cluster # 12811

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Oryza sativa
cluster # 12811 cluster # 12811 Sequences # 11 consensus # 2

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consensus_12811#0 length = 878 sequences # 10

consensus_12811#1 length = 655 sequences # 1

consensusID : consensus_12811#0
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Sequences nbr = 10
consensus length = 878
fasta sequence

                              [GCTCCACGCGCGCGCGAGCCCTCGATTCGTCACGCACACGCGCCCGCGAATAACCCATTTCATCATCTCCTCGCGCCCGCGCGCGCGGT-GGCCACTAGCCCACCACTACCACTACGCGCTGGTAGTTACCCGCCCCTATCACCCCGCGCCTCGGCCTCGCTCGCTTTCCCCTACTTCCAGCGATTTCATCAAGAACCACCTAGCGAGAGCG-AGACCGAGCGAGAGAGAGAGAGCAC-GGCGGCGATGGC-GTACCAGAGGGGGGAGACGTCGTCGGTGGT-GGAGGC-GTTCACGCTGTCGCCGCTGCCGTACCCGGTGATCCTGATCCTGCTCATGGTGATGCTGCTGCTGGGGGT-GTCGTGGTTCTTCACGTACGAGGACTTCATGG-AGGAGGCGGCGGAGCAGCTCAGCTGGGCGCTGCTGCTCGTCCCCGTCGCGCTCGTCCTCCTCATCCGCTGGATCTCCTCCGTCGACACCTTCGACGGCTACTTCAGCTTCTACCCAACCGAGCGCCGCTGGAACCGCTACGACCCGGGCCCCGCCGAGGGGAGCTCCCCAT-GGGGCGTCGCCATGGTCGTCCTGCTCCTCCTCGTCCTCGCCTCCTTCCACTCCACCTTCCAGGACATGTGGAAGCCCTGATCATTGATTCTACTGCTACTCGTCGTCTTTGATATCCGCACGCCTATTATGCGTACGTACGTGGGGTTATACGCTGCTTGATTTGCTTGCCGGTTAGTAACTAGCTAGTTATGCATCTGTACATATACCGAGCTTGAGACTGTTAACTCTTGTTTTGTAATTAACGCGTCTGGTTTTTGTTCGGGATCGAGTTTGTTTTCTATGTTCATCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]

