cluster # 6735

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 6735 cluster # 6735 Sequences # 4 consensus # 2

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :

consensus_6735#0 length = 1075 sequences # 3

consensus_6735#1 length = 445 sequences # 1

consensusID : consensus_6735#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 3
consensus length = 1075
fasta sequence

                              [CCGAGGGCCANAATTCGGCACGAGGGCTTGTCCACAAATGTTAGTTAATTTCAAAAAGTAAATGTTTTACCCACAAAATGTCCTAGATTGTGAAACTTATCTTCTATCAATGAATGAATAGAATTCAGTCCGTGTTGCATGCTTTAAGTGTTCATATTAACTATTATATTTCTGGTTTATTTGTTCTGTTTGAAGATCATAACCTCGATGTCAAAAGTAAGGGGAGGAGTCATTCAATCAAACCTTATTTTAGTAAGAATCATTTTTGCCCACTTGACTCATATTTTCTTCTGTGGTCTAATTATCTACCTCTTACGTAAAACTGATCGATCACTAAATAGTCACTTAAATATATATCACTCGGGGTCGCTGTTGAATAGGTTAATCTAAACTCCAACGGACTCATCTTGAGTGTTCTCATGAAATGTAATGACCAGTTTTCTAAGAATAATCTCGACCACAGTATTCAGTTGTTTGTACACTAACTCAGTTTTTTAATGGTTTTTAAAATTAAAAACAAAAACTTTTTATTTACAAATTTTTTGTATTCTGCCCATAGTTGTTTGGTCGTTCCTTTGTTTTGTTTTGTATTGTATTGCCACATGCTGAATTCCATTCTGCGTCTACAACTTATTGGC-TTTTCTTTTCATGGAGTCTCATTGAAGTTGTTAGATATCCATATTACATTTTGTCATTATTAAGTTTTCAAAATGGACTTATCACTTATTTACGTCATACATTATGGATAATATTATATCCCATTGGATTTATATGTGAAGGCAAATTAATCATTCGATCACTGCCTTTATTGATGGAGTCCCGAAAATTCTGTTTAGAACTACCGAATCCAGCTAATGTCAGCTTTGATTTTACAACTTTTCTTCAAATATATATGTTCTCTATGTCTTTTGGTTTATACTATAATATGAGACATTTATATTTGAGACGACGTAAAATAATTGGTCCTCGACCAATTAAAGGAGCTGATCAAATGGGTTATCTTTCTTTTATACCATTCTTACGTTCATTAGTTCATGGATCAAAGATGAAAAATGGCTCTACTACCACTAGTACT]

