cluster # 9972

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Schistosoma mansoni
cluster # 9972 cluster # 9972 Sequences # 12 consensus # 2

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fasta sequence

                              [GAAGAATTGATCATAAAATACACTATATAAAACAAATTGAAGGGTGTTTTTCCAAGAGAAAAAAGAGTGAAGCAAATGAACTTAGTAAAGCTTAAATAATATTAACTATTATAGCATTGTATTATATCATTCCAATTACTTAATATGACTAGAAGGATGATTCAAGGAATAAGTGGAAGAATTTTTGTAATGACAATTTGATTGAAAGAAAGAAGAATCTAATAAAATGGTGAATTGAAGATTACAAATTTGTATAAGGACTATGTATATACGTAAAGTTGTGCTTAGTATATGTGAGTGAGTGTATGTGTATTTATGCCTCTATTCATTATTATTGCTATTATTATCAGTGACAGTTTTAATCTACCATTATTTCAAAATTCAGTTCATCTTTATTAGCATTTAGCACATTTGAAATTGTACATTTAACCAAAATAGTGACACTCTTTTTAGGTGATTTAAATTCCACAGCAACTATTGGGCCAAGGTAACCCGCTTGTCCAAGATATGGATAATAAGCACTACTGAATACCCCATATTGCTTTCCACTAAAATTTTTAGAAGGATAATAAGCCAATGAACCAATATTTTCCTCGTCTGCAGAGTTTTGTCCAGAACAACTAACCAAGATATCATTTGATTGAGACGGTCTTTCAATAGACGGCATCCATCCAAACACTTTATTTACTTTAAGGAGAACACAA-GGTGTTCCCTTACCGTAACCATAATTATTTGCAGTATTACAAGGTCCTAAAACTTCAAGAGGGAATTTGCAGACTTTATCCACATCTTTTGTTTCTCCTTCCTTGCCTTTACAATTGGCGAATTGACTGTCAGGTTTCGCGTTAACCTGATTATATGTATCTAAATCCGCGTCCA]

