|
These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Oryza sativa see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_16058#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 12 consensus length = 593 fasta sequence
[CTACGGGCAACACCCGCGGCCGCCCTA-AGCCCACG-TATGCTCAAGGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCA-TCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA--TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT---GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGT-GGTGGTGTT-A-GGGATT-GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTG-TTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTT--TTT-TTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAATTAAAAAAAAA]
[+] EMBL CB966714 [CTACGGGCAACACCCGCGGCCGCCCCACACACTCCGCAATGCTCAAGGGCAGGCCACACTCCACATTATCCATGCATATGCACTCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGT ATGCGATAACTACCATCATCCTGCTCTTAACCTTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTCGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGT GGTGGTGTT G GGGATT GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTG TTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGATGTTCTTAGTGTTTGGTTAATTTCTTTTGGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTGGATATTAGTAATTAAGAAAAAA]
[+] EMBL CF338724 [ TA AGCCCACG TATGCTCAAGGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCA TCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGGTGGTGTT AGGGGATT GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTT TTT TTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAATT ]
[+] EMBL CF340176 [ TA AGCCCACG TATGCTCAAGGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCA TCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGGTGGTGTT ANNGGATT GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTG TTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGT ]
[+] EMBL CF321734 [ A AGCCCACG TATGCTCAAGGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCA TCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGT GGTGGTGTT A GGGATT GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGGTGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTG TTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGCTCTTAGTGTTTTGTT TCT TTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAAT ]
[+] EMBL AK121746 [ GCCCACG TATGCTCAAGGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCA TCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGT GGTGGTGTT A GGGATT GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTG TTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTT TTT TTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGAT ]
[+] EMBL AK063904 [ CCCACG TATGCTCAAGGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCA TCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGT GGTGGTGTT A GGGATT GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTG TTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTT TTT TTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGAT ]
[+] EMBL CF321380 [ CCCACG TATGCTCAAGGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCA TCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGT GGTGGTGTT A GGGATT GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTG TTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTT TTT TTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAATTAAAAAAA ]
[+] EMBL CF318609 [ CCCACG TATGCTCAAGGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCA TCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGGTGGTGTTNN GGGATTGGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGT ]
[-] EMBL CF318610 [ TGCTCAAGGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCA TCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGT GGTGGTGTT A GGGATT GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGACAGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGAAAAAAAAATGTTTGTG TTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTT TTT TTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGGATTT ]
[-] EMBL CF321381 [ GCA TCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGT GGTGGTGTT A GGGATT GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTG TTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTT TTT TTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAATTAAAAAAAA ]
[+] EMBL CF314567 [ TATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAA TTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTT GGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTG ]
[+] EMBL D42651 [ GTTGGT NGTGGTGTT A GGGATT GGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTG TTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTT TTT TTTTTGCCCTCTTTGTTAAATNGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATAT ]
consensusID : consensus_16058#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 5 consensus length = 588 fasta sequence
