cluster # 5023

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Anopheles gambiae
cluster # 5023 cluster # 5023 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_5023#0 length = 654 sequences # 1

consensus_5023#1 length = 607 sequences # 3

consensusID : consensus_5023#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 654
fasta sequence

                              [TCGGCCACGAGGGGGAAAGTGTGTGGGCCGACGGACGGCTCCTCACACTGTCTCGTTGTTTTTACTTTTCATTTATTACTTGGCTACTTTAATTGCATTAATTTTATAGTTTTACAGTTTTCTTTTCTTCATTCTTCCAACAAAGAAGATAAACGTTTATTGTTGTATATTCTTTACAATTAATTTTCTGCTGGGTTTAATGTTCTCAATAAAATGTGTGGTTAGTGTTGTAATATTTGGTTTAATCATTTGTGGTGTTACCCACTTTTTTCGTCTATTTCTCTAGTACCTGCTGTCTTGTATTGAGCTCTTNATGTTAATGTTTTNATATCATTTTTAGTGCCACGTGTGGGCCCCGGTTGGGAGAAGGNAATAATGTCTNAAACGAAGCAATTCGCGGAAGGCACACAATTTACGGTGAGATCANAGAGAANTGGAGCGATCATTGAGAAATCTNAAACTTGGCAAGTTTCAAATACTTTTGCTCCAAAAGAAACGTAACGGAATGTTAACGTAGCGGAGCGAACCGGGTTGNCGGGAAGGTGAAACGTCATGGTGTANTTAATGATNGATTCAAAGTGATAGGANAAGAGCTTTGGTCGGATGGTCTCNCCCACGGTTGTNCAACGAGAGAACAGAGACCTTAACGTTATT]

[+] EMBL BX469569             [TCGGCCACGAGGGGGAAAGTGTGTGGGCCGACGGACGGCTCCTCACACTGTCTCGTTGTTTTTACTTTTCATTTATTACTTGGCTACTTTAATTGCATTAATTTTATAGTTTTACAGTTTTCTTTTCTTCATTCTTCCAACAAAGAAGATAAACGTTTATTGTTGTATATTCTTTACAATTAATTTTCTGCTGGGTTTAATGTTCTCAATAAAATGTGTGGTTAGTGTTGTAATATTTGGTTTAATCATTTGTGGTGTTACCCACTTTTTTCGTCTATTTCTCTAGTACCTGCTGTCTTGTATTGAGCTCTTNATGTTAATGTTTTNATATCATTTTTAGTGCCACGTGTGGGCCCCGGTTGGGAGAAGGNAATAATGTCTNAAACGAAGCAATTCGCGGAAGGCACACAATTTACGGTGAGATCANAGAGAANTGGAGCGATCATTGAGAAATCTNAAACTTGGCAAGTTTCAAATACTTTTGCTCCAAAAGAAACGTAACGGAATGTTAACGTAGCGGAGCGAACCGGGTTGNCGGGAAGGTGAAACGTCATGGTGTANTTAATGATNGATTCAAAGTGATAGGANAAGAGCTTTGGTCGGATGGTCTCNCCCACGGTTGTNCAACGAGAGAACAGAGACCTTAACGTTATT]




>consensus_5023#0
TCGGCCACGAGGGGGAAAGTGTGTGGGCCGACGGACGGCTCCTCACACTGTCTCGTTGTT
TTTACTTTTCATTTATTACTTGGCTACTTTAATTGCATTAATTTTATAGTTTTACAGTTT
TCTTTTCTTCATTCTTCCAACAAAGAAGATAAACGTTTATTGTTGTATATTCTTTACAAT
TAATTTTCTGCTGGGTTTAATGTTCTCAATAAAATGTGTGGTTAGTGTTGTAATATTTGG
TTTAATCATTTGTGGTGTTACCCACTTTTTTCGTCTATTTCTCTAGTACCTGCTGTCTTG
TATTGAGCTCTTNATGTTAATGTTTTNATATCATTTTTAGTGCCACGTGTGGGCCCCGGT
TGGGAGAAGGNAATAATGTCTNAAACGAAGCAATTCGCGGAAGGCACACAATTTACGGTG
AGATCANAGAGAANTGGAGCGATCATTGAGAAATCTNAAACTTGGCAAGTTTCAAATACT
TTTGCTCCAAAAGAAACGTAACGGAATGTTAACGTAGCGGAGCGAACCGGGTTGNCGGGA
AGGTGAAACGTCATGGTGTANTTAATGATNGATTCAAAGTGATAGGANAAGAGCTTTGGT
CGGATGGTCTCNCCCACGGTTGTNCAACGAGAGAACAGAGACCTTAACGTTATT

consensusID : consensus_5023#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 607
fasta sequence

