ViewVC Help

View File | Revision Log | Show Annotations | View Changeset | Root Listing

root/owl/trunk/proteinstructure/AA.java

#	Line 1 | Line 1
1		package proteinstructure;
2	–	import java.sql.ResultSet;
3	–	import java.sql.SQLException;
4	–	import java.sql.Statement;
2		import java.util.HashMap;
3		import java.util.ArrayList;
7	–	import tools.MySQLConnection;
4
5		public class AA {
6
11	–	public final static String MYSQLSERVER="white";
12	–	public final static String MYSQLUSER=MySQLConnection.getUserName();
13	–	public final static String MYSQLPWD="nieve";
14	–	public final static String DB = "aa_info";
15	–
16	–
7		public static String[] contactTypes() {
8		// NOTE: whenever a new contact type is added it needs to be added here as well as in ct2atoms
9		String[] cts ={"ALL","BB","SC","Ca","Cb","Cg","C"};
#	Line 92 | Line 82
82
83		public static HashMap<String,ArrayList<String>> getaas2atoms() {
84		HashMap<String,ArrayList<String>> aas2atoms = new HashMap<String,ArrayList<String>>();
85	<	MySQLConnection conn = new MySQLConnection(MYSQLSERVER,MYSQLUSER,MYSQLPWD,DB);
86	<	String sql="SELECT code_3_letter, group_concat(chem_atom_name) FROM atom_names GROUP BY code_3_letter ORDER BY code_3_letter";
87	<	try {
88	<	Statement stmt = conn.createStatement();
89	<	ResultSet rsst = stmt.executeQuery(sql);
90	<	while (rsst.next()) {
91	<	String res_type=rsst.getString(1);
92	<	String atomsStr = rsst.getString(2);
93	<	String[] atoms = atomsStr.split(",");
94	<	ArrayList<String> atomsAL = new ArrayList<String>();
95	<	for (String atom:atoms){
96	<	if (! atom.equals("OXT")){
97	<	atomsAL.add(atom);
98	<	}
99	<	}
100	<	aas2atoms.put(res_type, atomsAL);
101	<	}
102	<	rsst.close();
103	<	stmt.close();
104	<	} catch (SQLException e) {
105	<	e.printStackTrace();
106	<	}
107	<	conn.close();
85	>	aas2atoms.put("CYS", new ArrayList<String>());
86	>	aas2atoms.get("CYS").add("SG");
87	>	aas2atoms.get("CYS").add("CB");
88	>	aas2atoms.get("CYS").add("O");
89	>	aas2atoms.get("CYS").add("CA");
90	>	aas2atoms.get("CYS").add("C");
91	>	aas2atoms.get("CYS").add("N");
92	>	aas2atoms.put("ASP", new ArrayList<String>());
93	>	aas2atoms.get("ASP").add("N");
94	>	aas2atoms.get("ASP").add("CB");
95	>	aas2atoms.get("ASP").add("OD2");
96	>	aas2atoms.get("ASP").add("CG");
97	>	aas2atoms.get("ASP").add("CA");
98	>	aas2atoms.get("ASP").add("C");
99	>	aas2atoms.get("ASP").add("O");
100	>	aas2atoms.get("ASP").add("OD1");
101	>	aas2atoms.put("SER", new ArrayList<String>());
102	>	aas2atoms.get("SER").add("C");
103	>	aas2atoms.get("SER").add("N");
104	>	aas2atoms.get("SER").add("CA");
105	>	aas2atoms.get("SER").add("O");
106	>	aas2atoms.get("SER").add("CB");
107	>	aas2atoms.get("SER").add("OG");
108	>	aas2atoms.put("GLN", new ArrayList<String>());
109	>	aas2atoms.get("GLN").add("CA");
110	>	aas2atoms.get("GLN").add("CG");
111	>	aas2atoms.get("GLN").add("N");
112	>	aas2atoms.get("GLN").add("NE2");
113	>	aas2atoms.get("GLN").add("OE1");
114	>	aas2atoms.get("GLN").add("CD");
115	>	aas2atoms.get("GLN").add("C");
116	>	aas2atoms.get("GLN").add("O");
117	>	aas2atoms.get("GLN").add("CB");