[+] EMBL CF296484             [GCTCCACGCGCGCGCGAGCCCTCGATTCGTCACGCACACGCGCCCGCGAATAACCCATTTCATCATCTCCTCGCGCCCGCGCGCGCGGT GGCCACTAGCCCACCACTACCACTACGCGCTGGTAGTTACCCGCCCCTATCACCCCGCGCCTCGGCCTCGCTCGCTTTCCCCTACTTCCAGCGATTTCATCAAGAACCACCTAGCGAGAGCG AGACCGAGC    GAGAGAGAGCAC GGCGGCGATGGC GTACCAGAGGGGGGAGACGTCGTCGGTGGTGGGAGGC GTTCACGCTGTCGCCGCTGCCGTACCCGGTGATCCTGATCCTGCTCATGGTGATGCTGCTGCTGGGGGTGGCCGTGGTTCTTCACGTACGAGGACTTCATGG AGGAGGCGGGGGAGCAGCTCANCTGGGCGCTGCTGCTCGTCCCCGTCGCGCTCGTCCTCCTCATCCGCTGGATCTCCTCCGTCGACACCTTCGATGGCTACTTCAGCTTCTACCCAACCGAGCGCTGCTGGAACCGCTACGAC                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[+] EMBL C73321               [                                                              TCATCTCCTCGCGCCCGCGCG GCGGTAGGCCACTAGCCCACCACTACCACTACGCGCTGGTAGTTACCCGCCCCTATNACCCCGNGCNTCGGCCTCGCTCGCTTTCCCCTACTTCCAGCGATTTCATCAAGAACCACCTAGCGAGAGNA TGACCNAGCGAGAGAGAGAGAGCAC GGNGGCGATGGC GTACCANAGGGGGGAGACGTCGTCGGTGGT GGAGGC GTTCACGCTGTCGCCGCTGCCGTACCCGGTGATCCTAATCCTGCTCATGGTGATGCTGCTGCTGGGGGT GTCGTGGTTCTTNACGTACGAGGACTTCATGGAAGGAGGCGGNGG TCAACTCANCTGG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ]
[+] EMBL AK120462             [                                                                                                TAGCCCACCACTACCACTACGCGCTGGTAGTTACCCGCCCCTATCACCCCGCGCCTCGGCCTCGCTCGCTTTCCCCTACTTCCAGCGATTTCATCAAGAACCACCTAGCGAGAGCG AGACCGAGCGAGAGAGAGAGAGCAC GGCGGCGATGGC GTACCAGAGGGGGGAGACGTCGTCGGTGGT GGAGGC GTTCACGCTGTCGCCGCTGCCGTACCCGGTGATCCTGATCCTGCTCATGGTGATGCTGCTGCTGGGGGT GTCGTGGTTCTTCACGTACGAGGACTTCATGG AGGAGGCGGCGGAGCAGCTCAGCTGGGCGCTGCTGCTCGTCCCCGTCGCGCTCGTCCTCCTCATCCGCTGGATCTCCTCCGTCGACACCTTCGACGGCTACTTCAGCTTCTACCCAACCGAGCGCCGCTGGAACCGCTACGACCCGGGCCCCGCCGAGGGGAGCTCCCCAT GGGGCGTCGCCATGGTCGTCCTGCTCCTCCTCGTCCTCGCCTCCTTCCACTCCACCTTCCAGGACATGTGGAAGCCCTGATCATTGATTCTACTGCTACTCGTCGTCTTTGATATCCGCACGCCTATTATGCGTACGTACGTGGGGTTATACGCTGCTTGATTTGCTTGCCGGTTAGTAACTAGCTAGTTATGCATCTGTACATATACCGAGCTTGAGACTGTTAACTCTTGTTTTGTAATTAACGCGTCTG                                                                      ]
[+] EMBL AU184856             [                                                                                                                                                                                                       CCTAGCGAGAGCG AGACCGAGCGAGAGAGAGAGAGCACAGGCGGCGATGGCAGTACCAGAGGGGGGAGACGTCGTCGGTGGT GGAGGCAGTTCACGCTGTCGCCGCTGCCGTACCCGGTGATCCTGATCCTGCTCATGGTGATGCTGCTGCTGGGGGT GTCGTGGTTCTTCACGTACGAGGACTTCATGG AGGAGGCGGCGGAGCAGCTCAGCTGGGCGCTGCTGCTCGTCCCCGTCGCGCTCGTCCTCCTCATCCGCTGGATCTCCTCCGTCGACACCTTCGACGGCTACTTCAGCTTCTACCCAACCGAGCGCCGCTGGAACCGCTACGACCCGGGCCCCGCCGAGGGGAGCTCCCCAT GGGGCGTCGCCATGGTCGTCCTGCTCCTCCTCGTCCTCGCCTCCTTCCACTCCACCTTCCAGGACATGTGGA                                                                                                                                                                                                                                                          ]
[+] EMBL AU070847             [                                                                                                                                                                                                       CCTAGCGAGAGCGAAGACCGAGCGAGAGAGAGAGAGCAC GGCGGCGATGGC GTACCAGAGGGGGGAGACGTCGTCGGTGGT GGAGGC GTTCACGCTGTCGCCGCTGCCGTACCCGGTGATCCTGATCCTGCTCATGGTGATGCTGCTGCTGGGGGT GTCGTGGTTCTTCACGTACGAGGACTTCATGG AGGAGGCGGCGGA CAGCTCAGCTGGGCGCTGCTGCTCGTCCCCGTCGCGCTCGTCCTCCTCATCCGCTGGATCTCCTCCGTCGACACCTTCGACGGCTACTTCAGCTTCTACCCAACCGAGCGCCGCTGGAACCGCTACGACCCGGGCCCCGCCGAGGGGAGCTCCCCATGGGGGCGTCGCCATGGTCGTCCTGCTCCTCCTCGTCCTCGCCTCCTTCCACTCCACCTTCCAGGACATGTGGAAGCCCTGATCATTGATTCTACT                                                                                                                                                                                                                                    ]
