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Apis mellifera
cluster # 230 cluster # 230       Sequences # 5       consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_230#0 length = 796 sequences # 3  
 consensus_230#1 length = 731 sequences # 2  
consensusID : consensus_230#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 796
fasta sequence 
                              [AACGTGGTTATTACAGTTAGATTGTTGAGCACAATTATTGATTTCTATGAGAGACTTTCGGGAGGCGCTATGAGACGAGCTTATATCCCCAAACTCGCTCGNCGACTTACCCTTACGTGGCAACGTCGTGGACTCACCTAACGAGGGTAATTCCCGCGGTTTCCAAATCGGCGAACCAAGTTCCTTGACCGTGATCGGTTGATAATTTTCCGGTTGATGAGAAGATTGGATCAATCTCGCCTGACTACCCGTACTTCCTGCTGAAATTGTCGAAGTGGTGCTCAAAGTCAAATGATTCGGCGTACGGCCCAAATTCGCCTTCTTCTCACCTAAAAAAGCTTGCGAGTCTTCCTCACCCTCCGATTTCGTCCCCGAGTCCATCTCGACCTTTATCTCCCCGGATGTGTCGCTTATGGTCTTGCTCCGGGAGCGAAATGTCGTTTGCTGTTGGTTAATAGCCGAGGCGGCCCCCGCCTCCTCGTTGTCCTTATCCTCGGAGCTCTCGTGCTCCACAGCCTGTTTCGATTGGCTGTATTTCCGCTTCACGTTGTGCGACGTTGTCAACAATTGCTGTTTCTTCTTGGACAACGTGGCCACCCCACTGCCGCCGTTGCCACCGTTTTGCCCCACCTGGCCCGTTCCGCCCGACTGTTTCTCGAATTTCTCCACGTGGCCGGTCGACATTCGTGGGGAAATGCTGATCGGTGGTTGGCTGAGGTTTTGTTTCGTCGACGGTATGCTCATGTTCCGGACCGATTCTCGAATAATTTGACGTATCGTCCTCAAAAACGCGTTC]

[-] EMBL BI508160             [AACGTGGTTATTACAGTTAGATTGTTGAGCACAATTATTGATTTCTATGAGAGACTTTCGGGAGGCGCTATGAGACGAGCTTATATCCCCAAACTCGCTCGNCGACTTACCCTTACGTGGCAACGTCGTGGACTCACCTAACGAGGGTAATTCCCGCGGTTTCCAAATCGGCGAACCAAGTTCCTTGACCGTGATCGGTTGATAATTTTCCGGTTGATGAGAAGATTGGATCAATCTCGCCTGACTACCCGTACTTCCTGCTGAAATTGTCGAAGTGGTGCTCAAAGTCAAATGATTCGGCGTACGGCCCAAATTCGCCTTCTTCTCACCTAAAAAAGCTTGCGAGTCTTCCTCACCCTCCGATTTCGTCCCCGAGTCCATCTCGACCTTTATCTCCCCGGATGTGTCGCTTATGGTCTTGCTCCGGGAGCGAAATGTCGTTTGCTGTTGGTTAATAGCCGAGGCGGCCCCCGCCTCCTCGTTGTCCTTATCCTCGGAGCTCTCGTGCTCCAC                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]
[+] EMBL BI510160             [                                                                             AGCTTATATCCCCAAACTCGCTCGCCGACTTACCCTTACGTGGCAACGTCGTGGACTCACCTAACGAGGGTAATTCCCGCGGTTTCCAAATCGGCGAACCAAGTTCCTTGACCGTGATCGGTTGATAATTTTCCGGTTGATGAGAAGATTGGATCAATCTCGCCTGACTACCCGTACTTCCTGCTGAAATTGTCGAAGTGGTGCTCAAAGTCAAATGATTCGGCGTACGGCCCAAATTCGCCTTCTTCTC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     ]
[-] EMBL BI509442             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GAGTCCATCTCGACCTTTATCTCCCCGGATGTGTCGCTTATGGTCTTGCTCCGGGAGCGAAATGTCGTTTGCTGTTGGTTAATAGCCGAGGCGGCCCCCGCCTCCTCGTTGTCCTTATCCTCGGAGCTCTCGTGCTCCACAGCCTGTTTCGATTGGCTGTATTTCCGCTTCACGTTGTGCGACGTTGTCAACAATTGCTGTTTCTTCTTGGACAACGTGGCCACCCCACTGCCGCCGTTGCCACCGTTTTGCCCCACCTGGCCCGTTCCGCCCGACTGTTTCTCGAATTTCTCCACGTGGCCGGTCGACATTCGTGGGGAAATGCTGATCGGTGGTTGGCTGAGGTTTTGTTTCGTCGACGGTATGCTCATGTTCCGGACCGATTCTCGAATAATTTGACGTATCGTCCTCAAAAACGCGTTC]




>consensus_230#0
AACGTGGTTATTACAGTTAGATTGTTGAGCACAATTATTGATTTCTATGAGAGACTTTCG
GGAGGCGCTATGAGACGAGCTTATATCCCCAAACTCGCTCGNCGACTTACCCTTACGTGG
CAACGTCGTGGACTCACCTAACGAGGGTAATTCCCGCGGTTTCCAAATCGGCGAACCAAG
TTCCTTGACCGTGATCGGTTGATAATTTTCCGGTTGATGAGAAGATTGGATCAATCTCGC
CTGACTACCCGTACTTCCTGCTGAAATTGTCGAAGTGGTGCTCAAAGTCAAATGATTCGG
CGTACGGCCCAAATTCGCCTTCTTCTCACCTAAAAAAGCTTGCGAGTCTTCCTCACCCTC
CGATTTCGTCCCCGAGTCCATCTCGACCTTTATCTCCCCGGATGTGTCGCTTATGGTCTT
GCTCCGGGAGCGAAATGTCGTTTGCTGTTGGTTAATAGCCGAGGCGGCCCCCGCCTCCTC
GTTGTCCTTATCCTCGGAGCTCTCGTGCTCCACAGCCTGTTTCGATTGGCTGTATTTCCG
CTTCACGTTGTGCGACGTTGTCAACAATTGCTGTTTCTTCTTGGACAACGTGGCCACCCC
ACTGCCGCCGTTGCCACCGTTTTGCCCCACCTGGCCCGTTCCGCCCGACTGTTTCTCGAA
TTTCTCCACGTGGCCGGTCGACATTCGTGGGGAAATGCTGATCGGTGGTTGGCTGAGGTT
TTGTTTCGTCGACGGTATGCTCATGTTCCGGACCGATTCTCGAATAATTTGACGTATCGT
CCTCAAAAACGCGTTC

consensusID : consensus_230#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 731
fasta sequence 
                              [TTTTCTCCTCTTTTTTAATTTAAACGTGGTTATTACAGTTAGATTGTTGAGCACAATTATTGATTTCTATGAGAGACTTTCGGGAGGCGCTATGAGACGAGCTTATATCCCCAAACTCGCTCGCCGACTTACCCTTACGTGGCAACGTCGTGGACTCACCTAACGAGGGTAATTCCCGCGGTTTCCAAATCGGCGAACCAAGTTCCTTGACCGTGATCGGTTGATAATTTTCCGGTTGATGAGAAGATTGGATCAATCTCGCCTGACTACCCGTACTTCCTGCTAAAAAAGCTTGCGAGTCTTCCTCACCCTCCGATTTCGTCCCCGAGTCCATCTCGACCTTTATCTCCCCGGATGTGTCGCTTATGGTCTTGCTCCGGGAGCGAAATGTCGTTTGCTGTTGGTTAATAGCCGAGGCGGCCCCCGCCTCCTCGTTGTCCTTATCCTCGGAGCTCTCGTGCTCCACAGCCTGTTTCGATTGGCTGTATTTCCGCTTCACGTTGTGCGACGTTGTCAACAATTGCTGGTTCTTCTTGGACAACGTGGCCACCCCACTGCGGGCGTTGCCACCGTTTTGGCCCACCTGGCCCGTTCCGGCCGACTGTTTCTCGAATTCCCACACGTGGCCGGTCGACATTCGTGGGGAAATGCTGATCGGTGGTTGGCTGAGGTTTTGTTTCGTCGACGGTATGCTCATGTTCCGGACCGATTCTCGAATAATTTGACGTATC]

[+] EMBL BI946479             [TTTTCTCCTCTTTTTTAATTTAAACGTGGTTATTACAGTTAGATTGTTGAGCACAATTATTGATTTCTATGAGAGACTTTCGGGAGGCGCTATGAGACGAGCTTATATCCCCAAACTCGCTCGCCGACTTACCCTTACGTGGCAACGTCGTGGACTCACCTAACGAGGGTAATTCCCGCGGTTTCCAAATCGGCGAACCAAGTTCCTTGACCGTGATCGGTTGATAATTTTCCGGTTGATGAGAAGATTGGATCAATCTCGCCTGACTACCCGTACTTC   CTAAAAAAGCTTGCGAGTCTTCCTCACCCTCCGATTTCGTCCCCGAGTCCATCTCGACCTTTATCTCCCCGGATGTGTCGCTTATGGTCTTGCTCCGGGAGCGAAATGTCGTTTGCTGTTGGTTAATAGCCGAGGCGGCCCCCGCCTCCTCGTTGTCCTTATCCTCGGAGCTCTCGTGCTCCACAGCCTGTTTCGATTGGCTGTATTTCCGCTTCACGTTGTGCGACGTTGTCAACAATTGCTGGTTCTTCTTGGACAACGTGG CACCCCACTGCGCGTG    CACCGTTT  GCCCACCTG  CCGTTC  GCCGACTG TTCTCGAATTCTCA                                                                                                                ]
[-] EMBL BI507146             [                                                                                                                                                                                                  GAACCAAGTTCCTTGACCGTGATCGGTTGATAATTTTCCGGTTGATGAGAAGATTGGATCAATCTCGCCTGACTACCCGTACTTCCTGCTAAAAAAGCTTGCGAGTCTTCCTCACCCTCCGATTTCGTCCCCGAGTCCATCTCGACCTTTATCTCCCCGGATGTGTCGCTTATGGTCTTGCTCCGGGAGCGAAATGTCGTTTGCTGTTGGTTAATAGCCGAGGCGGCCCCCGCCTCCTCGTTGTCCTTATCCTCGGAGCTCTCGTGCTCCACAGCCTGTTTCGATTGGCTGTATTTCCGCTTCACGTTGTGCGACGTTGTCAACAATTGCTGTTTCTTCTTGGACAACGTGGCCACCCCACTGCCGCCGTTGCCACCGTTTTGCCCCACCTGGCCCGTTCCGCCCGACTGTTTCTCGAATTTCTCCACGTGGCCGGTCGACATTCGTGGGGAAATGCTGATCGGTGGTTGGCTGAGGTTTTGTTTCGTCGACGGTATGCTCATGTTCCGGACCGATTCTCGAATAATTTGACGTATC]




>consensus_230#1
TTTTCTCCTCTTTTTTAATTTAAACGTGGTTATTACAGTTAGATTGTTGAGCACAATTAT
TGATTTCTATGAGAGACTTTCGGGAGGCGCTATGAGACGAGCTTATATCCCCAAACTCGC
TCGCCGACTTACCCTTACGTGGCAACGTCGTGGACTCACCTAACGAGGGTAATTCCCGCG
GTTTCCAAATCGGCGAACCAAGTTCCTTGACCGTGATCGGTTGATAATTTTCCGGTTGAT
GAGAAGATTGGATCAATCTCGCCTGACTACCCGTACTTCCTGCTAAAAAAGCTTGCGAGT
CTTCCTCACCCTCCGATTTCGTCCCCGAGTCCATCTCGACCTTTATCTCCCCGGATGTGT
CGCTTATGGTCTTGCTCCGGGAGCGAAATGTCGTTTGCTGTTGGTTAATAGCCGAGGCGG
CCCCCGCCTCCTCGTTGTCCTTATCCTCGGAGCTCTCGTGCTCCACAGCCTGTTTCGATT
GGCTGTATTTCCGCTTCACGTTGTGCGACGTTGTCAACAATTGCTGGTTCTTCTTGGACA
ACGTGGCCACCCCACTGCGGGCGTTGCCACCGTTTTGGCCCACCTGGCCCGTTCCGGCCG
ACTGTTTCTCGAATTCCCACACGTGGCCGGTCGACATTCGTGGGGAAATGCTGATCGGTG
GTTGGCTGAGGTTTTGTTTCGTCGACGGTATGCTCATGTTCCGGACCGATTCTCGAATAA
TTTGACGTATC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_230#0      ----------------------AACGTGGTTATTACAGTTAGATTGTTGAGCACAATTAT 38
consensus_230#1      TTTTCTCCTCTTTTTTAATTTAAACGTGGTTATTACAGTTAGATTGTTGAGCACAATTAT 60
                                           **************************************

