cluster # 552

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Anopheles gambiae
cluster # 552 cluster # 552 Sequences # 2 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_552#0 length = 876 sequences # 1

consensus_552#1 length = 769 sequences # 1

consensusID : consensus_552#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 876
fasta sequence

                              [CAGAATCGCCACGAGGCGTCAATATCTATTGCCAACACACTGCTTGACCAATTGGCGATGTTTATTGGAGAACTAAACATAGCTGACAAGAGACTTGACAGCTGGTTTTCTGCACTGACCGTTGGAAGTTTTCTTATCATAGTGCCGATTTCCTTGGCTAACCTTATATCGGCTTCTGCAATTGTAGACGTTATGAAAATCTACGACGAATCTAGGCGCATAGACATTGCTCTTAGATTTGGCTACGCTTGTGATTTAGAACATCCAGTTTTTAAGTTTATTCAATATATTATAAATCGGAAATGGTGGTTGATGCTCCGGGATGATGTAAAATATATTGCAATGGACACTGGAAAAAACTTTGAAATCACGCTTCACGTAAATAACTCGAATAAGCAGGAAACTTTGTGGCAAACAGACCGCCAATTTGCCAAAAGATTAGTTAATGCTGCGTTTGCTAAGCCAAGTGCAGAAGACCCCTCAATCTGAGTCGAGAGTGTTGCGCAAGATCTTCTCGATTTAAAGAGGAGAGGTTTGCGACAAGCTCACTTTGAAGATGGTAAGGCCGCCCTAATACCCTAATATTTTCTTAATTAANTACACTTCAGTATGATGCCTTGTTCAAGTTCAAGATTNATTAGTACTTTTCNTCACTTAATTGCTTAAACTTGCTTAATTNTCTTTCAATTCGTTTTGGAAACAAATCTGGGGTACAATTCCAACTAAATCTGGTTCTCTATTCACAACACACACTTTCACTTTTTAAAAACTTGGAAANGGTCCTTTCTACCATTGTTNCACAACATGCACCACACTTGCATATTCCCATTAACAATANTNTGCTTAAACCCNGGAAAAANTTCCCTATATCCAATG]

[+] EMBL BX467694             [CAGAATCGCCACGAGGCGTCAATATCTATTGCCAACACACTGCTTGACCAATTGGCGATGTTTATTGGAGAACTAAACATAGCTGACAAGAGACTTGACAGCTGGTTTTCTGCACTGACCGTTGGAAGTTTTCTTATCATAGTGCCGATTTCCTTGGCTAACCTTATATCGGCTTCTGCAATTGTAGACGTTATGAAAATCTACGACGAATCTAGGCGCATAGACATTGCTCTTAGATTTGGCTACGCTTGTGATTTAGAACATCCAGTTTTTAAGTTTATTCAATATATTATAAATCGGAAATGGTGGTTGATGCTCCGGGATGATGTAAAATATATTGCAATGGACACTGGAAAAAACTTTGAAATCACGCTTCACGTAAATAACTCGAATAAGCAGGAAACTTTGTGGCAAACAGACCGCCAATTTGCCAAAAGATTAGTTAATGCTGCGTTTGCTAAGCCAAGTGCAGAAGACCCCTCAATCTGAGTCGAGAGTGTTGCGCAAGATCTTCTCGATTTAAAGAGGAGAGGTTTGCGACAAGCTCACTTTGAAGATGGTAAGGCCGCCCTAATACCCTAATATTTTCTTAATTAANTACACTTCAGTATGATGCCTTGTTCAAGTTCAAGATTNATTAGTACTTTTCNTCACTTAATTGCTTAAACTTGCTTAATTNTCTTTCAATTCGTTTTGGAAACAAATCTGGGGTACAATTCCAACTAAATCTGGTTCTCTATTCACAACACACACTTTCACTTTTTAAAAACTTGGAAANGGTCCTTTCTACCATTGTTNCACAACATGCACCACACTTGCATATTCCCATTAACAATANTNTGCTTAAACCCNGGAAAAANTTCCCTATATCCAATG]




