cluster # 11971

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Oryza sativa
cluster # 11971 cluster # 11971 Sequences # 9 consensus # 1
see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_11971#0 length = 1589 sequences # 9
consensusID : consensus_11971#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 9
consensus length = 1589
fasta sequence
                              [AAACCCTACCCATCCGAATCCGCGAGAGCGGAAGCCACCGAGGCGGAGGCGAGGAGGAGGGCGCAATGGCGGGGAAGGAGGAGGGCCGGATCTTCGTGGGCGGCCTGTCGTTCCACACCGACGAGCGCAAGCTGGCCGACGCGTTCCGCCGCTTCGGCAAGGTCGTCGACGCCCAGATCATGCTGGAGAGACACACCCAACGCCATCGTGGTTTTGGCTTCGTGACATTTTCAGATCCAGAGGCAGTTGATAGCGCTATTAAAGAAATGCACTGTCAAGAATTAGATGGCAGGACTATATCAGTGAACAAGGCTGAGCCTAAGATGAATACAGATGACACAAGGTATGAAAGTGGTGGTGGACGAGGAGAGTATCGTGGTGGTAGAGGTGATGGACCACCCCCAGGCAATTGCTTTGAGTGTGGCCGTGCTGGTCATTGGGCTCGTGATTGCCCTAATCCTGGTGGTGGTCGTTCTGCGCGATACTCTTCTTCTAAGTTCAGCGCTGGTGGCAGAGGAGACCGTTTTTCTGGATCAGATAGGTTTGGAGACCGTTACATGGATGATCGTTATGATGGTGGGTACCGTGAACCTGTT-GATGTCAGAGACAGGTATGGTGGAGGCCGTGACCGATATGCTAATGATCGATACCCATCAGGTGGTGACCGCTATGTTCCAGACAGATATGGAGGTCCCGATCGCTATCAGCCTAGTAGTTATGGCCGGGAACGAGAAAGAAGCTACGAGAGGGATGGAGTGCGTGGCAATGGCGGCTATGATAGGAGTGGCCCAAGGGGTGGTGGAAGCTATGA-CA-GGGATGGCCCAAGGGGTGGTATAAGTGGTGGCTATGACAGGGATGGCCCACGTGGCGGTGGTGTTGACCGTTACGGTGGTGGAGGGCCTGCTCGTTATGATGGAGGAAGCTACAGGGACAGATCTGGGCCGTATGACCGCCCTAGCAGAGGAGGACGCTTTGATGATCGCTTCCA-GTGAAGCCTTTCGCAGAATCAAGTTATGTATTTGCGGTTTAACGCTTGCAGTTTCGCATGGCTGAATGTTTAGTGAATGCTCTGGCACAGTTATATCTATTATGTATTAGAACCTCCAGCACTGTTTTGATTCTGGCAAAAAGT-TTATCTATCAGACTGTTTTGGATTCAAAAATGGCTCGCATTGCACTGAGTGGTTGTCTGCCTGATTCCCTATTTGCTGAATGCTTTCTGTGGTTTGTACATGGTGATTAAGGCTTGCATGGTATCATCAATCTAATCTGCAAGGATTACTACAGAAACAGTGGCTAAATTATGCCGGCCCAGCACATTTGTGAGAAACCTTAGTATGCTTTATCTTCCGTCCAGAAAGCGGTAGCCAGAAAAGCCATTACCATGCTGATGTGTGGTTTTATTTGTTTGTTACCAGTGGCTGATGTGTTCGATCCATGCATTGTGGAAGCAGCATCCTCGTTTCATGTTCTTTTTTTTTCCTATCATTTCTTCTGTAAAAGATGGTACAGATTATCATCAGTTGGATCCCTGAATCAGTAAAACTTCAATATTCTGACATTACTCGTTGCCTTGCTTGAAATATATGC]

