|
These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Oryza sativa see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_10756#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 5 consensus length = 1077 fasta sequence
[ACATGGCCTGAAGGAGTAGAAACCCCCTCGCCGCCGCCTTCTCCATCGTAAACCCTCGTCAGTTTGGAACAATGGCGTTGGCTAATAAGATTGGTAATCTGCTCAAGAGAGCCACGAGCTCAAGTCCAGCTCTCTATCAATCAATCAGATGCATGTCATCCTCAAAGCTTTTTGTTGGAGGCCTTTCGTACGGCACAGATGAGCAGAGCCTCAGAGATACTTTTGCCAATTATGGTCAAGTTATTGAAGCTAAGATCATCAATGACCGTGAAACTGGGAGGTCTAGAGGTTTTGGCTTCATAACTTACGCATCAAGTGAAGAGGCTTCAGCTGCAATCACAGCCTTGGATGGAAAGGATCTCGATGGGCGTAACATCAGGGTTAACACTGCCAATGAGAGAACTGGTGGCTTCCGTAGTGGGGGTGGTGGCTATGGAGGCGGTGGCTATGGCGGCGGCGGTGGCGGCTATGGTGGTGGTGGCTACAGTGGTGGTGGTGGCTATGGCGGTGGTGGCTACAGTGGTGGTGGTGGTGGCGGCGGCGGCTACCAAGGAGGCGGCGGTGGTTATGGTGGCAACAATGGAGGGTATGGCAACAGGGGTGGTGGTGGAGGTGGTTATGGAGTTGCAGAAGGATCTGCAGATGCCTTCTCTGGAATCAACTTAGGTGGTGATGGTAGTTTTGGTGGAAACCCAGCTGGAAGCTTTGGTGATGCTGGAGGTTCCACTGGCGGTGGTGATTTCTCCGGTGCCGGTGGTGACAGCTTTGGAAGCCGCAAGAACGATGAGCTCATGGATGACCTCTTCAAGGATGACGAGCCTGACAACTATGCCAACAAGCAGGGCTAATTAATCTACGTCCTTCGAGCCTCAGTTTGCAGTCTCTTAGTGATGAACCGGCTCACCTGAATGGTCATCACCTGCTCAAGCATCAAATTCCAGAACAATACACAATGACTGGGTTTTCTTTTTCTTCTGTTCTTTTTCATAGATGTGGTGTAATAACGTAAACATCACTCAAGGTACTACTTCTAGTTATGTTATGTTGAGATGACAATGGAGGTGTTTTAAATGTCTG]
[+] EMBL CF315919 [ACATGGCCTGAAGGAGTAGAAACCCCCTCGCCGCCGCCTTCTCCATCGTAAACCCTCGTCAGTTTGGAA AATGGCGTTGGCTAATAAGATTGGTAATCTGCTCAAGAGAGCCACGAGCTCAAGTCCAGCTCTCTATCAATCAATCAGATGCATGTCATCCTCAAAGCTTTTTGTTGGAGGCCTTTCGTACGGCACAGATGAGCAGAGCCTCAGAGATACTTTTGCCAATTATGGTCAAGTTATTGAAGCTAAGATCATCAATGACCGTGAAACTGGGAGGTCTAGAGGTTTTGGCTTCATAACTTACGCATCAAGTGAAGAGGCTTCAGCTGCAATCACAGCCTTGGATGGAAAGGATCTCGATGGGCGTAACATCAGGGTTAACACTGCCAATGAGAGAACTGGTGGCT ]
[+] EMBL AK064923 [ TCGCCGCCGCCTTCTCCATCGTAAACCCTCGTCAGTTTGGAACAATGGCGTTGGCTAATAAGATTGGTAATCTGCTCAAGAGAGCCACGAGCTCAAGTCCAGCTCTCTATCAATCAATCAGATGCATGTCATCCTCAAAGCTTTTTGTTGGAGGCCTTTCGTACGGCACAGATGAGCAGAGCCTCAGAGATACTTTTGCCAATTATGGTCAAGTTATTGAAGCTAAGATCATCAATGACCGTGAAACTGGGAGGTCTAGAGGTTTTGGCTTCATAACTTACGCATCAAGTGAAGAGGCTTCAGCTGCAATCACAGCCTTGGATGGAAAGGATCTCGATGGGCGTAACATCAGGGTTAACACTGCCAATGAGAGAACTGGTGGCTTCCGTAGTGGGGGTGGTGGCTATGGAGGCGGTGGCTATGGCGGCGGCGGTGGCGGCTATGGTGGTGGTGGCTACAGTGGTGGTGGTGGCTATGGCGGTGGTGGCTACAGTGGTGGTGGTGGTGGCGGCGGCGGCTACCAAGGAGGCGGCGGTGGTTATGGTGGCAACAATGGAGGGTATGGCAACAGGGGTGGTGGTGGAGGTGGTTATGGAGTTGCAGAAGGATCTGCAGATGCCTTCTCTGGAATCAACTTAGGTGGTGATGGTAGTTTTGGTGGAAACCCAGCTGGAAGCTTTGGTGATGCTGGAGGTTCCACTGGCGGTGGTGATTTCTCCGGTGCCGGTGGTGACAGCTTTGGAAGCCGCAAGAACGATGAGCTCATGGATGACCTCTTCAAGGATGACGAGCCTGACAACTATGCCAACAAGCAGGGCTAATTAATCTACGTCCTTCGAGCCTCAGTTTGCAGTCTCTTAGTGATGAACCGGCTCACCTGAATGGTCATCACCTGCTCAAGCATCAAATTCCAGAACAATACACAATGACTGGGTTTTCTTTTTCTTCTGTTCTTTTTCATAGATGTGGTGTAATAACGTAAACATCACTCAAGGTACTACTTCTAGTTATGTTATGTTGAGATGACAATGGAGGTGTTTTAAATGTCTG]
[+] EMBL AK099309 [ CCTTCTCCATCGTAAACCCTCGTCAGTTTGGAACAATGGCGTTGGCTAATAAGATTGGTAATCTGCTCAAGAGAGCCACGAGCTCAAGTCCAGCTCTCTATCAATCAATCAGATGCATGTCATCCTCAAAGCTTTTTGTTGGAGGCCTTTCGTACGGCACAGATGAGCAGAGCCTCAGAGATACTTTTGCCAATTATGGTCAAGTTATTGAAGCTAAGATCATCAATGACCGTGAAACTGGGAGGTCTAGAGGTTTTGGCTTCATAACTTACGCATCAAGTGAAGAGGCTTCAGCTGCAATCACAGCCTTGGATGGAAAGGATCTCGATGGGCGTAACATCAGGGTTAACACTGCCAATGAGAGAACTGGTGGCTTCCGTAGTGGGGGTGGTGGCTATGGAGGCGGTGGCTATGGCGGCGGCGGTGGCGGCTATGGTGGTGGTGGCTACAGTGGTGGTGGTGGCTATGGCGGTGGTGGCTACAGTGGTGGTGGTGGTGGCGGCGGCGGCTACCAAGGAGGCGGCGGTGGTTATGGTGGCAACAATGGAGGGTATGGCAACAGGGGTGGTGGTGGAGGTGGTTATGGAGTTGCAGAAGGATCTGCAGATGCCTTCTCTGGAATCAACTTAGGTGGTGATGGTAGTTTTGGTGGAAACCCAGCTGGAAGCTTTGGTGATGCTGGAGGTTCCACTGGCGGTGGTGATTTCTCCGGTGCCGGTGGTGACAGCTTTGGAAGCCGCAAGAACGATGAGCTCATGGATGACCTCTTCAAGGATGACGAGCCTGACAACTATGCCAACAAGCAGGGCTAATTAATCTACGTCCTTCGAGCCTCAGTTTGCAGTCTCTTAGTGATGAACCGGCTCACCTGAATGGTCATCACCTGCTCAAGCATCAAATTCCAGAACAATACACAATGACTGGGTTTTCTTTTTCTTCTGTTCTTTTTCATAGATGTGGTGTAATAACGTAAACATCACTCAAGGTACTACTTCTAGTTATGTTATG ]
[+] EMBL C27236 [ TCAAGAGAGCCACGAGCTCAAGTCCAGCTCTCTATCAATCAATCAGATGCATGTCATCCTCAAAGCTTTTTGTTGGAGGCCTTTCGTACGGCACAGATGAGCAGA NCTCAGAGATACTTTTGCCAATTATGGTCAAGTTATTGAAGCTAAGATCATCAATGACCGTGAAACTGGGAGGTCTAGAGGTTTTGGCTTCATAACTTACGCATCAAGTGAAGAGGCTTCAGCTGCAATCACAGCCTTGGATGGAAAGGATCTCGATGGGCGTAACATCAGGGTTAACACTGCCAATGAGAGAACTNGTTGCTTCCGTAGTGGGGGTAGTGGCTATGGAGGCGGTTGCTATGGCGGC GCGGTng ]
[+] EMBL OSC14801 [ TGGAGGCCTTTCGTACGGCACAGATGAGCAGAGCCTCAGAGATACTTTTGCCAATTATGGTCAAGTTATTGAAGCTAAGATCATCAATGACCGTGAAACTGGGAGGTCTAGAGGTTTTGGCTTCATAACTTACGCATCAAGTGAAGAGGCTTCAGCTGCAATCACAGCCTTGGATGGAAAGGATCTCGATGGGCGTAACATCAGGGTTAACACTGCCAATGAGAGAACTGGTGGCTTCCGTAGTGGGGGTGGTGGCTATGGAGGCGGTGGCTATGGCGGCGGCGGTGGCGGCTATNGTGGTGGTGGCTACAGTNGTNGTGGTGG TATTGCGGTGG ]
consensusID : consensus_10756#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 3 consensus length = 793 fasta sequence
[TTTTCAAAAAAAAAAAATCCGAAGCTGGCGCAAGCAATGGAGGACGGCTCCGGCAACGGGCGGCCGCCGGCCACCGCGGCGGCGTGGAACTTCGAGCCGAACGGCGCGCTGCTCGGGCTGACGGCGCTGTCGGTGCGCGGCGTGCTGGGCAGGGTCAAGGCCGGGATCGGCGGCGGTGGCGGCTATGGTGGTGGTGGCTACAGTGGTGGTGGTGGCTATGGCGGTGGTGGCTACAGTGGTGGTGGTGGTGGCGGCGGCGGCTACCAAGGAGGCGGCGGTGGTTATGGTGGCAACAATGGAGGGTATGGCAACAGGGGTGGTGGTGGAGGTGGTTATGGAGTTGCAGAAGGATCTGCAGATGCCTTCTCTGGAATCAACTTAGGTGGTGATGGTAGTTTTGGTGGAAACCCAGCTGGAAGCTTTGGTGATGCTGGAGGTTCCACTGGCGGTGGTGATTTCTCCGGTGCCGGTGGTGACAGCTTTGGAAGCCGCAAGAACGATGAGCTCATGGATGACCTCTTCAAGGATGACGAGCCTGACAACTATGCCAACAAGCAGGGCTAATTAATCTACGTCCTTCGAGCCTCAGTTTGCAGTCTCTTAGTGATGAACCGGCTCACCTGAATGGTCATCACCTGCTCAAGCATCAAATTCCAGAACAATACACAATGACTGGGTTTTCTTTTTCTTCTGTTCTTTTTCATAGATGTGGTGTAATAACGTAAACATCACTCAAGGTACTACTTCTAGTTATGTTATGTTGAGATGACAATGGAGGTGTTTTAAATGTCTG]
[+] EMBL AK119673 [TTTTCAAAAAAAAAAAATCCGAAGCTGGCGCAAGCAATGGAGGACGGCTCCGGCAACGGGCGGCCGCCGGCCACCGCGGCGGCGTGGAACTTCGAGCCGAACGGCGCGCTGCTCGGGCTGACGGCGCTGTCGGTGCGCGGCGTGCTGGGCAGGGTCAAGGCCGGGATCGGCGGCGGTGGCGGCTATGGTGGTGGTGGCTACAGTGGTGGTGGTGGCTATGGCGGTGGTGGCTACAGTGGTGGTGGTGGTGGCGGCGGCGGCTACCAAGGAGGCGGCGGTGGTTATGGTGGCAACAATGGAGGGTATGGCAACAGGGGTGGTGGTGGAGGTGGTTATGGAGTTGCAGAAGGATCTGCAGATGCCTTCTCTGGAATCAACTTAGGTGGTGATGGTAGTTTTGGTGGAAACCCAGCTGGAAGCTTTGGTGATGCTGGAGGTTCCACTGGCGGTGGTGATTTCTCCGGTGCCGGTGGTGACAGCTTTGGAAGCCGCAAGAACGATGAGCTCATGGATGACCTCTTCAAGGATGACGAGCCTGACAACTATGCCAACAAGCAGGGCTAATTAATCTACGTCCTTCGAGCCTCAGTTTGCAGTCTCTTAGTGATGAACCGGCTCACCTGAATGGTCATCACCTGCTCAAGCATCAAATTCCAGAACAATACACAATGACTGGGTTTTCTTTTTCTTCTGTTCTTTTTCATAGATGTGGTGTAATAACGTAAACATCACTCAAGGTACTACTTCTAGTTATGTTATGTTGAGATGACAATGGAGGTGTTTTAAATGTCTG]
