cluster # 2001

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Apis mellifera
cluster # 2001 cluster # 2001 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_2001#0 length = 490 sequences # 1

consensus_2001#1 length = 467 sequences # 1

consensusID : consensus_2001#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 490
fasta sequence

                              [AATCGATATGAAAAATACTGTTGCAAGCTATGATTGATCTTTAAACGTATTGCTCGATCATTAGGAATTTAAGAAACTCGAGGTTTTGCATCGAAGCGGAAGCTTTTTCAAGAATTGTAAGATTCTCGATCAGTAATTTAAAATTAGTTAACTTTTTCTTCGTAAATTTTGTTACGATAATTTAGAGAACATTTTTAAAAAAGTAATTTAATTTTTAAAAAATATTCTAAAGATATTTATTCGTTACAAGTTGGAATTGTCCTTGGAAACAGCAAGTTATGTATTATAATATAGCTTAAGCTATGCCGTGCCTGGCCGTATATTCGAAGATATATGATCCATGAATTTCTGAGAATTGGCCAACATTATCTGACTTACTGTGCCGTGCACGCGTCAAGGGTGAAAGTGAAAAATAAATAGTGTTGCGAATAAGACAGGACAGCAGCTACAATGCTACAAAAATAATATACAGAATTTATTTTCCACTAAA]

[+] EMBL BI510947             [AATCGATATGAAAAATACTGTTGCAAGCTATGATTGATCTTTAAACGTATTGCTCGATCATTAGGAATTTAAGAAACTCGAGGTTTTGCATCGAAGCGGAAGCTTTTTCAAGAATTGTAAGATTCTCGATCAGTAATTTAAAATTAGTTAACTTTTTCTTCGTAAATTTTGTTACGATAATTTAGAGAACATTTTTAAAAAAGTAATTTAATTTTTAAAAAATATTCTAAAGATATTTATTCGTTACAAGTTGGAATTGTCCTTGGAAACAGCAAGTTATGTATTATAATATAGCTTAAGCTATGCCGTGCCTGGCCGTATATTCGAAGATATATGATCCATGAATTTCTGAGAATTGGCCAACATTATCTGACTTACTGTGCCGTGCACGCGTCAAGGGTGAAAGTGAAAAATAAATAGTGTTGCGAATAAGACAGGACAGCAGCTACAATGCTACAAAAATAATATACAGAATTTATTTTCCACTAAA]




>consensus_2001#0
AATCGATATGAAAAATACTGTTGCAAGCTATGATTGATCTTTAAACGTATTGCTCGATCA
TTAGGAATTTAAGAAACTCGAGGTTTTGCATCGAAGCGGAAGCTTTTTCAAGAATTGTAA
GATTCTCGATCAGTAATTTAAAATTAGTTAACTTTTTCTTCGTAAATTTTGTTACGATAA
TTTAGAGAACATTTTTAAAAAAGTAATTTAATTTTTAAAAAATATTCTAAAGATATTTAT
TCGTTACAAGTTGGAATTGTCCTTGGAAACAGCAAGTTATGTATTATAATATAGCTTAAG
CTATGCCGTGCCTGGCCGTATATTCGAAGATATATGATCCATGAATTTCTGAGAATTGGC
CAACATTATCTGACTTACTGTGCCGTGCACGCGTCAAGGGTGAAAGTGAAAAATAAATAG
TGTTGCGAATAAGACAGGACAGCAGCTACAATGCTACAAAAATAATATACAGAATTTATT
TTCCACTAAA

consensusID : consensus_2001#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 467
fasta sequence

                              [AACGGTGCACTTTGTTAATTCATTAATTTTTTTTTCTTTTTCTTCGTAAATTTTGTTACGATAATTTAGAGAATATTTTTAAAAAAGTAATTTAATTTTTAAAAAATATTCTAAAGGTATTTATTCGTTACAAGTTCGAATTGTCCTTGGAAACAGCAAGTTATGTATTATAATATAGCTTAAGCTATGCCGTGCCTGGCCGTATATTCGAAGATATATGATCCATGAATTTCTGAGAATTGGCCAACATTATCTGACTTTACTGTGCCGTGCACGCGTCAAGGGTGAAAGTGAAAAATAAATAGTGTTGCGAATAAGACAGGACAGCAGCTACAATGCTACAAAAATAATATACAGAATTTATTTTCCACTAAAACAATTATACGAGTTTATAACGAATATAAATAAAACGAAATTGCATCTCAATCTGAAATTTTTTAAATATATTTAAAAGAAGTAGATTTCTT]