>consensus_552#0
CAGAATCGCCACGAGGCGTCAATATCTATTGCCAACACACTGCTTGACCAATTGGCGATG
TTTATTGGAGAACTAAACATAGCTGACAAGAGACTTGACAGCTGGTTTTCTGCACTGACC
GTTGGAAGTTTTCTTATCATAGTGCCGATTTCCTTGGCTAACCTTATATCGGCTTCTGCA
ATTGTAGACGTTATGAAAATCTACGACGAATCTAGGCGCATAGACATTGCTCTTAGATTT
GGCTACGCTTGTGATTTAGAACATCCAGTTTTTAAGTTTATTCAATATATTATAAATCGG
AAATGGTGGTTGATGCTCCGGGATGATGTAAAATATATTGCAATGGACACTGGAAAAAAC
TTTGAAATCACGCTTCACGTAAATAACTCGAATAAGCAGGAAACTTTGTGGCAAACAGAC
CGCCAATTTGCCAAAAGATTAGTTAATGCTGCGTTTGCTAAGCCAAGTGCAGAAGACCCC
TCAATCTGAGTCGAGAGTGTTGCGCAAGATCTTCTCGATTTAAAGAGGAGAGGTTTGCGA
CAAGCTCACTTTGAAGATGGTAAGGCCGCCCTAATACCCTAATATTTTCTTAATTAANTA
CACTTCAGTATGATGCCTTGTTCAAGTTCAAGATTNATTAGTACTTTTCNTCACTTAATT
GCTTAAACTTGCTTAATTNTCTTTCAATTCGTTTTGGAAACAAATCTGGGGTACAATTCC
AACTAAATCTGGTTCTCTATTCACAACACACACTTTCACTTTTTAAAAACTTGGAAANGG
TCCTTTCTACCATTGTTNCACAACATGCACCACACTTGCATATTCCCATTAACAATANTN
TGCTTAAACCCNGGAAAAANTTCCCTATATCCAATG

consensusID : consensus_552#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 769
fasta sequence

                              [ATTTCTTACTGTTAAAGGTGGTTGATGCTTCGGGAAGATGTAAAATATATTGCAATGTATGTTATAACATCGTATTGCTCCTACTGATAGTGCTTTCTTTTTAATACCTCTCTTATCGTTTTTAGGGACACTGGAAAAAACTTTGAAATCACGCTTCACGTAAATAACACGGATCGGCAGGAAACTTTGTGGCAAACAGACCGCCAATTTGCCAAAAGATTAGTTAATGCTGCGTTTGCTAACAAAGTGCAGAAGACCCCTCAATTTGAGTCGAGAGTGTTGCGCAAATCTTCTCGATTTAAAGAGGAGAGGTTTGCGACAAGCTCACTTTGAAGATGGTAGGCCACCCTTATGCTCTTGCTCCCAAAATAGTTTCACATACGATGCGTTCAAAATTGCTACATTGGTTGGACTAACGGCATATTTCCTTAATTAATAATTAATATGCTGCTTTGGTAATTAAGCTGATATATTTTCATTATGCTGACTGCTAATTTTATGTTTTAAAATGGTAATAACAATTATTTTTAAAAATTATATAAAATGATATCTTTTACATAGGAAATGAAAAATTCATTTCATAACTATTTATAAACCCGCGAAATTAATGCCATGCTCAACGCTCAGTGCCTAACTCTCCAATCAGTGTTAAACTCCGCAATGTGTTCTCTTATTGATTATAAAAATTATTATTACTTTGTTTTTAATACAACTTAGCCCACACCATATACCTAAAACGATAAGCTTTGCGGTACCCCTTCTTAAAACT]