                              [CCGCAAAATACAGAATCTTAGTAGAAAATGTGAAGCCAGAAAAAAAAACTTTTAAAAAGCACACTGCAAATGTGCAAAAACACAACAAAAAATGAACCGTGTCTGACATGGAGCAACAAAAAAAAAAAAAGAATTATTATTAATAAGAGAGGGAAACCTATTTCCCAAATGGAAAGCAAATCAAGCTTTAGGAAGTTAGTTTATTCAACCATTCTTAGGGCTTGTGGTACGGGAGGAAAGATTACGGTACAGGTTTTACGTGCGCACGACACGGATTTATCTTCTTTTAGCAAACGCACAGCACAACTGGTAACAGTTTTTGTTGATTATGCTTTTAGTTATTGTTAGTTTCTCATACAAAAAAAGTATCATGACGTAGGGAAGTGTGTGGGCCGACGGACGGTCCTCACACTGTCTCGTTGTTTTTACCTTTCATTTATTACTTG-CTACTTTAATTGCATTAATTTTATAGTTTTACAGTTTTCTTTTATTCTTTCTTCCAACAAAGAAGACTTTACGTTTATTTTTGTTTTCTTTACAATTAATTTCTGCTGGGTTTAATGTTCTCAATAAAATGTGTGGTTAGTGTTGTAATTTTGGTTTTATC]

[+] EMBL BM613612             [CCGCAAAATACAGAATCTTAGTAGAAAATGTGAAGCCAGAAAAAAAAACTTTTAAAAAGCACACTGCAAATGTGCAAAAACACAACAAAAAATGAACCGTGTCTGACATGGAGCAACAAAAAAAAAAAAAGAATTATTATTAATAAGAGAGGGAAACCTATTTCCCAAATGGAAAGCAAATCAAGCTTTAGGAAGTTAGTTTATTCAACCATTCTTAGGGCTTGTGGTTCGGGAGGAAAGATTTCGGAACAGGTTTTACGTGTGCACGACACGGATTTATCTTCCTTTAGCAAACGCACAGCACAACTGGTAACAGTTTTTGTTGATTATGCTTTTAGTTATTGTTAGTTTCTCATACAAAAAAAGTATCATGACGTAGGGAAGTGTGTGGGCCGACGGACGGTCCTCACACTGTCTCGTTGTTTTTACCTTTCATTTATTACTTG CTACTTTAATTGCATTAATTTTATAGTTTTACAGTTTTCTTTTATTCTTTCTTCCAACAAAGAAGACTTTACGTTTATTTTTGTTTTCTTTACAATTAATTTCTGCTGGGTTTAATGTTCTCAATAAAATGTGTGGTTAGTGTTGTAATTTTGGTTTTATC]
[-] EMBL AGA284007            [                                                                                                                                                                                        GCTTTAGGAAGTTAGTTTATTCAACCATTCTTAGGGCGTGTGGTACGGGAGGAAAGATTACGGTACAGGTTTTACGTGCGCACGACACGGATTTATCTTCTTTTGGCAAACGCACAGCACAACTGGTAACAGTTTTTGTTGATTATGCTTTTAGTTATTGTTAGTTTCTCATACAAAAAAAGTATCATGACGTAGGGAAGTGTGTGGGCCGACGGACGGTCCTCACACTGTCTCGTTGTTTTTACCTTTCATTTATTACTTGCCTACTTTAATTGCATTAATTTTATAGTTTTACAGTTTTCTTTTATTCTTTCTTCCAACAAAGAAGACTTTACGTTTATTTTTGTTTTCTTTACAATTAATTTCTGCTGGGTTTAATGTTCTCAATAAAATGTGTGGTTAGTGTTGTAAaaaaaa       ]
[+] EMBL BM586281             [                                                                                                                                                                                                                              ccgGGTACGGGAGGAAAGATTACGGTACAGGTTTTACGTGCGCACGACACGGATTTATCTTCTTTTAGCAAACGCACAGCACAACTGGTAACAGTTTTTGTTGATTATGCTTTTAGTTATTGTTAGTTTCTCATACAAAAAAAGTATCATGACGTAGGGAAGTGTGTGGGCCGACGGACGGTCCTCACACTGTCTCGTTGTTTTTACTTTTCATTTATTACTTG CTACTTTAATTGCATTAATTTTATAGTTTTACAGTTTTCTTTTCTTCATTCTTCCAACAAAGAAGA TAAACGTTTATTGTTGTTTTCTTTACAATTAATTTCTGCTGGGTTTAATGTTCTCAATAAAATGTGTGGTTAGTGTTGT               ]




>consensus_5023#1
CCGCAAAATACAGAATCTTAGTAGAAAATGTGAAGCCAGAAAAAAAAACTTTTAAAAAGC
ACACTGCAAATGTGCAAAAACACAACAAAAAATGAACCGTGTCTGACATGGAGCAACAAA
AAAAAAAAAAGAATTATTATTAATAAGAGAGGGAAACCTATTTCCCAAATGGAAAGCAAA
TCAAGCTTTAGGAAGTTAGTTTATTCAACCATTCTTAGGGCTTGTGGTACGGGAGGAAAG
ATTACGGTACAGGTTTTACGTGCGCACGACACGGATTTATCTTCTTTTAGCAAACGCACA
GCACAACTGGTAACAGTTTTTGTTGATTATGCTTTTAGTTATTGTTAGTTTCTCATACAA
AAAAAGTATCATGACGTAGGGAAGTGTGTGGGCCGACGGACGGTCCTCACACTGTCTCGT
TGTTTTTACCTTTCATTTATTACTTGCTACTTTAATTGCATTAATTTTATAGTTTTACAG
TTTTCTTTTATTCTTTCTTCCAACAAAGAAGACTTTACGTTTATTTTTGTTTTCTTTACA
ATTAATTTCTGCTGGGTTTAATGTTCTCAATAAAATGTGTGGTTAGTGTTGTAATTTTGG
TTTTATC