[+] EMBL BI516929             [AACGGTGCACTTTGTTAATTCATTAATTTTTTTTTCTTTTTCTTCGTAAATTTTGTTACGATAATTTAGAGAATATTTTTAAAAAAGTAATTTAATTTTTAAAAAATATTCTAAAGGTATTTATTCGTTACAAGTTCGAATTGTCCTTGGAAACAGCAAGTTATGTATTATAATATAGCTTAAGCTATGCCGTGCCTGGCCGTATATTCGAAGATATATGATCCATGAATTTCTGAGAATTGGCCAACATTATCTGACTTTACTGTGCCGTGCACGCGTCAAGGGTGAAAGTGAAAAATAAATAGTGTTGCGAATAAGACAGGACAGCAGCTACAATGCTACAAAAATAATATACAGAATTTATTTTCCACTAAAACAATTATACGAGTTTATAACGAATATAAATAAAACGAAATTGCATCTCAATCTGAAATTTTTTAAATATATTTAAAAGAAGTAGATTTCTT]




>consensus_2001#1
AACGGTGCACTTTGTTAATTCATTAATTTTTTTTTCTTTTTCTTCGTAAATTTTGTTACG
ATAATTTAGAGAATATTTTTAAAAAAGTAATTTAATTTTTAAAAAATATTCTAAAGGTAT
TTATTCGTTACAAGTTCGAATTGTCCTTGGAAACAGCAAGTTATGTATTATAATATAGCT
TAAGCTATGCCGTGCCTGGCCGTATATTCGAAGATATATGATCCATGAATTTCTGAGAAT
TGGCCAACATTATCTGACTTTACTGTGCCGTGCACGCGTCAAGGGTGAAAGTGAAAAATA
AATAGTGTTGCGAATAAGACAGGACAGCAGCTACAATGCTACAAAAATAATATACAGAAT
TTATTTTCCACTAAAACAATTATACGAGTTTATAACGAATATAAATAAAACGAAATTGCA
TCTCAATCTGAAATTTTTTAAATATATTTAAAAGAAGTAGATTTCTT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_2001#0      AATCGATATGAAAAATACTGTTGCAAGCTATGATTGATCTTTAAACGTATTGCTCGATCA 60
consensus_2001#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_2001#0      TTAGGAATTTAAGAAACTCGAGGTTTTGCATCGAAGCGGAAGCTTTTTCAAGAATTGTAA 120
consensus_2001#1      ----------------------------------------------------AACGGT-- 6
                                                                          **  **  

consensus_2001#0      GATTCTCGATCAGTAATTTAAAATTAGTTAACTTTTTCTTCGTAAATTTTGTTACGATAA 180
consensus_2001#1      GCACTTTGTTAATTCATT--AATTTTTTTTTCTTTTTCTTCGTAAATTTTGTTACGATAA 64
                      *    * * * * * ***  ** **  **  *****************************

consensus_2001#0      TTTAGAGAACATTTTTAAAAAAGTAATTTAATTTTTAAAAAATATTCTAAAGATATTTAT 240
consensus_2001#1      TTTAGAGAATATTTTTAAAAAAGTAATTTAATTTTTAAAAAATATTCTAAAGGTATTTAT 124
                      ********* ****************************************** *******

consensus_2001#0      TCGTTACAAGTTGGAATTGTCCTTGGAAACAGCAAGTTATGTATTATAATATAGCTTAAG 300
consensus_2001#1      TCGTTACAAGTTCGAATTGTCCTTGGAAACAGCAAGTTATGTATTATAATATAGCTTAAG 184
                      ************ ***********************************************

consensus_2001#0      CTATGCCGTGCCTGGCCGTATATTCGAAGATATATGATCCATGAATTTCTGAGAATTGGC 360
consensus_2001#1      CTATGCCGTGCCTGGCCGTATATTCGAAGATATATGATCCATGAATTTCTGAGAATTGGC 244
                      ************************************************************

consensus_2001#0      CAACATTATCTGACTT-ACTGTGCCGTGCACGCGTCAAGGGTGAAAGTGAAAAATAAATA 419
consensus_2001#1      CAACATTATCTGACTTTACTGTGCCGTGCACGCGTCAAGGGTGAAAGTGAAAAATAAATA 304
                      **************** *******************************************

consensus_2001#0      GTGTTGCGAATAAGACAGGACAGCAGCTACAATGCTACAAAAATAATATACAGAATTTAT 479
consensus_2001#1      GTGTTGCGAATAAGACAGGACAGCAGCTACAATGCTACAAAAATAATATACAGAATTTAT 364
                      ************************************************************

consensus_2001#0      TTTCCACTAAA------------------------------------------------- 490
consensus_2001#1      TTTCCACTAAAACAATTATACGAGTTTATAACGAATATAAATAAAACGAAATTGCATCTC 424
                      ***********                                                 

consensus_2001#0      -------------------------------------------
consensus_2001#1      AATCTGAAATTTTTTAAATATATTTAAAAGAAGTAGATTTCTT 467

Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr)