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Takifugu rubripes
cluster # 2572 cluster # 2572       Sequences # 8       consensus # 2


see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_2572#0 length = 594 sequences # 7  
consensus_2572#1 length = 511 sequences # 1  

consensusID : consensus_2572#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 7
consensus length = 594
fasta sequence
                              [AATCTCCTCAATTGGGTGGCAAATAGTCTTTAATCAAGCTCAAACTGATAAATA---------TTTTTGTTATTAATTTGGTGCTTTTTCACTAATTTTCATGTTTTAGCATTTTAATGTGTGTATTTGGATGCAGAGTGAATGAGTAACAACCAGGCTGAGTTGGGGAGAACAGAAAGGGGACCTCCTGTGGTTTCTGTCAGGCTCTTTGTGTCTGTGTAACCTTAGGTAGGGTGTCGGATTATTCACCATTTAAGACGTGGAACAACCATTAGTGTCATGTTCTCTTCCCAAAAAGCTCCTTCCTTACTGCTGCCATTTCCTTTCTTATATTAATGCGAGTTCAAATGTATGTTTTTCCTGTTTAGAGATTTATTTTTATATGAAGGTCATCTGCCATATCAGTGCATATGCATTGGCTCATACTGTCAGAAATTAATACCGGTAACTCCTCTGCCTCTTGTTAAAGATTTATTTCATTGTGAAATATTGCGTAATGACTAATATTTAGTTGCCAGGCCAGTGAGTCTGCATAAGTATTACTACAACAAACTCTCTTGAACTGTTTTCTTGTTTATTCAAATAAAATAAAGCAATCCAGTG]

[+] EMBL CA845109             [AATCTCCTCAATTGGGTGGCAAATAGTCTTTAATCAAGCTCAAACTGATAAATA         TTTTTGTTATTAATTTGGTGCTTTTTCACTAATTTTCATGTTTTAGCATTTTAATGTGTGTATTTGTATGCAGAGTGAATGAGTAACAACCAGGCTGAGTTGGGGAGAACAGAAAGAGGACCTCCTGTGGTTTCTGTCAGGCTCTTTTTGTCTGTGTAACCTTAGGGAGGGTGTCGGATTATTCACCATTTAAGACATGGAACAACCATTAGTGTCATGTTCTCTTCCCAAAAAGCTCCTTCCTTACTGCTGTCATTTCCTTTCTTATATTAATGCGAGTTCAAATGTATGTTTTTCCTGTTTAGAGATTTATTTTTATATGAAGGTCATCTGCCATATCAGTGCATATGCATTGGCTCATACTGTCAAAAATTAATACCGGTAACTCCTCTGCCTCTTGTTAAAGATTTATTTCATTGTGAAATATTGCGTAATGACTAATATTTAGTTGCCAGGCCAGTGAGTCTGCATAAGTATTACTACAAC                                                      ]
[-] EMBL CA332074             [  TCTCCTCAATTGGGTGGCAAATAGTCTTTAATCAAGCTCAAACTGATAAATATTTTTGTTGTTTTTGTTGTTAATTTGGTGCTTTTTCACTAATTTTCATGTTTTAGCATTTTAATGTGTGTATTTGGATGCAGAGTGAATGAGTAACAACCAGGCTGAGTTGGGGAGAACAGAAAGGGGACCTCCTGTGGTTTCTGTCAGGCTCTTTGTGTCTGTGTAACCTTAGGTAGGGTGTCGGATTATTCACCATTTAAGACGTGGAACAACCATTAGTGTCATGTTCTCTTCCCAAAAAGCTCCTTCCTTACTGCTGCCATTTCCTTTCTTATATTAATGCGAGTTCAAATGTATGTTTTTCCTGTTTAGAGATTTATTTTTATATGAAGGTCATCTGCCATATCAGTGCATATGCATTGGCTCATACTGTCAGAAATTAATACCGGTAACTCCTCTGCCTCTTGTTAAAGATTTATTTCATTGTGAAATATTGCGTAATGACTAATATTTAGTTGCCAGGCCAGTGAGTCTGCATAAGTATTACTACAACAAACTCTCTTGAACTGTTTTCTTGTTTATTCAAATAAAATAAAGCAATCC    ]
[-] EMBL CA333007             [   CTCCTCAATTGGGTGGCAAATAGTCTTTAATCAAGCTCAAACTGATAAATA         TTTTTGTTATTAATTTGGTGCTTTTTCACTAATTTTCATGTTTTAGCATTTTAATGTGTGTATTTGTATGCAGAGTGAATGAGTAACAACCAGGCTGAGTTGGGGAGAACAGAAAGGGGACCTCCTGTGGTTTCTGTCAGGCTCTTTTTGTCTGTGTAACCTTAGGGAGGGTGTCGGATTATTCACCATTTAAGACATGGAACAACCATTAGTGTCATGTTCTCTTCCCAAAAAGCTCCTTCCTTACTGCTGTCATTTCCTTTCTTATATTAATGCGAGTTCAAATGTATGTTTTTCCTGTTTAGAGATTTATTTTTATATGAAGGTCATCTGCCATATCAGTGCATATGCATTGGCTCATACTGTCAGAAATTAATACCGGTAACTCCTCTGCCTCTTGTTAAAGATTTATTTCATTGTGAAATATTGCGTAATGACTAATATTTAGTTGCCAGGCCAGTGAGTCTGCATAAGTATTACTACAACAAACTCTCTTGAACTGTTTTCTTGTTTATTCAAATAAAATAAAGCAATCCAGTG]
[-] EMBL CA331824             [                                                                                      TTTCACTAATTTTCATGTTTTAGCATTTTAATGTGTGTATTTGGATGCAGAGTGAATGAGTAACAACCAGGCTGAGTTGGGGAGAACAGAAAGGGGACCTCCTGTGGTTTCTGTCAGGCTCTTTGTGTCTGTGTAACCTTAGGTAGGGTGTCGGATTATTCACCATTTAAGACGTGGAACAACCATTAGTGTCATGTTCTCTTCCCAAAAAGCTCCTTCCTTACTGCTGCCATTTCCTTTCTTATATTAATGCGAGTTCAAATGTATGTTTTTCCTGTTTAGAGATTTATTTTTATATGAAGGTCATCTGCCATATCAGTGCATATGCATTGGCTCATACTGTCAGAAATTAATACCGGTAACTCCTCTGCCTCTTGTTAAAGATTTATTTCATTGTGAAATATTGCGTAATGACTAATATTTAGTTGCCAGGCCAGTGAGTCTGCATAAGTATTACTACAACAAACTCTCTTGAACTGTTTTCTTGTTTGGTCAAATAAAATAAAGCAATCC    ]
[-] EMBL CA331761             [                                                                                                                                                                       GAGAACAGAAAGGGGACCTCCTGTGGTTTCTGTCAGGCTCTTTGTGTCTGTGTAACCTTAGGTAGGGTGTCGGATTATTCACCATTTAAGACGTGGAACAACCATTAGTGTCATGTTCTCTTCCCAAAAAGCTCCTTCCTTACTGCTGCCATTTCCTTTCTTATATTAATGCGAGTTCAAATGTATGTTTTTCCTGTTTAGAGATTTATTTTTATATGAAGGTCATCTGCCATATCAGTGCATATGCATTGGCTCATACTGTCAGAAATTAATACCGGTAACTCCTCTGCCTCTTGTTAAAGATTTATTTCATTGTGAAATATTGCGTAATGACTAATATTTAGTTGCCAGGCCAGTGAGTCTGCATAAGTATTACTACAACAAACTCTCTTGAACTGTTTTCTTGTTTATTCAAATAAAATAAA           ]
[-] EMBL CA331046             [                                                                                                                                                                                   GGGCCCTCCTGTGGTTTCTGTCAGGCTCTTTTTGTCTGTGTAACCTTAGGGAGGGTGTCGGATTATTCACCATTTAAGACATGGAACAACCATTAGTGTCATGTTCTCTTCCCAAAAAGCTCCTTCCTTACTGCTGTCATTTCCTTTCTTATATTAATGCGAGTTCAAATGTATGTTTTTCCTGTTTAGAGAAATAATATTATATGAAGGTCATCTGCCATATCAGTGCATATGCATTGGCTCATACTGTCAGAAATTAATACCGGTAACTCCTCTGCCTCTTGTTAAAGATTTATTTCATTGTGAAATATTGCGTAATGACTAATATTTAGTTGCCAGGCCAGTGAGTCTGCATAAGTATTACTACAACAAACTCTCTTGAACTGTTTTCTTGTTGGGTCAAATAAAATAAAGCAATCCAG  ]
[+] EMBL FR0056853            [                                                                                                                                                                                      ACCTCCTGTGGTTTCTGTCAGGCTCTTTGTGTCTGTGTAACCTTAGGTAGGGTGTCGGATTATTCACCATTTAAGACGTGGAACAACCATTAGTGTCATGTTCTCTTCCCAAAAAGCTCCTTCCTTACTGCTGCCATTTCCTTTCTTATATTAATGCGAGTTCAAATGTATGTTTTTCCTGTTTAGAGATTTATTTTTATATGAAGGTCATCTGCCATATCAGTGCATATGCATTGGCTCATACTGTCAGAAATTAATACCGGTAACTCCTCTGCCTCTTGTTAAAGATTTATTTCATTGTGAAATATTGCGTAATGACTAATATTTAGGTGCCAAGCCAGTGAGTCTGCATAAGTATGACTACAACAGACTCT                                               ]


