTGTGAAAACTTTTACTGTGGTTTAAATACATTATTTAGTGGTCAATGTCAGCCATGTCTTGCAGGTGGATATTTCTGTTGGACTGATAAAGAATGTTGTTCTGGAAAATGCAGTTGGCTTAAATGT-ACAGAT-CCAATAAAAGA-TGTTGTTGAAAGGTTGACTGGTTAGAAATAAAAAGTATGGGAGATTATTACAAGTAGTAAAACAGTTTGTTACAATTTAAATGTTCAATCATTCTAATGAGATTTTCTGTTTATCTACTCAATTCAAATTATCAGTAGTACATTATATTCACTTCACATTTTTTTTGCGACAGAATAAAATACACACATTTGATTATGTATGAAAATAATATTTAATTCAATTTGCTTCTATAGGTGATCATCTATTATTGATTTGTTTTTGTATTGCCAAATTTTGTATGTTCAAAAAAATAAATACAGAGTTG]

[+] EMBL CD081452             [AGCCAAGATTCGGCACGAGGCAAATGAATAGGTTTACCACCTTATAGTGTAAAAACCCAACTATTGCAATACAGTTGAGAAATGATAATTTCTCAAGTGAAATGTTAATATACTTCTAAAATTTACTGTATTGATTAGGTTATTGTATGAAGTGAGTATGCTTTTGAAAAATATGGATTGAACATTGCTATATCATAGATGTTAGGATAGTCTAGCTTCAATTGACTCATGATTTTAACTATGACAGACAACCTTAACTCTTGTATAAAAGGTAAAATTGGAAATAGAGTTATACATTGATATAAGAAAATGGAACCAAATAGCAAAAACACTTGAAGTATGTTGAATGTATTTTTTTGAACCAAATGGACTAACTTTTGTATATAATTTATTTATTTTTATACCTAATTGTCAAAATGTCTGTATTTTCTTTTGTGTCTTTTCAGGAGAATGTCGCACAGTAGGACAAGAATGTTCCAAGACTGTATTTTCTCCATGTTGTGAAAACTTTTACTGTGGTTTAAATACATTATTTAGTGGTCAATGTCAGCCATGTCTTGCAGGTGGATATTTCTGTTGGACTGATAAAGAATGTTGTTCTGGAAAATGCAGTTGGCTTAAATGT ACAGAT CCAATAAAAGA TGTTGTTGAAAGGTTGAC                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[-] EMBL CD075275             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTATTTATTTTTATACCTAATGNTCAAAATGTCTGTATTTTCTTTTGTGTCTTTTCAGGAGAATGTCGCACAGTAGGACAAGAATGTTCCAAGACTGTATTTTCTCCATGTTGTGAAAACTTTTACTGTGGTTTAAATACATTATTTAGTGGTCAATGTCAGCCATGTCTTGCAGGTGGATATTTCTGTTGGACTGATAAAGAATGTTGTTCTGGAAAATGCAGTTGGCTTAAATGT ACAGAT CCAATAAAAGA TGTTGTTGAAAGGTTGACTGGTTAGAAATAAAAAGTATGGGAGATTATTACAAGTAGTAAAACAGTTTGTTACAATTTAAATGTTCAATCATTCTAATGAGATTTTCTGTTTATCTACTCAATTCAAATTATCAGTAGTACATTATATTCACTTCACATTTTTTTTGCGACAGAATAAAATACACACATTTGATTATGTATGAAAATAATATTTAATTCAATTTGCTTCTATAGGTGATCATCTATTATTGATTTGTTTTTGTATTGCCAAATTTTGTATGTTCAAAAAAATAAATACAGAGTTG]
[-] EMBL BF440150             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TGTCTTGCAGGGGGATATTTCTGTTGGACTGATAAAGAATGTTGTTCTGGAAAATGCAGTTGGCTTAAATGTGACAGATCCCAATAAAAGATTTTTTTTGAAAGGTTGACTGGTTAGAAATAAAAAGTATGGGAGATTTTTACAAGTAGTAAAACAGTTTGTTACAATTTAAATGTTCAATCATTCTAATGAGATTTTCTGTTTATCTACTCAATTCAAATTATCAGTAGTACATTATATTCACTTCACATTTTTTTTGCGACAGAATAAAATACACACATTTGATTATGTATGAAAATAATATTTAATTCAATTTGCTTCTATAGGTGATCATCTATTATTGATTTGTTTTTGTATTGCCAAATTTTGTATGTTCAAAAAAATAAATACAGAGTTG]