[+] EMBL CB653259             [AAACCCTACCCATCCGAATCCGCGAGAGCGGAAGCCACCGAGGCGGAGGCGAGGAGGAGGGCGCAATGGCGGGGAAGGAGGAGGGCCGGATCTTCGTGGGCGGCCTGTCGTTCCACACCGACGAGCGCAAGCTGGCCGACGCGTTCCGCCGCTTCGGCAAGGTCGTCGACGCCCAGATCATGCTGGAGAGACACACCCAACGCCATCGTGGTTTTGGCTTCGTGACATTTTCAGATCCAGAGGCAGTTGATAGCGCTATTAAAGAAATGCACTGTCAAGAATTAGATGGCAGGACTATATCAGTGAACAAGGCTGAGCCTAAGATGAATACAGATGACACAAGGTATGAAAGTGGTGGTGGACGAGGAGAGTATCGTGGTGGTAGAGGTGATGGACCACCCCCAGGCAATTGCTTTGAGTGTGGCCGTGCTGGTCATTGGGCTCGTGATTGCCCTAATCCTGGTGGTGGTCGTTCTGCGCGATACTCTTCTTCTAAGTTCAGCGCTGGTGGCAGAGGAGACCGTTTTTCTGGATCAGATAGGTTTGGAGACCGTTACATGGATGATCGTTATGATGGTGGGTACCGTGAACCTGTT GATGTCAGAGACAGGTATGGTGGAGGCCGTGACCGATATGCTAATGATCGATACCCATCAGGTGGTGACCGCTATGTTCCAGACAGATATGGAGGTCCCGATCGCTATCAGCCTAGTAGTTATGGCCGGGAACGAGAAAGAAGCTACGAGAGGGATGGAGTGCGTGGCAAT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ]
[+] EMBL AK061750             [              CGAATCCGCGAGAGCGGAAGCCACCGAGGCGGAGGCGAGGAGGAGGGCGCAATGGCGGGGAAGGAGGAGGGCCGGATCTTCGTGGGCGGCCTGTCGTTCCACACCGACGAGCGCAAGCTGGCCGACGCGTTCCGCCGCTTCGGCAAGGTCGTCGACGCCCAGATCATGCTGGAGAGACACACCCAACGCCATCGTGGTTTTGGCTTCGTGACATTTTCAGATCCAGAGGCAGTTGATAGCGCTATTAAAGAAATGCACTGTCAAGAATTAGATGGCAGGACTATATCAGTGAACAAGGCTGAGCCTAAGATGAATACAGATGACACAAGGTATGAAAGTGGTGGTGGACGAGGAGAGTATCGTGGTGGTAGAGGTGATGGACCACCCCCAGGCAATTGCTTTGAGTGTGGCCGTGCTGGTCATTGGGCTCGTGATTGCCCTAATCCTGGTGGTGGTCGTTCTGCGCGATACTCTTCTTCTAAGTTCAGCGCTGGTGGCAGAGGAGACCGTTTTTCTGGATCAGATAGGTTTGGAGACCGTTACATGGATGATCGTTATGATGGTGGGTACCGTGAACCTGTT GATGTCAGAGACAGGTATGGTGGAGGCCGTGACCGATATGCTAATGATCGATACCCATCAGGTGGTGACCGCTATGTTCCAGACAGATATGGAGGTCCCGATCGCTATCAGCCTAGTAGTTATGGCCGGGAACGAGAAAGAAGCTACGAGAGGGATGGAGTGCGTGGCAATGGCGGCTATGATAGGAGTGGCCCAAGGGGTGGTGGAAGCTATGA CA GGGATGGCCCAAGGGGTGGTATAAGTGGTGGCTATGACAGGGATGGCCCACGTGGCGGTGGTGTTGACCGTTACGGTGGTGGAGGGCCTGCTCGTTATGATGGAGGAAGCTACAGGGACAGATCTGGGCCGTATGACCGCCCTAGCAGAGGAGGACGCTTTGATGATCGCTTCCA GTGAAGCCTTTCGCAGAATCAAGTTATGTATTTGCGGTTTAACGCTTGCAGTTTCGCATGGCTGAATGTTTAGTGAATGCTCTGGCACAGTTATATCTATTATGTATTAGAACCTCCAGCACTGTTTTGATTCTGGCAAAAAGT TTATCTATCAGACTGTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[+] EMBL AK062094             [                AATCCGCGAGAGCGGAAGCCACCGAGGCGGAGGCGAGGAGGAGGGCGCAATGGCGGGGAAGGAGGAGGGCCGGATCTTCGTGGGCGGCCTGTCGTTCCACACCGACGAGCGCAAGCTGGCCGACGCGTTCCGCCGCTTCGGCAAGGTCGTCGACGCCCAGATCATGCTGGAGAGACACACCCAACGCCATCGTGGTTTTGGCTTCGTGACATTTTCAGATCCAGAGGCAGTTGATAGCGCTATTAAAGAAATGCACTGTCAAGAATTAGATGGCAGGACTATATCAGTGAACAAGGCTGAGCCTAAGATGAATACAGATGACACAAGGTATGAAAGTGGTGGTGGACGAGGAGAGTATCGTGGTGGTAGAGGTGATGGACCACCCCCAGGCAATTGCTTTGAGTGTGGCCGTGCTGGTCATTGGGCTCGTGATTGCCCTAATCCTGGTGGTGGTCGTTCTGCGCGATACTCTTCTTCTAAGTTCAGCGCTGGTGGCAGAGGAGACCGTTTTTCTGGATCAGATAGGTTTGGAGACCGTTACATGGATGATCGTTATGATGGTGGGTACCGTGAACCTGTT