cluster # 1039

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Anopheles gambiae
cluster # 1039 cluster # 1039 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_1039#0 length = 655 sequences # 1

consensus_1039#1 length = 631 sequences # 1

consensusID : consensus_1039#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 655
fasta sequence

                              [CCGCCCACGCGTCCGATTTTTGTGGAGGGAGGATATTCTTGGAAGCCTTTTCTTTTATTTTAAAAATCGACAAGTGCTTTTCGTATGGTGCATTGGCCATTCAAAACGGTTTAACTCAGTTGATGAAGTTTATCTTTTTGTTTTTTATTGTTCTATGTTCATAAAGAGTGTTTGCTTAAGTTTCATGATACTAATGATCAAAGCGCGTATGCGAATGCTCCAACCGAAAGTAAAATGAAGCGGAGTAAGCGATATAAAACCATCTTATTGTTTTAAGTCAACAATTTGTTCCTTATCGTGTGAAAAAGATTGTGTAGCGTAATGTTTTGGCTGGTACACTATCGTAGTTTGCCAGTGATGGGAAGGTGTATTGCATTAACCAACATATTACGCTATGCTAGGGATGTTCTAGATTGTTTAGTTAAGTTTTTGCTTAGTTTGGTTTGTTTAATTACCCGTATTCTTTTAGCTCTGCATACTAATACTGCGTGTGACAGTGTGGTTTGATATTGAGTGGCAGTGATTTTTAGGAACGTTTGGATTAAGAGAATGTACCAAGTATGTGGTAGTGTCAGAGTGAGGCGAAACGATGAGGAAAAATCAATCAATCATCAGCTGGAATGGTACGGACGCAACATTACGAACTGAACGAACG]

[+] EMBL BM592402             [CCGCCCACGCGTCCGATTTTTGTGGAGGGAGGATATTCTTGGAAGCCTTTTCTTTTATTTTAAAAATCGACAAGTGCTTTTCGTATGGTGCATTGGCCATTCAAAACGGTTTAACTCAGTTGATGAAGTTTATCTTTTTGTTTTTTATTGTTCTATGTTCATAAAGAGTGTTTGCTTAAGTTTCATGATACTAATGATCAAAGCGCGTATGCGAATGCTCCAACCGAAAGTAAAATGAAGCGGAGTAAGCGATATAAAACCATCTTATTGTTTTAAGTCAACAATTTGTTCCTTATCGTGTGAAAAAGATTGTGTAGCGTAATGTTTTGGCTGGTACACTATCGTAGTTTGCCAGTGATGGGAAGGTGTATTGCATTAACCAACATATTACGCTATGCTAGGGATGTTCTAGATTGTTTAGTTAAGTTTTTGCTTAGTTTGGTTTGTTTAATTACCCGTATTCTTTTAGCTCTGCATACTAATACTGCGTGTGACAGTGTGGTTTGATATTGAGTGGCAGTGATTTTTAGGAACGTTTGGATTAAGAGAATGTACCAAGTATGTGGTAGTGTCAGAGTGAGGCGAAACGATGAGGAAAAATCAATCAATCATCAGCTGGAATGGTACGGACGCAACATTACGAACTGAACGAACG]




>consensus_1039#0
CCGCCCACGCGTCCGATTTTTGTGGAGGGAGGATATTCTTGGAAGCCTTTTCTTTTATTT
TAAAAATCGACAAGTGCTTTTCGTATGGTGCATTGGCCATTCAAAACGGTTTAACTCAGT
TGATGAAGTTTATCTTTTTGTTTTTTATTGTTCTATGTTCATAAAGAGTGTTTGCTTAAG
TTTCATGATACTAATGATCAAAGCGCGTATGCGAATGCTCCAACCGAAAGTAAAATGAAG
CGGAGTAAGCGATATAAAACCATCTTATTGTTTTAAGTCAACAATTTGTTCCTTATCGTG
TGAAAAAGATTGTGTAGCGTAATGTTTTGGCTGGTACACTATCGTAGTTTGCCAGTGATG
GGAAGGTGTATTGCATTAACCAACATATTACGCTATGCTAGGGATGTTCTAGATTGTTTA
GTTAAGTTTTTGCTTAGTTTGGTTTGTTTAATTACCCGTATTCTTTTAGCTCTGCATACT
AATACTGCGTGTGACAGTGTGGTTTGATATTGAGTGGCAGTGATTTTTAGGAACGTTTGG
ATTAAGAGAATGTACCAAGTATGTGGTAGTGTCAGAGTGAGGCGAAACGATGAGGAAAAA
TCAATCAATCATCAGCTGGAATGGTACGGACGCAACATTACGAACTGAACGAACG

consensusID : consensus_1039#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 631
fasta sequence