[-] EMBL SMAA18512            [GAAGAATTGATCATAAAACACACTATATAAAACAAATTGAAGGGTG TTTTCCAAGAG AAAAAGAGTGAAGCAAATGAACTTAGTAAAGCTTAAATAATATTAACTATTATAGCATTGTATTATATCATTCCAATTACTTAATATGACTAGAAGGATGATTCAAGGAATAAGTGGAAGAATTTTTGTAATGACAATTTGATTGAAAGAAAGAAGAATCTAATAAAATGGTGAATTGAAGATTACAAATTTGTATAAGGACTATGTATATACGTAAAGTTGTGCTTAGTATAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]
[+] EMBL CD197289             [  AGAATTGATCATAAAATACACTATATAAAACAAATTGAAGGGTGTTTTTCCAAGAGAAAAAAGAGTGAAGCAAATGAACTTAGTAAAGCTTAAATAATATTAACTATTATAGCATTGTATTATATCATTCCAATTACTTAATATGACTAGAAGGATGATTCAAGGAATAAGTGGAAGAATTTTTGTAATGACAATTTGATTGAAAGAAAGAAGAATCTAATAAAATGGTGAATTGAAGATTACAAATTTGTATAAGGACTATGTATATACGTAAAGTTGTGCTTAGTATATGTGAGTGAGTGTAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             ]
[-] EMBL CD140892             [   GAATTGATCATAAAATACACTATATAAAACAAATTGAAGGGTGTTTTTCCAAGAGAAAAAAGAGTGAAGCAAATGAACTTAGTAAAGCTTAAATAATATTAACTATTATAGCATTGTATTATATCATTCCAATTACTTAATATGACTAGAAGGATGATTCAAGGAATAAGTGGAAGAATTTTTGTAATGACAATTTGATTGAAAGAAAGAAGAATCTAATAAAATGGTGAATTGAAGATTACAAATTTGTATAAGGACTATGTATATACGTAAAGTTGTGCTTAGTATATGTGAGTGAGTGTA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ]
[+] EMBL CD195659             [                                                                GAGTGAAGCAAATGAACTTAGTAAAGCTTAAATAATATTAACTATTATAGCATTGTATTATATCATTCCAATTACTTAATATGACTAGAAGGATGATTCAAGGAATAAGTGGAAGAATTTTTGTAATGACAATTTGATTGAAAGAAAGAAGAATCTAATAAAATGGTGAATTGAAGATTACAAATTTGTATAAGGACTATGTATATACGTAAAGTTGTGCTTAGTATATGTGAGTGAGTGTATGTGTATTTATGCCTCTATTCATTn                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ]
[+] EMBL CD169770             [                                                                           ATGAACTTAGTAAAGCTTAAATAATATTAACTATTATAGCATTGTATTATATCATTCCAATTACTTAATATGACTAGAAGGATGATTCAAGGAATAAGTGGAAGAATTTTTGTAATGACAATTTGATTGAAAGAAAGAAGAATCTAATAAAATGGGGAATTGAAGATTACAAATTTGTATAAGGACTATGTATATACGTAAAGTTGTGCTTAGTATATGTGAGTGAGTGTATGTGTATTTATGCCTCTATTCATTATTATTGCTATTATTATCAGTGACAGTTTTAATCTACCATTATTTCAAAATTCAGTTCATCTTTATTAGCATTTAGCACATTTGAAATTGTACATTTAACCAAAATAGTGACACTCTTTTTAGGTGATTTAAATTCCACAGCAACTATTGGGCCAAGGTAACCCGCTTGTCCAAGATATGGATAATAAGCACTACTGAATACCCCATATTGCTTTCCACTAAAATTTTTAGATGGATA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[+] EMBL CD195163             [                                                                             GAACTTAGTAAAGCTTAAATAATATTAACTATTATAGCATTGTATTATATCATTCCAATTACTTAATATGACTAGAAGGATGATTCAAGGAATAAGTGGAAGAATTTTTGTAATGACAATTTGATTGAAAGAAAGAAGAATCTAATAAAATGGTGAATTGAAGATTACAAATTTGTATAAGGACTATGTATATACGTAAAGTTGTGCTTAGTATATGTGAGTGAGTGTATGTGTATTTATGCCTCTATTCATTATTATTGCTATTATTATCAGTGACAGTTTTAATCTACCATTATTTCAAAATTCAGTTCATCTTTATTAGCATTTAGCACATTTGAAATTGTACATTTAACCAAAAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]
[+] EMBL CD195389             [                                                                             GAACTTAGTAAAGCTTAAATAATATTAACTATTATAGCATTGTATTATATCATTCCAATTACTTAATATGACTAGAAGGATGATTCAAGGAATAAGTGGAAGAATTTTTGTAATGACAATTTGATTGAAAGAAAGAAGAATCTAATAAAATGGTGAATTGAAGATTACAAATTTGTATAAGGACTATGTATATACGTAAAGTTGTGCTTAGTATATGTGAGTGAGTGTATGTGTATTTATGCCTCTATTCATTATTATTGCTATTATTATCAGTGACAGTTTTAATCTACCATTATTTCAAAATTCAGTTCATCTTTATTAGCATTTANCACATTTGAAATTGTACATTTAACCAAAAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]
[+] EMBL CD144085             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GCCAAGGTAACCCGCTTGTCCAAGATATGGATAATAAGCACTACTGAATACCCCATATTGTTTTCCACTAAAATTTTTAGAAGGATAATAAGCCAATGAACCAATATTTTCCTCGTCTGCAGAGTTTTGTCCAGAACAACTAACCAAGATATCATTTGATTGAGACGGTCTTTCAATAGACGGCATCCATCCAAACACTTTATTTACTTTAAGGAGAACACAA GGTGTTCCCTTACCGTAACCATAATTATTTGCAGTAT                                                                                                                                          ]
[-] EMBL CD120117             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    CTAAAATTTTTAGAAGGATAATAAGCCAATGAACCAATATTTTCCTCGTCTGCAGAGTTTCGTCCAGAACAACTAACCAAGATATCATTTGGTTGAGATGGTCTTTCAATAGACGGCATCCATCCAAACACTTTATTTACTTTAAGGAGAACACAA GGAGTTCCCTTACAGTAACCATAATTATTTGCAGTATTACAAGGTCCTAAAACTTCAAGAGGGAATTTGCAGACTTTATCCACATCTTTTGTTTCTCCTTCCTTGCCTTTACAATTGGCGAATTGACTGTCAGGTTTCGCGTTAACCTGATTATATGTATCTAAATCCGCGTCCA]
[+] EMBL CD065599             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       GCAT CATC  AACACTTTATTTACTTTAAGGAGAACACAAGGGTGTTCCCTTACCGTAACCATAATTATTTGCAGTATTACAAGGTCCTAAAACTTCAAGAGGGAATTTGCAGACTTTATCCACATCTTTTGTTTCTCCT                                                                            ]




