These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Anopheles gambiae see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_1618#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 850 fasta sequence [CTCCTTCGCTCCGCCCTCTCCCCCTCCGCCCCTCCCGCCTTCCCCCCCGCGTCCCCCTGCCTGTCCCCCGCGCCCCCCTTCCCCCGTCTTCCCCCGCCTCCCCCCGTGTCCCCCCCCGCTCCCGCCTCGCCGCCGTGCTCCTTCGCTTCCCCCCGCGGTTCCGGCCCCTTGCCCTTGGGTCCGCTGCGCGGCGCCGCGTCCCTGCTCTCCTCCTTCGGCTCCACCCCCGGCCCCGTTGTCGGGCCGGGGCTTCTTCGGGCCGCTCTTGCCCTTCGGCTCCCCCGGCCCCCTGCTCTTGCCCTCGCTGCCCCGCCCCCCCTGGCGCCCCAGCCCGTGCCGGGTGGCGGTGTCGCCGTCCTCGTTGCCCGGCTCGCCGGCCTGGCTCCTCCGTCCGTCGCCGCCCTTCCTCGCCTTGGCCCGCTGCCCCCGCCGCTTGCCCGCGCCCCCCCCCTCGCCGCCCTTGGCGCCCGCCTCCCTGCTGCCGCGCCGCCCCCGTCGCCGGCGCGGCGCCCGGCCCGCCCCCCGCTCCGCTTGTCGCGCCGCATCTCCGCCTGCACGCTCGCGCCCCGCCCGCGGGTGGCCCCCTTCTCGGCGTCCCGCTCCCCGCTGCCGGGCGCGCCTCCGCCCCGCTTGCGGCCGCCGGCGGTCCGCTCCCGGCTGCGGCGTCCCTTCTCCCCCCGCCCGTTCTGGGTGCGGGTGGCCCTGCTGCTGCTTTCTGTGCGGGTCGGCGTCCCCCGGCCCTCCCCGCCGGCGTCTCCCTCCTCGGCCCGCTCCCGCGTCCGGCCCTCGTTGCGTTCGGCCTGGCCCCTGCCTATGGCCCCCCCCCGGCGTTTTTTCGCCCCGGTGTTGT] [+] EMBL CNS093JL [CTCCTTCGCTCCGCCCTCTCCCCCTCCGCCCCTCCCGCCTTCCCCCCCGCGTCCCCCTGCCTGTCCCCCGCGCCCCCCTTCCCCCGTCTTCCCCCGCCTCCCCCCGTGTCCCCCCCCGCTCCCGCCTCGCCGCCGTGCTCCTTCGCTTCCCCCCGCGGTTCCGGCCCCTTGCCCTTGGGTCCGCTGCGCGGCGCCGCGTCCCTGCTCTCCTCCTTCGGCTCCACCCCCGGCCCCGTTGTCGGGCCGGGGCTTCTTCGGGCCGCTCTTGCCCTTCGGCTCCCCCGGCCCCCTGCTCTTGCCCTCGCTGCCCCGCCCCCCCTGGCGCCCCAGCCCGTGCCGGGTGGCGGTGTCGCCGTCCTCGTTGCCCGGCTCGCCGGCCTGGCTCCTCCGTCCGTCGCCGCCCTTCCTCGCCTTGGCCCGCTGCCCCCGCCGCTTGCCCGCGCCCCCCCCCTCGCCGCCCTTGGCGCCCGCCTCCCTGCTGCCGCGCCGCCCCCGTCGCCGGCGCGGCGCCCGGCCCGCCCCCCGCTCCGCTTGTCGCGCCGCATCTCCGCCTGCACGCTCGCGCCCCGCCCGCGGGTGGCCCCCTTCTCGGCGTCCCGCTCCCCGCTGCCGGGCGCGCCTCCGCCCCGCTTGCGGCCGCCGGCGGTCCGCTCCCGGCTGCGGCGTCCCTTCTCCCCCCGCCCGTTCTGGGTGCGGGTGGCCCTGCTGCTGCTTTCTGTGCGGGTCGGCGTCCCCCGGCCCTCCCCGCCGGCGTCTCCCTCCTCGGCCCGCTCCCGCGTCCGGCCCTCGTTGCGTTCGGCCTGGCCCCTGCCTATGGCCCCCCCCCGGCGTTTTTTCGCCCCGGTGTTGT] consensusID : consensus_1618#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 211 fasta sequence [ACCGCGCCCACATTCCCCCGTCTTCCCCCGGCTCACACAGTGTCCCACCCCGCTCCCGCCTCGACGGCGTGCTCCTTCGCTTCCCCCCGCGGTTCCGGCCCCTTGGACTTGGGTTCGCTGCGCGGCGACGGGTTCATGATCTCCTCCTTCGGCTCCACCCCGGGCCCGTTGTCGGGCCGGGGCTTCTTCGGGCCGATCTTGCCCTTCGGAT] [+] EMBL CNS09QGB [ACCGCGCCCACATTCCCCCGTCTTCCCCCGGCTCACACAGTGTCCCACCCCGCTCCCGCCTCGACGGCGTGCTCCTTCGCTTCCCCCCGCGGTTCCGGCCCCTTGGACTTGGGTTCGCTGCGCGGCGACGGGTTCATGATCTCCTCCTTCGGCTCCACCCCGGGCCCGTTGTCGGGCCGGGGCTTCTTCGGGCCGATCTTGCCCTTCGGAT] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_1618#0 