consensus_230#0      TGATTTCTATGAGAGACTTTCGGGAGGCGCTATGAGACGAGCTTATATCCCCAAACTCGC 98
consensus_230#1      TGATTTCTATGAGAGACTTTCGGGAGGCGCTATGAGACGAGCTTATATCCCCAAACTCGC 120
                     ************************************************************

consensus_230#0      TCGNCGACTTACCCTTACGTGGCAACGTCGTGGACTCACCTAACGAGGGTAATTCCCGCG 158
consensus_230#1      TCGCCGACTTACCCTTACGTGGCAACGTCGTGGACTCACCTAACGAGGGTAATTCCCGCG 180
                     *** ********************************************************

consensus_230#0      GTTTCCAAATCGGCGAACCAAGTTCCTTGACCGTGATCGGTTGATAATTTTCCGGTTGAT 218
consensus_230#1      GTTTCCAAATCGGCGAACCAAGTTCCTTGACCGTGATCGGTTGATAATTTTCCGGTTGAT 240
                     ************************************************************

consensus_230#0      GAGAAGATTGGATCAATCTCGCCTGACTACCCGTACTTCCTGCTGAAATTGTCGAAGTGG 278
consensus_230#1      GAGAAGATTGGATCAATCTCGCCTGACTACCCGTACTTCCTGCT---------------- 284
                     ********************************************                

consensus_230#0      TGCTCAAAGTCAAATGATTCGGCGTACGGCCCAAATTCGCCTTCTTCTCACCTAAAAAAG 338
consensus_230#1      -----------------------------------------------------AAAAAAG 291
                                                                          *******

consensus_230#0      CTTGCGAGTCTTCCTCACCCTCCGATTTCGTCCCCGAGTCCATCTCGACCTTTATCTCCC 398
consensus_230#1      CTTGCGAGTCTTCCTCACCCTCCGATTTCGTCCCCGAGTCCATCTCGACCTTTATCTCCC 351
                     ************************************************************

consensus_230#0      CGGATGTGTCGCTTATGGTCTTGCTCCGGGAGCGAAATGTCGTTTGCTGTTGGTTAATAG 458
consensus_230#1      CGGATGTGTCGCTTATGGTCTTGCTCCGGGAGCGAAATGTCGTTTGCTGTTGGTTAATAG 411
                     ************************************************************

consensus_230#0      CCGAGGCGGCCCCCGCCTCCTCGTTGTCCTTATCCTCGGAGCTCTCGTGCTCCACAGCCT 518
consensus_230#1      CCGAGGCGGCCCCCGCCTCCTCGTTGTCCTTATCCTCGGAGCTCTCGTGCTCCACAGCCT 471
                     ************************************************************

consensus_230#0      GTTTCGATTGGCTGTATTTCCGCTTCACGTTGTGCGACGTTGTCAACAATTGCTGTTTCT 578
consensus_230#1      GTTTCGATTGGCTGTATTTCCGCTTCACGTTGTGCGACGTTGTCAACAATTGCTGGTTCT 531
                     ******************************************************* ****

consensus_230#0      TCTTGGACAACGTGGCCACCCCACTGCCGCCGTTGCCACCGTTTTGCCCCACCTGGCCCG 638
consensus_230#1      TCTTGGACAACGTGGCCACCCCACTGCGGGCGTTGCCACCGTTTTGGCCCACCTGGCCCG 591
                     *************************** * **************** *************

consensus_230#0      TTCCGCCCGACTGTTTCTCGAATTTCTCCACGTGGCCGGTCGACATTCGTGGGGAAATGC 698
consensus_230#1      TTCCGGCCGACTGTTTCTCGAATTCCCACACGTGGCCGGTCGACATTCGTGGGGAAATGC 651
                     ***** ****************** *  ********************************

consensus_230#0      TGATCGGTGGTTGGCTGAGGTTTTGTTTCGTCGACGGTATGCTCATGTTCCGGACCGATT 758
consensus_230#1      TGATCGGTGGTTGGCTGAGGTTTTGTTTCGTCGACGGTATGCTCATGTTCCGGACCGATT 711
                     ************************************************************

consensus_230#0      CTCGAATAATTTGACGTATCGTCCTCAAAAACGCGTTC 796
consensus_230#1      CTCGAATAATTTGACGTATC------------------ 731
                     ********************


Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)