118	>	aas2atoms.put("LYS", new ArrayList<String>());
119	>	aas2atoms.get("LYS").add("C");
120	>	aas2atoms.get("LYS").add("CA");
121	>	aas2atoms.get("LYS").add("N");
122	>	aas2atoms.get("LYS").add("O");
123	>	aas2atoms.get("LYS").add("CB");
124	>	aas2atoms.get("LYS").add("CG");
125	>	aas2atoms.get("LYS").add("CD");
126	>	aas2atoms.get("LYS").add("CE");
127	>	aas2atoms.get("LYS").add("NZ");
128	>	aas2atoms.put("ASN", new ArrayList<String>());
129	>	aas2atoms.get("ASN").add("ND2");
130	>	aas2atoms.get("ASN").add("OD1");
131	>	aas2atoms.get("ASN").add("CB");
132	>	aas2atoms.get("ASN").add("O");
133	>	aas2atoms.get("ASN").add("CG");
134	>	aas2atoms.get("ASN").add("C");
135	>	aas2atoms.get("ASN").add("CA");
136	>	aas2atoms.get("ASN").add("N");
137	>	aas2atoms.put("PRO", new ArrayList<String>());
138	>	aas2atoms.get("PRO").add("O");
139	>	aas2atoms.get("PRO").add("C");
140	>	aas2atoms.get("PRO").add("CB");
141	>	aas2atoms.get("PRO").add("CG");
142	>	aas2atoms.get("PRO").add("CA");
143	>	aas2atoms.get("PRO").add("CD");
144	>	aas2atoms.get("PRO").add("N");
145	>	aas2atoms.put("THR", new ArrayList<String>());
146	>	aas2atoms.get("THR").add("CA");
147	>	aas2atoms.get("THR").add("N");
148	>	aas2atoms.get("THR").add("C");
149	>	aas2atoms.get("THR").add("CG2");
150	>	aas2atoms.get("THR").add("OG1");
151	>	aas2atoms.get("THR").add("CB");
152	>	aas2atoms.get("THR").add("O");
153	>	aas2atoms.put("PHE", new ArrayList<String>());
154	>	aas2atoms.get("PHE").add("O");
155	>	aas2atoms.get("PHE").add("CE2");
156	>	aas2atoms.get("PHE").add("CE1");
157	>	aas2atoms.get("PHE").add("CG");
158	>	aas2atoms.get("PHE").add("C");
159	>	aas2atoms.get("PHE").add("N");
160	>	aas2atoms.get("PHE").add("CA");
161	>	aas2atoms.get("PHE").add("CB");
162	>	aas2atoms.get("PHE").add("CD2");
163	>	aas2atoms.get("PHE").add("CD1");
164	>	aas2atoms.get("PHE").add("CZ");
165	>	aas2atoms.put("ALA", new ArrayList<String>());
166	>	aas2atoms.get("ALA").add("CA");
167	>	aas2atoms.get("ALA").add("C");
168	>	aas2atoms.get("ALA").add("N");
169	>	aas2atoms.get("ALA").add("CB");
170	>	aas2atoms.get("ALA").add("O");
171	>	aas2atoms.put("HIS", new ArrayList<String>());
172	>	aas2atoms.get("HIS").add("CE1");
173	>	aas2atoms.get("HIS").add("CD2");
174	>	aas2atoms.get("HIS").add("ND1");
175	>	aas2atoms.get("HIS").add("CG");
176	>	aas2atoms.get("HIS").add("CB");
177	>	aas2atoms.get("HIS").add("O");
178	>	aas2atoms.get("HIS").add("C");
179	>	aas2atoms.get("HIS").add("CA");
180	>	aas2atoms.get("HIS").add("N");
181	>	aas2atoms.get("HIS").add("NE2");
182	>	aas2atoms.put("GLY", new ArrayList<String>());
183	>	aas2atoms.get("GLY").add("N");
184	>	aas2atoms.get("GLY").add("CA");
185	>	aas2atoms.get("GLY").add("C");
186	>	aas2atoms.get("GLY").add("O");
187	>	aas2atoms.put("ILE", new ArrayList<String>());
188	>	aas2atoms.get("ILE").add("CG2");
189	>	aas2atoms.get("ILE").add("CD1");
190	>	aas2atoms.get("ILE").add("O");
191	>	aas2atoms.get("ILE").add("N");
192	>	aas2atoms.get("ILE").add("CA");
193	>	aas2atoms.get("ILE").add("C");
194	>	aas2atoms.get("ILE").add("CB");
195	>	aas2atoms.get("ILE").add("CG1");