>consensus_9905#0
AGCCAAGATTCGGCACGAGGCAAATGAATAGGTTTACCACCTTATAGTGTAAAAACCCAA
CTATTGCAATACAGTTGAGAAATGATAATTTCTCAAGTGAAATGTTAATATACTTCTAAA
ATTTACTGTATTGATTAGGTTATTGTATGAAGTGAGTATGCTTTTGAAAAATATGGATTG
AACATTGCTATATCATAGATGTTAGGATAGTCTAGCTTCAATTGACTCATGATTTTAACT
ATGACAGACAACCTTAACTCTTGTATAAAAGGTAAAATTGGAAATAGAGTTATACATTGA
TATAAGAAAATGGAACCAAATAGCAAAAACACTTGAAGTATGTTGAATGTATTTTTTTGA
ACCAAATGGACTAACTTTTGTATATAATTTATTTATTTTTATACCTAATTGTCAAAATGT
CTGTATTTTCTTTTGTGTCTTTTCAGGAGAATGTCGCACAGTAGGACAAGAATGTTCCAA
GACTGTATTTTCTCCATGTTGTGAAAACTTTTACTGTGGTTTAAATACATTATTTAGTGG
TCAATGTCAGCCATGTCTTGCAGGTGGATATTTCTGTTGGACTGATAAAGAATGTTGTTC
TGGAAAATGCAGTTGGCTTAAATGTACAGATCCAATAAAAGATGTTGTTGAAAGGTTGAC
TGGTTAGAAATAAAAAGTATGGGAGATTATTACAAGTAGTAAAACAGTTTGTTACAATTT
AAATGTTCAATCATTCTAATGAGATTTTCTGTTTATCTACTCAATTCAAATTATCAGTAG
TACATTATATTCACTTCACATTTTTTTTGCGACAGAATAAAATACACACATTTGATTATG
TATGAAAATAATATTTAATTCAATTTGCTTCTATAGGTGATCATCTATTATTGATTTGTT
TTTGTATTGCCAAATTTTGTATGTTCAAAAAAATAAATACAGAGTTG

consensusID : consensus_9905#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 7
consensus length = 608
fasta sequence

                              [AGGCCATTAATTCGGCACGAGGTTTGTAACCATCGTCATG-AATCAATTTTATTATGCAATATTAATGGTAATGATTGTCACTTTTAGTTATTTCAATGTTGTATCAGGAGAATGTCGCACAGTAGGACAAGAATGTTCCAAGACTGTATTTTCTCCATGTTGTGAAAACTTTTACTGTGGTTTAAATACATTATTTAGTGGTCAATGTCAGCCATGTCTTGCAGGTGGATATTTCTGTTGGACTGATAAAGAATGTTGTTCTGGAAAATGCAGTTGGCTTAAATGTACAGATCCAATAAAAGATGTTGTTGAAAGGTTGACTGGTTAGAAATAAAAAGTATGGGAGATTATTACAAGTAGTAAAACAGTTTGTTACAATTTAAATGTTCAATCATTCTAATGAGATTTTCTGTTTATCTACTCAATTCAAATTATCAGTAGTACATTATATTCACTTCACATTTTTTTTGCGACAGAATAAAATACACACATTTGATTATGTATGAAAATAATATTTAATTCAATTTGCTTCTATAGGTGATCATCTATTATTGATTTGTTTTTGTATTGCCAAATTTTGTATGTTCAAAAAAATAAATACAAAGTTG]