>consensus_9972#0
GAAGAATTGATCATAAAATACACTATATAAAACAAATTGAAGGGTGTTTTTCCAAGAGAA
AAAAGAGTGAAGCAAATGAACTTAGTAAAGCTTAAATAATATTAACTATTATAGCATTGT
ATTATATCATTCCAATTACTTAATATGACTAGAAGGATGATTCAAGGAATAAGTGGAAGA
ATTTTTGTAATGACAATTTGATTGAAAGAAAGAAGAATCTAATAAAATGGTGAATTGAAG
ATTACAAATTTGTATAAGGACTATGTATATACGTAAAGTTGTGCTTAGTATATGTGAGTG
AGTGTATGTGTATTTATGCCTCTATTCATTATTATTGCTATTATTATCAGTGACAGTTTT
AATCTACCATTATTTCAAAATTCAGTTCATCTTTATTAGCATTTAGCACATTTGAAATTG
TACATTTAACCAAAATAGTGACACTCTTTTTAGGTGATTTAAATTCCACAGCAACTATTG
GGCCAAGGTAACCCGCTTGTCCAAGATATGGATAATAAGCACTACTGAATACCCCATATT
GCTTTCCACTAAAATTTTTAGAAGGATAATAAGCCAATGAACCAATATTTTCCTCGTCTG
CAGAGTTTTGTCCAGAACAACTAACCAAGATATCATTTGATTGAGACGGTCTTTCAATAG
ACGGCATCCATCCAAACACTTTATTTACTTTAAGGAGAACACAAGGTGTTCCCTTACCGT
AACCATAATTATTTGCAGTATTACAAGGTCCTAAAACTTCAAGAGGGAATTTGCAGACTT
TATCCACATCTTTTGTTTCTCCTTCCTTGCCTTTACAATTGGCGAATTGACTGTCAGGTT
TCGCGTTAACCTGATTATATGTATCTAAATCCGCGTCCA

consensusID : consensus_9972#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 442
fasta sequence

                              [TCTATCTAAAATTATCTTTATTAACTGAATAATAATGATAATAATAAGTTACATAAAAGTGATTTAGACAACACCAATTAAATCAGATCCAAATGTGAAAACAATAATAAGCTATTTATTTCTATAAAAAAATTAAGATAAGTTATTCTACAAAG-ATAAAATTCTAAAATTTCTGTACCGAATTTTTAACTATAAAACAAAAGAACAAACTTCATTTAGCTTTCACAACATGTTTCTATTGCTCAATTGAACTAAAAACTAACTTTCCGAAAGCAAAAAGTTTTACATCAACCATATTCTATTGTCATTAATTATAAGTAGCTATATAGTTACAGAAATGGACAACCCTAACCATTTCCCATGATCATGTTTTATAGTTGCTAGTCATTTAGCTACTGAACAACATTTAAGTAGTTTAACATTGAAAAAAACAAAGGCTGGT]

[+] EMBL AA999494             [TCTATCTAAAATTATCTTTATTAACTGAATAATAATGATAATAATAAGTTACATAAAAGTGATTTAGACAACACCAATTAAATCAGATCCAAATGTGAAAACAATAATAAGCTATTTATTTCTATAAAAAAATTAAGATAAGTTATTCTACAAAG ATAAAATTCTAAAATTTCTGTACCGAATTTTTAACTAT                                                                                                                                                                                                                                                         ]
[+] EMBL AI111143             [                                                                                                                                    TTAAGATAAGTTATTCTACAAAGNATAAAAATCTAAAATTTCTGTACCGAATTTTTAACTACAAAACAAAAGAACAAACTTCATTTAGCTTTCACAACATGTTTCTATTGCTCAATTGAACTAAAAACTAACTTTCCGAAAGCAAAAAGTTTTACATCAACCATATTCTATTGTCATTAATTATAAGTAGCTATATAGTTACAGAAATGGACAACCCTAACCATTTCCCATGATCATGTTTTATAGTTGCTAGTCATTTAGCTACTGAACAACATTTAAGTAGTTTAACATTGAAAAAAACAAAGGCTGGT]