[GGAATACGCTGCGGTGCTCCACATCAGATGCTCAAGGGCA-GGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTGCCCTCTTTG-TTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAA-TTAAAAAAAA]
[+] EMBL BU673628 [GGAATACGCTGCGGTGCTCCACATCAGATGCTCAAGGGCA GGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTCGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTGCCCTCTTTG TTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAA TTAAAAAAca]
[-] EMBL BI305793 [ TCAAGGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTG TTTTTTTTTTTGCCCTCTTTG TTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATA ]
[-] EMBL BI305678 [ GGGCAGGGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATTTTTTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATTTTGTTTTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGGGTGGGTTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGTTAAGCTACTTTTTTTTTTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTTGACGACTTTTACCTTTATTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTTTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATTTTGAGTTTGATTTTGGCTGTATGATGTTAAACGTAAAAAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTTTAATAATCAGTTGTTTTTAGTGTTTTG TTTTTTTTTTTTGCCCTTTTTG TTAAATTGTAACCCCCCTACATATATGTACTAGTATCCCCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAA TTAAgat ]
[+] EMBL CB966461 [ A GGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTNGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTGGTTTTTTTTTTTTTGCCCTCTTTGTTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATACAGTGATGAATTTGATATTAGTAACTTACAAAAA ]
[+] EMBL CB965415 [ A GGCACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGGTAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTGCCCTCTTTG TTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAA TTAAAAAAAA]
consensusID : consensus_16058#2 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 10 consensus length = 585 fasta sequence
[GGGAATA-GCTGCGGCGCTCAA-GGCA-GG-CACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTC-TACTAAGGTAGGG-CAACTTGTATCCTTTGGCAA-TTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTGCCC-TCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGAG]
[+] EMBL CB966806 [GGGAATA GCTGCGGCGCTCAA GGCAGGG CACACTCCACATTATCCA GCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTC TACTAAGGTAGGG CAACTTGTATCCTTTGGCAA TTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTGCCC TCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGAG]
[+] EMBL CB964625 [ GGAATAGGCTGCGGCGCTCAAGGGCA GGACACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTC TACTAAGGTAGGG CAACTTGTATCCTTTGGCAA TTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTGCCC TCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGAG]
[+] EMBL BU673033 [ GAATA GCTTGGGCGCTCAA GGCA GG CACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTATTCCACAAGATGTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAACTAACCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGGCTCCATAGTCGAGGACGTTTACCTCGTACTAAGGTAGGGACAAGATGTATCCTTTGGGAAGTTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTCGTGTGTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTCAG TTCTTAGCTGTTGCCCGTCTTGGTTAAGTTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGGTCAAAAGAGTGAACTAAAACAGAG]
[-] EMBL BI306088 [ GCAGGG CACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTTTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTC TACTAAGGTAGGG CAACTTGTATCCTTTGGCAA TTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTG TTTTTTTTTTTTGCCC TCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATA ]
[+] EMBL CB964607 [ A GG CACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTC TACTAAGGTAGGG CAACTTGTATCCTTTGGCAA TTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTAGCCC TCTTTGTTAAATCGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTCGA ]
[+] EMBL BU673244 [ cag GG CACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTC TACTAAGGTAGGG CAACTTGTATCCTTTGGCAA TTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTGCCC TCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAGAG]
[+] EMBL CB966066 [ ag GG CACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTC TACTAAGGTAGGG CAACTTGTATCCTTTGGCAA TTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTAAGTGTTACGGTCCTTGCTCT ]
[+] EMBL CB965249 [ GG CACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTC TACTAAGGTAGGG CAACTTGTATCCTTTGGCAA TTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGtc ]
[+] EMBL BI306186 [ G CACACTCCACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGATAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTTCACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCTTCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTC TACTAAGGTAGGG CAACTTGTATCCTTTGGCAA TTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGG ]
