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consensusID : consensus_2952#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 1422 fasta sequence
[CTGCGCTTCGCGGGAACGCCATGGAAGACAAGGGGACGCAGCCACCGGAGCCAGCCGCGGCCGCGGCGATCTCGTCGGTGCTCGCCAACGACGACCTCCTCCGCGAGATCCTGCTCCGCCTCGGCCTCCCCACCACCCTCGTCCGCGCCGCCCTCGTCTCCACCCGCTGGCTCCGCCTCGCCTCCGACCCGGCCTTCCTCCGCCGCTTCCGCGCGCGCCACCCGCCGCGCCTCCTCGGCTTCTACCACACGGCCAGGGCGCGCTTCCAGGACGAGGTCCCGGCGTTCGTGCCGCTGCCCCAGCCGCCGGAGCTCGCCGCCGCGCTCCGCGGCGCCCGCCTCCGCCTGGCGCCCGGCTCCTCCGGCTCCGGCCCCGACGCGCCCGTCATCCTGAGCTGCCGCAACGGCCGCGTCCTCGCCGCGGAGTTCCCTCCCGATGGGCCACGGGTCAGCATCATCAGCCCGATGCACCCCGCCCGCCACCCACCGGCTCTCCCGCTGGTCTACGAACTCCCTCGCCAGCCGGGGCAGATTCTGCATGCCTCGTGTATGCTCCTCTTCCCAGATGTCGGCAGCGACGATCCGTCCTACACTTTCGTGGAATTTCTACGCAAAGATCAGGAGATGTTGGCCAAGGCAGTTTCTGTAAGGGCTGAAATTTCGGATCTGAACAGTGTCCGTGAATCGGCAACTATAGAGATTCAGGAAAGCTGGGAAAGGAGCATAAGGCGTGATGTGCTTGTCAATGGCAATCTCTATCTGTTGGGAGGGAAGGGGCATGTTCTTGGGTTGAATTTGGCATCCATGAGGCTATTCTTGTTCAGATTGCCAGATGGTGTGCAGCAGCTACACCGGATGGGAAACATTGAGCTGCTACGCGCAGGCGATTCCGGCTTATATCTCATCCATCTGAAGGGGTTTCAGATTCATGTTTGGTTCCGCGCCTCCGATTCCGACATCGGTGGTGGCAACTGGGAGCTGGTTGATAACATCTGCTTGGGCGAATCGTTTGGTCAGTTTGCAGAGCCCAATTGGGAATCAGGGGATGCTCTGGTTGCGCTCCATAGGGTGGAGGACAATGCTGAGGTGTTCTTGCGGGTAGACCGTGTGATCTTCCACATACATATCATGAACAGGACGGTAAACAAAGTGTTTGAGATGTCACCAGAGGCTTATAGATATTTTGACATATTTCCATTCATGATGCTCTGGCCTCCCACCTTCCCACAACTTAGGAATGATCATGATCAAGATCAGTGATCCTCGAAGGCGCATTTGTCTGGTGCCTTGCAAGTATGGTCCTGAATTTGTCTTGTAGATCTCTCACTGCTAGAATCTGCTTATGTTATGTATCTCTGTCTTTTAAGATGAGGTCGAAGATTAATGTACTATGCATCAAGAATATATATTACCTGATGCTATC]
[+] EMBL AK109705 [CTGCGCTTCGCGGGAACGCCATGGAAGACAAGGGGACGCAGCCACCGGAGCCAGCCGCGGCCGCGGCGATCTCGTCGGTGCTCGCCAACGACGACCTCCTCCGCGAGATCCTGCTCCGCCTCGGCCTCCCCACCACCCTCGTCCGCGCCGCCCTCGTCTCCACCCGCTGGCTCCGCCTCGCCTCCGACCCGGCCTTCCTCCGCCGCTTCCGCGCGCGCCACCCGCCGCGCCTCCTCGGCTTCTACCACACGGCCAGGGCGCGCTTCCAGGACGAGGTCCCGGCGTTCGTGCCGCTGCCCCAGCCGCCGGAGCTCGCCGCCGCGCTCCGCGGCGCCCGCCTCCGCCTGGCGCCCGGCTCCTCCGGCTCCGGCCCCGACGCGCCCGTCATCCTGAGCTGCCGCAACGGCCGCGTCCTCGCCGCGGAGTTCCCTCCCGATGGGCCACGGGTCAGCATCATCAGCCCGATGCACCCCGCCCGCCACCCACCGGCTCTCCCGCTGGTCTACGAACTCCCTCGCCAGCCGGGGCAGATTCTGCATGCCTCGTGTATGCTCCTCTTCCCAGATGTCGGCAGCGACGATCCGTCCTACACTTTCGTGGAATTTCTACGCAAAGATCAGGAGATGTTGGCCAAGGCAGTTTCTGTAAGGGCTGAAATTTCGGATCTGAACAGTGTCCGTGAATCGGCAACTATAGAGATTCAGGAAAGCTGGGAAAGGAGCATAAGGCGTGATGTGCTTGTCAATGGCAATCTCTATCTGTTGGGAGGGAAGGGGCATGTTCTTGGGTTGAATTTGGCATCCATGAGGCTATTCTTGTTCAGATTGCCAGATGGTGTGCAGCAGCTACACCGGATGGGAAACATTGAGCTGCTACGCGCAGGCGATTCCGGCTTATATCTCATCCATCTGAAGGGGTTTCAGATTCATGTTTGGTTCCGCGCCTCCGATTCCGACATCGGTGGTGGCAACTGGGAGCTGGTTGATAACATCTGCTTGGGCGAATCGTTTGGTCAGTTTGCAGAGCCCAATTGGGAATCAGGGGATGCTCTGGTTGCGCTCCATAGGGTGGAGGACAATGCTGAGGTGTTCTTGCGGGTAGACCGTGTGATCTTCCACATACATATCATGAACAGGACGGTAAACAAAGTGTTTGAGATGTCACCAGAGGCTTATAGATATTTTGACATATTTCCATTCATGATGCTCTGGCCTCCCACCTTCCCACAACTTAGGAATGATCATGATCAAGATCAGTGATCCTCGAAGGCGCATTTGTCTGGTGCCTTGCAAGTATGGTCCTGAATTTGTCTTGTAGATCTCTCACTGCTAGAATCTGCTTATGTTATGTATCTCTGTCTTTTAAGATGAGGTCGAAGATTAATGTACTATGCATCAAGAATATATATTACCTGATGCTATC]
consensusID : consensus_2952#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 1408 fasta sequence
[GAAGACGAGGCGACGCGTCCCTCCTCTCCGCCACCGGCGGCTTCTGCGGCCTCGTCGGTGCTCGCCGACGACGACCTCCTCCGCGAGATCCTCCTCCGCCTCGCCTTCCCCACCACGCTCGTCCGCGCCGCCCTCGTCTCCTCCCGCTGGCTCGGCCTCGCCTCCGACTCGTCCTTCCTCCGCCGCTTCCGCGCCCGCAACCCGCCCCGCCTCCTCGGCTTCTACCACACCGCGCGCCGGGACGAGCAGCCGGCGTTCGTGCCGCTTCCCCAGCCCCCGGAGCTCGCCCCCGTGCTCCGCCGCCTCGGCGGGTTCGCGCTCGGCGGCGCCGACGTCTCCGCCGTGGTCTTCGACTGCCGCAACGGCCGCCTCCTCAGGGCGGAGTTCCCGCCCCCGCCCGACGAGCTACGCTTCGGCGTCGTCTCCCCGCTGCTGCCCCCCGCGCGGAAGCCGCCCGATCTGCCCCCGAACCTGCACTCGCAGCTCCATCAGGTACCCAACGATGCCCGTGTGCTGCGCCCGGGCTGGATGCTGCTCCCGGAGGAGGAGGAGGACGACGGCGGCGACGATCTCTCCTACACGCTGGTGGTTCTGATACGAAGAGGCCGTGGATTGTTCGCGAGAGCAGTGTTGGTGAGAGGTGAATCAGACGACCAGATCCGCACCTCCGATTCAATCGAGCTGCCGAATCACTACTGGCCAAACAAGAAGATGAACCGTGGATTGCTCTTCCATGGGAGCCTCTACATGCTGGGCAGGGAGCATGTTCTTGGGTTGAATCTGGCGTCGATGAGCTTGTTCTTGATCAAGCTCCCGGATGGTGTGGAGCAGCTGGAGCATATGGGGAACCTTGAGTTGTTGCGGGACGGCGATTCCGGATTATATCTTGCTCATCTGAAGGGGTTTCAGATTCATGTTTGGCATCGTGCGACAGACGGCGGTGGGAATGGTGGTGATTGGGAGATGGTTGATACCATGTCTCTGCATCAATCGTTTGGTCAAGTTGCGAGGCCCGATTGGGAGTCGGGGGATCCTTCACTTGGGGATGCTCTTGTTTCACTTCGTAGAGTCGAGGATAATGCCGAGCTGTTCTTGACGATAGACCGCGTGATCTTCCACATACATATTGCGAGCAGGACAGCGAACAAGGTTTTCGAGATGGCTCCAAAGGAAGATATTGGTTTTGAAATCTTTCCCTTCATGATGATATGGCCTCCCACTTTCCCGGCTTTGAACTATGACGATGACGATGATCAGTAATTCAGTATGAATGATCCCAGAGGATTTTTCTCTAGTGCTTTATGCGATGTCTAACCGATTCTCAATTCAGCATGTAGTTATCTTGCTGTAACAATCTAATTGTTACTGGTCTTTTAGGAGAGTCAGGCATCTTATGTGATGTTCCTTT]
[+] EMBL AK106386 [GAAGACGAGGCGACGCGTCCCTCCTCTCCGCCACCGGCGGCTTCTGCGGCCTCGTCGGTGCTCGCCGACGACGACCTCCTCCGCGAGATCCTCCTCCGCCTCGCCTTCCCCACCACGCTCGTCCGCGCCGCCCTCGTCTCCTCCCGCTGGCTCGGCCTCGCCTCCGACTCGTCCTTCCTCCGCCGCTTCCGCGCCCGCAACCCGCCCCGCCTCCTCGGCTTCTACCACACCGCGCGCCGGGACGAGCAGCCGGCGTTCGTGCCGCTTCCCCAGCCCCCGGAGCTCGCCCCCGTGCTCCGCCGCCTCGGCGGGTTCGCGCTCGGCGGCGCCGACGTCTCCGCCGTGGTCTTCGACTGCCGCAACGGCCGCCTCCTCAGGGCGGAGTTCCCGCCCCCGCCCGACGAGCTACGCTTCGGCGTCGTCTCCCCGCTGCTGCCCCCCGCGCGGAAGCCGCCCGATCTGCCCCCGAACCTGCACTCGCAGCTCCATCAGGTACCCAACGATGCCCGTGTGCTGCGCCCGGGCTGGATGCTGCTCCCGGAGGAGGAGGAGGACGACGGCGGCGACGATCTCTCCTACACGCTGGTGGTTCTGATACGAAGAGGCCGTGGATTGTTCGCGAGAGCAGTGTTGGTGAGAGGTGAATCAGACGACCAGATCCGCACCTCCGATTCAATCGAGCTGCCGAATCACTACTGGCCAAACAAGAAGATGAACCGTGGATTGCTCTTCCATGGGAGCCTCTACATGCTGGGCAGGGAGCATGTTCTTGGGTTGAATCTGGCGTCGATGAGCTTGTTCTTGATCAAGCTCCCGGATGGTGTGGAGCAGCTGGAGCATATGGGGAACCTTGAGTTGTTGCGGGACGGCGATTCCGGATTATATCTTGCTCATCTGAAGGGGTTTCAGATTCATGTTTGGCATCGTGCGACAGACGGCGGTGGGAATGGTGGTGATTGGGAGATGGTTGATACCATGTCTCTGCATCAATCGTTTGGTCAAGTTGCGAGGCCCGATTGGGAGTCGGGGGATCCTTCACTTGGGGATGCTCTTGTTTCACTTCGTAGAGTCGAGGATAATGCCGAGCTGTTCTTGACGATAGACCGCGTGATCTTCCACATACATATTGCGAGCAGGACAGCGAACAAGGTTTTCGAGATGGCTCCAAAGGAAGATATTGGTTTTGAAATCTTTCCCTTCATGATGATATGGCCTCCCACTTTCCCGGCTTTGAACTATGACGATGACGATGATCAGTAATTCAGTATGAATGATCCCAGAGGATTTTTCTCTAGTGCTTTATGCGATGTCTAACCGATTCTCAATTCAGCATGTAGTTATCTTGCTGTAACAATCTAATTGTTACTGGTCTTTTAGGAGAGTCAGGCATCTTATGTGATGTTCCTTT]
consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment
consensus_2952#0 CTGCGCTTCGCGGGAACGCCATGGAAGACAAGGGGACGCAGCCACCGGA---GCCAGCCG 57
consensus_2952#1 -----------------------GAAGACGAGGCGACGCGTCCCTCCTCTCCGCCACCGG 37
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consensus_2952#0 CGGCCGCGGCGATCTCGTCGGTGCTCGCCAACGACGACCTCCTCCGCGAGATCCTGCTCC 117
consensus_2952#1 CGGCTTCTGCGGCCTCGTCGGTGCTCGCCGACGACGACCTCCTCCGCGAGATCCTCCTCC 97
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consensus_2952#0 GCCTCGGCCTCCCCACCACCCTCGTCCGCGCCGCCCTCGTCTCCACCCGCTGGCTCCGCC 177
consensus_2952#1 GCCTCGCCTTCCCCACCACGCTCGTCCGCGCCGCCCTCGTCTCCTCCCGCTGGCTCGGCC 157
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consensus_2952#0 TCGCCTCCGACCCGGCCTTCCTCCGCCGCTTCCGCGCGCGCCACCCGCCGCGCCTCCTCG 237
consensus_2952#1 TCGCCTCCGACTCGTCCTTCCTCCGCCGCTTCCGCGCCCGCAACCCGCCCCGCCTCCTCG 217
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consensus_2952#0 GCTTCTACCACACGGCCAGGGCGCGCTTCCAGGACGAGGTCCCGGCGTTCGTGCCGCTGC 297
consensus_2952#1 GCTTCTACCACACCGC----GCGC-----CGGGACGAGCAGCCGGCGTTCGTGCCGCTTC 268
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consensus_2952#0 CCCAGCCGCCGGAGCTCGCCGCCGCGCTCCGCGGCGCCCGCCTCCGCCTGGCGCCCGGCT 357
consensus_2952#1 CCCAGCCCCCGGAGCTCGCCCCCGTGCTCCGCCGCCTCGG---CGGGTTCGCGCTCGGC- 324
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consensus_2952#0 CCTCCGGCTCCGGCCCCGACGCGCCCGTCATCCTGAGCTGCCGCAACGGCCGCGTCCTCG 417
consensus_2952#1 -----GGCGCCGACGTCTCCGC---CGTGGTCTTCGACTGCCGCAACGGCCGCCTCCTCA 376
