cluster # 4220

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Anopheles gambiae
cluster # 4220 cluster # 4220 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_4220#0 length = 623 sequences # 1

consensus_4220#1 length = 591 sequences # 2

consensusID : consensus_4220#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 623
fasta sequence

                              [AGGAACAGTAAAATGAAACAGACTGTGTCCGGTGACAAATTCACATACTCTGGTTAAAAAAACATAATCATTTAAAACTGCCATGCTTTCTTCGACAATGATTTCTGTTTAGTTAATTGTATGCCCCTCGAACGAGCGCAGTGAAAACGGGACGGGGCTTTATTTTGTTTTATTTAGTTTTGTATCCAAATTTAATACAACATTAATTCACACACCTAAACGCGCAGTTGTGATTTCCGTCCGCGATAAAAAGGAAAAAAGTGCAGCGCGAAACAAACAAAAAAAAAAAAAAAGACAAAGGAACGTAAAAGTTGGTTGCAATATGCTGCGCAGTGACAAAACGGGGCATTAGAAGTAAGGGCGGATGTAAACAGTTAGGAAAAACAAAATTACCTTCGTACACCCATCCCAGCAGTGATGGCGGTTTGGTTGGGAATATTTTTATGTTGTTAAATTTGCCATTGGCGTTTGATTTTTCTTTTTGGTGAAAACTTTTAAAAAATTACAGAATCTCAGTAATAACGTTTGAAATTAAGTGGAAAGACTGCACGGTAGTATGAAATGAAACATTTGTGAAGAGAGGATACGCGTTAATTCANGGTGAAAAAGAAAAGTTATTCTCT]

[+] EMBL BX622088             [AGGAACAGTAAAATGAAACAGACTGTGTCCGGTGACAAATTCACATACTCTGGTTAAAAAAACATAATCATTTAAAACTGCCATGCTTTCTTCGACAATGATTTCTGTTTAGTTAATTGTATGCCCCTCGAACGAGCGCAGTGAAAACGGGACGGGGCTTTATTTTGTTTTATTTAGTTTTGTATCCAAATTTAATACAACATTAATTCACACACCTAAACGCGCAGTTGTGATTTCCGTCCGCGATAAAAAGGAAAAAAGTGCAGCGCGAAACAAACAAAAAAAAAAAAAAAGACAAAGGAACGTAAAAGTTGGTTGCAATATGCTGCGCAGTGACAAAACGGGGCATTAGAAGTAAGGGCGGATGTAAACAGTTAGGAAAAACAAAATTACCTTCGTACACCCATCCCAGCAGTGATGGCGGTTTGGTTGGGAATATTTTTATGTTGTTAAATTTGCCATTGGCGTTTGATTTTTCTTTTTGGTGAAAACTTTTAAAAAATTACAGAATCTCAGTAATAACGTTTGAAATTAAGTGGAAAGACTGCACGGTAGTATGAAATGAAACATTTGTGAAGAGAGGATACGCGTTAATTCANGGTGAAAAAGAAAAGTTATTCTCT]




>consensus_4220#0
AGGAACAGTAAAATGAAACAGACTGTGTCCGGTGACAAATTCACATACTCTGGTTAAAAA
AACATAATCATTTAAAACTGCCATGCTTTCTTCGACAATGATTTCTGTTTAGTTAATTGT
ATGCCCCTCGAACGAGCGCAGTGAAAACGGGACGGGGCTTTATTTTGTTTTATTTAGTTT
TGTATCCAAATTTAATACAACATTAATTCACACACCTAAACGCGCAGTTGTGATTTCCGT
CCGCGATAAAAAGGAAAAAAGTGCAGCGCGAAACAAACAAAAAAAAAAAAAAAGACAAAG
GAACGTAAAAGTTGGTTGCAATATGCTGCGCAGTGACAAAACGGGGCATTAGAAGTAAGG
GCGGATGTAAACAGTTAGGAAAAACAAAATTACCTTCGTACACCCATCCCAGCAGTGATG
GCGGTTTGGTTGGGAATATTTTTATGTTGTTAAATTTGCCATTGGCGTTTGATTTTTCTT
TTTGGTGAAAACTTTTAAAAAATTACAGAATCTCAGTAATAACGTTTGAAATTAAGTGGA
AAGACTGCACGGTAGTATGAAATGAAACATTTGTGAAGAGAGGATACGCGTTAATTCANG
GTGAAAAAGAAAAGTTATTCTCT

consensusID : consensus_4220#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 591
fasta sequence

                              [CCGCCCACGCGTCCGGTGAAGTAAACTGTCCGGTGACAAACCCACATACTCTGGTTGAAAAAAAAAAAACATAATCATTTAAACTGCCATGCTTTCTTCGACAATGATTTCTGTTTAGTTAATTGTATGCCCCTCGAACGAGTGAAAACGGGACGGGGCTTTATTTTGTTTTATTTAGTTTTGTATTCAAATTTAATGCAACATTAATTCACACACCTAAACGCGCAGTTGTGATTTCCGTCCGCGATAAACAGGAAAAAAGTGGAGCGCGAAACAAACAAAAAAAGACAAAGGAACGTAAAAGTTGGTTGCAATATGCTGTGCAGTGACAAAACGGGGCATTAGAAGTAAGGGCGGATGTAAACAGTTAGGAAAAACAAAATTACTTTCGAACACGCATCCCAGCAGTGATGGCGGTTTGGTTGAGAATATTTTTATGTTGTTAAATTTGCCATTGGCGTTTGATTTTTCTTTTTTGGTGAAAACTTTTAAAAAATTACAGAATCTCAGTAATAACGTTTGAAATTAAGTGGAAAGACTGCACGGTAGTATGAAATGAAACATTTGTGAAGAGAGGATACGCGTTAATTC]

[+] EMBL BM632771             [CCGCCCACGCGTCCGGTGAAGTAAACTGTCCGGTGACAAACCCACATACTCTGGTTGAAAAAAAAAAAACATAATCATTTAAACTGCCATGCTTTCTTCGACAATGATTTCTGTTTAGTTAATTGTATGCCCCTCGAACGAGTGAAAACGGGACGGGGCTTTATTTTGTTTTATTTAGTTTTGTATTCAAATTTAATGCAACATTAATTCACACACCTAAACGCGCAGTTGTGATTTCCGTCCGCGATAAACAGGAAAAAAGTGGAGCGCGAAACAAACAAAAAAAGACAAAGGAACGTAAAAGTTGGTTGCAATATGCTGTGCAGTGACAAAACGGGGCATTAGAAGTAAGGGCGGATGTAAACAGTTAGGAAAAACAAAATTACTTTCGAACACGCATCCCAGCAGTGATGGCGGTTTGGTTGAGAATATTTTTATGTTGTTAAATTTGCCATTGGCGTTTGATTTTTCTTTTTTGGTGAAAACTTTTAAAAAATTACAGAATCTCAGTAATAACGTTTGAAATTAAGTGGAAAGACTGCACGGTAGTAT                                       ]
[+] EMBL BM648126             [                 ccgGTAAACTGTCCGGTGACAAACCCACATACTCTGGTTGAAAAAAAAAAAACATAATCATTTAAACTGCCATGCTTTCTTCGACAATGATTTCTGTTTAGTTAATTGTATGCCCCTCGAACGAGTGAAAACGGGACGGGGCTTTATTTTGTTTTATTTAGTTTTGTATTCAAATTTAATGCAACATTAATTCACACACCTAAACGCGCAGTTGTGATTTCCGTCCGCGATAAACAGGAAAAAAGTGGAGCGCGAAACAAACAAAAAAAGACAAAGGAACGTAAAAGTTGGTTGCAATATGCTGTGCAGTGACAAAACGGGGCATTAGAAGTAAGGGCGGATGTAAACAGTTAGGAAAAACAAAATTACTTTCGAACACGCATCCCAGCAGTGATGGCGGTTTGGTTGAGAATATTTTTATGTTGTTAAATTTGCCATTGGCGTTTGATTTTTCTTTTTTGGTGAAAACTTTTAAAAAATTACAGAATCTCAGTAATAACGTTTGAAATTAAGTGGAAAGACTGCACGGTAGTATGAAATGAAACATTTGTGAAGAGAGGATACGCGTTAATTC]




>consensus_4220#1
CCGCCCACGCGTCCGGTGAAGTAAACTGTCCGGTGACAAACCCACATACTCTGGTTGAAA
AAAAAAAAACATAATCATTTAAACTGCCATGCTTTCTTCGACAATGATTTCTGTTTAGTT
AATTGTATGCCCCTCGAACGAGTGAAAACGGGACGGGGCTTTATTTTGTTTTATTTAGTT
TTGTATTCAAATTTAATGCAACATTAATTCACACACCTAAACGCGCAGTTGTGATTTCCG
TCCGCGATAAACAGGAAAAAAGTGGAGCGCGAAACAAACAAAAAAAGACAAAGGAACGTA
AAAGTTGGTTGCAATATGCTGTGCAGTGACAAAACGGGGCATTAGAAGTAAGGGCGGATG
TAAACAGTTAGGAAAAACAAAATTACTTTCGAACACGCATCCCAGCAGTGATGGCGGTTT
GGTTGAGAATATTTTTATGTTGTTAAATTTGCCATTGGCGTTTGATTTTTCTTTTTTGGT
GAAAACTTTTAAAAAATTACAGAATCTCAGTAATAACGTTTGAAATTAAGTGGAAAGACT
GCACGGTAGTATGAAATGAAACATTTGTGAAGAGAGGATACGCGTTAATTC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4220#0      --AGGAACA-GTAAAATGAAACAGACTGTGTCCGGTGACAAATTCACATACTCTGGTT-- 55
consensus_4220#1      CCGCCCACGCGTCCGGTGAAGTAAACTGT--CCGGTGACAAACCCACATACTCTGGTTGA 58
                            **  **    ****  * *****  ***********  **************  

consensus_4220#0      ----AAAAAAACATAATCATTTAAAACTGCCATGCTTTCTTCGACAATGATTTCTGTTTA 111
consensus_4220#1      AAAAAAAAAAACATAATCATTTAAA-CTGCCATGCTTTCTTCGACAATGATTTCTGTTTA 117
                          ********************* **********************************

consensus_4220#0      GTTAATTGTATGCCCCTCGAACGAGCGCAGTGAAAACGGGACGGGGCTTTATTTTGTTTT 171
consensus_4220#1      GTTAATTGTATGCCCCTCGAACGA-----GTGAAAACGGGACGGGGCTTTATTTTGTTTT 172
                      ************************     *******************************

consensus_4220#0      ATTTAGTTTTGTATCCAAATTTAATACAACATTAATTCACACACCTAAACGCGCAGTTGT 231
consensus_4220#1      ATTTAGTTTTGTATTCAAATTTAATGCAACATTAATTCACACACCTAAACGCGCAGTTGT 232
                      ************** ********** **********************************

consensus_4220#0      GATTTCCGTCCGCGATAAAAAGGAAAAAAGTGCAGCGCGAAACAAACAAAAAAAAAAAAA 291
consensus_4220#1      GATTTCCGTCCGCGATAAACAGGAAAAAAGTGGAGCGCGAAACAAACAAAAA-------- 284
                      ******************* ************ *******************        

consensus_4220#0      AAGACAAAGGAACGTAAAAGTTGGTTGCAATATGCTGCGCAGTGACAAAACGGGGCATTA 351
consensus_4220#1      AAGACAAAGGAACGTAAAAGTTGGTTGCAATATGCTGTGCAGTGACAAAACGGGGCATTA 344
                      ************************************* **********************

consensus_4220#0      GAAGTAAGGGCGGATGTAAACAGTTAGGAAAAACAAAATTACCTTCGTACACCCATCCCA 411
consensus_4220#1      GAAGTAAGGGCGGATGTAAACAGTTAGGAAAAACAAAATTACTTTCGAACACGCATCCCA 404
                      ****************************************** **** **** *******

consensus_4220#0      GCAGTGATGGCGGTTTGGTTGGGAATATTTTTATGTTGTTAAATTTGCCATTGGCGTTTG 471
consensus_4220#1      GCAGTGATGGCGGTTTGGTTGAGAATATTTTTATGTTGTTAAATTTGCCATTGGCGTTTG 464
                      ********************* **************************************

consensus_4220#0      ATTTTTCTTTTT-GGTGAAAACTTTTAAAAAATTACAGAATCTCAGTAATAACGTTTGAA 530
consensus_4220#1      ATTTTTCTTTTTTGGTGAAAACTTTTAAAAAATTACAGAATCTCAGTAATAACGTTTGAA 524
                      ************ ***********************************************

consensus_4220#0      ATTAAGTGGAAAGACTGCACGGTAGTATGAAATGAAACATTTGTGAAGAGAGGATACGCG 590
consensus_4220#1      ATTAAGTGGAAAGACTGCACGGTAGTATGAAATGAAACATTTGTGAAGAGAGGATACGCG 584
                      ************************************************************

consensus_4220#0      TTAATTCANGGTGAAAAAGAAAAGTTATTCTCT 623
consensus_4220#1      TTAATTC-------------------------- 591
                      *******