[+] EMBL CD081697             [AGGCCATTAATTCGGCACGAGGTTTGTAACCATCGTCATG AATCAATTTTATTATGCAATATTAATGGTAATGATTGTCACTTTTAGTTATTTCAATGTTGTATCAGGAGAATGTCGCACAGTAGGACAAGAATGTTCCAAGACTGTATTTTCTCCATGTTGTGAAAACTTTTACTGTGGTTTAAATACATTATTTAGTGGTCAATGTCAGCCATGTCTTGCAGGTGGATATTTCTGTTGGACTGATAAAGAATGTTGTTCTGGAAAATGCAGTTGGCTTAAATGTACAGATCCAATAAAAGATGTTGTTGAAAGGTTGACTGGTTAGAAATAAAAAGTATGGGAGATTATTACAAGTAGTAAAACAGTTTGTTACAATTTAAATGTTCAATCATTCTAATGAGATTTTCTGTTTATCTACTCAATTCAAATTATCAGTAGTACATTATATTCACTTCACATTTTTTTTGCGACAGAATAAAATACACACATTTGATTATGTATGAAAATAATATTTAATTCAATTTGCTTCTATAGGTGATCATCTATTATTGATTTGTTTTTGTATTGCCAAATTTTGTATGTTCAAAAAAATAAATACAAAGTT ]
[+] EMBL CD078532             [              gttgcattTTTGTAACCATCGTCATG AATCAATTTTATTATGCAATATTAATGGTAATGATTGTCACTTTTAGTTATTTCAATGTTGTATCAGGAGAATGTCGCACAGTAGGACAAGAATGTTCCAAGACTGTATTTTCTCCATGTTGTGAAAACTTTTACTGTGGTTTAAATACATTATTTAGTGGTCAATGTCAGCCATGTCTTGCAGGTGGATATTTCTGTTGGACTGATAAAGAATGTTGTTCTGGAAAATGCAGTTGGCTTAATTGTACAGATCCAATAAAAGATGTTGTTGAAAGGTTGACTGGTTAGAAATAAAAAGTATGGGAGATTATTACAAGTAGTAAAACAGTTTGTTACAATTTAAATGTTCAATCATTCTAATGAGATTTTCTGTTTATCTACTCAATTCAAATTATCAGTAGTACATTATATTCACTTCACATTTTTTTTGCGACAGAATAAAATACACACATTTGATTATGTATGAAAATAATATTTAATTCAATTTGCTTCTATAGGTGATCATCTATTATTGATTTGTTTTTGTATTG                                      ]
[+] EMBL AW466244             [                            ACCATCGTCATGCAATCAATTTTATTNTGCNATATTAATGGTAATGATTGTCACTTTTAGTTATTNCAANGTTGTATCNGGAGAATGTCGCACNGTAGGACNAGAATGTNCCAAGACTGTATTTTCTCCATGTTGTGAAAACTTTTACTGTGGTTTAAATACATTATCTAGTGGTCAATGTCAGCCATGTCTTGCAGGTGGATATTTCTGTTGGACTGANAAAGAATGTTGTTCTGGAAAATGCAGTTGGCTTAAATGTACAGATCCAATAAAAGATGTTGTTGAAAGGTTGACTGGTTAGAAATAAAAAGTATGGGAGATTATTACAAGTAGTAAAACAGTTTGTTACAATTTAAATGTTCAATCATTCTAATGAGATTTTCTGTTTATCTACTCAATTCAAATTATCA                                                                                                                                                                           ]
[+] EMBL SMAA18457            [                               ATCGTCATG AATCAATTTTATTATGCAATATTAATGGTAATGATTGTCACTTTTAGTTATTTCAATGTTGTATCAGGAGAATGTCGCACAGTAGGACAAGAATGTTCCAAGACTGTATTTTCTCCATGTTGTGAAAACTTTTACTGTGGTTTAAATACATTATTTAGTGGNCAATGTCAGCCAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]
[+] EMBL AW017373             [                                  GTCATG AATCAATTTTATTATGCAATATTAATGGTAATGATTGTCACTTTTAGTTATTTCAATGTTGTATCAGGAGAATGTCGCACAGTAGGACAAGAATGTTCCAAGACTGTATTTTCTCCATGTTGTGAAAACTTTTACTGTGGTTTAAATACATTATTTAGTGGTCAATGTCAGCCATGTCTTGCAGGTGGATATTTCTGTTGGACTGATCAAGAATGTTGTTCTGGAAAATGCAGATGGCTTAAATGTACAGATCCAATAAAAGATGTTGTTGAAAGGTTGACTGGTTAGAAATAAAAAGTATGGCAGATTATTACAAGTAGTAAAACAGTTTGTTACAATTTAAATGTTCAATCATTCTAATGAGATTTCCTGTTTATCTACTCAATTCAAATTATCAGTAGTACATTATAT                                                                                                                                                             ]
[+] EMBL CD082781             [                                                             ATTANTGGTAATGATTGTCACTTTTAGTTATTTCAATGTTGTATCAGGAGAATGTCGCACAGTAGGACAAGAATGTTCCAAGACTGTATTTTCTCCATGTTGTGAAAACTTTTACTGTGGTTTAAATACATTATTTAGTGGTCAATGTCAGCCATGTCTTGCAGGTGGATATTTCTGTTGGACTGATAAAGAATGTTGTTCTGGAAAATGCAGTTGGCTTAAATGTACAGATCCAATAAAAGATGTTGTTGAAAGGTTGACTGGTTAGAAATAAAAAGTATGGGAGATTATTACAAGTAGTAAAACAGTTTGTTACAATTTAAATGTTCAATCATTCTAATGAGATTTTCTGTTTATCTACTCAATTCAAATTATCAGTAGTACATTATATTCACTTCACATTTTTTTTGCGACAGAATAAAATACACACATTTGATTATGTATGAAAATAATATTTAATTCAATTTGCTTCTATAGGTGATCATCTATTATTGATTTGTTTTTGTATTGCCAAATTTTGTATGTTCAAAAAAATAAATACAGAGTT ]
[-] EMBL CD076373             [                                                                                                                                                                                                                  acCCATGTTTTGCAGGTGGATATTTTTGTTGGACTGATAAAAAATGTTGTTTTGGAAAATCCAGTTGGCTTAAATGTCCAGATCCAATAAAAAATGTTGTTGAAAGGTTGACTGGTTAAAAATAAAAAGTATGGGGGATTATTCCAAGTAGTAAACCAGTTTGTTCCAATTTAAATGTTCAATCATTTTAATGAGATTTTTTGTTTATTTACTCAATTCAAATTATCAGTAGTACATTATATTCCCTTCCCATTTTTTTTGCGCCAGAATAAAATACCCCCATTTGATTATGTATGAAAATAAAATTTAATTCAATTTGCTTTTATAGGGGATCATCTATTATTGATTTGTTTTTGTATTGCCAAATTTTGTATGTTCAAAAAAATAAAAACAAAGTTG]




