cluster # 4467

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Schistosoma mansoni
cluster # 4467 cluster # 4467 Sequences # 3 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

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consensus_4467#0 length = 677 sequences # 2

consensus_4467#1 length = 418 sequences # 1

consensusID : consensus_4467#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 2
consensus length = 677
fasta sequence

                              [GCCTAANNGTGAATTAGTCGAGACTACATTGAATGATCTGGAGACATCTAAATGTATTTCTATAGAAGATGGTATTGATTTGGCTCCATTAAATCTGGGCATGATATCGGCGTACTATTATATTCAATACAACACAATAGAATTATTCAGTTTATCATTAACAGCTAAAATGAAAATTCGTGGATTATTAGATGTCATTAGTAATGCAGCTGAATTTGATATATTATTACCTGTACGACATCATGAAGATATTTTATTACGTCAATTAAGTGTAAAAGTACCACAGAAATTAGCACCAAAAGCTAAATTTTCTAGTCCACATGTTAAAGCAAATTTATTATTACAAGCCCATTTATCACGTTTACAATTACCAATTGAAATGCAAACAGATACAGATCGTTTATTAGGTTGTACTATACGTTTAATTCAAGCTTGTGTAGATGTATTATCTAGTAATAGTTGGTTAGGTCCTGCTTTAGCAGCTATGGAACTATCACAAATGTGTACACAAGCTGTATGGCATAAAGATTCTTATTTACGTCAAATACCACATTTTACAGCTGAACGTATTAATCAATGTAAAGAAAATAAAGTTGAAACTGTATTTGATTTAATTGAATTAGAAGATGAAGAAACGTATCAATTATTAGATGGATTAAAACACAGTCAATGGCTGA]

[+] EMBL CD080551             [GCCTAANNGTGAATTAGTCGAGACTACATTGAATGATCTGGAGACATCTAAATGTATTTCTATAGAAGATGGTATTGATTTGGCTCCATTAAATCTGGGCATGATATCGGCGTACTATTATATTCAATACAACACAATAGAATTATTCAGTTTATCATTAACAGCTAAAATGAAAATTCGTGGATTATTAGATGTCATTAGTAATGCAGCTGAATTTGATATATTATTACCTGTACGACATCATGAAGATATTTTATTACGTCAATTAAGTGTAAAAGTACCACAGAAATTAGCACCAAAAGCTAAATTTTCTAGTCCACATGTTAAAGCAAATTTATTATTACAAGCCCATTTATCACGTTTACAATTACCAATTGAAATGCAAACAGATACAGATCGTTTATTAGGTTGTACTATACGTTTAATTCAAGCTTGTGTAGATGTATTATCTAGTAATAGTTGGTTAGGTCCTGCTTTAGCAGCTATGGAACTATCACAAATGTGTACACAAGCTGTATGGCATAAAGATTCTTATTTACGTCAAATACCACATTTTACAGCTGAACGTATTAATCAATGTAAAGAAAATAAAGTTGAAACTGTATTTGATTTAATTGAATTAGAAGATGAAGAAACGTATCAATTATTAGATGGATTAAAACACAGTCAATGGCTGA]
[-] EMBL CD194082             [                                                                                                                                                                                                                                                                           AAGTGTAAAAGTACCACAGAAATTAGCACCAAAAGCTAAATTTTCTAGTCCACATGTTAAAGCAAATTTATTATTACAAGCCCATNTATCACGTTTACAATTACCAACTGAAATGCAAACAGATACAGATCGTTTATTAGGTTGTACTATACGTTTAATTCAAGCTTGTGTAGATGTATTATCTAGTAATAGTTGGTTAGGTCCTGCTTTAGCAGCTATGGAACTATCACAAATGTGTACACAAGCTGTATGGCATAAAGATTCTTATTTACGTCAAATACCACATTTT                                                                                                                         ]




>consensus_4467#0
GCCTAANNGTGAATTAGTCGAGACTACATTGAATGATCTGGAGACATCTAAATGTATTTC
TATAGAAGATGGTATTGATTTGGCTCCATTAAATCTGGGCATGATATCGGCGTACTATTA
TATTCAATACAACACAATAGAATTATTCAGTTTATCATTAACAGCTAAAATGAAAATTCG
TGGATTATTAGATGTCATTAGTAATGCAGCTGAATTTGATATATTATTACCTGTACGACA
TCATGAAGATATTTTATTACGTCAATTAAGTGTAAAAGTACCACAGAAATTAGCACCAAA
AGCTAAATTTTCTAGTCCACATGTTAAAGCAAATTTATTATTACAAGCCCATTTATCACG
TTTACAATTACCAATTGAAATGCAAACAGATACAGATCGTTTATTAGGTTGTACTATACG
TTTAATTCAAGCTTGTGTAGATGTATTATCTAGTAATAGTTGGTTAGGTCCTGCTTTAGC
AGCTATGGAACTATCACAAATGTGTACACAAGCTGTATGGCATAAAGATTCTTATTTACG
TCAAATACCACATTTTACAGCTGAACGTATTAATCAATGTAAAGAAAATAAAGTTGAAAC
TGTATTTGATTTAATTGAATTAGAAGATGAAGAAACGTATCAATTATTAGATGGATTAAA
ACACAGTCAATGGCTGA

consensusID : consensus_4467#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 418
fasta sequence