[-] EMBL CF315920 [ GTGGCTACAGTGGTGGTGGTGGTGGCGGCGGCGGCTACCAAGGAGGCGGCGGTGGTTATGGTGGCAACAATGGAGGGTATGGCGACAGGGGTGGTGGTGGAGGTGGTTATGGAGTTGCAGAAGGATCTGCAGATGCCTTCTCTGGAATCAACTTAGGTGGTGATGGTAGTTTTGGTGGAAACCCAGCTGGAAGCTTTGGTGATGCTGGAGGTTCCACTGGCGGTGGTGATTTCTCCGGTGCCGGTGGTGACAGCTTTGGAAGCCGCAAGAACGATGAGCTCATGGATGACCTCTTCAAGGATGACGAGCCTGACAACTATGCCAACAAGCAGGGCTAATTAATCTACGTCCTTCGAGCCTCAGTTTGCAGTCTCTTAGTGATGAACCGGCTCACCTGAATGGTCATCACCTGCTCAAGCATCAAATTCCAGAACAATACACAATGACTGGGTTTTCTTTTTCTTCTGTTCTTTTTCATAGATGTGGTGTAATAACGTAAACATCACTCAAGGTACTACTTCTAGTTATGTTATGTTGAGATGACAATGGAGGTGTTTTAAAaaa ]
[+] EMBL CB684087 [ CTTTGGCCTCCGCAAGAACGATGAGCTCATGGATGACCTCTTCAAGGATGACGAGCCTGACAACTATGCCAACAAGCAGGGCTAATTAATCTACGTCCTTCGAGCCTCAGTTTGCAGTCTCTTAGTGATGAACCGGCTCACCTGAATGGTCATCACCTGCTCAAGCATCAAATTCCAGAACAATACACAATGACTGGGTTTTCTTTTTCTTCTGTTCTTTTTCATAGATGTGGTGTAATAACGTAAACATCACTCAAGGTACTACTTCTAGTTATGTTATGTTGAGATGACAATGGAGGTGTTTTAAATGTCTG]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_10756#0 ACATGGCCTGAAGGAGTAGAAACCCCCTCGCCGCCGCCTTCTCCATCGTAAACCCTCGTC 60
consensus_10756#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10756#0 AGTTTGGAACAATGGCGTTGGCTAATAAGATTGGTAATCTGCTCAAGAGAGCCACGAGCT 120
consensus_10756#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10756#0 CAAGTCCAGCTCTCTATCAATCAATCAGATGCATGTCATCCTCAAAGCTTTTTGTTGGAG 180
consensus_10756#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10756#0 GCCTTTCGTACGGCACAGATGAGCAGAGCCTCAGAGATACTTTTGCCAATTATGGTCAAG 240
consensus_10756#1 ------------------------------------------------------------
consensus_10756#0 TTATTGAAGCTAAGATCATCAATGACCGTGAAACTGGGAGGTCTAGAGGTTTTGGCTTCA 300
consensus_10756#1 ---------------------------------------TTTTCAAAAAAAAAAAATCCG 21
* * * * *
consensus_10756#0 TAACTTACGCATCAAGTGAAGAGGCTTCAGCTGCAATCACAGCCTTGGATGGAAAGGATC 360
consensus_10756#1 AAGCTGGCGCAAGCAATGGAGGA----CGGCTCCGGCAACGGGC--GGCCGCCGGCCACC 75
* ** **** * ** ** * *** * ** * * ** * * *
consensus_10756#0 TCGATGG-GCGTAACATCAGGGTTAACACTGCCAATGAGAGAACTGGTGGCTTCCGTAGT 419
consensus_10756#1 GCGGCGGCGTGGAACTTCGAGCCGAACGGCGC-GCTGCTCGGGCTGACGGCGCTGTCGGT 134
** ** * * *** ** * *** ** ** * *** *** **
consensus_10756#0 GGGGGTGGTGGCTATGGAGGCGGTGGCTATGG-CGGCGGCGGTGGCGGCTATGGTGGTGG 478
consensus_10756#1 GCGCGGCGTGCTGGGCAGGGTCAAGGCCGGGATCGGCGGCGGTGGCGGCTATGGTGGTGG 194
* * * *** ** *** * ***************************
consensus_10756#0 TGGCTACAGTGGTGGTGGTGGCTATGGCGGTGGTGGCTACAGTGGTGGTGGTGGTGGCGG 538
consensus_10756#1 TGGCTACAGTGGTGGTGGTGGCTATGGCGGTGGTGGCTACAGTGGTGGTGGTGGTGGCGG 254