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consensus_2952#0 CCGCGGAGTTCCCTCCC------GATGGGCCACGGGTCAGCATCATCAGCCCGATGCA-- 469
consensus_2952#1 GGGCGGAGTTCCCGCCCCCGCCCGACGAGCTACGCTTCGGCGTCGTCTCCCCGCTGCTGC 436
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consensus_2952#0 -CCCCGCCCGCCACCCACCGGCTCTCCCGCTGG-TCTACG-----AACTCCCTCG----- 517
consensus_2952#1 CCCCCGCGCGGAAGCCGCCCGATCTGCCCCCGAACCTGCACTCGCAGCTCCATCAGGTAC 496
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consensus_2952#0 CCAGCCGGGGCAG-ATTCTGCATGCCTCGTGTATGCTCCTCTTCCCAGA---------TG 567
consensus_2952#1 CCAACGATGCCCGTGTGCTGCGCCCGGGCTGGATGCTGCTCCCGGAGGAGGAGGAGGACG 556
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consensus_2952#0 TCGGCAGCGACGATCCGTCCTACACTTTCGTGGAATTTCTACGCAAAGATCAGGAGATGT 627
consensus_2952#1 ACGGCGGCGACGATCTCTCCTACACGCTGGTGGTTCTGATACGAAGAGGCCGTGGATTGT 616
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consensus_2952#0 TGGCCAAGGCAGTTTCTGTAAGGGCTGAAATTTCGGATCTGAACAGTGTCCGTGAATCGG 687
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consensus_2952#0 CAACTATAGAGATTCAGGAAAGCTGGGAAAGGAGCATAAGGCGTGATGTGCTTGTCAATG 747
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consensus_2952#0 GCAATCTCTATCTGTTGGGAGGGAAGGGGCATGTTCTTGGGTTGAATTTGGCATCCATGA 807
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consensus_2952#0 GGCTATTCTTGTTCAGATTGCCAGATGGTGTGCAGCAGCTACACCGGATGGGAAACATTG 867
consensus_2952#1 GCTTGTTCTTGATCAAGCTCCCGGATGGTGTGGAGCAGCTGGAGCATATGGGGAACCTTG 853
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consensus_2952#0 AGCTGCTACGCGCAGGCGATTCCGGCTTATATCTCATCCATCTGAAGGGGTTTCAGATTC 927
consensus_2952#1 AGTTGTTGCGGGACGGCGATTCCGGATTATATCTTGCTCATCTGAAGGGGTTTCAGATTC 913
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consensus_2952#0 ATGTTTGGTTCCGCGCCTCCGATTCCGACATCGGTGGTGGCAACTGGGAGCTGGTTGATA 987
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consensus_2952#0 ACATCTGCTTGGGCGAATCGTTTGGTCAGTTTGCAGAGCCCAATTGGGAATCAGGGGAT- 1046
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consensus_2952#0 --------------GCTCTGGTTGCGCTCCATAGGGTGGAGGACAATGCTGAGGTGTTCT 1092
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consensus_2952#0 TTGAGATGTCACCAGAGGCTTATAGATATTTTGACATATTTCCATTCATGATGCTCTGGC 1212
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consensus_2952#0 CGAAGATTAATGTACTATGCATCAAGAATATATATTACCTGATGCTATC 1422
consensus_2952#1 AGGCATCTTATGTGATGTTCCTTT------------------------- 1408
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| Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||