>consensus_2572#0 AATCTCCTCAATTGGGTGGCAAATAGTCTTTAATCAAGCTCAAACTGATAAATATTTTTG TTATTAATTTGGTGCTTTTTCACTAATTTTCATGTTTTAGCATTTTAATGTGTGTATTTG GATGCAGAGTGAATGAGTAACAACCAGGCTGAGTTGGGGAGAACAGAAAGGGGACCTCCT GTGGTTTCTGTCAGGCTCTTTGTGTCTGTGTAACCTTAGGTAGGGTGTCGGATTATTCAC CATTTAAGACGTGGAACAACCATTAGTGTCATGTTCTCTTCCCAAAAAGCTCCTTCCTTA CTGCTGCCATTTCCTTTCTTATATTAATGCGAGTTCAAATGTATGTTTTTCCTGTTTAGA GATTTATTTTTATATGAAGGTCATCTGCCATATCAGTGCATATGCATTGGCTCATACTGT CAGAAATTAATACCGGTAACTCCTCTGCCTCTTGTTAAAGATTTATTTCATTGTGAAATA TTGCGTAATGACTAATATTTAGTTGCCAGGCCAGTGAGTCTGCATAAGTATTACTACAAC AAACTCTCTTGAACTGTTTTCTTGTTTATTCAAATAAAATAAAGCAATCCAGTG



consensusID : consensus_2572#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 511
fasta sequence
                              [CTTTTTTTTTTTTGCTGCACAGAGTTGTTAAAATGACTCTTGAGAAATGGTGTTGCTGCCACTTTGTTTACTTGAAGGTGTGCTGCCATATCAGTGCGTATGCTGCCACCGGTTACATTGCCTGAGTGGACAGAACAACGCTATTTCTAAAAAGAAAAGAGATTTTAAATTCACATTGCGAAAAGGTTTCCAGAATAAAATGTGTGGTAATGTTGCACACTGACAATTTTGCAAAAAATGTACAAAATGCTTTGGTAAACTTAGACGTCATAATTGTCCTGTACTGGTGCCAGTTGCTCTGTGTGTATGAATGGGAGCAGGCACTTCCCTATGTTTAAAATGTATGTCTACAATAAGTTAAGTCCATATAAGAGAGAGCACTGGTGCCTCCAAACAGAGGTCTGCTGAGGATGCTGTGGAAACGAGGGAGTGAGGTCGGTCCAGAGGCTGGTTTCTTCATGTAATCTCCTCAATTGGGTGGCAAATAGTCTTTAATCAAGCTCAAACTGAT]

[+] EMBL CA847141             [CTTTTTTTTTTTTGCTGCACAGAGTTGTTAAAATGACTCTTGAGAAATGGTGTTGCTGCCACTTTGTTTACTTGAAGGTGTGCTGCCATATCAGTGCGTATGCTGCCACCGGTTACATTGCCTGAGTGGACAGAACAACGCTATTTCTAAAAAGAAAAGAGATTTTAAATTCACATTGCGAAAAGGTTTCCAGAATAAAATGTGTGGTAATGTTGCACACTGACAATTTTGCAAAAAATGTACAAAATGCTTTGGTAAACTTAGACGTCATAATTGTCCTGTACTGGTGCCAGTTGCTCTGTGTGTATGAATGGGAGCAGGCACTTCCCTATGTTTAAAATGTATGTCTACAATAAGTTAAGTCCATATAAGAGAGAGCACTGGTGCCTCCAAACAGAGGTCTGCTGAGGATGCTGTGGAAACGAGGGAGTGAGGTCGGTCCAGAGGCTGGTTTCTTCATGTAATCTCCTCAATTGGGTGGCAAATAGTCTTTAATCAAGCTCAAACTGAT]