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_5023#0      ---------TCGGCCACGAGGGGGAAAGTGTGTGGGCCGACGGACGGCTCCTCACACTGT 51
consensus_5023#1      CCGCAAAATACAGAATCTTAGTAGAAAATGTGAAGCCAGAAAAAAAAACTTTTAAAAAG- 59
                                * *   *   *  **** ****  * * **   *       * * *  * 

consensus_5023#0      CTCGTTGTTTTTACTTTTCATTTATTACTTGGCTACTTTAATTGCATTAATTTTATAGTT 111
consensus_5023#1      CACACTGCA---AATGTGCAAAAAC-ACAACAAAAAATGAACCGTGTC--TGACATGGAG 113
                      * *  **     * * * **   *  **      *  * **  *  *   *   ** *  

consensus_5023#0      TTACAGTTTTCTTTTCTTCATTCTT-CCAACAAAGAAGATAAACGTTTATTGTTGTATAT 170
consensus_5023#1      CAACAAAAAAAAAAAAAGAATTATTATTAATAAGAGAGGGAAACCTAT-TTCCCAAATGG 172
                        ***              *** **   ** **   **  **** * * **     **  

consensus_5023#0      TCTTTACAATTAATTTTCTGCTGGGTTTAATGTTCTCAATAAAATGTGTGGTTAGTGTTG 230
consensus_5023#1      AAAGCA-AATCAAGCTTTAG--GAAGTTAGTTTATTCAACCATTCTTAGGGCTTGTGGTA 229
                           * *** **  **  *  *   *** * *  ****  *    *  ** * *** * 

consensus_5023#0      TAATATTTGGTTTAATCATTTGTGGTGTTACCCACTTTTTTCGTCTATTTCTCTAGTACC 290
consensus_5023#1      CGGGAGGAAAGATTACGGTACA-GGTTTTACGTGCGCACGACACGGATTTATCTTCTTTT 288
                          *       * *   *    *** ****   *      *    **** ***  *   

consensus_5023#0      TGCTGTCTTGTATTGAGCTCTTNATGTTAATGTTTTNATATCATTTTTAGTGCCACGTGT 350
consensus_5023#1      AGCAAAC--GCACAGCACAACTGGTAACAGTTTTTGTTGATTATGCTTTTAGTTAT-TGT 345
                       **   *  * *  *  *   *  *   * * ***    ** **  **   *  *  ***

consensus_5023#0      GGGCCCCGGTTGGGAGAAGGNAATAATGTCTNAAACGAAGCAATTCGCGGAAGGCACACA 410
consensus_5023#1      TAGTTTCTCATACAAAAAAAGTATCATGACGTAGG-GAAGTGTGTGGGCCGACGGACGGT 404
                        *   *   *   * **    ** *** *  *   ****    * *    * * **   

consensus_5023#0      ATTTACGGTGAGATCANAGAGAANTGGAGCGATCATTGAGAAATCTNAAACTTGGCAAGT 470
consensus_5023#1      CCTCACACTG----TCTCGTTGTTTTTACCTTTCATTTATTACTTGCTACTTTAATTGCA 460
                        * **  **        *     *  * *  ***** *  * *    *  **       

consensus_5023#0      TTCAAATACTTTTGCTCCAAAAGAAACGTAACGGAATGTTAACGTAGCGGAGCGAACCGG 530
consensus_5023#1      TT--AATTTTATAGTTTTACAGTTTTCTT--TTATTCTTTCTTCCAACAAAGAAGACTTT 516
                      **  ***  * * * *  * *     * *         **     * *  **   **   

consensus_5023#0      GTTGNCGGGAAGGTGAAACGTCATGGTGTANTTAATGATNGATTCAAAGTGATAGGANAA 590
consensus_5023#1      ACGTTTATTTTTGTTTT-CTTTACAAT-TAATTTCTGCTGGGTTTAATGTTCTCA-ATAA 573
                                  **    * * *   * ** **  ** * * ** ** **  *   * **

consensus_5023#0      GAGCTTTGGTCGGATGGTCTCNCCCACGGTTGTNCAACGAGAGAACAGAGACCTTAACGT 650
consensus_5023#1      AATGTGTGGTTAGT--GTTGTAATTTTGGTTTTATC------------------------ 607
                       *  * ****  *   **         **** *                           

consensus_5023#0      TATT 654
consensus_5023#1      ----