                              [TGAAGACCAAGGTAATTTTTAAACTACTCAGTCTTGATTTCTTATGTCATAATATTGGGAAATAATTTCTTAAATTAATTCGCATGCTATTTCATAATAATATAATCATGGGTAAATACTTTTTTTTGTATTTTAGGCTTGTGTAGATGTATTATCTAGTAATAGTTGGTTAGGTCCTGCTTTAGCAGCTATGGAACTATCACAAATGTGTACACAAGCTGTATGGCATAAAGATTCTTATTTACGTCAAATACCACATTTTACAGCTGAACGTATTAATCAATGTAAAGAAAATAAAGTTGAAACTGTATTTGATTTAATTGAATTAGAAGATGAAGAACGTAATCAATTATTAGATGGATTAACACAAGTTCAAATGGCTGATGTAGCTAGATTTTGTAATCGTTATCCAAATATT]

[-] EMBL CD136695             [TGAAGACCAAGGTAATTTTTAAACTACTCAGTCTTGATTTCTTATGTCATAATATTGGGAAATAATTTCTTAAATTAATTCGCATGCTATTTCATAATAATATAATCATGGGTAAATACTTTTTTTTGTATTTTAGGCTTGTGTAGATGTATTATCTAGTAATAGTTGGTTAGGTCCTGCTTTAGCAGCTATGGAACTATCACAAATGTGTACACAAGCTGTATGGCATAAAGATTCTTATTTACGTCAAATACCACATTTTACAGCTGAACGTATTAATCAATGTAAAGAAAATAAAGTTGAAACTGTATTTGATTTAATTGAATTAGAAGATGAAGAACGTAATCAATTATTAGATGGATTAACACAAGTTCAAATGGCTGATGTAGCTAGATTTTGTAATCGTTATCCAAATATT]




>consensus_4467#1
TGAAGACCAAGGTAATTTTTAAACTACTCAGTCTTGATTTCTTATGTCATAATATTGGGA
AATAATTTCTTAAATTAATTCGCATGCTATTTCATAATAATATAATCATGGGTAAATACT
TTTTTTTGTATTTTAGGCTTGTGTAGATGTATTATCTAGTAATAGTTGGTTAGGTCCTGC
TTTAGCAGCTATGGAACTATCACAAATGTGTACACAAGCTGTATGGCATAAAGATTCTTA
TTTACGTCAAATACCACATTTTACAGCTGAACGTATTAATCAATGTAAAGAAAATAAAGT
TGAAACTGTATTTGATTTAATTGAATTAGAAGATGAAGAACGTAATCAATTATTAGATGG
ATTAACACAAGTTCAAATGGCTGATGTAGCTAGATTTTGTAATCGTTATCCAAATATT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_4467#0      GCCTAANNGTGAATTAGTCGAGACTACATTGAATGATCTGGAGACATCTAAATGTATTTC 60
consensus_4467#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4467#0      TATAGAAGATGGTATTGATTTGGCTCCATTAAATCTGGGCATGATATCGGCGTACTATTA 120
consensus_4467#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4467#0      TATTCAATACAACACAATAGAATTATTCAGTTTATCATTAACAGCTAAAATGAAAATTCG 180
consensus_4467#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4467#0      TGGATTATTAGATGTCATTAGTAATGCAGCTGAATTTGATATATTATTACCTGTACGACA 240
consensus_4467#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_4467#0      TCATGAAGATATTTTATTACGTCAATTAAGTGTAAAAGTACCACAGAAATTAGCACCAAA 300
consensus_4467#1      -------------------------------------------------TGAAGACCA-- 9
                                                                       * *  ****  

consensus_4467#0      AGCTAAATTTTCTAGTCCACATGTTAAAGCAAATTTATTATTACAAGCCCATTTATCACG 360
consensus_4467#1      AGGTAA--TTTTTAAACTAC---TCAGTCTTGATTTCTTATGTCATAATATTGGGAAATA 64
                      ** ***  *** **  * **   * *      **** ****  **      *     *  

consensus_4467#0      TTTACAATTACCAATTGAAATGCAAACAGATACAGAT-CGTTTATTAGGTTGTACTATAC 419
consensus_4467#1      ATTTCTTAAATTAATTCGCATGCTATTTCATAATAATATAATCATGGGTAAATACTTTTT 124
                       ** *    *  ****   **** *    ***   **    * **  *    **** *  

consensus_4467#0      GTT-TAATTCAAGCTTGTGTAGATGTATTATCTAGTAATAGTTGGTTAGGTCCTGCTTTA 478
consensus_4467#1      TTTGTATTTTAGGCTTGTGTAGATGTATTATCTAGTAATAGTTGGTTAGGTCCTGCTTTA 184
                       ** ** ** * ************************************************

consensus_4467#0      GCAGCTATGGAACTATCACAAATGTGTACACAAGCTGTATGGCATAAAGATTCTTATTTA 538
consensus_4467#1      GCAGCTATGGAACTATCACAAATGTGTACACAAGCTGTATGGCATAAAGATTCTTATTTA 244
                      ************************************************************

consensus_4467#0      CGTCAAATACCACATTTTACAGCTGAACGTATTAATCAATGTAAAGAAAATAAAGTTGAA 598
consensus_4467#1      CGTCAAATACCACATTTTACAGCTGAACGTATTAATCAATGTAAAGAAAATAAAGTTGAA 304
                      ************************************************************

consensus_4467#0      ACTGTATTTGATTTAATTGAATTAGAAGATGAAGAAACGTATCAATTATTAGATGGATTA 658
consensus_4467#1      ACTGTATTTGATTTAATTGAATTAGAAGATGAAGAACGTAATCAATTATTAGATGGATTA 364
                      ************************************    ********************

consensus_4467#0      AAACACAGTCAA-TGGCTGA---------------------------------- 677
consensus_4467#1      ACACAAGTTCAAATGGCTGATGTAGCTAGATTTTGTAATCGTTATCCAAATATT 418
                      * ***   **** *******