************************************************************
consensus_10756#0 CGGCGGCTACCAAGGAGGCGGCGGTGGTTATGGTGGCAACAATGGAGGGTATGGCAACAG 598
consensus_10756#1 CGGCGGCTACCAAGGAGGCGGCGGTGGTTATGGTGGCAACAATGGAGGGTATGGCAACAG 314
************************************************************
consensus_10756#0 GGGTGGTGGTGGAGGTGGTTATGGAGTTGCAGAAGGATCTGCAGATGCCTTCTCTGGAAT 658
consensus_10756#1 GGGTGGTGGTGGAGGTGGTTATGGAGTTGCAGAAGGATCTGCAGATGCCTTCTCTGGAAT 374
************************************************************
consensus_10756#0 CAACTTAGGTGGTGATGGTAGTTTTGGTGGAAACCCAGCTGGAAGCTTTGGTGATGCTGG 718
consensus_10756#1 CAACTTAGGTGGTGATGGTAGTTTTGGTGGAAACCCAGCTGGAAGCTTTGGTGATGCTGG 434
************************************************************
consensus_10756#0 AGGTTCCACTGGCGGTGGTGATTTCTCCGGTGCCGGTGGTGACAGCTTTGGAAGCCGCAA 778
consensus_10756#1 AGGTTCCACTGGCGGTGGTGATTTCTCCGGTGCCGGTGGTGACAGCTTTGGAAGCCGCAA 494
************************************************************
consensus_10756#0 GAACGATGAGCTCATGGATGACCTCTTCAAGGATGACGAGCCTGACAACTATGCCAACAA 838
consensus_10756#1 GAACGATGAGCTCATGGATGACCTCTTCAAGGATGACGAGCCTGACAACTATGCCAACAA 554
************************************************************
consensus_10756#0 GCAGGGCTAATTAATCTACGTCCTTCGAGCCTCAGTTTGCAGTCTCTTAGTGATGAACCG 898
consensus_10756#1 GCAGGGCTAATTAATCTACGTCCTTCGAGCCTCAGTTTGCAGTCTCTTAGTGATGAACCG 614
************************************************************
consensus_10756#0 GCTCACCTGAATGGTCATCACCTGCTCAAGCATCAAATTCCAGAACAATACACAATGACT 958
consensus_10756#1 GCTCACCTGAATGGTCATCACCTGCTCAAGCATCAAATTCCAGAACAATACACAATGACT 674
************************************************************
consensus_10756#0 GGGTTTTCTTTTTCTTCTGTTCTTTTTCATAGATGTGGTGTAATAACGTAAACATCACTC 1018
consensus_10756#1 GGGTTTTCTTTTTCTTCTGTTCTTTTTCATAGATGTGGTGTAATAACGTAAACATCACTC 734
************************************************************
consensus_10756#0 AAGGTACTACTTCTAGTTATGTTATGTTGAGATGACAATGGAGGTGTTTTAAATGTCTG 1077
consensus_10756#1 AAGGTACTACTTCTAGTTATGTTATGTTGAGATGACAATGGAGGTGTTTTAAATGTCTG 793
***********************************************************
|
| Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||