>consensus_9972#1
TCTATCTAAAATTATCTTTATTAACTGAATAATAATGATAATAATAAGTTACATAAAAGT
GATTTAGACAACACCAATTAAATCAGATCCAAATGTGAAAACAATAATAAGCTATTTATT
TCTATAAAAAAATTAAGATAAGTTATTCTACAAAGATAAAATTCTAAAATTTCTGTACCG
AATTTTTAACTATAAAACAAAAGAACAAACTTCATTTAGCTTTCACAACATGTTTCTATT
GCTCAATTGAACTAAAAACTAACTTTCCGAAAGCAAAAAGTTTTACATCAACCATATTCT
ATTGTCATTAATTATAAGTAGCTATATAGTTACAGAAATGGACAACCCTAACCATTTCCC
ATGATCATGTTTTATAGTTGCTAGTCATTTAGCTACTGAACAACATTTAAGTAGTTTAAC
ATTGAAAAAAACAAAGGCTGGT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_9972#0      GAAGAATTGATCATAAAATACACTATATAAAACAAATTGAAGGGTGTTTTTCCAAGAGAA 60
consensus_9972#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9972#0      AAAAGAGTGAAGCAAATGAACTTAGTAAAGCTTAAATAATATTAACTATTATAGCATTGT 120
consensus_9972#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9972#0      ATTATATCATTCCAATTACTTAATATGACTAGAAGGATGATTCAAGGAATAAGTGGAAGA 180
consensus_9972#1      -------------------------------------------------TCTATCTAAAA 11
                                                                       *   *  ** *

consensus_9972#0      ATTTTTGTAATGACAATTTGATTGAAAGAAAGAAGAATCTAATAAAATGGTGAATTGAAG 240
consensus_9972#1      TTATCTTTATTAACTGAATAATAATGATAATAATAAGTTACATAAAA--GTGATTTAGAC 69
                       * * * ** * **    * **    * **  *  * *   ******  **** **  * 

consensus_9972#0      ATTACAAATTTGTATAAGGACTATGTATATACGTAAAGTTGTGCTTAGTATATGTGAGTG 300
consensus_9972#1      AACACCAATT-AAATCAGATCCAAATGTGAAAACAATAATAAGCT--ATTTATTTCTATA 126
                      *  ** ****   ** **  * *  * *  *   **   *  ***   * *** *   * 

consensus_9972#0      AGTGTATGTGTATTTATGCCTCTATTCATTATTATTGCTATTATTATCAGTGACAGTTTT 360
consensus_9972#1      AAAAAATTAAGATAAGTTATTCTACAAAGATAAAATTCTAAAATT-TCTGTACCGAATTT 185
                      *    **    **   *   ****   *     * * ***  *** ** **  *   ***

consensus_9972#0      AATCTACCATTATTTCAAAATTCAGTTCATCTTTATTAGCATTTAGCACAT-TTGAAATT 419
consensus_9972#1      --TTAACTATAAAACAAAAGAACAA---ACTTCATTTAGCTTTCACAACATGTTTCTATT 240
                        *  ** ** *    ***   **    *  *   ***** ** *  **** **   ***

consensus_9972#0      GTACATTTAACCAAAATAGTGACACTCTTTTTAGGTGATTTAAATTCCACAGCAACTATT 479
consensus_9972#1      GCTCAATTGAACTAAAAACTAA----CTTTCCGAAAGCAAAAAGTTTTACATCAACCAT- 295
                      *  ** ** * * *** * * *    ****      *    ** **  *** **** ** 

consensus_9972#0      GGGCCAAGGTAACCCGCTTGTCCAAGATATGGATAATAAGCACTACTGAATACCCCATAT 539
consensus_9972#1      ATTCTATTGTCATTAATTATAAGTAGCTAT--ATAGTTA-CAGAAATGGACAACCCTAAC 352
                         * *  ** *     *      ** ***  *** * * **  * ** * * ***  * 

consensus_9972#0      TGCTTTCCACTAAAATTTTTAGAAGGATAATAAGCCAATGAACCAATATTTTCCTCGTCT 599
consensus_9972#1      CATTTCCCATGATCATGTTTTATAG--TTGCTAGTCATTTAGCTACTGAACAACATTTAA 410
                         ** ***  *  ** ***   **  *    ** ** * * * * *      *   *  

consensus_9972#0      GCAGAGTTTTGTCCAGAACAACTAACCAAGATATCATTTGATTGAGACGGTCTTTCAATA 659
consensus_9972#1      GTAGTTTAACATTGAAAAAAACAAAGGCTGGT---------------------------- 442
                      * **  *    *  * ** *** **    * *                            

consensus_9972#0      GACGGCATCCATCCAAACACTTTATTTACTTTAAGGAGAACACAAGGTGTTCCCTTACCG 719
consensus_9972#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9972#0      TAACCATAATTATTTGCAGTATTACAAGGTCCTAAAACTTCAAGAGGGAATTTGCAGACT 779
consensus_9972#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9972#0      TTATCCACATCTTTTGTTTCTCCTTCCTTGCCTTTACAATTGGCGAATTGACTGTCAGGT 839
consensus_9972#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_9972#0      TTCGCGTTAACCTGATTATATGTATCTAAATCCGCGTCCA 879
consensus_9972#1      ----------------------------------------