>consensus_9905#1
AGGCCATTAATTCGGCACGAGGTTTGTAACCATCGTCATGAATCAATTTTATTATGCAAT
ATTAATGGTAATGATTGTCACTTTTAGTTATTTCAATGTTGTATCAGGAGAATGTCGCAC
AGTAGGACAAGAATGTTCCAAGACTGTATTTTCTCCATGTTGTGAAAACTTTTACTGTGG
TTTAAATACATTATTTAGTGGTCAATGTCAGCCATGTCTTGCAGGTGGATATTTCTGTTG
GACTGATAAAGAATGTTGTTCTGGAAAATGCAGTTGGCTTAAATGTACAGATCCAATAAA
AGATGTTGTTGAAAGGTTGACTGGTTAGAAATAAAAAGTATGGGAGATTATTACAAGTAG
TAAAACAGTTTGTTACAATTTAAATGTTCAATCATTCTAATGAGATTTTCTGTTTATCTA
CTCAATTCAAATTATCAGTAGTACATTATATTCACTTCACATTTTTTTTGCGACAGAATA
AAATACACACATTTGATTATGTATGAAAATAATATTTAATTCAATTTGCTTCTATAGGTG
ATCATCTATTATTGATTTGTTTTTGTATTGCCAAATTTTGTATGTTCAAAAAAATAAATA
CAAAGTTG

consensusID : consensus_9905#2
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 153
fasta sequence

                              [TGTAACCATGCTCATGAATCAATTTTATTATGCAATATTAATGTAATGATTGTCACTTTTAGTTATTTCAATGTTGTATCCAGGAGAATGTGC-CACAGTAGGACAGATGTTCCAGACTGTATTTCCCATGTGTGAAACTTTACTGTGTTAATA]

[+] EMBL SMAA98638            [TGTAACCATGCTCATGAATCAATTTTATTATGCAATATTAATGTAATGATTGTCACTTTTAGTTATTTCAATGTTGTATCCAGGAGAATGTGC CACAGTAGGACAGATGTTCCAGACTGTATTTCCCATGTGTGAAACTTTACTGTGTTAATA]
[+] EMBL AA952760             [TGTAACCATGCTCATGAATCAATTTTATTATGCAATATTAATGTAATGATTGTCACTTTTAGTTATTTCAATGTTGTATCCAGGAGAATGTGCACA AGTAGGACAGATGTTCCAGACTGTATTTCCCATGTGTGAAACTTTACTGTGTTAATA]




>consensus_9905#2
TGTAACCATGCTCATGAATCAATTTTATTATGCAATATTAATGTAATGATTGTCACTTTT
AGTTATTTCAATGTTGTATCCAGGAGAATGTGCCACAGTAGGACAGATGTTCCAGACTGT
ATTTCCCATGTGTGAAACTTTACTGTGTTAATA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_9905#1      ------------------------------------------------------------
consensus_9905#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9905#0      AGCCAAGATTCGGCACGAGGCAAATGAATAGGTTTACCACCTTATAGTGTAAAAACCCAA 60
                                                                                  

consensus_9905#1      ------------------------------------------------------------
consensus_9905#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9905#0      CTATTGCAATACAGTTGAGAAATGATAATTTCTCAAGTGAAATGTTAATATACTTCTAAA 120
                                                                                  

