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consensusID : consensus_7429#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 5 consensus length = 773 fasta sequence
[ACCCACGCGTCCGAAAACGGTTCGACAGTGAACGTAGTCGTCCTCGCGTCAAATTCCGCTACGGTTACCGATACCGCGCCTGCTGTGGATTACCTATATTGTGTGTGGAAACGATTACACTTTGGAATACGATCAAACGCATGTGTGTTGATACGCAAGCAACGTACCGTGCGACACGTGTGAGCAGTGCTGTGGCCCGTAGCAAGGTGGGCAGAGTGTGAATCAGGCAAAGGCCACAACAATTCCGATGCAAAGTGTTGATTGGTGCCTGAATGGTGATTGATTGAGTAAACAACAAGCGCCAACATAAATTTGTTATTGAAAACGCGCCCATCGATCATTGCTATCGATAAACGTTGGGTAGTGTGGTCCAGTGCTACTGATGGTCTAGTTGAGCGATGTGTTAAGCGTGAACAAGACGAGTGTGATTATTTTATTGCATCTTATACGATTTTTATTGAAAACAGTGTAGTGTGACTGTAAAACAGCGATTATTGAAAATTTGTGTGCATCACTCCACTATTTGATAGCGCGTTAAGTGTCTCTGTGTATGCGGTTATATGCCCTGCCACAAATATGATCACTCAAGATCTCCCATGTGATTGTTACAGTGTGCAAATGAATCAGTGTGTTGCGAAGGAATTTGTATGTTTCTTCTAAT-AAATTGACAAGTGTTGAACAAGAAAAAGTTAGACCAACAAAACTAATCAACCGACGGGACGTTGGGAAGCATTTACTAGTGTTAAAAAAAAAACAAACAAATCAACAGATAT]
[+] EMBL BM627873 [ACCCACGCGTCCGAAAACGGTTCGACAGTGAACGTAGTCGTCCTCGCGTCAAATTCCGCTACGGTTACCGATACCGCGCCTGCTGTGGATTACCTATATTGTGTGTGGAAACGATTACACTTTGGAATACGATCAAACGCATGTGTGTTGATACGCAAGCAACGTACCGTGCGACACGTGTGAGCAGTGCTGTGGCCCGTAGCAAGGTGGGCAGAGTGTGAATCAGGCAAAGGCCACAACAATTCCGATGCAAAGTGTTGATTGGTGCCTGAATGGTGATTGATTGAGTAAACAACAAGCGCCAACATAAATTTGTTATTGAAAACGCGCCCATCGATCATTGCTATCGATAAACGTTGGGTAGTGTGGTCCAGTGCTACTGATGGTCTAGTTGAGCGATGTGTTAAGCGTGAACAAGACGAGTGTGATTATTTTATTGCATCTTATACGATTTTTATTGAAAACAGTGTAGTGTGACTGTAAAACAGCGATTATTGAAAATTTGTGTGCATCACTCCACTATTTGATAGCGCGTTAAGTGTCTCTGTGTATGCGGTTATATGCCCTGCCACAAATATGATCACTCAAGATCTCCCATGTGATTGTTACAGTGTGCAAATGAATCAGTGTGTTGCGAAGGAATTTGTATGTTTCTTCTAAT AAATTGACAAGTGTTGAACAAGAAAAAGTTAG ]
[+] EMBL BM624900 [ ccgaacAAAACGGTTCGACAGTGAACGTAGTCGTCCTCGCGTCAAATTCCGCTACGGTTACCGATACCGCGCCTGCTGTGGATTACCTATATTGTGTGTGGAAACGATTACACTTTGGAATACGATCAAACGCATGTGTGTTGATACGCAAGCAACGTACCGTGCGACACGTGTGAGCAGTGCTGTGGCCCGTAGCAAGGTGGGCAGAGTGTGAATCAGGCAAAGGCCACAACAATTCCGATGCAAAGTGTTGATTGGTGCCTGAATGGTGATTGATTGAGTAAACAACAAGCGCCAACATAAATTTGTTATTGAAAACGCGCCCATCGATCATTGCTATCGATAAACGTTGGGTAGTGTGGTCCAGTGCTACTGATGGTCTAGTTGAGCGATGTGTTAAGCGTGAACAAGACGAGTGTGATTATTTTATTGCATCTTATACGATTTTTATTGAAAACAGTGTAGTGTGACTGTAAAACAGCGATTATTGAAAATTTGTGTGCATCACTCCACTATTTGATAGCGCGTTAAGTGTCTCTGTGTATGCGGTTATATGCCCTGCCACAAATATGATCACTCAAGATCTCCCATGTGATTGTTACAGTGTGCAAATGAATCAGTGTGTTGCGAAGGAATTTGTATGTTTCTTCTAATAAAATTGACAA ]