[+] EMBL AK121219             [                                                                                                                                                                                                                                        GAGCAC GGCGGCGATGGC GTACCAGAGGGGGGAGACGTCGTCGGTGGT GGAGGC GTTCACGCTGTCGCCGCTGCCGTACCCGGTGATCCTGATCCTGCTCATGGTGATGCTGCTGCTGGGGGT GTCGTGGTTCTTCACGTACGAGGACTTCATGG AGGAGGCGGCGGAGCAGCTCAGCTGGGCGCTGCTGCTCGTCCCCGTCGCGCTCGTCCTCCTCATCCGCTGGATCTCCTCCGTCGACACCTTCGACGGCTACTTCAGCTTCTACCCAACCGAGCGCCGCTGGAACCGCTACGACCCGGGCCCCGCCGAGGGGAGCTCCCCAT GGGGCGTCGCCATGGTCGTCCTGCTCCTCCTCGTCCTCGCCTCCTTCCACTCCACCTTCCAGGACATGTGGAAGCCCTGATCATTGATTCTACTGCTACTCGTCGTCTTTGATATCCGCACGCCTATTATGCGTACGTACGTGGGGTTATACGCTGCTTGATTTGCTTGCCGGTTAGTAACTAGCTAGTTATGCATCTGTACATATACCGAGCTTGGGACTGTTAACTCTTGTTTTGTAATTAACGCGTCT                                                                       ]
[-] EMBL CF277735             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ATCCTGATCCTGCTCATGGTGATGCTGCTGCTGGGGGT GTCGTGGTTCTTCACGTACGAGGACTTCATGG AGGAGGCGGCGGAGCAGCTCAGCTGGGCGCTGCCGCTCGTCCCCGTCGCGCTCGTCCTCCTCATCCGCTGGATCTCCTCCGTCGACACCTTCGACGGCTACTTCAGCTTCTACCCAACCGAGCGCCGCTGGAACCGCTACGACCCGGGCCCCGCCGAGGGGAGCTCCCCAT GGGGCGTCGCCATGGTCGTCCTGCTCCTCCTCGTCCTCGCCTCCTTCCACTCCACCTTCCAGGACATGTGGAAGCCCTGATCATTGATTCTACTGCTACTCGTCGTCTTTGATATCCGCACGCCTATTATGCGTACGTACGTGGGGTTATACGCTGCTTGATTTGCTTGCCGGTTAGTAACTAGCTAGTTATGCATCTGTACATATACCGAGCTTGAGACTGTTAACTCTTGTTTTGTAATTAACGCGTCTGGTTTTTGTTCGGGATCGAGTTTGTTTTCaaaaaaaa                                  ]
[+] EMBL BE039854             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                TGGGCGCTGCTGCTCGTCCCCGTCGCGCTCGTCCTCCTCATCCGCTGGATCTCCTCCGTCGACACCTTCGACGGCTACTTCAGCTTCTACCCAACCGAGCGCCGCTGGAACCGCTACGACCTGGGCCCCGCCGAGGGGAGCTCCCCAT GGGGCGTCGCCATGGTCGTCCTGCTCCTCCTCGTCCTCGCCTCCTTCCACTCCACCTTCCAGGACATGTGGAAGCCCTGATCAGTGATTCTACTGCTACTCGTCGTCTTTGATATCCGCACGCCTATTATGCGTACGTACGTGGGGTTATACGCTGCTTGATTTGCTTGCCGGTTAGTAACTAGCTAGTTATGCATCTGTACATATACCGAGCTTGAGACTGTTAACTCTTGTTTTGTAATTAACGCGTCTGGTTTTTGTTCGGGATCGAGTTTGTTTTCTCTGTTCATCCAAAAAAAAAA                     ]
[+] EMBL AU095574             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CTCGTCCTCCTNATCCGCTGGATNTCCTCCGTCGACACCTTCGACGGNTACTTCAGNTTCTACCCAACCGAGCGCCGCTGGAACCGCTACGACCCGGGCCCCGCCGAGGGGAGCTCCCCAT GGGGCGTCGCCATGGTCGTCCTGCTCCTCCTCGTCCTCGCCTCCTTCCACTCCACCTTCCAGGACATGTGGAAGCCCTGATCATTGATTCTACTGCTACTCGTCGTCTTTGATATCCGCACGCCTATTATGCGTACGTACGTGGGGTTATACGCTGCTTGATTTGCTTGCCGGTTAGTAACTAGCTAGTTATGCATCTGTACATATACCGAGCTTGAGACTGTTAACTCTTGTTTTGTAATTAACGCGTCTGGTTTTTGTTCGGGATCGAGTTTGTTTTCTNTGTTCATCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA]
[-] EMBL CF296485             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          GGAACCGCTACGACCCGGGCCCCGCCGAGGGGAGCTCCCCAT GGGGCGTCGCCATGGTCGTCCTGCTCCTCCTCGTCCTCGCCTCCTTCCACTCCACCTTTCAGGACATGTGGAAGCCCTGATCATTGATTCTACTGCTACTCGTCGTCTTTGATATCCGCACGCCTATTATGCGTACGTACGTGGGGTTATACGCTGCTTGATTTGCTTGCCGGTTAGTAACTAGCTAGCTATGCATCTGTACATATACCGAGCTTGAGACTGTTAACTCTTGTTTTGTA                                                                                   ]




>consensus_12811#0
GCTCCACGCGCGCGCGAGCCCTCGATTCGTCACGCACACGCGCCCGCGAATAACCCATTT
CATCATCTCCTCGCGCCCGCGCGCGCGGTGGCCACTAGCCCACCACTACCACTACGCGCT
GGTAGTTACCCGCCCCTATCACCCCGCGCCTCGGCCTCGCTCGCTTTCCCCTACTTCCAG
CGATTTCATCAAGAACCACCTAGCGAGAGCGAGACCGAGCGAGAGAGAGAGAGCACGGCG
GCGATGGCGTACCAGAGGGGGGAGACGTCGTCGGTGGTGGAGGCGTTCACGCTGTCGCCG
CTGCCGTACCCGGTGATCCTGATCCTGCTCATGGTGATGCTGCTGCTGGGGGTGTCGTGG
TTCTTCACGTACGAGGACTTCATGGAGGAGGCGGCGGAGCAGCTCAGCTGGGCGCTGCTG
CTCGTCCCCGTCGCGCTCGTCCTCCTCATCCGCTGGATCTCCTCCGTCGACACCTTCGAC
GGCTACTTCAGCTTCTACCCAACCGAGCGCCGCTGGAACCGCTACGACCCGGGCCCCGCC
GAGGGGAGCTCCCCATGGGGCGTCGCCATGGTCGTCCTGCTCCTCCTCGTCCTCGCCTCC
TTCCACTCCACCTTCCAGGACATGTGGAAGCCCTGATCATTGATTCTACTGCTACTCGTC
GTCTTTGATATCCGCACGCCTATTATGCGTACGTACGTGGGGTTATACGCTGCTTGATTT
GCTTGCCGGTTAGTAACTAGCTAGTTATGCATCTGTACATATACCGAGCTTGAGACTGTT
AACTCTTGTTTTGTAATTAACGCGTCTGGTTTTTGTTCGGGATCGAGTTTGTTTTCTATG
TTCATCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