[+] EMBL BX622895             [ATTTCTTACTGTTAAAGGTGGTTGATGCTTCGGGAAGATGTAAAATATATTGCAATGTATGTTATAACATCGTATTGCTCCTACTGATAGTGCTTTCTTTTTAATACCTCTCTTATCGTTTTTAGGGACACTGGAAAAAACTTTGAAATCACGCTTCACGTAAATAACACGGATCGGCAGGAAACTTTGTGGCAAACAGACCGCCAATTTGCCAAAAGATTAGTTAATGCTGCGTTTGCTAACAAAGTGCAGAAGACCCCTCAATTTGAGTCGAGAGTGTTGCGCAAATCTTCTCGATTTAAAGAGGAGAGGTTTGCGACAAGCTCACTTTGAAGATGGTAGGCCACCCTTATGCTCTTGCTCCCAAAATAGTTTCACATACGATGCGTTCAAAATTGCTACATTGGTTGGACTAACGGCATATTTCCTTAATTAATAATTAATATGCTGCTTTGGTAATTAAGCTGATATATTTTCATTATGCTGACTGCTAATTTTATGTTTTAAAATGGTAATAACAATTATTTTTAAAAATTATATAAAATGATATCTTTTACATAGGAAATGAAAAATTCATTTCATAACTATTTATAAACCCGCGAAATTAATGCCATGCTCAACGCTCAGTGCCTAACTCTCCAATCAGTGTTAAACTCCGCAATGTGTTCTCTTATTGATTATAAAAATTATTATTACTTTGTTTTTAATACAACTTAGCCCACACCATATACCTAAAACGATAAGCTTTGCGGTACCCCTTCTTAAAACT]




>consensus_552#1
ATTTCTTACTGTTAAAGGTGGTTGATGCTTCGGGAAGATGTAAAATATATTGCAATGTAT
GTTATAACATCGTATTGCTCCTACTGATAGTGCTTTCTTTTTAATACCTCTCTTATCGTT
TTTAGGGACACTGGAAAAAACTTTGAAATCACGCTTCACGTAAATAACACGGATCGGCAG
GAAACTTTGTGGCAAACAGACCGCCAATTTGCCAAAAGATTAGTTAATGCTGCGTTTGCT
AACAAAGTGCAGAAGACCCCTCAATTTGAGTCGAGAGTGTTGCGCAAATCTTCTCGATTT
AAAGAGGAGAGGTTTGCGACAAGCTCACTTTGAAGATGGTAGGCCACCCTTATGCTCTTG
CTCCCAAAATAGTTTCACATACGATGCGTTCAAAATTGCTACATTGGTTGGACTAACGGC
ATATTTCCTTAATTAATAATTAATATGCTGCTTTGGTAATTAAGCTGATATATTTTCATT
ATGCTGACTGCTAATTTTATGTTTTAAAATGGTAATAACAATTATTTTTAAAAATTATAT
AAAATGATATCTTTTACATAGGAAATGAAAAATTCATTTCATAACTATTTATAAACCCGC
GAAATTAATGCCATGCTCAACGCTCAGTGCCTAACTCTCCAATCAGTGTTAAACTCCGCA
ATGTGTTCTCTTATTGATTATAAAAATTATTATTACTTTGTTTTTAATACAACTTAGCCC
ACACCATATACCTAAAACGATAAGCTTTGCGGTACCCCTTCTTAAAACT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_552#0      CAGAATCGCCACGAGGCGTCAATATCTATTGCCAACACACTGCTTGACCAATTGGCGATG 60
consensus_552#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_552#0      TTTATTGGAGAACTAAACATAGCTGACAAGAGACTTGACAGCTGGTTTTCTGCACTGACC 120
consensus_552#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_552#0      GTTGGAAGTTTTCTTATCATAGTGCCGATTTCCTTGGCTAACCTTATATCGGCTTCTGCA 180
consensus_552#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                 

consensus_552#0      ATTGTAGACGTTATGAAAATCTACGACGAATCTAGGCGCATAGACATTGCTCTTAGATTT 240
consensus_552#1      -----------------------------------------ATTTCTTACTGTTAAAGGT 19
                                                              *    ** ** *** *  *

consensus_552#0      GGCT-ACGCTT----GTGATTTAGAACATCCAGTTTTTAAGTTTATTCAATATATTATAA 295
consensus_552#1      GGTTGATGCTTCGGGAAGATGTAAAATATATTGCAATGTATGTTAT--AACATCGTATTG 77
                     ** * * ****      *** ** ** **   *   *  *  ****  ** **  ***  