consensus_9905#1      ------------------------------------------------------------
consensus_9905#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9905#0      ATTTACTGTATTGATTAGGTTATTGTATGAAGTGAGTATGCTTTTGAAAAATATGGATTG 180
                                                                                  

consensus_9905#1      ------------------------------------------------------------
consensus_9905#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9905#0      AACATTGCTATATCATAGATGTTAGGATAGTCTAGCTTCAATTGACTCATGATTTTAACT 240
                                                                                  

consensus_9905#1      ------------------------------------------------------------
consensus_9905#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9905#0      ATGACAGACAACCTTAACTCTTGTATAAAAGGTAAAATTGGAAATAGAGTTATACATTGA 300
                                                                                  

consensus_9905#1      ----------------------------AGGCCATTAATTCGGCACGAGGTTTGTAACCA 32
consensus_9905#2      ----------------------------------------------------TGTAACCA 8
consensus_9905#0      TATAAGAAAATGGAACCAAATAGCAAAAACACTTGAAGTATGTTGAATGTATTTTTTTGA 360
                                                                          * *    *

consensus_9905#1      TCGTCATGAATCAATTTTATTATGCAAT--ATTAATGGTAATG----ATTGTCA-----C 81
consensus_9905#2      TGCTCATGAATCAATTTTATTATGCAAT--ATTAATG-TAATG----ATTGTCA-----C 56
consensus_9905#0      ACCAAATGGACTAACTTTTGTATATAATTTATTTATTTTTATACCTAATTGTCAAAATGT 420
                           *** *  ** ***  ***  ***  *** **  * **     *******      

consensus_9905#1      TTTTAGTTATTTCAATGTTGTATC-AGGAGAATGTCGCACAGTAGGACAAGAATGTTCCA 140
consensus_9905#2      TTTTAGTTATTTCAATGTTGTATCCAGGAGAATGTGCCACAGTAGGACAG--ATGTTCCA 114
consensus_9905#0      CTGTATTTTCTTTTGTGTCTTTTC-AGGAGAATGTCGCACAGTAGGACAAGAATGTTCCA 479
                       * ** **  **   ***  * ** **********  ************   ********

consensus_9905#1      AGACTGTATTTTCTCCATGTTGTGAAAACTTTTACTGTGGTTTAAATACATTATTTAGTG 200
consensus_9905#2      -GACTGTATTTCC--CATGT-GTGAAA--CTTTACTGTGTT---AATA------------ 153
consensus_9905#0      AGACTGTATTTTCTCCATGTTGTGAAAACTTTTACTGTGGTTTAAATACATTATTTAGTG 539
                       ********** *  ***** ******   ********* *   ****            

consensus_9905#1      GTCAATGTCAGCCATGTCTTGCAGGTGGATATTTCTGTTGGACTGATAAAGAATGTTGTT 260
consensus_9905#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9905#0      GTCAATGTCAGCCATGTCTTGCAGGTGGATATTTCTGTTGGACTGATAAAGAATGTTGTT 599
                                                                                  

consensus_9905#1      CTGGAAAATGCAGTTGGCTTAAATGTACAGATCCAATAAAAGATGTTGTTGAAAGGTTGA 320
consensus_9905#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9905#0      CTGGAAAATGCAGTTGGCTTAAATGTACAGATCCAATAAAAGATGTTGTTGAAAGGTTGA 659
                                                                                  

consensus_9905#1      CTGGTTAGAAATAAAAAGTATGGGAGATTATTACAAGTAGTAAAACAGTTTGTTACAATT 380
consensus_9905#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9905#0      CTGGTTAGAAATAAAAAGTATGGGAGATTATTACAAGTAGTAAAACAGTTTGTTACAATT 719
                                                                                  

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consensus_9905#2      ------------------------------------------------------------
consensus_9905#0      TAAATGTTCAATCATTCTAATGAGATTTTCTGTTTATCTACTCAATTCAAATTATCAGTA 779
                                                                                  

consensus_9905#1      GTACATTATATTCACTTCACATTTTTTTTGCGACAGAATAAAATACACACATTTGATTAT 500
consensus_9905#2      ------------------------------------------------------------
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consensus_9905#1      GTATGAAAATAATATTTAATTCAATTTGCTTCTATAGGTGATCATCTATTATTGATTTGT 560
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consensus_9905#0      GTATGAAAATAATATTTAATTCAATTTGCTTCTATAGGTGATCATCTATTATTGATTTGT 899
                                                                                  

consensus_9905#1      TTTTGTATTGCCAAATTTTGTATGTTCAAAAAAATAAATACAAAGTTG 608
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