                              [CCGGAGCAGAATATCGCCGACAAACCGTTACCTCTACGCCCTGCTGGATAGAGCTGCATTTAAACGGTCCCCTGCAGTGGCTGGACCGAGTACTCACCCAGATGGGCTCACCACGTTTGCCATGTAGTTCTATGTCCTAAACACTGCTACCTTGTGTCCTATAACTAAAGCTCCGTGGATCTCGCTCCAGAGCACTCGAACGCAGTGTGCGCGGAGTGTAAGGACTACTACCCCGTTTGTCTACCTCCGCCGGATAATGTTTTTCGCTCCTGGTCCCAATGTTCTCTGTCAGAAGCAGGATGTTATAGATTAAGTTTTCCTAACGGAAATTTCATTCAACCCTCTACCATTGCAACCAGTACCCGCCTACAGACATTGTGTACATATTGCTTTTGATTACGTTCAGGTTCAGTGCTGTATTTTTGTGGAGGGAGGATATTCTTGGAAGCCTTTTCTTTTATTTTAAAATCGACAAGTGCTTTTCGTATGGTGCATTGACCATTCAAAACGGTTTAACTCAGTTGATGAAGTTTATCTTTTTGTTTTTTATTGTTCTATGTTCATAAAGAGTGTTTGCTTAAGTTTCATGATACTAATGATCAAAGCGCGTATGCGAATGCTCCCAACCGAA]

[+] EMBL BM581582             [CCGGAGCAGAATATCGCCGACAAACCGTTACCTCTACGCCCTGCTGGATAGAGCTGCATTTAAACGGTCCCCTGCAGTGGCTGGACCGAGTACTCACCCAGATGGGCTCACCACGTTTGCCATGTAGTTCTATGTCCTAAACACTGCTACCTTGTGTCCTATAACTAAAGCTCCGTGGATCTCGCTCCAGAGCACTCGAACGCAGTGTGCGCGGAGTGTAAGGACTACTACCCCGTTTGTCTACCTCCGCCGGATAATGTTTTTCGCTCCTGGTCCCAATGTTCTCTGTCAGAAGCAGGATGTTATAGATTAAGTTTTCCTAACGGAAATTTCATTCAACCCTCTACCATTGCAACCAGTACCCGCCTACAGACATTGTGTACATATTGCTTTTGATTACGTTCAGGTTCAGTGCTGTATTTTTGTGGAGGGAGGATATTCTTGGAAGCCTTTTCTTTTATTTTAAAATCGACAAGTGCTTTTCGTATGGTGCATTGACCATTCAAAACGGTTTAACTCAGTTGATGAAGTTTATCTTTTTGTTTTTTATTGTTCTATGTTCATAAAGAGTGTTTGCTTAAGTTTCATGATACTAATGATCAAAGCGCGTATGCGAATGCTCCCAACCGAA]




>consensus_1039#1
CCGGAGCAGAATATCGCCGACAAACCGTTACCTCTACGCCCTGCTGGATAGAGCTGCATT
TAAACGGTCCCCTGCAGTGGCTGGACCGAGTACTCACCCAGATGGGCTCACCACGTTTGC
CATGTAGTTCTATGTCCTAAACACTGCTACCTTGTGTCCTATAACTAAAGCTCCGTGGAT
CTCGCTCCAGAGCACTCGAACGCAGTGTGCGCGGAGTGTAAGGACTACTACCCCGTTTGT
CTACCTCCGCCGGATAATGTTTTTCGCTCCTGGTCCCAATGTTCTCTGTCAGAAGCAGGA
TGTTATAGATTAAGTTTTCCTAACGGAAATTTCATTCAACCCTCTACCATTGCAACCAGT
ACCCGCCTACAGACATTGTGTACATATTGCTTTTGATTACGTTCAGGTTCAGTGCTGTAT
TTTTGTGGAGGGAGGATATTCTTGGAAGCCTTTTCTTTTATTTTAAAATCGACAAGTGCT
TTTCGTATGGTGCATTGACCATTCAAAACGGTTTAACTCAGTTGATGAAGTTTATCTTTT
TGTTTTTTATTGTTCTATGTTCATAAAGAGTGTTTGCTTAAGTTTCATGATACTAATGAT
CAAAGCGCGTATGCGAATGCTCCCAACCGAA