GATGTCAGAGACAGGTATGGTGGAGGCCGTGACCGATATGCTAATGATCGATACCCATCAGGTGGTGACCGCTATGTTCCAGACAGATATGGAGGTCCCGATCGCTATCAGCCTAGTAGTTATGGCCGGGAACGAGAAAGAAGCTACGAGAGGGATGGAGTGCGTGGCAATGGCGGCTATGATAGGAGTGGCCCAAGGGGTGGTGGAAGCTATGA CA GGGATGGCCCAAGGGGTGGTATAAGTGGTGGCTATGACAGGGATGGCCCACGTGGCGGTGGTGTTGACCGTTACGGTGGTGGAGGGCCTGCTCGTTATGATGGAGGAAGCTACAGGGACAGATCTGGGCCGTATGACCGCCCTAGCAGAGGAGGACGCTTTGATGATCGCTTCCA GTGAAGCCTTTCGCAGAATCAAGTTATGTATTTGCGGTTTAACGCTTGCAGTTTCGCATGGCTGAATGTTTAGTGAATGCTCTGGCACAGTTATATCTATTATGTATTAGAACCTCCAGCACTGTTTTGATTCTGGCAAAAAGT TTATCTATCAGACTGTTTTGGATTCTGAATTGGCTCGCATTGCACTGAGTGGTTGTCTGCCTGATTCCCTATTTGCTGAATGCTTTCTGTGGTTTGTACATGGTGATTAAGGCTTGCATGGTATCATCAATCTAATCTGCAAGGATTACTACAGAAACAGTGGCTAAATTATGCCGGCCCAGCACATTTGTGAGAAACCTTAGTATGCTTTATCTTCCGTCCAGAAAGCGGTAGCCAGAAAAGCCATTACCATGCTGATGTGTGGTTTTATTTGTTTGTTACCAGTGGCTGATGTGTTCGATCCATGCATTGTGGAAGCAGCATCCTCGTTTCATGTTCTTTTTTTTTCCTATCATTTCTTCTGTAAAAGATGGTACAGATTATCATCAGTTGGATCCCTGAATCAGTAAAACTTCAATATTCTGACATTACTCGTTGCCTTGCTTGAAATATATGC]
[+] EMBL OS0746A              [                                                                                                                                                                                                                                          ATCCAGAGGCAGTTGATAGCGCTATTAAAGAAATGCACTGTCAAGAATTAGATGGCAGGACTATATCAGTGAACAAGGCTGAGCCTAAGATGAATACAGATGACACAAGGTATGAAAGTGGTGGTGGACGAGGAGAGTATCGTGGTGGTAGAGGTGATGGACCACCCCCAGGCAATTGCTTTGAGTGTGGCCGTGCTGGTCATTGGGCTCGTGATTGCCCTAATCCTGGTGGTGGTCGTTCTGCGCGATACTCTTCTTCTAAGTTCAGCGCTGGTGGCAGAGGAGACCGTTTTTCTGGATCAGATAGGTTTGG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ]
[-] EMBL CB653260             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     GTGGACGAGGAGAGTATCGTGGTGGTAGAGGTGATGGACCACCCCCAGGCAATTGCTTTGAGTGTGGCCGTGCTGGTCATTGGGCTCGTGATTGCCCTAATCCTGGTGGTGGTCGTTCTGCGCGATACTCTTCTTTTAAGTTCAGCGCTGGTGGCAGAGGAGACCGTTTTTCTGGATCAGATAGGTTTGGAGACCGTTACATGGATGATCGTTATGATGGTGGGTACCGTGAACCTGTT