consensus_552#0      ATCGGAAATGGTGGTTGATGCTCCGGGATGATGTAAAATATATTGCAATGGACACTGGAA 355
consensus_552#1      CTCCTAC-TGATAGTGCTTTCTTTTTAATACCTCTCTTATCGTTTTTAGGGACACTGGAA 136
                      **  *  ** * **   * **     **             **   * ***********

consensus_552#0      AAAACTTTGAAATCACGCTTCACGTAAATAACTCGAATAAGCAGGAAACTTTGTGGCAAA 415
consensus_552#1      AAAACTTTGAAATCACGCTTCACGTAAATAACACGGATCGGCAGGAAACTTTGTGGCAAA 196
                     ******************************** ** **  ********************

consensus_552#0      CAGACCGCCAATTTGCCAAAAGATTAGTTAATGCTGCGTTTGCTAAGCCAAGTGCAGAAG 475
consensus_552#1      CAGACCGCCAATTTGCCAAAAGATTAGTTAATGCTGCGTTTGCTAA-CAAAGTGCAGAAG 255
                     ********************************************** * ***********

consensus_552#0      ACCCCTCAATCTGAGTCGAGAGTGTTGCGCAAGATCTTCTCGATTTAAAGAGGAGAGGTT 535
consensus_552#1      ACCCCTCAATTTGAGTCGAGAGTGTTGCGCAA-ATCTTCTCGATTTAAAGAGGAGAGGTT 314
                     ********** ********************* ***************************

consensus_552#0      TGCGACAAGCTCACTTTGAAGATGGTAAGGCCGCCCTAATACCCTAATATTTTCTTAATT 595
consensus_552#1      TGCGACAAGCTCACTTTGAAGATGGTA-GGCCACCCTTATGCTCTTGC---TCCCAAAAT 370
                     *************************** **** **** ** * **      * *  ** *

consensus_552#0      AANTACACTTCAGTATGATGCCTTGTTCAAGTTCAAGATTNATTAGTACTTTTCNTCACT 655
consensus_552#1      AGTTTCAC----ATACGATGC---GTTCAAAATT--GCTACATTGGTTGGACTAACGGCA 421
                     *  * ***     ** *****   ******  *   * *  *** **     *     * 

consensus_552#0      TAATTGCTTAAACT-TGCTTAATTNTCT-TTCAATTCGTTTTGGAAACAAATCTGGGGTA 713
consensus_552#1      TATTTCCTTAATTAATAATTAATATGCTGCTTTGGTAATTAAGCTGATATATTTTCATTA 481
                     ** ** *****    *  *****   **  *    *  **  *   * * ** *    **

consensus_552#0      CAATTCCAACTAAATCTG-GTTCTCTATTCACAACACACACTTTCACTTTTTAAAAACTT 772
consensus_552#1      TGCTGACTGCTAATTTTATGTTTTAAAATGGTAATA---ACAATTATTTTTAAAAATTAT 538
                        *  *  **** * *  *** *  * *   ** *   **  * * **** ****   *

consensus_552#0      G-GAAANGGTCCTTTCTACCATTGTTNCACAACATGCACCACAC------TTGCATATTC 825
consensus_552#1      ATAAAATGATATCTTTTACATAGGAAATGAAAAATTCATTTCATAACTATTTATAAACCC 598
                        *** * *   ** ***    *      ** ** **   **       **  * *  *

consensus_552#0      CCATTAACAATANTNTGCTTAA-ACCCNGGAAAAANTTCCCTATATCCAATG-------- 876
consensus_552#1      GCGAAATTAATGCCATGCTCAACGCTCAGTGCCTAACTCTCCA--ATCAGTGTTAAACTC 656
                      *   *  ***    **** **  * * *     *  ** * *    ** **        

consensus_552#0      ------------------------------------------------------------
consensus_552#1      CGCAATGTGTTCTCTTATTGATTATAAAAATTATTATTACTTTGTTTTTAATACAACTTA 716
                                                                                 

consensus_552#0      -----------------------------------------------------
consensus_552#1      GCCCACACCATATACCTAAAACGATAAGCTTTGCGGTACCCCTTCTTAAAACT 769