CTCCTTCGCTCCGCCCTCTCCCCCTCCGCCCCTCCCGCCTTCCCCCCCGCGTCCCCCTGC 60 consensus_1618#1 ------------------------------------------------------------ consensus_1618#0 CTGTCCCCCGCGCCCCCCTTCCCCCGTCTTCCCCCGCCTCCCCCCGTGTCCCCCCCCGCT 120 consensus_1618#1 ------ACCGCGCCCACATTCCCCCGTCTTCCCCCGGCTCACACAGTGTCCCACCCCGCT 54 ******** * ****************** *** * * ******* ******* consensus_1618#0 CCCGCCTCGCCGCCGTGCTCCTTCGCTTCCCCCCGCGGTTCCGGCCCCTTGCCCTTGGGT 180 consensus_1618#1 CCCGCCTCGACGGCGTGCTCCTTCGCTTCCCCCCGCGGTTCCGGCCCCTTGGACTTGGGT 114 ********* ** ************************************** ******* consensus_1618#0 CCGCTGCGCGGCGCCGCGTCCCTGCTCTCCTCCTTCGGCTCCACCCCCGGCCCCGTTGTC 240 consensus_1618#1 TCGCTGCGCGGCGACGGGTTCATGATCTCCTCCTTCGGCTCCACCCCGGGCCC-GTTGTC 173 ************ ** ** * ** ********************** ***** ****** consensus_1618#0 GGGCCGGGGCTTCTTCGGGCCGCTCTTGCCCTTCGGCTCCCCCGGCCCCCTGCTCTTGCC 300 consensus_1618#1 GGGCCGGGGCTTCTTCGGGCCGATCTTGCCCTTCGGAT---------------------- 211 ********************** ************* * consensus_1618#0 CTCGCTGCCCCGCCCCCCCTGGCGCCCCAGCCCGTGCCGGGTGGCGGTGTCGCCGTCCTC 360 consensus_1618#1 ------------------------------------------------------------ consensus_1618#0 GTTGCCCGGCTCGCCGGCCTGGCTCCTCCGTCCGTCGCCGCCCTTCCTCGCCTTGGCCCG 420 consensus_1618#1 ------------------------------------------------------------ consensus_1618#0 CTGCCCCCGCCGCTTGCCCGCGCCCCCCCCCTCGCCGCCCTTGGCGCCCGCCTCCCTGCT 480 consensus_1618#1 ------------------------------------------------------------ consensus_1618#0 GCCGCGCCGCCCCCGTCGCCGGCGCGGCGCCCGGCCCGCCCCCCGCTCCGCTTGTCGCGC 540 consensus_1618#1 ------------------------------------------------------------ consensus_1618#0 CGCATCTCCGCCTGCACGCTCGCGCCCCGCCCGCGGGTGGCCCCCTTCTCGGCGTCCCGC 600 consensus_1618#1 ------------------------------------------------------------ consensus_1618#0 TCCCCGCTGCCGGGCGCGCCTCCGCCCCGCTTGCGGCCGCCGGCGGTCCGCTCCCGGCTG 660 consensus_1618#1 ------------------------------------------------------------ consensus_1618#0 CGGCGTCCCTTCTCCCCCCGCCCGTTCTGGGTGCGGGTGGCCCTGCTGCTGCTTTCTGTG 720 consensus_1618#1 ------------------------------------------------------------ consensus_1618#0 CGGGTCGGCGTCCCCCGGCCCTCCCCGCCGGCGTCTCCCTCCTCGGCCCGCTCCCGCGTC 780 consensus_1618#1 ------------------------------------------------------------ consensus_1618#0 CGGCCCTCGTTGCGTTCGGCCTGGCCCCTGCCTATGGCCCCCCCCCGGCGTTTTTTCGCC 840 consensus_1618#1 ------------------------------------------------------------ consensus_1618#0 CCGGTGTTGT 850 consensus_1618#1 ---------- |
Copyright Wed Dec 3 12:11:56 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||