[-] EMBL BI305904 [ TGTTTTAAATTTGGGAGGGTGTCCGTGCAATGGGTGCCCGTGTTTCACACGCATATAGAGGGTGGGTTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGTTAAGTTATTTCTTCTTTTTGGGAAGGAATGGATATGCATGGCCTCAATAGTGGAGGATTTTCACCTT TAATAAGGTAGGG CAATTTGTATCTTTTGGCAA TTATTGGGTGAATGTTTTTTGGTGGTGGTGTTGGGGATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATTTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGGATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTG TTTTTTTTTTTGCCC TCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTACATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATA ]
consensusID : consensus_16058#3 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 154 fasta sequence
[NGAAATGGTATATGGATGTNCGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTANCCTCNTTGTTAACTTGTAACCCCCCTACATATATGTACTAGTNTCACNACTNAAGTGATGAATTTGAT]
[-] EMBL D42658 [NGAAATGGTATATGGATGTNCGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAGTTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTANCCTCNTTGTTAACTTGTAACCCCCCTACATATATGTACTAGTNTCACNACTNAAGTGATGAATTTGAT]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_16058#1 ------GGAATAC--GCTGCGGTGCTCCACAT-CAGATGCTCAAGGGCAGG-CACACTCC 50
consensus_16058#2 -----GGGAATA---GCTGCGGCGCTC----------------AAGGCAGG-CACACTCC 35
consensus_16058#0 CTACGGGCAACACCCGCGGCCGCCCTAAGCCCACGTATGCTCAAGGGCAGGGCACACTCC 60
consensus_16058#3 ------------------------------------------------------------
consensus_16058#1 ACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGA 110
consensus_16058#2 ACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGA 95
consensus_16058#0 ACATTATCCATGCATATGCATCATGTAATCCACAAGATCTTCTTAGCTTATGTCATGCGA 120
consensus_16058#3 ------------------------------------------------------------
consensus_16058#1 TAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTT 170
consensus_16058#2 TAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTT 155
consensus_16058#0 TAACTACCATCATCTTGTTCTTAATTTTGGAGTGTGTCCGTGCAATGGGTGGCCGTGCTT 180
consensus_16058#3 ------------------------------------------------------------
consensus_16058#1 CACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCT 230
consensus_16058#2 CACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCT 215
consensus_16058#0 CACACGCCTATAGAGCGTGGGCTAATGGTGGCCATGGAGGCTAGCTAAGCTACTTCTTCT 240
consensus_16058#3 ------------------------------------------------------------
consensus_16058#1 TCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGG 290
consensus_16058#2 TCTTGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGG 275
consensus_16058#0 ---TGGGGAGGAATGGCTATGCATGGCCTCCATAGTCGACGACTTTTACCTCTACTAAGG 297
consensus_16058#3 ------------------------------------------------------------
consensus_16058#1 TAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGG 350
consensus_16058#2 TAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTGGG 335
consensus_16058#0 TAGGGCAACTTGTATCCTTTGGCAATTATTCGGTGGATGTCTGTTGGTGGTGGTGTTAGG 357
consensus_16058#3 ------------------------------------------------------------
consensus_16058#1 GATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGG 410
consensus_16058#2 GATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACGTAAAGAGG 395
consensus_16058#0 GATTGGAGCCGGATGAATCTTGAGTTTGATCTTGGCTGTATGATGTTAGACATAAAGAGG 417
consensus_16058#3 ------------------------------------------------------------
consensus_16058#1 ATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAG 470
consensus_16058#2 ATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAG 455
consensus_16058#0 ATGGTGAAATGGTATATGGATGTACGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAG 477
consensus_16058#3 ----NGAAATGGTATATGGATGTNCGATGTTTGTGTTTCGGTCCTTGCTCTAATAATCAG 56
****************** ************************************
consensus_16058#1 TTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTAC 530
consensus_16058#2 TTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTTTTTGCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTAC 515
consensus_16058#0 TTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTT---GCCCTCTTTGTTAAATTGTAACCACCCTAC 534
consensus_16058#3 TTGTTCTTAGTGTTTTGTTTTTTTTTT--TANCCTCNTTGTTAACTTGTAACCCCCCTAC 114
*************************** **** ******* ******** ******
consensus_16058#1 ATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAATTAAAAAAAA-- 588
consensus_16058#2 ATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAAAAAAAAAAAAAA 575
consensus_16058#0 ATATATGTACTAGTATCACCAATAAAGTGATGAATTTGATATTAGTAATTAAAAAAAAA- 593
consensus_16058#3 ATATATGTACTAGTNTCACNACTNAAGTGATGAATTTGAT-------------------- 154
************** **** * * ****************
consensus_16058#1 ----------
consensus_16058#2 AAAAACAGAG 585
consensus_16058#0 ----------
consensus_16058#3 ----------
|
| Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||