cluster # 4840

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Oryza sativa
cluster # 4840 cluster # 4840 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_4840#0 length = 342 sequences # 2

consensus_4840#1 length = 261 sequences # 1

consensusID : consensus_4840#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 342
fasta sequence

                              [ATCCAAGAAGGCAAGGTTAATCAATCCCCATGTTCTTCTTCTCCAAGCTCCACCTACTCCTCTTCCAATTCCTCCTCGTGTGTGATTAATCCCCCTCTTCTTCTGCCTGCGTACGTACTCCTTAATTAATTAGCTCTTAGGGACGTTAATTAATCTCAGTTCTTGCCTCCTCTCCTCTCCTCTCATCTCACTTGTATGTTAATGTTAGTACTCCTTGTAATCGATCAATCAGTCCTCTTTTTTTGCATCCTTTTTTGTCTTCTTTTTCATTTTCCGTCGATTTCTTGGCTTCTCTCTTCATTTTACCTTTCATGTTTGCCTCTGCTCTGTATAAAAAAAAAA]

[+] EMBL BI812586             [ATCCAAGAAGGCAAGGTTAATCAATCCCCATGTTCTTCTTCTCCAAGCTCCACCTACTCCTCTTCCAATTCCTCCTCGTGTGTGATTAATCCCCCTCTTCTTCTGCCTGCGTACGTACTCCTTAATTAATTAGCTCTTAGGGACGTTAATTAATCTCAGTTCTTGCCTCCTCTCCTCTCCTCTCATCTCACTTGTATGTTAATGTTAGTACTCCTTGTAATCGATCAATCAGTCCTCTTTTTTTGCATCCTTTTTTGTCTTCTTTTTCATTTTCCGTCGATTTCTTGGCTTCTCTCTTCATTTTACCTTTCATGTTTGCCTCTGCTCTGTATAAAAAAAAAA]
[+] EMBL BM419500             [                                                                                                                                          ccGGACGTTAATTAATCTCAGTTCTTGCCTCCTCTCCTCTCCTCTCATCTCACTTGTATGTTAATGTTAGTACTCCTTGTAATCGATC ATCAGTCCTCTTTTTTTGCAaaaaaaaaa                                                                                      ]




>consensus_4840#0
ATCCAAGAAGGCAAGGTTAATCAATCCCCATGTTCTTCTTCTCCAAGCTCCACCTACTCC
TCTTCCAATTCCTCCTCGTGTGTGATTAATCCCCCTCTTCTTCTGCCTGCGTACGTACTC
CTTAATTAATTAGCTCTTAGGGACGTTAATTAATCTCAGTTCTTGCCTCCTCTCCTCTCC
TCTCATCTCACTTGTATGTTAATGTTAGTACTCCTTGTAATCGATCAATCAGTCCTCTTT
TTTTGCATCCTTTTTTGTCTTCTTTTTCATTTTCCGTCGATTTCTTGGCTTCTCTCTTCA
TTTTACCTTTCATGTTTGCCTCTGCTCTGTATAAAAAAAAAA

consensusID : consensus_4840#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 261
fasta sequence

                              [AGAAGGGCCCAGGGGTTAATCACATCCCCATGTTCTTCTTCTCCACAGCTCCACCTACTCCTCTTCCCATTCCTCCTCGTGTGTGATTAATCCCCCTCTTCTTGCATGCACTGCGTACGTACTCCTTAATTAATTAGCTCTTAGGGACGTTAATTAATCTCAGTTCTTGCCTCCTCTCCTCTCCTCTCATCTCACTTGTATGTTAATTTAGTACTCCCTTGTAATCGATCCATCCGTCCTCTTTTTTTCCCAAAAAAAAAA]

[+] EMBL BI812760             [AGAAGGGCCCAGGGGTTAATCACATCCCCATGTTCTTCTTCTCCACAGCTCCACCTACTCCTCTTCCCATTCCTCCTCGTGTGTGATTAATCCCCCTCTTCTTGCATGCACTGCGTACGTACTCCTTAATTAATTAGCTCTTAGGGACGTTAATTAATCTCAGTTCTTGCCTCCTCTCCTCTCCTCTCATCTCACTTGTATGTTAATTTAGTACTCCCTTGTAATCGATCCATCCGTCCTCTTTTTTTCCCAAAAAAAAAA]




>consensus_4840#1
AGAAGGGCCCAGGGGTTAATCACATCCCCATGTTCTTCTTCTCCACAGCTCCACCTACTC
CTCTTCCCATTCCTCCTCGTGTGTGATTAATCCCCCTCTTCTTGCATGCACTGCGTACGT
ACTCCTTAATTAATTAGCTCTTAGGGACGTTAATTAATCTCAGTTCTTGCCTCCTCTCCT
CTCCTCTCATCTCACTTGTATGTTAATTTAGTACTCCCTTGTAATCGATCCATCCGTCCT
CTTTTTTTCCCAAAAAAAAAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4840#0      ATCCAAGAAGGC---AAGGTTAATCA-ATCCCCATGTTCTTCTTCTCCA-AGCTCCACCT 55
consensus_4840#1      ----AGAAGGGCCCAGGGGTTAATCACATCCCCATGTTCTTCTTCTCCACAGCTCCACCT 56
                          *  * ***     ********* ********************** **********

consensus_4840#0      ACTCCTCTTCCAATTCCTCCTCGTGTGTGATTAATCCCCCTCTTCTTCTGC---CTGCGT 112
consensus_4840#1      ACTCCTCTTCCCATTCCTCCTCGTGTGTGATTAATCCCCCTCTTCTTGCATGCACTGCGT 116
                      *********** ***********************************       ******

consensus_4840#0      ACGTACTCCTTAATTAATTAGCTCTTAGGGACGTTAATTAATCTCAGTTCTTGCCTCCTC 172
consensus_4840#1      ACGTACTCCTTAATTAATTAGCTCTTAGGGACGTTAATTAATCTCAGTTCTTGCCTCCTC 176
                      ************************************************************

consensus_4840#0      TCCTCTCCTCTCATCTCACTTGTATGTTAATGTTAGTACTCC-TTGTAATCGATCAATCA 231
consensus_4840#1      TCCTCTCCTCTCATCTCACTTGTATGTTAAT-TTAGTACTCCCTTGTAATCGATCCATCC 235
                      ******************************* ********** ************ *** 

consensus_4840#0      GTCCTCTTTTTTTGCATCCTTTTTTGTCTTCTTTTTCATTTTCCGTCGATTTCTTGGCTT 291
consensus_4840#1      GTCCTCTTTTTTTCCCAAAAAAAAAA---------------------------------- 261
                      ************* *                                             

consensus_4840#0      CTCTCTTCATTTTACCTTTCATGTTTGCCTCTGCTCTGTATAAAAAAAAAA 342
consensus_4840#1      ---------------------------------------------------