These datas are free for academic use only, please contact me for any other use. Schistosoma mansoni see consensus multiple alignment with clustalw Direct access to contigs :
consensusID : consensus_628#0 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 373 fasta sequence [GGAGCACTCACTCACACCTGGACGTGCTGGATACTGTGCGCTTACCGAACATTGAAAACGAAACTGACAGTCTTAGTGTATTCATTATGTCGATCAAGTACAAAATGATCACTAAAACGTTGTATTATACCCTGTGGAAAATAAGTAGTAATTGTTTAATGAGTTCAGGTAGAAATGTTTGATTATAATAAATTTAAGTGGTTCTACAAGAGACGTCTGTTCTGAATTTAACTGTGTTAACTGATCAACAATTTTAATTGTTAAAATGAATTTAAACGGAATAATTAAAATGAAAATTGTTCGTTTGAATCTTTTAATTTGTTGTTTAAGAACTGCATTGAATAAGTCTCTAATGACAAATGCGCATTACTGT] [+] EMBL CD157930 [GGAGCACTCACTCACACCTGGACGTGCTGGATACTGTGCGCTTACCGAACATTGAAAACGAAACTGACAGTCTTAGTGTATTCATTATGTCGATCAAGTACAAAATGATCACTAAAACGTTGTATTATACCCTGTGGAAAATAAGTAGTAATTGTTTAATGAGTTCAGGTAGAAATGTTTGATTATAATAAATTTAAGTGGTTCTACAAGAGACGTCTGTTCTGAATTTAACTGTGTTAACTGATCAACAATTTTAATTGTTAAAATGAATTTAAACGGAATAATTAAAATGAAAATTGTTCGTTTGAATCTTTTAATTTGTTGTTTAAGAACTGCATTGAATAAGTCTCTAATGACAAATGCGCATTACTGT] consensusID : consensus_628#1 NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site ! NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site ! Sequences nbr = 1 consensus length = 364 fasta sequence [GGAGCACTCACTCACACCTGGACGTGCTGGATACTGTGCGCTTATCGAACATTGAAAACGAAACTGACAGTCTTAGTGTATTCATTATGTCGATCAAGTACAAAATGATCACTAAAACGTTGTATTATACCCTGTGGAAATAAGTAGTAATTGTTTAATGAGTTCAGGTAGAAATGTTTGATTATAATTAATTTAAGTGGTTCTACAAGAGACGTCTGTTCTGATTTCACTGTGTTAACTGATCACATTTTCATTGTTAAATGATTTAACGGAATAATTCATTTGTGATTGTTCGTTTGAATCTTTTCATTTGTTGTTTAGGACTGCGATTGATCAGTCTCTTATTGACATATGCGCATACNTG] [+] EMBL CD157915 [GGAGCACTCACTCACACCTGGACGTGCTGGATACTGTGCGCTTATCGAACATTGAAAACGAAACTGACAGTCTTAGTGTATTCATTATGTCGATCAAGTACAAAATGATCACTAAAACGTTGTATTATACCCTGTGGAAATAAGTAGTAATTGTTTAATGAGTTCAGGTAGAAATGTTTGATTATAATTAATTTAAGTGGTTCTACAAGAGACGTCTGTTCTGATTTCACTGTGTTAACTGATCACATTTTCATTGTTAAATGATTTAACGGAATAATTCATTTGTGATTGTTCGTTTGAATCTTTTCATTTGTTGTTTAGGACTGCGATTGATCAGTCTCTTATTGACATATGCGCATACNTG] consensus multiple alignement with clustalw CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment consensus_628#0 GGAGCACTCACTCACACCTGGACGTGCTGGATACTGTGCGCTTACCGAACATTGAAAACG 60 consensus_628#1 GGAGCACTCACTCACACCTGGACGTGCTGGATACTGTGCGCTTATCGAACATTGAAAACG 60 ******************************************** *************** consensus_628#0 AAACTGACAGTCTTAGTGTATTCATTATGTCGATCAAGTACAAAATGATCACTAAAACGT 120 consensus_628#1 AAACTGACAGTCTTAGTGTATTCATTATGTCGATCAAGTACAAAATGATCACTAAAACGT 120 ************************************************************ consensus_628#0 TGTATTATACCCTGTGGAAAATAAGTAGTAATTGTTTAATGAGTTCAGGTAGAAATGTTT 180 consensus_628#1 TGTATTATACCCTGTGGAAA-TAAGTAGTAATTGTTTAATGAGTTCAGGTAGAAATGTTT 179 ******************** *************************************** consensus_628#0 GATTATAATAAATTTAAGTGGTTCTACAAGAGACGTCTGTTCTGAATTTAACTGTGTTAA 240 consensus_628#1 GATTATAATTAATTTAAGTGGTTCTACAAGAGACGTCTGTTCTGA-TTTCACTGTGTTAA 238 ********* *********************************** *** ********** consensus_628#0 CTGATCAACAATTTTAATTGTTAAAATGAATTTAAACGGAATAATTAAAATGAAAATTGT 300 consensus_628#1 CTGATCA--CATTTTCATTGTTAAA-TGA--TTTAACGGAATAATTCATTTGTGA-TTGT 292 ******* ***** ********* *** ** ************ * ** * **** consensus_628#0 TCGTTTGAATCTTTTAATTTGTTGTTTAAGAACTGCATTGAATAAGTCTCTAAT-GACAA 359 consensus_628#1 TCGTTTGAATCTTTTCATTTGTTGTTTAGGA-CTGCGATTGATCAGTCTCTTATTGACAT 351 *************** ************ ** **** * ** ******* ** **** consensus_628#0 ATGCGCATTACTGT 373 consensus_628#1 ATGCGCATACNTG- 364 ******** ** |
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner (hubert.wassner@noos.fr) | ||||