These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_4467#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 2 consensus length = 677 fasta sequence [GCCTAANNGTGAATTAGTCGAGACTACATTGAATGATCTGGAGACATCTAAATGTATTTCTATAGAAGATGGTATTGATTTGGCTCCATTAAATCTGGGCATGATATCGGCGTACTATTATATTCAATACAACACAATAGAATTATTCAGTTTATCATTAACAGCTAAAATGAAAATTCGTGGATTATTAGATGTCATTAGTAATGCAGCTGAATTTGATATATTATTACCTGTACGACATCATGAAGATATTTTATTACGTCAATTAAGTGTAAAAGTACCACAGAAATTAGCACCAAAAGCTAAATTTTCTAGTCCACATGTTAAAGCAAATTTATTATTACAAGCCCATTTATCACGTTTACAATTACCAATTGAAATGCAAACAGATACAGATCGTTTATTAGGTTGTACTATACGTTTAATTCAAGCTTGTGTAGATGTATTATCTAGTAATAGTTGGTTAGGTCCTGCTTTAGCAGCTATGGAACTATCACAAATGTGTACACAAGCTGTATGGCATAAAGATTCTTATTTACGTCAAATACCACATTTTACAGCTGAACGTATTAATCAATGTAAAGAAAATAAAGTTGAAACTGTATTTGATTTAATTGAATTAGAAGATGAAGAAACGTATCAATTATTAGATGGATTAAAACACAGTCAATGGCTGA] [+] EMBL CD080551 [GCCTAANNGTGAATTAGTCGAGACTACATTGAATGATCTGGAGACATCTAAATGTATTTCTATAGAAGATGGTATTGATTTGGCTCCATTAAATCTGGGCATGATATCGGCGTACTATTATATTCAATACAACACAATAGAATTATTCAGTTTATCATTAACAGCTAAAATGAAAATTCGTGGATTATTAGATGTCATTAGTAATGCAGCTGAATTTGATATATTATTACCTGTACGACATCATGAAGATATTTTATTACGTCAATTAAGTGTAAAAGTACCACAGAAATTAGCACCAAAAGCTAAATTTTCTAGTCCACATGTTAAAGCAAATTTATTATTACAAGCCCATTTATCACGTTTACAATTACCAATTGAAATGCAAACAGATACAGATCGTTTATTAGGTTGTACTATACGTTTAATTCAAGCTTGTGTAGATGTATTATCTAGTAATAGTTGGTTAGGTCCTGCTTTAGCAGCTATGGAACTATCACAAATGTGTACACAAGCTGTATGGCATAAAGATTCTTATTTACGTCAAATACCACATTTTACAGCTGAACGTATTAATCAATGTAAAGAAAATAAAGTTGAAACTGTATTTGATTTAATTGAATTAGAAGATGAAGAAACGTATCAATTATTAGATGGATTAAAACACAGTCAATGGCTGA] [-] EMBL CD194082 [ AAGTGTAAAAGTACCACAGAAATTAGCACCAAAAGCTAAATTTTCTAGTCCACATGTTAAAGCAAATTTATTATTACAAGCCCATNTATCACGTTTACAATTACCAACTGAAATGCAAACAGATACAGATCGTTTATTAGGTTGTACTATACGTTTAATTCAAGCTTGTGTAGATGTATTATCTAGTAATAGTTGGTTAGGTCCTGCTTTAGCAGCTATGGAACTATCACAAATGTGTACACAAGCTGTATGGCATAAAGATTCTTATTTACGTCAAATACCACATTTT ] consensusID : consensus_4467#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! 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Sequences nbr = 1 consensus length = 418 fasta sequence [TGAAGACCAAGGTAATTTTTAAACTACTCAGTCTTGATTTCTTATGTCATAATATTGGGAAATAATTTCTTAAATTAATTCGCATGCTATTTCATAATAATATAATCATGGGTAAATACTTTTTTTTGTATTTTAGGCTTGTGTAGATGTATTATCTAGTAATAGTTGGTTAGGTCCTGCTTTAGCAGCTATGGAACTATCACAAATGTGTACACAAGCTGTATGGCATAAAGATTCTTATTTACGTCAAATACCACATTTTACAGCTGAACGTATTAATCAATGTAAAGAAAATAAAGTTGAAACTGTATTTGATTTAATTGAATTAGAAGATGAAGAACGTAATCAATTATTAGATGGATTAACACAAGTTCAAATGGCTGATGTAGCTAGATTTTGTAATCGTTATCCAAATATT] [-] EMBL CD136695 [TGAAGACCAAGGTAATTTTTAAACTACTCAGTCTTGATTTCTTATGTCATAATATTGGGAAATAATTTCTTAAATTAATTCGCATGCTATTTCATAATAATATAATCATGGGTAAATACTTTTTTTTGTATTTTAGGCTTGTGTAGATGTATTATCTAGTAATAGTTGGTTAGGTCCTGCTTTAGCAGCTATGGAACTATCACAAATGTGTACACAAGCTGTATGGCATAAAGATTCTTATTTACGTCAAATACCACATTTTACAGCTGAACGTATTAATCAATGTAAAGAAAATAAAGTTGAAACTGTATTTGATTTAATTGAATTAGAAGATGAAGAACGTAATCAATTATTAGATGGATTAACACAAGTTCAAATGGCTGATGTAGCTAGATTTTGTAATCGTTATCCAAATATT] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_4467#0 GCCTAANNGTGAATTAGTCGAGACTACATTGAATGATCTGGAGACATCTAAATGTATTTC 60 consensus_4467#1 ------------------------------------------------------------ consensus_4467#0 TATAGAAGATGGTATTGATTTGGCTCCATTAAATCTGGGCATGATATCGGCGTACTATTA 120 consensus_4467#1 ------------------------------------------------------------ consensus_4467#0 TATTCAATACAACACAATAGAATTATTCAGTTTATCATTAACAGCTAAAATGAAAATTCG 180 consensus_4467#1 ------------------------------------------------------------ consensus_4467#0 TGGATTATTAGATGTCATTAGTAATGCAGCTGAATTTGATATATTATTACCTGTACGACA 240 consensus_4467#1 ------------------------------------------------------------ consensus_4467#0 TCATGAAGATATTTTATTACGTCAATTAAGTGTAAAAGTACCACAGAAATTAGCACCAAA 300 consensus_4467#1 -------------------------------------------------TGAAGACCA-- 9 * * **** consensus_4467#0 AGCTAAATTTTCTAGTCCACATGTTAAAGCAAATTTATTATTACAAGCCCATTTATCACG 360 consensus_4467#1 AGGTAA--TTTTTAAACTAC---TCAGTCTTGATTTCTTATGTCATAATATTGGGAAATA 64 ** *** *** ** * ** * * **** **** ** * * consensus_4467#0 TTTACAATTACCAATTGAAATGCAAACAGATACAGAT-CGTTTATTAGGTTGTACTATAC 419 consensus_4467#1 ATTTCTTAAATTAATTCGCATGCTATTTCATAATAATATAATCATGGGTAAATACTTTTT 124 ** * * **** **** * *** ** * ** * **** * consensus_4467#0 GTT-TAATTCAAGCTTGTGTAGATGTATTATCTAGTAATAGTTGGTTAGGTCCTGCTTTA 478 consensus_4467#1 TTTGTATTTTAGGCTTGTGTAGATGTATTATCTAGTAATAGTTGGTTAGGTCCTGCTTTA 184 ** ** ** * ************************************************ consensus_4467#0 GCAGCTATGGAACTATCACAAATGTGTACACAAGCTGTATGGCATAAAGATTCTTATTTA 538 consensus_4467#1 GCAGCTATGGAACTATCACAAATGTGTACACAAGCTGTATGGCATAAAGATTCTTATTTA 244 ************************************************************ consensus_4467#0 CGTCAAATACCACATTTTACAGCTGAACGTATTAATCAATGTAAAGAAAATAAAGTTGAA 598 consensus_4467#1 CGTCAAATACCACATTTTACAGCTGAACGTATTAATCAATGTAAAGAAAATAAAGTTGAA 304 ************************************************************ consensus_4467#0 ACTGTATTTGATTTAATTGAATTAGAAGATGAAGAAACGTATCAATTATTAGATGGATTA 658 consensus_4467#1 ACTGTATTTGATTTAATTGAATTAGAAGATGAAGAACGTAATCAATTATTAGATGGATTA 364 ************************************ ******************** consensus_4467#0 AAACACAGTCAA-TGGCTGA---------------------------------- 677 consensus_4467#1 ACACAAGTTCAAATGGCTGATGTAGCTAGATTTTGTAATCGTTATCCAAATATT 418 * *** **** ******* |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||