GATGTCAGAGACAGGTATGGTGGAGGCCGTGACCGATATGCTAATGATCGATACCCATCAGGTGGTGACCGCTATGTTCCAGACAGATATGGAGGTCCCGATCGCTATCAGCCTAGTAGTTATGGCCGGGAACGAGAAAGAAGCTACGAGAGGGATGGAGTGCGTGGCAATGGCGGCTATGATAGGAGTGGCCCAAGGGGTGGTGGAAGCTATGA CA GGGATGGCCCAAGGGGTGGTATAAGTGGTGGCTATGACAGGGATGGCCCACGTGGCGGTGGTGTTGACCGTTACGGTGGTGGAGGGCCTGCTCGTTATGATGGAGGAAGCTACAGGGACAGATTTGGGCCGTATGACCGCCCTAGCAGAGGAGGACGCTTTGATGATCGCTTCCA GTGAAGCCTTTCGCAGAATCAAGTTATGTATTTGCGGTTTAACGCTTGCAGTTTCGCATGGCTGAATGTTTAGTGAATGCTCTGGCACAGTTATATCTATTATGTATTAGAACCTCCAGCACTGTTTTGATTCTGGCAAAAATT TAAAGTATCAGACTGTTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ]
[+] EMBL BQ909194             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          aaacCCTGTTAGATGTCAGAGACAGGTATGNTGGA GCCGTGACCGATATGCTAATGATCGATACCCATCAGGTGGTGACCGCTATGTTCCAGACAGATATGGAGGTCCCGATCGCTATCAGCCTAGTAGTTATGGCCGGGAACGAGAAAGAAGCTACGAGAGGGATGGAGTGCGTGGCAATGGCGGCTATGATAGGAGTGGCCCAAGGGGTGGTGGAAGCTATGACCACGGGATGGCCCAAGGGGTGGTATAAGTGGTGGCTATGACAGGGATGGCCCACGTGGCGGTGGTGTTGACCGTTACGGTGGTGGAGGGCCTGCTCGTTATGATGGAGGAAGCTACAGGGACAGATCTGGGCCATATGACCGCCCTAGCAGAGGAGGACGCTTTGATGATCGCTTCCACGTGAAGCCTTTCGCAGAATCAAGTTATGTATTTGCGGTTTAATGCTTGCAGTTTCGCATGGCTGAATGTTTAGTGAATGCTCTGGCACAGTTATATCTATTATGTATTAGAACCTCCAGCACTGTTTTGATTCTGGC AAAAGTCTTATCTATCAGACTGTTTTGGATTAAAAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ]
[+] EMBL C98127               [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AGAGACAGGTATGGT GAAGCCCTGACCGATATGCTAA GACCGATACCCATCAGNTGGTGNCCGCTATGTTCCAGACAGATATGGAGGTCCCGANCGCTATCAGCCTAGTAGTTATGNCCGGGAACGAGAAAGAAGCTACGAGAGGGATGGAGTNCGTGGCAATGGCGGCTATGATAGGAGTGGCCCAAGGGGTGNTGGAAGCTATGA CA GGGATGGCCCAAGGGGTGGTATAAGTGGTGGCTATGACAGGGATGGCCCACGTGGCGGTGGTGTTGACCGTTACGGTGGTGGAGGGCCTGCTCGTTATGATGGAGGAAGCTACAGGGACAGATCTGGGCCGTATGACCGCCCTAGCAGAGGAGGACGCTTTGATGATCGCTTCCA GTGAAGCCTTTCGCAGAATCAAGTTATGTATTTGCGGTTTAACGCTTGCAGTTTCGCATGGCTGAATGTTTAGTGAATGCTCTGGCACAGTTATATCTATTATGTATTAGAACCTCCAGCACTGTTTTGATTCTGGCAAAAAGT TTATCTATCAGACTGTTTTGGATTCAAAAAa                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ]