[+] EMBL BX623921 [ GTAGTCGTCCTCGCGTCAAATTCCGCTACGGTTACCGATACCGCGCCTGCTGTGGATTACCTATATTGTGTGTGGAACCGATTACACTTTGGAATACGATCAAACGCATGTGTGTTGATACGCAAGCAACGTACCGTGCGATACGTATGAGCAGTGCTGTGGCCCGTAGCAAGGTGGGCAGAGTGTGAATCAGGCAAAGGCCACAACAATTCCGATGCAAAGTGTTGATTGGTGCCTGAATGGTGATTGATTGAGTAAACAACAAGCGCCAACATAAATTTGTTATTGAAAACGCGCCCATCGATCATTGCTATCGATAAACGTTGGGTAGTGTGGTCCAGTGCTACTGATGGTCTAGTTGAGCGATGTGTTAAACGTGAACAAGACGAGTGTGATTATTTTATTGCATCTTATACGATTTTTATTGAAAACAGTGTAGTGTGACTGTAAAACAGCGATTATTGAAAATTTGTGTGCATCACTCCACTATTTGAAAGCGCGTTAAGTGTCTCTGTGTATGCGGTTATATGCCCTGTCACAAATATGATCACTCAAGA ]
[+] EMBL BX623956 [ TTACCGATACCGCGCCTGCTGTGGATTACCTATATTGTGTGTGGAAACGATTACACTTTGGAATACGATCAAACGCATGTGTGTTGATACGCAAGCAACGTACCGTGCGACACGTGTGAGCAGTGCTGTGGCCCGTAGCAAGGTGGGCAGAGTGTGAATCAGGCAAAGGCCACAACAATTCCGATGCAAAGTGTTGATTGGTGCCTGAATGGTGATTGATTGAGTAAACAACAAGCGCCAACATAAATTTGTTATTGAAAACGCGCCCATCGATCATTGCTATCGATAAACGTTGGGTAGTGTGGTCCAGTGCTACTGATGGTCTAGTTGAGCGATGTGTTAAACGTGAACAAGACGAGTGTGATTATTTTATTGCATCTTATACGATTTTTATTGAAAACAGTGTAGTGTGACTGTAAAACAGCGATTATTGAAAATTTGTGTGCATCACTCCACTATTTGATAGCGCGTTAAGTGTCTCTGTGTATGCGGTTATATGCCCTATCACAAATATGATCACTC ]
[+] EMBL BM657155 [ ccgCACTTTGGAATACGATCAAACGCATGTGTGTTGATACGCAAGCAACGTACCGTGCGACACGTGTGAGCAGTGCTGTGGCCCGTAGCAAGGTGGGCAGAGTGTGAATCAGGCAAAGGCCACAACAATTCCGATGCAAAGTGTTGATTGGTGCCTGAATGGTGATTGATTGAGTAAACAACAAGCGCCAACATAAATTTGTTATTGAAAACGCGCCCATCGATCATTGCTATCGATAAACGTTGGGTAGTGTGGTCCAGTGCTACTGATGGTCTAGTTGAGCGATGTGTTAAGCGTGAACAAGACGAGTGTGATTATTTTATTGCATCTTATACGATTTTTATTGAAAACAGTGTAGTGTGACTGTAAAACAGCGATTATTGAAAATTTGTGTGCATCACTCCACTATTTGATAGCGCGTTAAGTGTCTCTGTGTATGCGGTTATATGCCCTGCCACAAATATGATCACTCAAGATCTCCCATGTGATTGTTACAGTGTGCAAATGAATCAGTGTGTTGCGAAGGAATTTGTATGTTTCTTCTAAT AAATTGACAAGTGTTGAACAAGAAAAAGTTAGACCAACAAAACTAATCAACCGACGGGACGTTGGGAAGCATTTACTAGTGTTAAAAAAAAAACAAACAAATCAACAGATAT]
consensusID : consensus_7429#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 661 fasta sequence
