These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Oryza sativa see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_653#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 461 fasta sequence [CTAATTCAACGAATCTAACATCTATTCCCTCTATCCCAAATATAAGCATTTTGGACTATGTTACGGTCTCCAAGATATTACTTTGATCAACAATATATATAAAAGTAAGATATAAAAGTAAGATGTTTTAAATAAAAAAAGTTGCATATTATGATAGTTATTTATTTATTTTATTAATGGTCAAAGTTAAAAATGTTTGACTTGTCACTATGCTAAAAATGCTTTTATTTTGGGACAGAGGGAGTATATTTATTATACTAGTATGTCTAGATTTATTGAACTATGATGTGTTATCTTCGAGTATGAGGTTGGTTCTTTTGGACGGAGGGAGTAGTTAGCTAAGTTGTTACTTCATTGCTTTAATTTTTAGGAGATGGCTTGTCTTTTTCTCCTGAAAAGATAGATTTGTAGTTATTTTTCTCTCTATTTATAAAATTGAGATTTATCTTTGGATCCAAAAA] [+] EMBL BI813264 [CTAATTCAACGAATCTAACATCTATTCCCTCTATCCCAAATATAAGCATTTTGGACTATGTTACGGTCTCCAAGATATTACTTTGATCAACAATATATATAAAAGTAAGATATAAAAGTAAGATGTTTTAAATAAAAAAAGTTGCATATTATGATAGTTATTTATTTATTTTATTAATGGTCAAAGTTAAAAATGTTTGACTTGTCACTATGCTAAAAATGCTTTTATTTTGGGACAGAGGGAGTATATTTATTATACTAGTATGTCTAGATTTATTGAACTATGATGTGTTATCTTCGAGTATGAGGTTGGTTCTTTTGGACGGAGGGAGTAGTTAGCTAAGTTGTTACTTCATTGCTTTAATTTTTAGGAGATGGCTTGTCTTTTTCTCCTGAAAAGATAGATTTGTAGTTATTTTTCTCTCTATTTATAAAATTGAGATTTATCTTTGGATCCAAAAA] consensusID : consensus_653#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 348 fasta sequence [TGCTGCCAAGATGATTGACTGTGTGGATGCACACACAATGATGATATGAATAGAGTGAAGGATGATAAAAAGTGAAGATGGTTGTGTAAAATAAAAAAAGTTGCATATGTGATGATGAGTTGATTTATTTATTTTATTTAATGGTCAAAAGTTAAAAATGTTTGACTTGTCACCTATGCTAAAAATGCTTTTATTTTGGGACAACGAGGGAGTATATTTATGTATACTAGTGATGGTCTAGATTTGATGTGAACTATGGATGGTGTTATCTTCGAGTAATGAGTTGGTTCTTTTGGACGGAGGGAGTAGTTAGCTAAGTTGTTACTTCATTGCTTTAATTTTTAGGAG] [+] EMBL BI810292 [TGCTGCCAAGATGATTGACTGTGTGGATGCACACACAATGATGATATGAATAGAGTGAAGGATGATAAAAAGTGAAGATGGTTGTGTAAAATAAAAAAAGTTGCATATGTGATGATGAGTTGATTTATTTATTTTATTTAATGGTCAAAAGTTAAAAATGTTTGACTTGTCACCTATGCTAAAAATGCTTTTATTTTGGGACAACGAGGGAGTATATTTATGTATACTAGTGATGGTCTAGATTTGATGTGAACTATGGATGGTGTTATCTTCGAGTAATGAGTTGGTTCTTTTGGACGGAGGGAGTAGTTAGCTAAGTTGTTACTTCATTGCTTTAATTTTTAGGAG] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_653#0 CTAATTCAACGAATCTAACATCTATTCCCTCTATCCCAAATATAAGCATTTTGGACTATG 60 consensus_653#1 -------------------------------------TGCTGCCAAGATGATTGACTGTG 23 * * ** * **** ** consensus_653#0 TTACGGTCTCCAAGATATTACTTTGATCAACAATATATATAAAAGTAAGATATAAAAGTA 120 consensus_653#1 TGGATGCACACACAATGATGATATGA---ATAGAGTGAAGGATGATAAAAAGTGAAGATG 80 * * ** ** * * *** * * * * * *** * * ** * consensus_653#0 AGATGTTTTAAATAAAAAAAGTTGCATATT--ATGAT-AGTT-ATTTATTTATTTTATT- 175 consensus_653#1 -GTTGTGTAAAATAAAAAAAGTTGCATATGTGATGATGAGTTGATTTATTTATTTTATTT 139 * *** * ******************** ***** **** **************** consensus_653#0 AATGGTCAAA-GTTAAAAATGTTTGACTTGTCAC-TATGCTAAAAATGCTTTTATTTTGG 233 consensus_653#1 AATGGTCAAAAGTTAAAAATGTTTGACTTGTCACCTATGCTAAAAATGCTTTTATTTTGG 199 ********** *********************** ************************* consensus_653#0 GACA--GAGGGAGTATATTTAT-TATACTAGTAT--GTCTAGATTTATTG--AACTATGA 286 consensus_653#1 GACAACGAGGGAGTATATTTATGTATACTAGTGATGGTCTAGATTTGATGTGAACTATGG 259 **** **************** ********* ********** ** ******* consensus_653#0 T--GTGTTATCTTCGAGTATGAGGTTGGTTCTTTTGGACGGAGGGAGTAGTTAGCTAAGT 344 consensus_653#1 ATGGTGTTATCTTCGAGTAATGAGTTGGTTCTTTTGGACGGAGGGAGTAGTTAGCTAAGT 319 **************** ************************************* consensus_653#0 TGTTACTTCATTGCTTTAATTTTTAGGAGATGGCTTGTCTTTTTCTCCTGAAAAGATAGA 404 consensus_653#1 TGTTACTTCATTGCTTTAATTTTTAGGAG------------------------------- 348 ***************************** consensus_653#0 TTTGTAGTTATTTTTCTCTCTATTTATAAAATTGAGATTTATCTTTGGATCCAAAAA 461 consensus_653#1 --------------------------------------------------------- |
Copyright Mon Feb 16 12:49:02 CET 2004 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||