cluster # 136

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Anopheles gambiae
cluster # 136 cluster # 136 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_136#0 length = 645 sequences # 1

consensus_136#1 length = 500 sequences # 1

consensusID : consensus_136#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 645
fasta sequence

                              [AGTAGGGCGCATTAGTGGGAATGAAGTTTGATAGAATTGGTTTATGTTTAGTTGATTTGCAGTCGGTGTTTGATTTAAAGCATGTTTTGAGTATACATTTAAGAAAAATATTGAATTTGATTTTGGGTAATTTTTGAAATGGATAATAAAGTTGTTGCTGCTAAATTTTGTATGTAAGAACAAAATTATTGATGGGTTGCGTCAAGTTTTATATCTAAAGTATCAATGTTTGATTATTAGGTAAATTATTTAGTTAAGTTAAGAATGTTTTTAATAGGTTTTGAAAATATTTGATCTAAAATTATACAACTAATTTATTATAATTAAATGTTTAATGAATAGTAGTTGAAAAATTGAGATGGTAACACATGATAACATTGAAATTTACAATTAAGTGTTTTATATTGGGTGGGAGTTTTAAATTCTAGAATGTAATAGTGAATAGATCAGATCAGATAGCTTTTTAAAAACATAGTTAAGAAGCAAAAAAAAATATTTTTTGCATGGAAATTTAAAAAGCATTTTAATATAGGGGAAAATGTTGATTTAAAGAAAAAAATTGATGATTTTTGTAGTTGATGAAAAAAATTGATTTATAGTAAATAATGGTAATACAGAGGGAGAGACTGATGGGTACTGACAACA]

[+] EMBL CNS08SVD             [AGTAGGGCGCATTAGTGGGAATGAAGTTTGATAGAATTGGTTTATGTTTAGTTGATTTGCAGTCGGTGTTTGATTTAAAGCATGTTTTGAGTATACATTTAAGAAAAATATTGAATTTGATTTTGGGTAATTTTTGAAATGGATAATAAAGTTGTTGCTGCTAAATTTTGTATGTAAGAACAAAATTATTGATGGGTTGCGTCAAGTTTTATATCTAAAGTATCAATGTTTGATTATTAGGTAAATTATTTAGTTAAGTTAAGAATGTTTTTAATAGGTTTTGAAAATATTTGATCTAAAATTATACAACTAATTTATTATAATTAAATGTTTAATGAATAGTAGTTGAAAAATTGAGATGGTAACACATGATAACATTGAAATTTACAATTAAGTGTTTTATATTGGGTGGGAGTTTTAAATTCTAGAATGTAATAGTGAATAGATCAGATCAGATAGCTTTTTAAAAACATAGTTAAGAAGCAAAAAAAAATATTTTTTGCATGGAAATTTAAAAAGCATTTTAATATAGGGGAAAATGTTGATTTAAAGAAAAAAATTGATGATTTTTGTAGTTGATGAAAAAAATTGATTTATAGTAAATAATGGTAATACAGAGGGAGAGACTGATGGGTACTGACAACA]




>consensus_136#0
AGTAGGGCGCATTAGTGGGAATGAAGTTTGATAGAATTGGTTTATGTTTAGTTGATTTGC
AGTCGGTGTTTGATTTAAAGCATGTTTTGAGTATACATTTAAGAAAAATATTGAATTTGA
TTTTGGGTAATTTTTGAAATGGATAATAAAGTTGTTGCTGCTAAATTTTGTATGTAAGAA
CAAAATTATTGATGGGTTGCGTCAAGTTTTATATCTAAAGTATCAATGTTTGATTATTAG
GTAAATTATTTAGTTAAGTTAAGAATGTTTTTAATAGGTTTTGAAAATATTTGATCTAAA
ATTATACAACTAATTTATTATAATTAAATGTTTAATGAATAGTAGTTGAAAAATTGAGAT
GGTAACACATGATAACATTGAAATTTACAATTAAGTGTTTTATATTGGGTGGGAGTTTTA
AATTCTAGAATGTAATAGTGAATAGATCAGATCAGATAGCTTTTTAAAAACATAGTTAAG
AAGCAAAAAAAAATATTTTTTGCATGGAAATTTAAAAAGCATTTTAATATAGGGGAAAAT
GTTGATTTAAAGAAAAAAATTGATGATTTTTGTAGTTGATGAAAAAAATTGATTTATAGT
AAATAATGGTAATACAGAGGGAGAGACTGATGGGTACTGACAACA

consensusID : consensus_136#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 500
fasta sequence