[CCGGGTTCGGCAGTGAACGTAGTCGTCCTCGCGTCAAATTCCGCTACGGTTACCGATACCGCGCCTGCTGTGGATTACCTATATTGTGAGTGGAAACGATTACACTTTGGAATACGATCAAACGCATGTGTGTTGATACGCAAGCAACGTACCGTGCGACACGTGTGAGCAGTGCTGTGGCCCGTAGCAAGTTGGGCAGAGTGTGAATCAGGCAAAGGCCACAACAATTCCGATGCAAAGTGTTGATTGGTGCCTGAATGGTGATTGATTGAGTAAACAACAAGCGCCAACATAAATCTATGATGTTGGGTAGTGTGGTCCAGTTCTACTGATCGTCTAGTTGAGCGATGTGTTAAACGTGAACAAGACGAGTGTGATTATTTTATTGCATCTTATACGATTTTTATTGAAAACAGTGTAGTGTGACTGTAAAACAGCGATTATTGAAAATTTGTGTGCATCACTCCACTATTTGAAAGCGCGTTAAGTGTCTCTGTGTATGCGGTTATATGCCCTGTCACTAATATGATCACTCAAGTTCTCCCATGTGATTGTTACAGTGTGCAAATGAATCAGTGTGTTGCGAAGGAATTTGTATGTTTCTTCTAATAAATTGACAAGTGTTGAACAAGAAAAAGTTAGACCAACAAAACTAATCAAC]
[+] EMBL BM595173 [CCGGGTTCGGCAGTGAACGTAGTCGTCCTCGCGTCAAATTCCGCTACGGTTACCGATACCGCGCCTGCTGTGGATTACCTATATTGTGAGTGGAAACGATTACACTTTGGAATACGATCAAACGCATGTGTGTTGATACGCAAGCAACGTACCGTGCGACACGTGTGAGCAGTGCTGTGGCCCGTAGCAAGTTGGGCAGAGTGTGAATCAGGCAAAGGCCACAACAATTCCGATGCAAAGTGTTGATTGGTGCCTGAATGGTGATTGATTGAGTAAACAACAAGCGCCAACATAAATCTATGATGTTGGGTAGTGTGGTCCAGTTCTACTGATCGTCTAGTTGAGCGATGTGTTAAACGTGAACAAGACGAGTGTGATTATTTTATTGCATCTTATACGATTTTTATTGAAAACAGTGTAGTGTGACTGTAAAACAGCGATTATTGAAAATTTGTGTGCATCACTCCACTATTTGAAAGCGCGTTAAGTGTCTCTGTGTATGCGGTTATATGCCCTGTCACTAATATGATCACTCAAGTTCTCCCATGTGATTGTTACAGTGTGCAAATGAATCAGTGTGTTGCGAAGGAATTTGTATGTTTCTTCTAATAAATTGACAAGTGTTGAACAAGAAAAAGTTAGACCAACAAAACTAATCAAC]
consensusID : consensus_7429#2 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 622 fasta sequence
[TTGTCAGCGAAACAAAACGGTTCGACAGTGAACGTAGTCGTCCTCACGTCAAATTCCGCTACGGTTACCGATACCGCGCCTGCTGTGGATTACCTATATTGTGTGTGGAAACGATTACACTTTGGAATACGATCAAACGCATGTGTGTTGATACGCAAGCAACGTACCGTGCGACACGTGTGAGCAGTGCTGTGGTCCGTAGCAAGGTGGGCAGAGTGTGAATCAGGCAAAGGCCACAACAATTCCGATGCAAAGTGTTGATTGGTGCCTGAATGGTGATTGATTGAGTAAACAACAAGCACCAACATAAATTTGTTATTGAAAACGCGCCCATCGATCATTGCTATCGATAAACGTTGGGTAGTGTGGTCCAGTGCTACTGATGGTCTAGTTGAGCGATGTGTTAAACGTGAACAAGACGAGTGTGATTATTTTATTGCATCTTATACGATTTTTATTGANAACAGTGTAGTGTGACTGTAAAACAGCGATTATNGAAAATTTGTGTGCATCACTCCACTATTTGAAAGCGCGTTAAGTGTCTCTGTGTATGCGGTNATATGCCCTGTCACAANTATGATCACTCANGATCTCCCATGTGATNGTTACAGTGTGCAAATGA]
