These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Apis mellifera see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_111#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 5 consensus length = 577 fasta sequence [TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTCGTTAAATTATTAATGTCTCTTTTAATTTATATTTTTAATATTATACGTGTATACGCATCTCTGTATGTATTACGTGTACGTTAAAGAGAGAGATTATCAGAGTATTACGCGCTATATATAATTGAAATAAATATGTGTATATATATTTATATTATGTATAATATGGCTATGCCGTGAATGGCTCGTCGGCTGCGCTTGCAACGACTCGATCATTGTAAGACACTGTACAAAAATACCGCTTATAATAATTAGTAATAATAACAACGCAGCCGGCGAGACTAAAACTTACGGCCATCAGAGATATGTCTCGACATGGTTCTTTGGGTGCCTTCAACGCGAATATGCGCAAGTGACTAACCCATTTCATCGTTCTACGATCACCTAAAAAGGATATGTTTCACTACACTGAGTCAGGAGTCCCGGTGTTCTTTATCACTAGTGCTAGTATCAATATATAGAAATTAATACAATTAA-GAAGAAATTTATAATTGTAAAAATATCAATGTATCAGATTAATTATATCAAATTTTTTTTTTAAATTTAATA] [-] EMBL BI508886 [TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTCGTTAAATTATTAATGTCTCTTTTAATTTATATTTTTAATATTATACGTGTATACGCATCTCTGTATGTATTACGTGTACGTTAAAGAGAGAGATTATCAGAGTATTACGCGCTATATATAATTGAAATAAATATGTGTATATATATTTATATTATGTATAATATGGCTATGCCGTGAATGGCTCGTCGGCTGCGCTTGCAACGACTCGATCATTGTAAGAC ] [+] EMBL BI514646 [ GTTAAATTATTAATGTCTCTTTTAATTTATATTTTTAATATTATACGTGTATACGCATCTCTGTATGTATTACGTGTACGTTAAAGAGAGAGATTATCAGAGTATTACGCGCTATATATAATTGAAATAAATATGTGTATATATATTTATATTATGTATAATATGGCTATGCCGTGAATGGCTCGTCGGCTGCGCTTGCAACGACTCGATCATTGTAAGACACTGTACAAAAATACCGCTTATAATAATTAGTAATAATAACAACGCAGCCGGCGAGACTAAAACTTACGGCCATCAGAGATATGTCTCGACATGGTTCTTTGGGTGCCTTCAACGCGAATATGCGCAAGTGACTAACCCATTTCATCGTTCTACGATCACCTAAAAAGGATATGTTTCACTACACTGAGTCAGGAGTCCCGGTGTTCTTTATCACTAGTACTAGTATCAATATATAGAAATTAATACAATTAATTCTGAAATTTATAATTGTCAAATTATCAATGTATCAGATTAATTATATCAAATTTTTTTTTTAAATTTAATA] [+] EMBL BI502776 [ TTTAATATTATACGTGTATACGCATCTCTGTATGTATTACGTGTACGTTAAAGAGAGAGATTATCAGAGTATTACGCGCTATATATAATTGAAATAAATATGTGTATATATATTTATATTATGTATAATATGGCTATGCCGTGAATGGCTCGTCGGCTGCGCTTGCAACGACTCGATCATTGTAAGACACTGTACAAAAATACCGCTTATAA ] [+] EMBL BI508627 [ ATTATACGTGTATACGCATCTCTGTATGTATTACGTGTACGTTAAAGAGAGAGATTATCAGAGTATTACGCGCTATATATAATTGAAATAAATATGTGTATATATATTTATATTATGTATAATATGGCTATGCCGTGAATGGCTCGTCGGCTGCGCTTGCAACGACTCGATCATTGTAAGACACTGTACAAAAATACCGCTTATAATAATTAGTAATAATAACAACGCAGCCGGCGAGACTAAAACTTACGGCCATCAGAGATATGTCTCGACATGGTTCTTTGGGTGCCTTCAACGCGAATATGCGCAAGTGACTAACCCATTTCATCGTTCTACGATCACCTAAAAAAAA ] [-] EMBL BI513677 [ ATGTATTACGTGTACGTTAAAGAGAGAGATTATCAGAGTATTACGCGCTATATATAATTGAAATAAATATGTGTATATATATTTATATTATGTATAATATGGCTATGCCGTGAATGGCTCGTCGGCTGCGCTTGCAACGACTCGATCATTGTAAGACACTGTACAAAAATACCGCTTATAATAATTAGTAATAATAACAACGCAGCCGGCGAGACTAAAACTTACGGCCATCAGAGATATGTCTCGACATGGTTCTTTGGGTGCCTTCAACGCGAATATGCGCAAGTGACTAACCCATTTCATCGTTCTACGATCACCTAAAAAGGATATGTTTCACTACACTGAGTCAGGAGTCCCGGTGTTCTTTATCACTAGTGCTAGTATCAATATATAGAAATTAATACAATTAA GAAGAAATTTATAATTATAATCA ] consensusID : consensus_111#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 436 fasta sequence [GTAATAATAACAACGCAGCCGGCGAGACTAAAACTTACGGCCATCAGAGATATGTCTCGACATGGTTCTTTGGGTGCCTTCAACGCGAATATGCGCAAGTGACTAACCCATTTCATCGTTCTACGATNNNCTAAAAAGGATATGTTTCACTACACTGAGTCAGGAGTCCCGGTGTTCTTTATCACTAGTGCTAGTATCAATATATAGAAATTAATACAATTAAGAAGAAATTTATAATTATAATCATATGTCAAATTATCAAATATTATATATTAAATTATCAATATATCAGATTAATTATATCAAATTTTTTTTTTTTAATTTAATAAATAAATATATACTATTGTCGATAAATAAAATGAAATAGAAAATTAAGAATGTATTGCTATAATTAACATCATAACAAATACGTTTGTTTATTTTTCTACTTTTTCCC] [-] EMBL