                              [CCGCCCACGCGTCCGCTACAACAAGGGAGCCGTCAAGGGCTTCTATGTTGAGAAGACAGTCCCCAACCACGAGGTCAACATGCTCAAGGGCTGGGTCAGCCAGCTGCAGCTGGACACCCAGGGAGCGTACGTGATCAAGTCGGAGTTCAACCAGTTCCCGGAGAACAACACCCTCACCGGTGTGTACAAGACCATGGAGCCATCGGTGACCGGCGAATGTGAAACCCTTTACGACGTCAACCCAGTCCCGGAATTCCACTTCCAGTCCCACAAGGAATGGGTTCCTCAGCCCCAGTGGCTCGAGGAGGACCAGCATGTGTTCCATGTTGTCAAGTCCCGCAACTTTGACCATTGTGAGCAGCGCATGGGCTTCCACTTTGGCTTCAGCGGGTTCAGCGACTTCAAGCCAAACACCAACCAGATGGGTAACATCATGACCAAGTCGGAAGTGACCCAGATGTATCTGACCGGCAACTGGTACAACTATACCATCCAGTCGG]

[+] EMBL BM581435             [CCGCCCACGCGTCCGCTACAACAAGGGAGCCGTCAAGGGCTTCTATGTTGAGAAGACAGTCCCCAACCACGAGGTCAACATGCTCAAGGGCTGGGTCAGCCAGCTGCAGCTGGACACCCAGGGAGCGTACGTGATCAAGTCGGAGTTCAACCAGTTCCCGGAGAACAACACCCTCACCGGTGTGTACAAGACCATGGAGCCATCGGTGACCGGCGAATGTGAAACCCTTTACGACGTCAACCCAGTCCCGGAATTCCACTTCCAGTCCCACAAGGAATGGGTTCCTCAGCCCCAGTGGCTCGAGGAGGACCAGCATGTGTTCCATGTTGTCAAGTCCCGCAACTTTGACCATTGTGAGCAGCGCATGGGCTTCCACTTTGGCTTCAGCGGGTTCAGCGACTTCAAGCCAAACACCAACCAGATGGGTAACATCATGACCAAGTCGGAAGTGACCCAGATGTATCTGACCGGCAACTGGTACAACTATACCATCCAGTCGG]




>consensus_136#1
CCGCCCACGCGTCCGCTACAACAAGGGAGCCGTCAAGGGCTTCTATGTTGAGAAGACAGT
CCCCAACCACGAGGTCAACATGCTCAAGGGCTGGGTCAGCCAGCTGCAGCTGGACACCCA
GGGAGCGTACGTGATCAAGTCGGAGTTCAACCAGTTCCCGGAGAACAACACCCTCACCGG
TGTGTACAAGACCATGGAGCCATCGGTGACCGGCGAATGTGAAACCCTTTACGACGTCAA
CCCAGTCCCGGAATTCCACTTCCAGTCCCACAAGGAATGGGTTCCTCAGCCCCAGTGGCT
CGAGGAGGACCAGCATGTGTTCCATGTTGTCAAGTCCCGCAACTTTGACCATTGTGAGCA
GCGCATGGGCTTCCACTTTGGCTTCAGCGGGTTCAGCGACTTCAAGCCAAACACCAACCA
GATGGGTAACATCATGACCAAGTCGGAAGTGACCCAGATGTATCTGACCGGCAACTGGTA
CAACTATACCATCCAGTCGG