[+] EMBL CF541535 [TTGTCAGCGAAACAAAACGGTTCGACAGTGAACGTAGTCGTCCTCACGTCAAATTCCGCTACGGTTACCGATACCGCGCCTGCTGTGGATTACCTATATTGTGTGTGGAAACGATTACACTTTGGAATACGATCAAACGCATGTGTGTTGATACGCAAGCAACGTACCGTGCGACACGTGTGAGCAGTGCTGTGGTCCGTAGCAAGGTGGGCAGAGTGTGAATCAGGCAAAGGCCACAACAATTCCGATGCAAAGTGTTGATTGGTGCCTGAATGGTGATTGATTGAGTAAACAACAAGCACCAACATAAATTTGTTATTGAAAACGCGCCCATCGATCATTGCTATCGATAAACGTTGGGTAGTGTGGTCCAGTGCTACTGATGGTCTAGTTGAGCGATGTGTTAAACGTGAACAAGACGAGTGTGATTATTTTATTGCATCTTATACGATTTTTATTGANAACAGTGTAGTGTGACTGTAAAACAGCGATTATNGAAAATTTGTGTGCATCACTCCACTATTTGAAAGCGCGTTAAGTGTCTCTGTGTATGCGGTNATATGCCCTGTCACAANTATGATCACTCANGATCTCCCATGTGATNGTTACAGTGTGCAAATGA]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_7429#0 ACCCACGCGTCCGAAAACGGTTCGACAGTGAACGTAGTCGTCCTCGCGTCAAATTCCGCT 60
consensus_7429#1 ---------------CCGGGTTCGGCAGTGAACGTAGTCGTCCTCGCGTCAAATTCCGCT 45
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****** ******************** **************
consensus_7429#0 ACGGTTACCGATACCGCGCCTGCTGTGGATTACCTATATTGTGTGTGGAAACGATTACAC 120
consensus_7429#1 ACGGTTACCGATACCGCGCCTGCTGTGGATTACCTATATTGTGAGTGGAAACGATTACAC 105
consensus_7429#2 ACGGTTACCGATACCGCGCCTGCTGTGGATTACCTATATTGTGTGTGGAAACGATTACAC 120
******************************************* ****************
consensus_7429#0 TTTGGAATACGATCAAACGCATGTGTGTTGATACGCAAGCAACGTACCGTGCGACACGTG 180
consensus_7429#1 TTTGGAATACGATCAAACGCATGTGTGTTGATACGCAAGCAACGTACCGTGCGACACGTG 165
consensus_7429#2 TTTGGAATACGATCAAACGCATGTGTGTTGATACGCAAGCAACGTACCGTGCGACACGTG 180
************************************************************
consensus_7429#0 TGAGCAGTGCTGTGGCCCGTAGCAAGGTGGGCAGAGTGTGAATCAGGCAAAGGCCACAAC 240
consensus_7429#1 TGAGCAGTGCTGTGGCCCGTAGCAAGTTGGGCAGAGTGTGAATCAGGCAAAGGCCACAAC 225
consensus_7429#2 TGAGCAGTGCTGTGGTCCGTAGCAAGGTGGGCAGAGTGTGAATCAGGCAAAGGCCACAAC 240
*************** ********** *********************************
consensus_7429#0 AATTCCGATGCAAAGTGTTGATTGGTGCCTGAATGGTGATTGATTGAGTAAACAACAAGC 300
consensus_7429#1 AATTCCGATGCAAAGTGTTGATTGGTGCCTGAATGGTGATTGATTGAGTAAACAACAAGC 285
consensus_7429#2 AATTCCGATGCAAAGTGTTGATTGGTGCCTGAATGGTGATTGATTGAGTAAACAACAAGC 300
************************************************************
consensus_7429#0 GCCAACATAAATTTGTTATTGAAAACGCGCCCATCGATCATTGCTATCGATAAACGTTGG 360
consensus_7429#1 GCCAACATAAATCTATGAT------------------------------------GTTGG 309