[+] EMBL AU164865             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TGGA TGCGTGGCAATGGCGGCTATGATAGGA TGGCCCAA GGGTGGTAGAAGCTATGA CA GGGATGGCCCAAGGGGTGGTATAAGTGGTGGCTATGACAGGGATGGCCCACGTGGCGGTGGTGTTGACCGTTACGGTGGTGGAGGGCCTGCTCGTTATGATGGAGGAAGCTACAGGGACAGATCTGGGCCGTATGACCGCCCTAGCAGAGGAGGACGCTTTGATGATCGCTTCCA GTGAAGCCTTTCGCAGAATCAAGTTATGTATTTGCGGTTTAACGCTTGCAGTTTCGCATGGCTGAATGTTTAGTGAATGCTCTGGCACAGTTATATCTATTATGTATTAG ACCTCCAGCACTG TTTGATTCTGGCAAAAAGT TTATCTATCAGACTGTTTTGGATTCAAAAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ]
[-] EMBL AA750362             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      GTTATGTATTTGCGGTTTAATGCTTGCAGTTTNGCATGGCTGAATGTTTAGTGNATGCTCTGGNNCAGTTATATCTATTATGTATTAGAACCTCCAGC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ]




>consensus_11971#0
AAACCCTACCCATCCGAATCCGCGAGAGCGGAAGCCACCGAGGCGGAGGCGAGGAGGAGG
GCGCAATGGCGGGGAAGGAGGAGGGCCGGATCTTCGTGGGCGGCCTGTCGTTCCACACCG
ACGAGCGCAAGCTGGCCGACGCGTTCCGCCGCTTCGGCAAGGTCGTCGACGCCCAGATCA
TGCTGGAGAGACACACCCAACGCCATCGTGGTTTTGGCTTCGTGACATTTTCAGATCCAG
AGGCAGTTGATAGCGCTATTAAAGAAATGCACTGTCAAGAATTAGATGGCAGGACTATAT
CAGTGAACAAGGCTGAGCCTAAGATGAATACAGATGACACAAGGTATGAAAGTGGTGGTG
GACGAGGAGAGTATCGTGGTGGTAGAGGTGATGGACCACCCCCAGGCAATTGCTTTGAGT
GTGGCCGTGCTGGTCATTGGGCTCGTGATTGCCCTAATCCTGGTGGTGGTCGTTCTGCGC
GATACTCTTCTTCTAAGTTCAGCGCTGGTGGCAGAGGAGACCGTTTTTCTGGATCAGATA
GGTTTGGAGACCGTTACATGGATGATCGTTATGATGGTGGGTACCGTGAACCTGTTGATG
TCAGAGACAGGTATGGTGGAGGCCGTGACCGATATGCTAATGATCGATACCCATCAGGTG
GTGACCGCTATGTTCCAGACAGATATGGAGGTCCCGATCGCTATCAGCCTAGTAGTTATG
GCCGGGAACGAGAAAGAAGCTACGAGAGGGATGGAGTGCGTGGCAATGGCGGCTATGATA
GGAGTGGCCCAAGGGGTGGTGGAAGCTATGACAGGGATGGCCCAAGGGGTGGTATAAGTG
GTGGCTATGACAGGGATGGCCCACGTGGCGGTGGTGTTGACCGTTACGGTGGTGGAGGGC
CTGCTCGTTATGATGGAGGAAGCTACAGGGACAGATCTGGGCCGTATGACCGCCCTAGCA
GAGGAGGACGCTTTGATGATCGCTTCCAGTGAAGCCTTTCGCAGAATCAAGTTATGTATT
TGCGGTTTAACGCTTGCAGTTTCGCATGGCTGAATGTTTAGTGAATGCTCTGGCACAGTT
ATATCTATTATGTATTAGAACCTCCAGCACTGTTTTGATTCTGGCAAAAAGTTTATCTAT
CAGACTGTTTTGGATTCAAAAATGGCTCGCATTGCACTGAGTGGTTGTCTGCCTGATTCC
CTATTTGCTGAATGCTTTCTGTGGTTTGTACATGGTGATTAAGGCTTGCATGGTATCATC
AATCTAATCTGCAAGGATTACTACAGAAACAGTGGCTAAATTATGCCGGCCCAGCACATT
TGTGAGAAACCTTAGTATGCTTTATCTTCCGTCCAGAAAGCGGTAGCCAGAAAAGCCATT
ACCATGCTGATGTGTGGTTTTATTTGTTTGTTACCAGTGGCTGATGTGTTCGATCCATGC
ATTGTGGAAGCAGCATCCTCGTTTCATGTTCTTTTTTTTTCCTATCATTTCTTCTGTAAA
AGATGGTACAGATTATCATCAGTTGGATCCCTGAATCAGTAAAACTTCAATATTCTGACA
TTACTCGTTGCCTTGCTTGAAATATATGC
clustalw multiple alignements is not computed in this case