BI516053 [GTAATAATAACAACGCAGCCGGCGAGACTAAAACTTACGGCCATCAGAGATATGTCTCGACATGGTTCTTTGGGTGCCTTCAACGCGAATATGCGCAAGTGACTAACCCATTTCATCGTTCTACGATCACCTAAAAAGGATATGTTTCACTACACTGAGTCAGGAGTCCCGGTGTTCTTTATCACTAGTGCTAGTATCAATATATAGAAATTAATACAATTAAGAAGAAATTTATAATTATAATCATATGTCAAATTATCAAATATTATATATTAAATTATCAATATATCAGATTAATTATATCAAATTTTTTTTTTTTAATTTAATAAATAAATATATACTATTGTCGATAAATAAAATGAAATAGAAAATTAAGAATGTATTGCTATAATTAACATCATAACAAATACGTTTGTTTATTTTTCTACTTTTTCCC] [-] EMBL BI516150 [ CGACATGGTTCTTTGGGTGCCTTCAACGCGAATATGCGCAAGTGACTAACCCATTTCATCGTTCTACGATNNNCTAAAAAGGATATGTTTCACTACACTGAGTCAGGAGTCCCGGTGTTCTTTATCACTAGTGCTAGTATCAATATATAGAAATTAATACAATTAAGAAGAAATTTATAATTATAATCATATGTCAAATTATCAAATATTATATATTAAATTATCAATATATCAGATTAATTATATCAAATTTTTTTTTTTTAATTTAATAAATAAATATATACTATTGTCGATAAATAAAATGAAATAGAAAATTAAGAATGTATTGCTATAATTAACATCATAACAAATACGTTTGTTTATTTTTCTACTTTTTCCC] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_111#0 TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTCGTTAAATTATTAATGTCTCTTTTAATTTA 60 consensus_111#1 ------------------------------------------------------------ consensus_111#0 TATTTTTAATATTATACGTGTATACGCATCTCTGTATGTATTACGTGTACGTTAAAGAGA 120 consensus_111#1 ------------------------------------------------------------ consensus_111#0 GAGATTATCAGAGTATTACGCGCTATATATAATTGAAATAAATATGTGTATATATATTTA 180 consensus_111#1 ------------------------------------------------------------ consensus_111#0 TATTATGTATAATATGGCTATGCCGTGAATGGCTCGTCGGCTGCGCTTGCAACGACTCGA 240 consensus_111#1 ------------------------------------------------------------ consensus_111#0 TCATTGTAAGACACTGTACAAAAATACCGCTTATAATAATTAGTAATAATAACAACGCAG 300 consensus_111#1 ------------------------------------------GTAATAATAACAACGCAG 18 ****************** consensus_111#0 CCGGCGAGACTAAAACTTACGGCCATCAGAGATATGTCTCGACATGGTTCTTTGGGTGCC 360 consensus_111#1 CCGGCGAGACTAAAACTTACGGCCATCAGAGATATGTCTCGACATGGTTCTTTGGGTGCC 78 ************************************************************ consensus_111#0 TTCAACGCGAATATGCGCAAGTGACTAACCCATTTCATCGTTCTACGATCACCTAAAAAG 420 consensus_111#1 TTCAACGCGAATATGCGCAAGTGACTAACCCATTTCATCGTTCTACGATNNNCTAAAAAG 138 ************************************************* ******** consensus_111#0 GATATGTTTCACTACACTGAGTCAGGAGTCCCGGTGTTCTTTATCACTAGTGCTAGTATC 480 consensus_111#1 GATATGTTTCACTACACTGAGTCAGGAGTCCCGGTGTTCTTTATCACTAGTGCTAGTATC 198 ************************************************************ consensus_111#0 AATATATAGAAATTAATACAATTAAGAAGAAATTTATAATTGTAA--------------- 525 consensus_111#1 AATATATAGAAATTAATACAATTAAGAAGAAATTTATAATTATAATCATATGTCAAATTA 258 ***************************************** *** consensus_111#0 -----------------AAATATCAATGTATCAGATTAATTATATCAAATTTTTTTTTTA 568 consensus_111#1 TCAAATATTATATATTAAATTATCAATATATCAGATTAATTATATCAAATTTTTTTTTTT 318 ** ******* ******************************* consensus_111#0 -AATTTAATA-------------------------------------------------- 577 consensus_111#1 TAATTTAATAAATAAATATATACTATTGTCGATAAATAAAATGAAATAGAAAATTAAGAA 378 ********* consensus_111#0 ---------------------------------------------------------- consensus_111#1 TGTATTGCTATAATTAACATCATAACAAATACGTTTGTTTATTTTTCTACTTTTTCCC 436 |
Data build on Fri Aug 8 13:08:45 CEST 2003 by Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) |