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_136#0      AGTAGGGCGCATTAGTGGGAATGAAGTTTGATAGAATTGGTTTATGTTTAGTTGATTTGC 60
consensus_136#1      ----CCGCCCACGCGTCCGCTACAA---CAAGGGAGCCGTCAAGGGCTTCTATGTTGAGA 53
                           ** **   **  *    **     *  **   *      * **   ** *  * 

consensus_136#0      AGTCGGTGTTTGATTTAAAGCATGTTTTGAGTATACATTTAAGAAAAATATTGAATTTGA 120
consensus_136#1      AGACAGTCCCCAAC------CACGAGGTCAACATGCTCAAGGGCTGGGTCAGCCAGCTGC 107
                     ** * **     *       ** *   * *  ** *      *     *     *  ** 

consensus_136#0      TTTTGGGTAATTTTTGAA-ATGGATAATAAAGTTGTTGCTGCTAAATTTTGTATGTAAGA 179
consensus_136#1      AGCTGGACACCCAGGGAGCGTACGTGATCAAGTCGGAGT---TCAACCAGTTCCCGGAGA 164
                        ***  *      **   *   * ** **** *  *    * **     *     ***

consensus_136#0      ACAAAATTATTGATGGGTTGCGTCAAGTTTTATATCTAAAGTATCAATGTTTGATTATTA 239
consensus_136#1      ACAACACCCTCACCGGTGTGTACAAGACCATGGAGCC-----ATCGGTGACCGGCGAAT- 218
                     **** *   *    **  **    *     *  * *      ***  **   *   * * 

consensus_136#0      GGTAAATTATTTAGTTAAGTTAAGAATGTTTTTAATAGGTTTTGAAAATATTTGATCTAA 299
consensus_136#1      -GTGAAACCCTTTACGACGTCAACCCAGTCCCGGA---ATTCC----ACTTCCAGTCCCA 270
                      ** **    **    * ** **    **     *    **      *  *    **  *

consensus_136#0      AATTATACAACTAATTTATTATAATTAAATGTTTAATGAATAGTAGTTGAAAAATTGAGA 359
consensus_136#1      ---CAAGGAATGGGTTCCTCAGCCCCAGTGGCTCGAGGAGGACCAGC-ATGTGTTCCATG 326
                         *   **    **  * *     *   * *  * **  *  **        *  *  

consensus_136#0      TGGTAACACATGATAACATTGAAATTTACAATTAAGTGTTTTATATTGGGTGGGAGTTTT 419
consensus_136#1      TTGTCAAGTCCCGCAACTTTGA------CCATTGTGAGCAGCGCATGGGCTTCCACTTTG 380
                     * ** *        *** ****      * ***  * *      ** ** *   * *** 

consensus_136#0      AAATTCTAGAATGTAATAGTGAATAGATCAG-ATCAGATAGCTTTTTAAAAACATAGTTA 478
consensus_136#1      GCTTCAGCGGGTTCAGCGACTTCAAGCCAAACACCAACCAGATGGGTAACATCATGACCA 440
                        *    *  *  *         **   *  * **   ** *   *** * ***    *

consensus_136#0      AGAAGCAAAAAA---AAATATTTTTTGCATGGAAATTTAAAAAGCATTTTAATATAGGGG 535
consensus_136#1      AGTCGGAAGTGACCCAGATGTATCTGAC-CGGCAACTGGTACAACTATACCATCCAGTCG 499
                     **  * **   *   * ** * * *  *  ** ** *   * * *  *   **  **  *

consensus_136#0      AAAATGTTGATTTAAAGAAAAAAATTGATGATTTTTGTAGTTGATGAAAAAAATTGATTT 595
consensus_136#1      G----------------------------------------------------------- 500
                                                                                 

consensus_136#0      ATAGTAAATAATGGTAATACAGAGGGAGAGACTGATGGGTACTGACAACA 645
consensus_136#1      --------------------------------------------------