[+] EMBL CD082779             [CCGAGGGCCANAATTCGGCACGAGGGCTTGTCCACAAATGTTAGTTAATTTCAAAAAGTAAATGTTTTACCCACAAAATGTCCTAGATTGTGAAACTTATCTTCTATCAATGAATGAATAGAATTCAGTCCGTGTTGCATGCTTTAAGTGTTCATATTAACTATTATATTTCTGGTTTATTTGTTCTGTTTGAAGATCATAACCTCGATGTCAAAAGTAAGGGGAGGAGTCATTCAATCAAACCTTATTTTAGTAAGAATCATTTTTGCCCACTTGACTCATATTTTCTTCTGTGGTCTAATTATCTACCTCTTACGTAAAACTGATCGATCACTAAATAGTCACTTAAATATATATCACTCGGGGTCGCTGTTGAATAGGTTAATCTAAACTCCAACGGACTCATCTTGAGTGTTCTCATGAAATGTAATGACCAGTTTTCTAAGAATAATCTCGACCACAGTATTCAGTTGTTTGTACACTAACTCAGTTTTTTAATGGTTTTTAAAATTAAAAACAAAAACTTTTTATTTACAAATTTTTTGTATTCTGCCCATAGTTGTTTGGTCGTTCCTTTGTTTTGTTTTGTATTGTATTGCCACATGCTGAATTCCATTCTGCGTCTACAACTTATTGGC TNTTCTTTTCATG                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ]
[-] EMBL CD074974             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tttttcAGTTGTTTGGTCGTTCCTTTGTTTTGTTTTGTATTGTATTGCCACATGCTGAATTCCATTCTGCGTCTACAACTTATTGGC TTTTCTTTTCATGGAGTCTCATTGAAGTTGTTAGATATCCATATTACATTTTGTCATTATTAAGTTTTCAAAATGGACTTATCACTTATTTACGTCATACATTATGGATAATATTATATCCCATTGGATTTATATGTGAAGGCAAATTAATCATTCGATCACTGCCTTTATTGATGGAGTCCCGAAAATTCTGTTTAGAACTACCGAATCCAGCTAATGTCAGCTTTGATTTTACAACTTTTCTTCAAATATATATGTTCTCTATGTCTTTTGGTTTATACTATAATATGAGACATTTATATTTGAGACGACGTAAAATAATTGGTCCTCGACCAATTAAAGGAGCTGATCAAATGGGTTATCTTTCTTTTATACCATTCTTACGTTCATTAGTTCATGGATCAAAGATGAAAAATGGCTCTACTACCACTAGTACT]
[-] EMBL CD076371             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CAAC TATTGGCTTTTTCTTTTCATGGAGTCTCATTGAAGTTGTTAGATATCCATATTACATTTTGTCATTATTAAGTTTTCAAAATGGACTTATCACTTATTTACGTCATACATTATGGATAATATTATATCCCATTGGATTTATATGTGAAGGCAAATTAATCATTCGATCACTGCCTTTATTGATGGAGTCCCGAAAATTCTGTTTAGAACTACCGAATCCAGCTAATGTCAGCTTTGATTTTACAACTTTTCTTCAAATATATATGTTCTCTATGTCTTTTGGTTTATACTATAATATGAGACATTTATATTTGAGACGACGTAAAATAATTGGTCCTCGACCAATTAAAGGAGCTGATCAAATGGGTTATCTTTCTTTTATACCATTCTTACGTTCATTAGTTCATGGATCACACATGAAAAATGGCTCTACTACCACTAGTACT]




>consensus_6735#0
CCGAGGGCCANAATTCGGCACGAGGGCTTGTCCACAAATGTTAGTTAATTTCAAAAAGTA
AATGTTTTACCCACAAAATGTCCTAGATTGTGAAACTTATCTTCTATCAATGAATGAATA
GAATTCAGTCCGTGTTGCATGCTTTAAGTGTTCATATTAACTATTATATTTCTGGTTTAT
TTGTTCTGTTTGAAGATCATAACCTCGATGTCAAAAGTAAGGGGAGGAGTCATTCAATCA
AACCTTATTTTAGTAAGAATCATTTTTGCCCACTTGACTCATATTTTCTTCTGTGGTCTA
ATTATCTACCTCTTACGTAAAACTGATCGATCACTAAATAGTCACTTAAATATATATCAC
TCGGGGTCGCTGTTGAATAGGTTAATCTAAACTCCAACGGACTCATCTTGAGTGTTCTCA
TGAAATGTAATGACCAGTTTTCTAAGAATAATCTCGACCACAGTATTCAGTTGTTTGTAC
ACTAACTCAGTTTTTTAATGGTTTTTAAAATTAAAAACAAAAACTTTTTATTTACAAATT
TTTTGTATTCTGCCCATAGTTGTTTGGTCGTTCCTTTGTTTTGTTTTGTATTGTATTGCC
ACATGCTGAATTCCATTCTGCGTCTACAACTTATTGGCTTTTCTTTTCATGGAGTCTCAT
TGAAGTTGTTAGATATCCATATTACATTTTGTCATTATTAAGTTTTCAAAATGGACTTAT
CACTTATTTACGTCATACATTATGGATAATATTATATCCCATTGGATTTATATGTGAAGG
CAAATTAATCATTCGATCACTGCCTTTATTGATGGAGTCCCGAAAATTCTGTTTAGAACT
ACCGAATCCAGCTAATGTCAGCTTTGATTTTACAACTTTTCTTCAAATATATATGTTCTC
TATGTCTTTTGGTTTATACTATAATATGAGACATTTATATTTGAGACGACGTAAAATAAT
TGGTCCTCGACCAATTAAAGGAGCTGATCAAATGGGTTATCTTTCTTTTATACCATTCTT
ACGTTCATTAGTTCATGGATCAAAGATGAAAAATGGCTCTACTACCACTAGTACT

consensusID : consensus_6735#1
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 1
consensus length = 445
fasta sequence

