Home
Who am I
Technology
EST Assembly
Contact

These datas are free for academic use only, please contact me for any other use.

Schistosoma mansoni
cluster # 7838 cluster # 7838       Sequences # 5       consensus # 1

see consensus multiple alignment with clustalw

Direct access to contigs :
consensus_7838#0 length = 884 sequences # 5  
consensusID : consensus_7838#0
NCBI blastX ! send the sequence to the NCBI site !
NCBI blastN ! send the sequence to the NCBI site !
Sequences nbr = 5
consensus length = 884
fasta sequence 
                              [CCTCCAGGCCAANAATTTGCACGAGGGGCGTTACTTCGTCATTCATATGATGAAGTTCAACTTATCGAAGCTCAGAAAAACACTCTCGAAAACCAAAAAGAAGCCCAGACGCCATCCTGGAAAGATTGTTAAAGTTTCTAAACATTTCAAAAATCCAAAGAAGAACACTTTTGATTGTTTGATAAACTCTTCAATGTTTCGATTTTTGAATGAAAAGTTGTATACTTGCACAAGTGAAGAGGCAGCTACCATTTTTAAGGAGGATCCTAAATCATTCGAAATATACCATGAAGGTTACCAACGCCAACTTTCCCAGTGGCCTCAAGATCCTCTCATCTGGGTCAAGAGTAAAATTGTCGAAGAATGTTCAAATTTAATGACAAATTATACAGTGGCTGATCTCGGGTGTGGTGATGGAAGATTGAGTCATCTATTGCCTAGTAATTACGAAGTGTATTTTTTTGATCTTGTCTCCTTAAACGAACGTGTCATTGCATGTGATATGGCTCATACACCTCTTAAAAACGATGAAGTTGATTTCGCAGTGTTTTGCTTATCTTTGATGGGAACCAATTGTTCAGAATTCTTGTATGAAGCGAATCGCATTTTAAAATCTGGTGGTATTCTAATAATCGTTGATGTAACTAGCAGATTTGACGGAAAATTCAATGATTTTTTGAAAAAGCTAAAGCGTTATGGGTTCGCTAAACAATTTTCAGAGATAACTAGTGATACGTACTTTGTTCGTGCTCTTCTTCGCAAAGTGTCTTCTTGTTCCTCAGAGCTTGTGCACAGTTTACCGAAACTAAACTTGAAACCATGCTCCTATAAAAAAAGATGATTGATATTTGTTTCTTTTGTAAATTATTTCTCTAAATATACAC]