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_1039#0      CCGCCCACGCGTCCGATTTTTGTGGAGGGAGGATATTCTTGG-AAGCCTTTTCTTTTATT 59
consensus_1039#1      ----------------------CCGGAGCAGAATATCGCCGACAAACCGTTACCTCTACG 38
                                              *  * ** ****    *  ** ** ** * * **  

consensus_1039#0      TTAAAAATCGACAAGTGCTTTTCGTATGGTGCATTGGCCATTCAAAACGGTTTAACTCAG 119
consensus_1039#1      CCCTGCTGGATAGAGCTGCATTTAAACGGTCCCCTGCAGTGGCTGGACCGAGTA-CTCAC 97
                                   **     **   * *** *  **      *   ** *  ** **** 

consensus_1039#0      TTGATGAAGTTTATCTTTTTGTTTTTTATTGTTCTATGTTCATAAAGAGTGTTTGCTTAA 179
consensus_1039#1      CCAGATGGGCTCACCACGTT-TGCCATGTAGTTCTATGTCC-TAAACACTGCTACCTTGT 155
                              * * * *   ** *    * * ********* * **** * ** *  ***  

consensus_1039#0      GTTTCATGATACTAATGATC---AAAGCGCGTATGCGAATGCTCCAACCGAAAGTAAAAT 236
consensus_1039#1      GTCCTATAA--CTAAAGCTCCGTGGATCTCGCTCCAGAGCACTCGAACGCAGTGTGCGCG 213
                      **   ** *  **** * **     * * **     **   *** ***  *  **     

consensus_1039#0      GAAGCGGAGTAAGCGATATAAAACCATCTTATTGTTTTAAGTCAACAATTTGTTCCTTAT 296
consensus_1039#1      GA----GTGTAAGGACTACTACCCCGTTTGTCTACCTCCGCCGGATAATGTTTTTCGCTC 269
                      **    * *****   **  *  ** * *   *   *       * *** * ** *    

consensus_1039#0      CGTGTGAAAAAGAT-TGTGT----AGCGTAATGTTTTGGCTGGTACACTATCGTAGTTTG 351
consensus_1039#1      CTGGTCCCAATGTTCTCTGTCAGAAGCAGGATGTTATAGAT--TAAGTTTTCCTAACGGA 327
                      *  **   ** * * * ***    ***   ***** * * *  **   * ** **     

consensus_1039#0      CCAGTGATGGGAAGGTGTATTGCATTAACCAACATATTACGCTATGCTAGGGATGTTCTA 411
consensus_1039#1      AATTTCATTCAACCCTCTACCATTGCAACCAGTACCCGCCTACAGACATTGTGTACA-TA 386
                          * **   *   * **       *****  *     *   *  *   *  *    **

consensus_1039#0      GATTGTTTAGTTAAGTTTTTGCTTAGTTTGGTTTGTTTA---ATTACCCGTATTCTTTTA 468
consensus_1039#1      TTGCTTTTGATTACGTTCAGGTTCAGTGCTGTATTTTTGTGGAGGGAGGATATTCTTGGA 446
                           ***  *** ***   * * ***   ** * ***    *       *******  *

consensus_1039#0      GCTCTGCATACTAATACTGCGTGTGACAGTGTGGTTTGATATTGAGTGGCAGTGATTTTT 528
consensus_1039#1      AGCCTTTTCTTTTATTTTAAAATCGACAA-GTGCTTT--TCGTATGGTGCATTGACCATT 503
                         **      * **  *      ****  *** ***  *  *  *  *** ***   **

consensus_1039#0      AGGAACGTTTGGATTAAGAGAATGTACCAAGTATGTGGTAGTGTCAGAGTGAGGCGAAAC 588
consensus_1039#1      CAAAACGGTTTAACTCAGTTGATGAAGTT--TATCTTTTTGTTTTTTATTGTTCTATGTT 561
                         **** **  * * **   *** *     *** *  * ** *   * **         

consensus_1039#0      GATGAGGAAAAATCAATCAATCATCA--GCTGGAATGGTACGGACGCAACATTACGAACT 646
consensus_1039#1      CATAAAGAGTGTTTGCTTAAGTTTCATGATACTAATGATCAAAGCGCGTA--TGCGAATG 619
                       ** * **    *   * **   ***       **** *     ***     * ****  

consensus_1039#0      GAACGAACG--- 655
consensus_1039#1      CTCCCAACCGAA 631
                         * ***