|
These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Apis mellifera see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_1177#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 587 fasta sequence
[TTAGATACAATTGTGATTCTTATATTTGACAATAAACTTTAATTTATACTATATGAATTGGAAATAATACGTGATCGATATGGGAGGATTACTCAGTTATTTTCGTAATTTACTCGGTAGCCGGGAAATGCGAATTTTAATTTTAGGCTTGGATGGAGCCGGAAAAACTACAATCTTGTACAGATTGCAGGTTGGTGAAGTGGTTACAACAATACCTACTATAGGATTTAATGTAGAACAGGTCACATATAAAAATTTAAAATTTCAAGTATGGGATCTAGGAGGTCAAACTAGTATAAGACCATATTGGAGGTGTTATTATTCAAATACAGATGCAATAATTTATGTTGTGGATTCGGCAGATAAAGATAGGATAGGCATATCAAAAGATGAATTAATTTATATGTTGAGAGAAGAAGAACTGCAAGGTGCCATTTTAGTGGTTTTGGCAAATAAGCAAGATATGGCAGGATGTTTAAGTGTAGCAGAAGTTCATCAGGCTCTTGGATTAGATGCTCTTAAAAATAGAACGTTCCAAATTTTCAAAACATCTGCAACAAAAGGTGAAGGTCTTGATCAAGCAATGG]
[+] EMBL BE844515 [TTAGATACAATTGTGATTCTTATATTTGACAATAAACTTTAATTTATACTATATGAATTGGAAATAATACGTGATCGATATGGGAGGATTACTCAGTTATTTTCGTAATTTACTCGGTAGCCGGGAAATGCGAATTTTAATTTTAGGCTTGGATGGAGCCGGAAAAACTACAATCTTGTACAGATTGCAGGTTGGTGAAGTGGTTACAACAATACCTACTATAGGATTTAATGTAGAACAGGTCACATATAAAAATTTAAAATTTCAAGTATGGGATCTAGGAGGTCAAACTAGTATAAGACCATATTGGAGGTGTTATTATTCAAATACAGATGCAATAATTTATGTTGTGGATTCGGCAGATAAAGATAGGATAGGCATATCAAAAGATGAATTAATTTATATGTTGAGAGAAGAAGAACTGCAAGGTGCCATTTTAGTGGTTTTGGCAAATAAGCAAGATATGGCAGGATGTTTAAGTGTAGCAGAAGTTCATCA GCTCTT ]
[+] EMBL BI509067 [ TACTATATGAATTGGAAATAATACGTGATCGATATGGGAGGATTACTCAGTTATTTTCGTAATTTACTCGGTAGCCGGGAAATGCGAATTTTAATTTTAGGCTTGGATGGAGCCGGAAAAACTACAATCTTGTACAGATTGCAGGTTGGTGAAGTGGTTACAACAATACCTACTATAGGATTTAATGTAGAACAGGTCACATATAAAAATTTAAAATTTCAAGTATGGGATCTAGGAGGTCAAACTAGTATAAGACCATATTGGAGGTGTTATTATTCAAATACAGATGCAATAATTTATGTTGTGGATTCGGCAGATAAAGATAGGATAGGCATATCAAAAGATGAATTAATTTATATGTTGAGAGAAGAAGAACTGCAAGGTGCCATTTTAGTGGTTTTGGCAAATAAGCAAGATATGGCAGGATGTTTAAGTGTAGCAGAAGTTCATCAGGCTCTTGGATTAGATGCTCTTAAAAATAGAACGTTCCAAATTTTCAAAACATCTGCAACAAAAGGTGAAGGTCTTGATCAAGCAATGG]
consensusID : consensus_1177#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 444 fasta sequence
[ATTGTGATTCTTATATTTGACAATAAACTTTAATTTATACTATATGAATTGGAAATAATACGTGATCGATATGGGAGGATTACTCAGTTATTTTCGTAATTTACTCGGTAGCCGGGAAATGCGAATTTTAATTTTAGGCTTGGATGGAGCCGGAAAAACTACAATCTTGTACAGGTGTATTTCACATTGACACTTTTCTATATTTCGCTTGACAGTTTATGTTTTAATATATATGTTTTAATATGTTTAAAGCTTGATATGACGTTATAATTAATTATTTACTCATCTTTGTTTGCATGAATGGTTCATATCTTATGTTTGAATGTTTATAACCAATAATTAAATATATGTTTATACATTTAATATGTCATAACAATTTATTTATATGTGTCATAACAATTTAAAGCTATTAGATGTAAAATAATATGCATGTGAAATTGTTTT]