consensus_7429#2 ACCAACATAAATTTGTTATTGAAAACGCGCCCATCGATCATTGCTATCGATAAACGTTGG 360
*********** * * ** *****
consensus_7429#0 GTAGTGTGGTCCAGTGCTACTGATGGTCTAGTTGAGCGATGTGTTAAGCGTGAACAAGAC 420
consensus_7429#1 GTAGTGTGGTCCAGTTCTACTGATCGTCTAGTTGAGCGATGTGTTAAACGTGAACAAGAC 369
consensus_7429#2 GTAGTGTGGTCCAGTGCTACTGATGGTCTAGTTGAGCGATGTGTTAAACGTGAACAAGAC 420
*************** ******** ********************** ************
consensus_7429#0 GAGTGTGATTATTTTATTGCATCTTATACGATTTTTATTGAAAACAGTGTAGTGTGACTG 480
consensus_7429#1 GAGTGTGATTATTTTATTGCATCTTATACGATTTTTATTGAAAACAGTGTAGTGTGACTG 429
consensus_7429#2 GAGTGTGATTATTTTATTGCATCTTATACGATTTTTATTGANAACAGTGTAGTGTGACTG 480
***************************************** ******************
consensus_7429#0 TAAAACAGCGATTATTGAAAATTTGTGTGCATCACTCCACTATTTGATAGCGCGTTAAGT 540
consensus_7429#1 TAAAACAGCGATTATTGAAAATTTGTGTGCATCACTCCACTATTTGAAAGCGCGTTAAGT 489
consensus_7429#2 TAAAACAGCGATTATNGAAAATTTGTGTGCATCACTCCACTATTTGAAAGCGCGTTAAGT 540
*************** ******************************* ************
consensus_7429#0 GTCTCTGTGTATGCGGTTATATGCCCTGCCACAAATATGATCACTCAAGATCTCCCATGT 600
consensus_7429#1 GTCTCTGTGTATGCGGTTATATGCCCTGTCACTAATATGATCACTCAAGTTCTCCCATGT 549
consensus_7429#2 GTCTCTGTGTATGCGGTNATATGCCCTGTCACAANTATGATCACTCANGATCTCCCATGT 600
***************** ********** *** * ************ * **********
consensus_7429#0 GATTGTTACAGTGTGCAAATGAATCAGTGTGTTGCGAAGGAATTTGTATGTTTCTTCTAA 660
consensus_7429#1 GATTGTTACAGTGTGCAAATGAATCAGTGTGTTGCGAAGGAATTTGTATGTTTCTTCTAA 609
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*** ******************
consensus_7429#0 TAAATTGACAAGTGTTGAACAAGAAAAAGTTAGACCAACAAAACTAATCAACCGACGGGA 720
consensus_7429#1 TAAATTGACAAGTGTTGAACAAGAAAAAGTTAGACCAACAAAACTAATCAAC-------- 661
consensus_7429#2 ------------------------------------------------------------
consensus_7429#0 CGTTGGGAAGCATTTACTAGTGTTAAAAAAAAAACAAACAAATCAACAGATAT 773
consensus_7429#1 -----------------------------------------------------
consensus_7429#2 -----------------------------------------------------
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| Copyright Wed Dec 3 12:11:56 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||