>consensus_2572#1 CTTTTTTTTTTTTGCTGCACAGAGTTGTTAAAATGACTCTTGAGAAATGGTGTTGCTGCC ACTTTGTTTACTTGAAGGTGTGCTGCCATATCAGTGCGTATGCTGCCACCGGTTACATTG CCTGAGTGGACAGAACAACGCTATTTCTAAAAAGAAAAGAGATTTTAAATTCACATTGCG AAAAGGTTTCCAGAATAAAATGTGTGGTAATGTTGCACACTGACAATTTTGCAAAAAATG TACAAAATGCTTTGGTAAACTTAGACGTCATAATTGTCCTGTACTGGTGCCAGTTGCTCT GTGTGTATGAATGGGAGCAGGCACTTCCCTATGTTTAAAATGTATGTCTACAATAAGTTA AGTCCATATAAGAGAGAGCACTGGTGCCTCCAAACAGAGGTCTGCTGAGGATGCTGTGGA AACGAGGGAGTGAGGTCGGTCCAGAGGCTGGTTTCTTCATGTAATCTCCTCAATTGGGTG GCAAATAGTCTTTAATCAAGCTCAAACTGAT



consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_2572#0      AATCTCCTCAATTGGGTGGCAAATAGTCTTTAATCAAGCTCAAACTGATAAATATTTTTG 60
consensus_2572#1      --CTTTTTTTTTTTTGCTGCACAGAGTTGTTAAAATGACTC---TTGAGAAATGGTGTTG 55
                          *  *   **  *  *** * ***  ****     ***    *** ****  * ***

consensus_2572#0      TTATTAATTTGGTGCTTTTTCACTAATTTTCATGTTTTAGCATTTTAATGTGTGTATTTG 120
consensus_2572#1      CTGCCACTTTG----TTTACTTGAAGGTGTGCTGCCATATCAGTGCGTATGCTGCCACCG 111
                       *   * ****    ***      *  * *  **   ** ** *        **     *

consensus_2572#0      GATGCAGAG--TGAATGAGTAACAACCAGGCTGAGTTGGGGAGAACAGAAAGGGGACCTC 178
consensus_2572#1      GTTACATTGCCTGAGTGGACAG-AACAACGCTATTTCTA----AAAAGAAAAGAGATTTT 166
                      * * **  *  *** **   *  *** * ***   *       ** ***** * **  * 

consensus_2572#0      CTGTGGTTTCTGTCAGGCTCTTTGTGTCTGTGTAACCTTAGGTAGGGTGTCGGATTATTC 238
consensus_2572#1      AAATTCACATTGCGAAAAGGTTTCCAGA-ATAAAATGTGTGGTAATGTTGCACACTGACA 225
                         *      **  *     ***       *  **  *  ****  **  *  * *    

consensus_2572#0      ACCATTTAAGACGTGGAACAACCATTAGTGTCATGTTCTCTTCCCAAAAAGCTCCTTCCT 298
consensus_2572#1      ATTTTGCAAAAAATGTACAAAATGCTT-TGGTAAACTTAGACGTCATAA---TTGTCCTG 281
                      *   *  ** *  ** *  **    *  **  *   *       ** **   *  * *  

consensus_2572#0      TACTGCTGCCATTTCCTTTCT-TATATTAATGCGAGTTCAAATGTATGTTTTTCCTGTTT 357
consensus_2572#1      TACTGGTGCCAGTTGCTCTGTGTGTATGAATGGGAGC----AGGCAC-TTCCCTATGTTT 336
                      ***** ***** ** ** * * * *** **** ***     * * *  **     *****

consensus_2572#0      AGAGATTTATTTTTATATGAAGGTCATCTGCCATATCAGTGCATATGCATTGGCTCATAC 417
consensus_2572#1      A-AAATGTATGTCTACAATAAGTTAAGT--CCATATAAGAGAGA--GCACTGGTGCCTCC 391
                      * * ** *** * ** *  *** * *    ****** ** *     *** ***  * * *

consensus_2572#0      TGTCAGAAATTAATACCGGTAACTCCTCTGCCTCTTGTTAAAGATTTATTTCATTGTGAA 477
consensus_2572#1      AAACAGAGGTC--TGCTGAGGATGCTGTGGAAACGAGGGAGTGAGGTCGGTC-CAGAGGC 448
                         ****  *   * * *   *  *    *   *  *  *  **  *   **   * *  

consensus_2572#0      ATATTGCGTAATGACTAATATTTAGTTGCCAGGCCAGTGAGTCTGCATAAGTATTACTAC 537
consensus_2572#1      TGGTTTCTTCATGTAATCTCCTCAATTGGGTGGCAAATAGTCTTTAATCAAGCTCAAACT 508
                         ** * * ***     *  * * ***   *** * *     *  ** *   * *    

consensus_2572#0      AACAAACTCTCTTGAACTGTTTTCTTGTTTATTCAAATAAAATAAAGCAATCCAGTG 594
consensus_2572#1      GAT------------------------------------------------------ 511
                       *                                                       




Data build on Sat Aug 9 00:50:02 CEST 2003 by Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)