[+] EMBL BI516389 [ATTGTGATTCTTATATTTGACAATAAACTTTAATTTATACTATATGAATTGGAAATAATACGTGATCGATATGGGAGGATTACTCAGTTATTTTCGTAATTTACTCGGTAGCCGGGAAATGCGAATTTTAATTTTAGGCTTGGATGGAGCCGGAAAAACTACAATCTTGTACAGGTGTATTTCACATTGACACTTTTCTATATTTCGCTTGACAGTTTATGTTTTAATATATATGTTTTAATATGTTTAAAGCTTGATATGACGTTATAATTAATTATTTACTCATCTTTGTTTGCATGAATGGTTCATATCTTATGTTTGAATGTTTATAACCAATAATTAAATATATGTTTATACATTTAATATGTCATAACAATTTATTTATATGTGTCATAACAATTTAAAGCTATTAGATGTAAAATAATATGCATGTGAAATTGTTTT]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_1177#0 TTAGATACAATTGTGATTCTTATATTTGACAATAAACTTTAATTTATACTATATGAATTG 60
consensus_1177#1 ---------ATTGTGATTCTTATATTTGACAATAAACTTTAATTTATACTATATGAATTG 51
***************************************************
consensus_1177#0 GAAATAATACGTGATCGATATGGGAGGATTACTCAGTTATTTTCGTAATTTACTCGGTAG 120
consensus_1177#1 GAAATAATACGTGATCGATATGGGAGGATTACTCAGTTATTTTCGTAATTTACTCGGTAG 111
************************************************************
consensus_1177#0 CCGGGAAATGCGAATTTTAATTTTAGGCTTGGATGGAGCCGGAAAAACTACAATCTTGTA 180
consensus_1177#1 CCGGGAAATGCGAATTTTAATTTTAGGCTTGGATGGAGCCGGAAAAACTACAATCTTGTA 171
************************************************************
consensus_1177#0 CAGATTGCAGGTTGGTGAAGTGGTTACAACAATACCTACTATAGGATTTAATGTAGAACA 240
consensus_1177#1 CAG-----------GTGTATT--TCACATTGACACTT--TTCTATATTT--CGCTTGACA 214
*** *** * * * *** * ** * * **** * ***
consensus_1177#0 GGTCACATATAAAAATTTAAAATTTCAAGTATGGGATCTAGGAGGTCAAACTAGTATAAG 300
consensus_1177#1 GTTTATGTTTTAATATATATGTTTT--AATATG---TTTAA------AGCTTGATATGAC 263
* * * * * ** ** ** *** * **** * ** * * *** *
consensus_1177#0 ACCATATTGGAGGTGTTATT-ATTCAAATACAGATGCAATAATTTATGTTGTGGATTCGG 359
consensus_1177#1 GTTATAATTAATTATTTACTCATCTTTGTTTGCATG-AATGGTTCATATCTTATGTTTGA 322
*** * * *** * ** * *** *** ** ** * * ** *
consensus_1177#0 CAGATAAAGATAGGATAGGCATATCAAAAGATGAATTAATTTATATGTTGAGAGAAGAAG 419
consensus_1177#1 ATGTTTATAACCA-ATAATTAAAT-ATATGTTTATACATTTAATATGTCATAACAATTT- 379
* * * * *** * ** * * * * * * ** ****** * **
consensus_1177#0 AACTGCAAGGTGCCATTTTAGTGGTTTTGGCAAATAAGCAAGATATGGCAGG-ATGTTTA 478
consensus_1177#1 -ATTTATATGTGTCATAACAAT--TTAAAGCTATTAGATGTAAAATAATATGCATGTGAA 436
* * * *** *** * * ** ** * ** * ** * * **** *
consensus_1177#0 AGTGTAGCAGAAGTTCATCAGGCTCTTGGATTAGATGCTCTTAAAAATAGAACGTTCCAA 538
consensus_1177#1 ATTGTTTT---------------------------------------------------- 444
* ***
consensus_1177#0 ATTTTCAAAACATCTGCAACAAAAGGTGAAGGTCTTGATCAAGCAATGG 587
consensus_1177#1 -------------------------------------------------
|
|||||||
| Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) |