                              [TGGTGCCGGCGCCCCCCTCGACACGCCGTTATTGATCGAAGTCCCGCGAATCTGTTTGAACTACCGAGATCAGCTAATGTCAGCGTTTAGTTTCAACATTTCTTCAAAAATATATGATCTCTATGTCTTTTGGGTATACTATATATGAGACATTTTATTTGAGACGACGCTAAATTAATGGTCTCGACCAATTAAAGGGCTGATCAAATGGGTATCCTCTTTATACCACTCTACGGTCAATAGTTCATGGATCAAAGATGAAAATGGCTCTACTACCACTAGTACTAGTACCATTAAAAAGGAGTATATAGATAATCGTAGCAGTTTACCGGAATTAAACTAATTTATTTCTTTGCATTACATGTATAATTTCCATGATGTAATAATTGTTAAATGATGTGATATTTTATTCTATGTATCTTAATAAATAAATAAATTGTATTTT]

[-] EMBL AW063002             [TGGTGCCGGCGCCCCCCTCGACACGCCGTTATTGATCGAAGTCCCGCGAATCTGTTTGAACTACCGAGATCAGCTAATGTCAGCGTTTAGTTTCAACATTTCTTCAAAAATATATGATCTCTATGTCTTTTGGGTATACTATATATGAGACATTTTATTTGAGACGACGCTAAATTAATGGTCTCGACCAATTAAAGGGCTGATCAAATGGGTATCCTCTTTATACCACTCTACGGTCAATAGTTCATGGATCAAAGATGAAAATGGCTCTACTACCACTAGTACTAGTACCATTAAAAAGGAGTATATAGATAATCGTAGCAGTTTACCGGAATTAAACTAATTTATTTCTTTGCATTACATGTATAATTTCCATGATGTAATAATTGTTAAATGATGTGATATTTTATTCTATGTATCTTAATAAATAAATAAATTGTATTTT]




>consensus_6735#1
TGGTGCCGGCGCCCCCCTCGACACGCCGTTATTGATCGAAGTCCCGCGAATCTGTTTGAA
CTACCGAGATCAGCTAATGTCAGCGTTTAGTTTCAACATTTCTTCAAAAATATATGATCT
CTATGTCTTTTGGGTATACTATATATGAGACATTTTATTTGAGACGACGCTAAATTAATG
GTCTCGACCAATTAAAGGGCTGATCAAATGGGTATCCTCTTTATACCACTCTACGGTCAA
TAGTTCATGGATCAAAGATGAAAATGGCTCTACTACCACTAGTACTAGTACCATTAAAAA
GGAGTATATAGATAATCGTAGCAGTTTACCGGAATTAAACTAATTTATTTCTTTGCATTA
CATGTATAATTTCCATGATGTAATAATTGTTAAATGATGTGATATTTTATTCTATGTATC
TTAATAAATAAATAAATTGTATTTT

consensus multiple alignement with clustalw

CLUSTAL W (1.82) multiple sequence alignment


consensus_6735#0      CCGAGGGCCANAATTCGGCACGAGGGCTTGTCCACAAATGTTAGTTAATTTCAAAAAGTA 60
consensus_6735#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6735#0      AATGTTTTACCCACAAAATGTCCTAGATTGTGAAACTTATCTTCTATCAATGAATGAATA 120
consensus_6735#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6735#0      GAATTCAGTCCGTGTTGCATGCTTTAAGTGTTCATATTAACTATTATATTTCTGGTTTAT 180
consensus_6735#1      ----------------------------------TGGTGCCGGCGCCCCCCTCGACACGC 26
                                                        *  *  *            *      