consensusID : consensus_12811#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 655
fasta sequence

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[+] EMBL CF277736             [TGGACTGAAGGAGTAGAAAGCTCGCTTTCCCCTACTTCCAGCGATTTCATCAAGAACCACCTAGCGAGAGCGAGACCGAGCGAGAGAGAGAGAGCACGGCGGCGATGGCGTACCAGAGGGGGGAGACGTCGTCGGTGGTGGAGGCGTTCACGCTGTCGCCGCTGCCGTACCCGGTGATCCTGATCCTGCTCATGGTGATGCTGCTGCTGGGGGTGTTCGTGGTTCTTCACGTACGAGGACTTCATGGAGGAGGCGGCGGAGCAGCTCAGCTGGGCGCTGCCGCTCGTCCCCGTCGCGCTCGTCCTCCTCATCCGCTGGATCTCCTCCGTCGACACCTTCGACGGCTACTTCAGCTTCTACCCAACCGAGCGCCGCTGGAACCGCTACGACCCGGGCCCCGCCGAGGGGAGCTCCCCATGGGGCGTCGCCATGGTCGTCCTGCTCCTCCTCGTCCTCGCCTCCTTCCACTCCACCTTCCAGGACATGTGGAAGCCCTGATCATTGATTCTACTGCTACTCGTCGTCTTTGATATCCGCACGCCTATTATGCGTACGTACGTGGGGTTATACGCTGCTTGATTTGCTTGCCGGTTAGTAACTAGCTAGTTATGCATCTGTACATATACCGAGCTTGAGACTGTTAACTCTTGTTTTG]




>consensus_12811#1
TGGACTGAAGGAGTAGAAAGCTCGCTTTCCCCTACTTCCAGCGATTTCATCAAGAACCAC
CTAGCGAGAGCGAGACCGAGCGAGAGAGAGAGAGCACGGCGGCGATGGCGTACCAGAGGG
GGGAGACGTCGTCGGTGGTGGAGGCGTTCACGCTGTCGCCGCTGCCGTACCCGGTGATCC
TGATCCTGCTCATGGTGATGCTGCTGCTGGGGGTGTTCGTGGTTCTTCACGTACGAGGAC
TTCATGGAGGAGGCGGCGGAGCAGCTCAGCTGGGCGCTGCCGCTCGTCCCCGTCGCGCTC
GTCCTCCTCATCCGCTGGATCTCCTCCGTCGACACCTTCGACGGCTACTTCAGCTTCTAC
CCAACCGAGCGCCGCTGGAACCGCTACGACCCGGGCCCCGCCGAGGGGAGCTCCCCATGG
GGCGTCGCCATGGTCGTCCTGCTCCTCCTCGTCCTCGCCTCCTTCCACTCCACCTTCCAG
GACATGTGGAAGCCCTGATCATTGATTCTACTGCTACTCGTCGTCTTTGATATCCGCACG
CCTATTATGCGTACGTACGTGGGGTTATACGCTGCTTGATTTGCTTGCCGGTTAGTAACT
AGCTAGTTATGCATCTGTACATATACCGAGCTTGAGACTGTTAACTCTTGTTTTG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_12811#0      GCTCCACGCGCGCGCGAGCCCTCGATTCGTCACGCACACGCGCCCGCGAATAACCCATTT 60
consensus_12811#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_12811#0      CATCATCTCCTCGCGCCCGCGCGCGCGGTGGCCACTAGCCCACCACTACCACTACGCGCT 120
consensus_12811#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                   

consensus_12811#0      GGTAGTTACCCGCCCCTATCACCCCGCGCCTCGGCCTCGCTCGCTTTCCCCTACTTCCAG 180
consensus_12811#1      ------------------TGGACTGAAGGAGTAGAAA-GCTCGCTTTCCCCTACTTCCAG 41
                                         *   *    *     *    **********************