[+] EMBL CD079591             [CCTCCAGGCCAANAATTTGCACGAGGGGCGTTACTTCGTCATTCATATGATGAAGTTCAACTTATCGAAGCTCAGAAAAACACTCTCGAAAACCAAAAAGAAGCCCAGACGCCATCCTGGAAAGATTGTTAAAGTTTCTAAACATTTCAAAAATCCAAAGAAGAACACTTTTGATTGTTTGATAAACTCTTCAATGTTTCGATTTTTGAATGAAAAGTTGTATACTTGCACAAGTGAAGAGGCAGCTACCATTTTTAAGGAGGATCCTAAATCATTCGAAATATACCATGAAGGTTACCAACGCCAACTTTCCCAGTGGCCTCAAGATCCTCTCATCTGGGTCAAGAGTAAAATTGTCGAAGAATGTTCAAATTTAATGACAAATTATACAGTGGCTGATCTCGGGTGTGGTGATGGAAGATTGAGTCATCTATTGCCTAGTAATTACGAAGTGTATTTTTTTGATCTTGTCTCCTTAAACGAACGTGTCATTGCATGTGATATGGCTCATACACCTCTTAAAAACGATGAAGTTGATTTCGCAGTGTTTTGCTTATCTTTGATGGGAACCAATTGTTCAGAATTCTTGTATGAAGCGAATCGCATTTTAAAATCTGGTGGTATTCTAATAATCGTTGATGTAACTAGCAGATTTGACGGANAATTCAATGATTNTTTG AAAAGCTAAAGCGTTATGGGTTCGCTAAACAATTNTCAGAGATAACTAGTGATACGTACTTTGTTCGTGCTCTTC TCGC AAGTGTCTTCTT TGTCTCAGAGC TGTGCACAG TTA CGAANCTAAAC TGAA  CATGCT CTAT  AAAAAGATGA TGATATTTG  TC TTTG AAANTA TTCTCTATAT      ]
[+] EMBL CD078060             [                                 CTTCGGCATTCATATGATGAAGGTCAACTTATCGAAGCTCAGAAAAACACTCTCGAAAACCAAAAAGAAGCCCAGACGCCATCCTGGAAAGATTGTTAAAGTTTCTAAACATTTCAAAAATCCAAAGAAGAACACTTTTGATTGTTTGATAAACTCTTCAATGTTTCGATTTTTGAATGAAAAGTTGTATACTTGCACAAGTGAAGAGGCAGCTACCATTTTTAAGGAGGATCCTAAATCATTCGAAATATACCATGAAGGTTACCAACGCCAACTTTCCCAGTGGCCTCAA                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ]
[-] EMBL CD073851             [                                                                                                                                                                                                                             ATACTTGCACAAGTGAAGAGGCAGCTACCATTTTTAAGGAGGATCCTAAATCATTCGAAATATACCATGAAGGTTACCAACGCCAACTTTCCCAGTGGCCTCAAGATCCTCTCATCTGGGTCAAGAGTAAAATTGTCGAAGAATGTTCAAATTTAATGACAAATTATACAGTGGCTGATCTCGGGTGTGGTGATGGAAGATTGAGTCATCTATTGCCTAGTAATTACGAAGTGTATTTTTTTGATCTTGTCTCCTTAAACGAACGTGTCATTGCATGTGATATGGCTCATACACCTCTTAAAAACGATGAAGTTGATTTCGCAGTGTTTTGCTTATCTTTGATGGGAACCAATTGTTCAGAATTCTTGTATGAAGCGAATCGCATTTTAAAATCTGGTGGTATTCTAATAATCGTTGATGTAACTAGCAGATTTGACGGAAAATTCAATGATTTTTTGAAAAAGCTAAAGCGTTATGGGTTCGCTAAACAATTTTCAGAGATAACTAGTGATACGTACTTTGTTCGTGCTCTTCTTCGCAAAGTGTCTTCTTGTTCCTCAGAGCTTGTGCACAGTTTACCGAAACTAAACTTGAAACCATGCTCCTATAAAAAAAGATGATTGATATTTGTTTCTTTTGTAAATTATTTCTCTAAATATACAC]
[-] EMBL CD073862             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          AGTAAAATTGTCGAAGAATGTTCAAATTTAATGGCAAATTATACAGTGGCTGATCTCGGGTGTGGTGATGGAAGATTGAGTCATCTATTGCCTAGTAATTACGAAGTGTATTTTTTTGATCTTGTCTCCTTAAACGAACGTGTCATTGCATGTGATATGGCTCATACACCTCTTAAAAACGATGAAGTTGATTTCGCAGTGTTTTGCTTATCTTTGATGGGAACCAATTGTTCAGAATTCTTGTATGAAGCGAATCGCATTTTAAAATCTGGTGGTATTCTAATAATCGTTGATGTAACTAGCAGATTTGACGGAAAATTCAATGATTTTTTGAAAAAGCTAAAGCGTTATGGGTTCGCTAAACAATTTTCAGAGATAACTAGTGATACGTACTTTGTTCGTGCTCTTCTTCGCAAAGTGTCTTCTTGTTCCTCAGAGCTTGTGCACAGTTTACCGAAACTAAACTTGAAACCATGCTCCTATAAAAAAAGATGATTGATATTTGTTTCTTTTGTAAATTATTTCTCTAAATATACAC]
[+] EMBL SMU54589             [                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             GATTTCGGGTGTGGTGATGGAAGATTGAGTCATCTATTGCCTAGTAATTACGAAGTGTATTTTTTTRATCTTGTCTCCTTAAACGAACGTGTCATTGCATGTGATATGGCTCATACACCTCTTAAAAACGATGAAGTTGATTTCGCAGTGTTTTGCTT                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         ]




>consensus_7838#0
CCTCCAGGCCAANAATTTGCACGAGGGGCGTTACTTCGTCATTCATATGATGAAGTTCAA
CTTATCGAAGCTCAGAAAAACACTCTCGAAAACCAAAAAGAAGCCCAGACGCCATCCTGG
AAAGATTGTTAAAGTTTCTAAACATTTCAAAAATCCAAAGAAGAACACTTTTGATTGTTT
GATAAACTCTTCAATGTTTCGATTTTTGAATGAAAAGTTGTATACTTGCACAAGTGAAGA
GGCAGCTACCATTTTTAAGGAGGATCCTAAATCATTCGAAATATACCATGAAGGTTACCA
ACGCCAACTTTCCCAGTGGCCTCAAGATCCTCTCATCTGGGTCAAGAGTAAAATTGTCGA
AGAATGTTCAAATTTAATGACAAATTATACAGTGGCTGATCTCGGGTGTGGTGATGGAAG
ATTGAGTCATCTATTGCCTAGTAATTACGAAGTGTATTTTTTTGATCTTGTCTCCTTAAA
CGAACGTGTCATTGCATGTGATATGGCTCATACACCTCTTAAAAACGATGAAGTTGATTT
CGCAGTGTTTTGCTTATCTTTGATGGGAACCAATTGTTCAGAATTCTTGTATGAAGCGAA
TCGCATTTTAAAATCTGGTGGTATTCTAATAATCGTTGATGTAACTAGCAGATTTGACGG
AAAATTCAATGATTTTTTGAAAAAGCTAAAGCGTTATGGGTTCGCTAAACAATTTTCAGA
GATAACTAGTGATACGTACTTTGTTCGTGCTCTTCTTCGCAAAGTGTCTTCTTGTTCCTC
AGAGCTTGTGCACAGTTTACCGAAACTAAACTTGAAACCATGCTCCTATAAAAAAAGATG
ATTGATATTTGTTTCTTTTGTAAATTATTTCTCTAAATATACAC

clustalw multiple alignements is not computed in this case
Copyright Thu Nov 6 12:32:27 CET 2003 Hubert Wassner    (hubert.wassner@noos.fr)