consensus_6735#0      TTGTTCTGTTTGAAGATCATAACCTCGATGTCAAAAGTAAGGGGAGGAGTCATTCAATCA 240
consensus_6735#1      CGTTATTGATCGAAGTCCCGCGAATC--TGTTTGAACTACCGAGATCAGCTAAT--GTCA 82
                         *  ** * ****  *      **  ***   ** **  * **  **  * *   ***

consensus_6735#0      AACCTTATTTTAGTAAGAATCATTTTTGCCCACTTGACTCATAT-TTTCTTCTGTGGTCT 299
consensus_6735#1      GCGTTTAGTTT--CAACATTTCTTCAAAAATATATGATCTCTATGTCTTTTGGGTATACT 140
                          *** ***   ** * *  **       *  ***    *** * * **  **   **

consensus_6735#0      AATTATCT-ACCTCTTACGTAAAACTGATCGATCACTAAATAGTCACTTAAATATATATC 358
consensus_6735#1      ATATATGAGACATTTTATTTGAGAC--GACGCTAAATTAATGGTCTCG---------ACC 189
                      *  ***   ** * ***  * * **    ** * * * *** *** *          * *

consensus_6735#0      ACTCGGGGTCGCTGTTGAATAGGT-TAATCTAAACTCCAACGGACTCATCTTGAGTGTTC 417
consensus_6735#1      AATTAAAGGGCTGATCAAATGGGTATCCTCTTTATACCACTCTACG-GTCAATAGTTCAT 248
                      * *    *      *  *** *** *  ***  *  ***    **   **   ***    

consensus_6735#0      TCATGAAATGTAATGACCAGTTTTCTAAGAATAATCTCGACCACAGTATTCAGTTGTTTG 477
consensus_6735#1      GGATCAAAGATGAAAATGGCTCTACTACCACTAGTACTAGTACCATTAAAAAGGAGTATA 308
                        ** ***  * *  *    * * ***  * ** *        ** **   **  ** * 

consensus_6735#0      TACACTAACTCAGTTTTTTAATGGTTTTTAAAATTAAAAACAAAAACTTTTTATT-TACA 536
consensus_6735#1      TAGATAATCGTAGCAGTTTACCGGAATT--AAACTAAT--TTATTTCTTTGCATTACATG 364
                      ** *  * *  **   ****  **  **  *** ***     *   ****  ***  *  

consensus_6735#0      AATTTTTTGTATTCTGCCCATAGTTGTTTGGTCGTTCCTTTGTTTTGTTTTGTATTGTAT 596
consensus_6735#1      TATAATTTCCATGATGTA-ATAATTGTTAAAT-GATGTGATATTTTATTCTATGT-ATCT 421
                       **  ***  **  **   *** *****   * * *    * **** ** * * *  * *

consensus_6735#0      TGCCACATGC-TGAATTCCATTCTGCGTCTACAACTTATTGGCTTTTCTTTTCATGGAGT 655
consensus_6735#1      TAATAAATAAATAAATTGTATTTT------------------------------------ 445
                      *   * **   * ****  *** *                                    

consensus_6735#0      CTCATTGAAGTTGTTAGATATCCATATTACATTTTGTCATTATTAAGTTTTCAAAATGGA 715
consensus_6735#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6735#0      CTTATCACTTATTTACGTCATACATTATGGATAATATTATATCCCATTGGATTTATATGT 775
consensus_6735#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6735#0      GAAGGCAAATTAATCATTCGATCACTGCCTTTATTGATGGAGTCCCGAAAATTCTGTTTA 835
consensus_6735#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6735#0      GAACTACCGAATCCAGCTAATGTCAGCTTTGATTTTACAACTTTTCTTCAAATATATATG 895
consensus_6735#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6735#0      TTCTCTATGTCTTTTGGTTTATACTATAATATGAGACATTTATATTTGAGACGACGTAAA 955
consensus_6735#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6735#0      ATAATTGGTCCTCGACCAATTAAAGGAGCTGATCAAATGGGTTATCTTTCTTTTATACCA 1015
consensus_6735#1      ------------------------------------------------------------
                                                                                  

consensus_6735#0      TTCTTACGTTCATTAGTTCATGGATCAAAGATGAAAAATGGCTCTACTACCACTAGTACT 1075
consensus_6735#1      ------------------------------------------------------------