consensus_12811#0      CGATTTCATCAAGAACCACCTAGCGAGAGCGAGACCGAGCGAGAGAGAGAGAGCACGGCG 240
consensus_12811#1      CGATTTCATCAAGAACCACCTAGCGAGAGCGAGACCGAGCGAGAGAGAGAGAGCACGGCG 101
                       ************************************************************

consensus_12811#0      GCGATGGCGTACCAGAGGGGGGAGACGTCGTCGGTGGTGGAGGCGTTCACGCTGTCGCCG 300
consensus_12811#1      GCGATGGCGTACCAGAGGGGGGAGACGTCGTCGGTGGTGGAGGCGTTCACGCTGTCGCCG 161
                       ************************************************************

consensus_12811#0      CTGCCGTACCCGGTGATCCTGATCCTGCTCATGGTGATGCTGCTGCTGGGGGTGT-CGTG 359
consensus_12811#1      CTGCCGTACCCGGTGATCCTGATCCTGCTCATGGTGATGCTGCTGCTGGGGGTGTTCGTG 221
                       ******************************************************* ****

consensus_12811#0      GTTCTTCACGTACGAGGACTTCATGGAGGAGGCGGCGGAGCAGCTCAGCTGGGCGCTGCT 419
consensus_12811#1      GTTCTTCACGTACGAGGACTTCATGGAGGAGGCGGCGGAGCAGCTCAGCTGGGCGCTGCC 281
                       *********************************************************** 

consensus_12811#0      GCTCGTCCCCGTCGCGCTCGTCCTCCTCATCCGCTGGATCTCCTCCGTCGACACCTTCGA 479
consensus_12811#1      GCTCGTCCCCGTCGCGCTCGTCCTCCTCATCCGCTGGATCTCCTCCGTCGACACCTTCGA 341
                       ************************************************************

consensus_12811#0      CGGCTACTTCAGCTTCTACCCAACCGAGCGCCGCTGGAACCGCTACGACCCGGGCCCCGC 539
consensus_12811#1      CGGCTACTTCAGCTTCTACCCAACCGAGCGCCGCTGGAACCGCTACGACCCGGGCCCCGC 401
                       ************************************************************

consensus_12811#0      CGAGGGGAGCTCCCCATGGGGCGTCGCCATGGTCGTCCTGCTCCTCCTCGTCCTCGCCTC 599
consensus_12811#1      CGAGGGGAGCTCCCCATGGGGCGTCGCCATGGTCGTCCTGCTCCTCCTCGTCCTCGCCTC 461
                       ************************************************************

consensus_12811#0      CTTCCACTCCACCTTCCAGGACATGTGGAAGCCCTGATCATTGATTCTACTGCTACTCGT 659
consensus_12811#1      CTTCCACTCCACCTTCCAGGACATGTGGAAGCCCTGATCATTGATTCTACTGCTACTCGT 521
                       ************************************************************

consensus_12811#0      CGTCTTTGATATCCGCACGCCTATTATGCGTACGTACGTGGGGTTATACGCTGCTTGATT 719
consensus_12811#1      CGTCTTTGATATCCGCACGCCTATTATGCGTACGTACGTGGGGTTATACGCTGCTTGATT 581
                       ************************************************************

consensus_12811#0      TGCTTGCCGGTTAGTAACTAGCTAGTTATGCATCTGTACATATACCGAGCTTGAGACTGT 779
consensus_12811#1      TGCTTGCCGGTTAGTAACTAGCTAGTTATGCATCTGTACATATACCGAGCTTGAGACTGT 641
                       ************************************************************

consensus_12811#0      TAACTCTTGTTTTGTAATTAACGCGTCTGGTTTTTGTTCGGGATCGAGTTTGTTTTCTAT 839
consensus_12811#1      TAACTCTTGTTTTG---------------------------------------------- 655
                       **************                                              

consensus_12811#0      GTTCATCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 878
consensus_12811#1      ---------------------------------------