196	>	aas2atoms.put("LEU", new ArrayList<String>());
197	>	aas2atoms.get("LEU").add("N");
198	>	aas2atoms.get("LEU").add("CA");
199	>	aas2atoms.get("LEU").add("C");
200	>	aas2atoms.get("LEU").add("O");
201	>	aas2atoms.get("LEU").add("CB");
202	>	aas2atoms.get("LEU").add("CG");
203	>	aas2atoms.get("LEU").add("CD2");
204	>	aas2atoms.get("LEU").add("CD1");
205	>	aas2atoms.put("ARG", new ArrayList<String>());
206	>	aas2atoms.get("ARG").add("NH2");
207	>	aas2atoms.get("ARG").add("CZ");
208	>	aas2atoms.get("ARG").add("NE");
209	>	aas2atoms.get("ARG").add("CD");
210	>	aas2atoms.get("ARG").add("CG");
211	>	aas2atoms.get("ARG").add("C");
212	>	aas2atoms.get("ARG").add("CA");
213	>	aas2atoms.get("ARG").add("N");
214	>	aas2atoms.get("ARG").add("NH1");
215	>	aas2atoms.get("ARG").add("CB");
216	>	aas2atoms.get("ARG").add("O");
217	>	aas2atoms.put("TRP", new ArrayList<String>());
218	>	aas2atoms.get("TRP").add("CE2");
219	>	aas2atoms.get("TRP").add("CA");
220	>	aas2atoms.get("TRP").add("C");
221	>	aas2atoms.get("TRP").add("O");
222	>	aas2atoms.get("TRP").add("CB");
223	>	aas2atoms.get("TRP").add("CG");
224	>	aas2atoms.get("TRP").add("CD1");
225	>	aas2atoms.get("TRP").add("CD2");
226	>	aas2atoms.get("TRP").add("CH2");
227	>	aas2atoms.get("TRP").add("CZ3");
228	>	aas2atoms.get("TRP").add("CZ2");
229	>	aas2atoms.get("TRP").add("CE3");
230	>	aas2atoms.get("TRP").add("NE1");
231	>	aas2atoms.get("TRP").add("N");
232	>	aas2atoms.put("VAL", new ArrayList<String>());
233	>	aas2atoms.get("VAL").add("CG1");
234	>	aas2atoms.get("VAL").add("CB");
235	>	aas2atoms.get("VAL").add("O");
236	>	aas2atoms.get("VAL").add("C");
237	>	aas2atoms.get("VAL").add("CA");
238	>	aas2atoms.get("VAL").add("N");
239	>	aas2atoms.get("VAL").add("CG2");
240	>	aas2atoms.put("GLU", new ArrayList<String>());
241	>	aas2atoms.get("GLU").add("C");
242	>	aas2atoms.get("GLU").add("N");
243	>	aas2atoms.get("GLU").add("CA");
244	>	aas2atoms.get("GLU").add("OE2");
245	>	aas2atoms.get("GLU").add("OE1");
246	>	aas2atoms.get("GLU").add("CD");
247	>	aas2atoms.get("GLU").add("CG");
248	>	aas2atoms.get("GLU").add("CB");
249	>	aas2atoms.get("GLU").add("O");
250	>	aas2atoms.put("TYR", new ArrayList<String>());
251	>	aas2atoms.get("TYR").add("CD2");
252	>	aas2atoms.get("TYR").add("CD1");
253	>	aas2atoms.get("TYR").add("OH");
254	>	aas2atoms.get("TYR").add("CZ");
255	>	aas2atoms.get("TYR").add("CE2");
256	>	aas2atoms.get("TYR").add("N");
257	>	aas2atoms.get("TYR").add("CA");
258	>	aas2atoms.get("TYR").add("C");
259	>	aas2atoms.get("TYR").add("O");
260	>	aas2atoms.get("TYR").add("CB");
261	>	aas2atoms.get("TYR").add("CG");
262	>	aas2atoms.get("TYR").add("CE1");
263	>	aas2atoms.put("MET", new ArrayList<String>());
264	>	aas2atoms.get("MET").add("CA");
265	>	aas2atoms.get("MET").add("O");
266	>	aas2atoms.get("MET").add("C");
267	>	aas2atoms.get("MET").add("CB");
268	>	aas2atoms.get("MET").add("CE");
269	>	aas2atoms.get("MET").add("N");
270	>	aas2atoms.get("MET").add("CG");
271	>	aas2atoms.get("MET").add("SD");
272		return aas2atoms;
273
274		}

Diff Legend

–	Removed lines
+	Added lines
<	Changed lines
>	Changed lines